• 제목/요약/키워드: Competitive PCR

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A Gene-Tagging System for Monitoring of Xanthomonas Species

  • Song, Wan-Yeon;Steven W. Hutcheson;Efs;Norman W. Schaad
    • The Plant Pathology Journal
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    • 제15권3호
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    • pp.137-143
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    • 1999
  • A novel chromosomal gene tagging technique using a specific fragment of the fatty acid desaturase-like open reading frame (des-like ORF) from the tox-argK gene cluster of Pseudomonas syringae pv. phaseolicola was developed to identify Xanthomonas spp.released into the environment as biocontrol agents. X. campestris pv. convolvuli FB-635, a pathogen of Convolvulus arvensis L., (bindweed), was chosen as the organism in which to develop and test the system. A 0.52 kb DES fragment amplified from P. syringae pv. phaseolicola C-199 was inserted into pGX15, a cosmid clone containing a 10.3 kb Eco RI-HindIII fragment derived from the xanthomonadin biosynthetic gene cluster contained in plasmid pIG102, to create a pigG::DES insertion. The 10.8 kb EcoRI-BamHI fragment carrying the pigG:: DES insertion was cloned into pLAFR3 to generate pLXP22. pLXP22 was then conjugated into X. campestris pv. convolvuli FB-635 and the pigG::DES insertion integrated into the bacterial chromosome by marker exchange. Rifampicin resistant, tetracycline sensitive, starch hydrolyzing, white colonies were used to differentiate the marked strain from yellow pigmented wild-type ones. PCR primers specific for the unique DES fragment were used for direct detection of the marked strain. Result showed the marked strain could be detected at very low levels even in the presence of high levels of other closely related or competitive bacteria. This PCR-based DES-tagging system provides a rapid and specific tool for directly monitoring the dispersal and persistence of Xanthomonas spp.released into the environment.

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Isolation and characterization of Brucella abortus isolates from wildlife species in South Korea

  • Truong, Quang Lam;Kim, Kiju;Kim, Jong-Taek;Her, Moon;Jung, Suk-Chan;Hahn, Tae-Wook
    • 대한수의학회지
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    • 제56권3호
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    • pp.147-153
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    • 2016
  • A total of 782 blood and 465 tissue samples from 1,039 wild animals and 127 dairy goats were collected from January 2011 to December 2013 in 10 provinces of South Korea and tested for the presence of brucellosis. The Rose Bengal test revealed that 8.0% (52/650) of the serum samples were seropositive, while 4.2% (33/782) of the serum samples were positive for Brucella antibodies by competitive enzyme-linked immunosorbent assay. Of the 650 sera examined, only 16 (2.5%) were positive by both serological tests. Direct polymerase chain reaction (PCR) assay using B4/B5 primers for Brucella abortus (BCSP31) revealed the prevalence of Brucella to be 26.5% (129/487) in blood samples and 21% (98/465) in tissue samples while, 16S rRNA PCR detected Brucella DNA in 6.8% (33/487) and 2.6% (12/465) in blood and tissue samples, respectively. Of PCR-positive samples, only 6.2% (30/487) of blood samples and 2.4% (11/465) of tissue samples were found to be positive by both BCSP31 and 16S rRNA PCRs. However, Brucella strains were isolated by blood