We have measured DNA translocation through a nanocapillary functionalized with probe DNA. These DNA-functionalized nanocapillaries selectively facilitate the translocation of target ssDNAs that are complementary to the probe ssDNAs. In addition, translocation of the complementary target ssDNA exhibits two tendencies to translocation speed, such as fast and slow translocation, whereas that of non-complementary target ssDNA yields only one tendency, fast translocation. These observations suggest that the complementary and non-complementary target ssDNAs may be discriminated due to different interaction strengths between target and probe ssDNAs. The temperature dependence measurements of DNA translocation show that slow translocation events are ascribed to the complementary interaction between probe and target ssDNA. This confirms that their dwell time is dependent on the base-pair binding strength. These results demonstrate that mere single-base different target DNA can be selectively detectable by using the probe DNA-functionalized nanocapillaries.
한국고분자학회 2006년도 IUPAC International Symposium on Advanced Polymers for Emerging Technologies
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pp.33-34
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2006
The graft copolymer consisting of poly(N-isopropylacrylamide) (PNIPAAm) and single-stranded DNA was prepared. Interestingly, the copolymer was found to form nanoparticles above physiological temperature. We found that non-crosslinking aggregation of the nanoparticles was induced by the hybridization of the surface-bound DNA with the full-match complementary DNA, but not with one-base mismatch. The core material is not restricted to PNIPAAm; DNA-functionalized gold nanoparticle was found to show a similar aggregation induced only by the fully-complementary DNA, resulting in rapid color change within 3 min at ambient temperature. This methodology is general in principle and applicable for wide variety of clinical gene diagnosis.
A synthesized 21-mer single-stranded DNA(ss DNA) was covalently immobilized onto a self-assembled aminoethanethiol monolayer modified gold electrode onto QCM. The covalently immobilized ssDNA was hybridized with complementary ssDNA. The interaction between surface immobilized ssDNA and complementary 21-mer DNA in solution was also examined. Each step was followed by monitoring changes in the QCM frequency with time. Also, PBS with pH 7.0 was selected as a supporting electrolyte in order to get maximum sensitivity and good bioactivity.
세포에서 질서를 유지하기 위해서는 유전정보에 대한 지속적인 감시와 회복체계를 필요로 한다. DNA는 염기쌍의 결합으로 이루어지는데, 틀린 염기쌍이 정상적인 염기쌍보다 훨씬 낮은 빈도로 형성되지만, 이것이 수정되지 않고 DNA내에 축적될 경우 세포가 죽기도 한다. 본 연구에서는 DNA 복제 시 발생하는 실수, 손상된 부분을 회복하는 DNA 복구 기능을 모사하여 공학적인 개념을 도입한다. 기존에 발표 되었던 부분을 보완하여 여러 군데에서 발생한 오류 위치를 찾아내고 복구시키는 효율적인 알고리즘을 제시한다.
세포에서 질서를 유지하기 위해서는 유전정보에 대한 지속적인 감시와 회복체계를 필요로 한다. DNA는 염기쌍의 결합으로 이루어지는데, 틀린 염기쌍이 정상적인 염기쌍보다 훨씬 낮은 빈도로 형성되지만, 이것이 수정되지 않고 DNA내에 축적될 경우 세포가 죽기도 한다. 본 연구에서는 DNA 복제 시 발생하는 실수, 손상된 부분을 회복하는 DNA 복구 기능을 모사하여 공학적인 개념을 도입한다. 기존에 발표 되었던 부분을 보완하여 여러 군데에서 발생한 오류 위치를 찾아내고 복구시키는 효율적인 알고리즘을 제시한다.
The identification of the DNA structure as a double-stranded helix consting of two nucleotide chain molecules was a milestone in modern molecular biology. The DNA chip technology is based on reverse hybridization that follows the principle of complementary binding of double-stranded DNA. DNA chip can be described as the deposition of defined nucleic acid sequences, probes, on a solid substrate to form a regular array of elements that are available for hybridization to complementary nucleic acids, targets. DNA chips based on cDNA clons, oligonucleotides and genomic clons have been developed for gene expression studies, genetic variation analysis and genomic changes associated with disease including cancers and genetic diseases. DNA chips for gene expression profiling can be used for functional analysis in human eel Is and animal models, disease-related gene studies, assessment of gene therapy, assessment of genetically modified food, and research for drug discovery. DNA chips for genetic variation detection can be used for the detection of mutations or chromosomal abnormalities in cnacers, drug resistances in cancer cells or pathogenic microbes, histocompatibility analysis for transplantation, individual identification for forensic medicine, and detection and discrimination of pathogenic microbes. The DNA chip will be generalized as a useful tool in clinical diagnostics in near future. Lab-on-a chip and informatics will facilitate the development of a variety of DNA chips for diagnostic purpose.
기업가정신이론을 비롯하여 많은 혁신이론들이 경영자의 혁신능력을 혁신의 출발로 보고 있다. 본 연구는 경영자의 혁신DNA라는 역설적 은유를 통해 혁신에 미치는 영향과 환경의 적합성 관계를 규명함으로써 학습과 노력에 의해 후천적으로 혁신역량을 높일 수 있는 구체적인 방향을 모색하는데 목적을 두고 있다. 이를 위해서 대구경북 110개 제조기업을 대상으로 자료를 수집하여 실증분석을 하였다. 실증분석 결과 혁신DNA는 혁신에 전반적으로 긍정적인 영향을 미치는 것을 확인하였다. 특히 발견DNA는 실행DNA보다 제품전략에 더 강하게 작용하는 반면에, 실행DNA는 공정혁신에 더 강하게 작용하는 것으로 나타났다. 혁신DNA와 환경의 적합성에 따른 혁신의 영향의 경우, 발견DNA와 기술격변성은 상호적합성을, 시장격변성은 보완적합성을 통해 제품혁신을 강화하는 것으로 나타났다. 실행DNA와 시장격변성의 상호적합성을 통해 공정혁신을 강화시키는 것으로 나타났다.
본 연구는 목저은 다음과 같다: 1) 돼지에서 150-kDa temary insulin-like growth faetor(IGF)complex의 한 구성 요소인 acid-labile subunit(ALS) 유전자 intron의 존재 확인. cloning 및 돼지 ALS(porcine ALS; pALS) complementary DNA(cDNA)의 3' 비해독(untranslated) 부위(3' UT) 증폭. cloning, 2) intron-spanning primer pair를 이용한 reverse transcription-polymerase chain reaction(RT-PCR) 방법에 의한 돼지 조직에서의 ALS 유전자 발현 분포 확인 및 3) 돼지 hepatocyte에서의 ALS 유전자 발현 여부 확인. 돼지 genomic DNA를 template로 하여 PCR 방법으로 예상된는 intron 부위를 증폭하고 plasmid vector에 삽입하여 염기서열을 결정한 결과 타 종의 ALS 유전자에서와 같은 위치에 1,371-base pair(bp)의 pALS intron이 존재함을 확인하였다. 역시 본 연구에서 간에서 추출한 RNA를 주형으로 시작하여 3' rapid amplification of cDNA end(3' RACE) 방법으로 147-bp의 3'UT를 합성하고 그 염기성열을 결정하였다. RT-PCR 결과 간은 물론 조사된 모든 돼지의 내장기관(신장, 폐, 비장)과 자성 생식기관(난소, 난관, 자궁) 및 골격근육에서 ALS 유전자가 발현됨이 밝혀졌다. 또한 돼지 간 조직에 대한 in-situ hybridization 결과 hepatocyte에서 ALS 유전자가 발현됨이 확인되었다. 이상의 결과는 ALS가 혈중 IGF의 저정/조절체로서의 주기능 외에 모세혈관 밖에서도 미지의 기능이 있을 기능성을 시사한다.
Viral RNA was extracted from purified Chinese cabbage strain of turnip mosaic virus (TuMV-Ca) from infected leaves of turnip. Polyadenylated genomic viral RNA was recovered by oligo (dT) cellulose column chromatography and used as a template for the synthesis of complementary DNA (cDNA). Recombinant plasmids contained cDNA ranged from about 900 bp to 2, 450 bp were synthesized. Among the selected 41 transformants, pTUCA31 and pTUCA35 had over 2 Kbp cDNA insert. Restriction endonuclease patterns of the clones examined were very similar among them. Clones pTUCA23 and pTUCA31 were overlapped with pTUA35. The longest clone pTUCA35, encoding 3'-end, showed that it contained two sites for EcoRI, and one site for BamHI, ClaI, HincII, SacI and XbaI, respectively. The restriction mapping indicated that the clone pTUCA35 contained partial nuclear inclusion body gene, complete coding region of the coat protein and 3' untranslated region of TuMV-Ca genomic RNA.
Grouping problem with similarities between DNA sequences are studied. The similaritymeasure and the distance measure showed the complementary characteristics. Distance measure can be obtained by complementing similarity measure, and vice versa. Similarity measure is derived and proved. Usefulness of the proposed similarity measure is applied to grouping problem of 25 cockroach DNA sequences. By calculation of DNA similarity, 25 cockroaches are clustered by four groups, and the results are compared with the previous neighbor-joining method.
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[게시일 2004년 10월 1일]
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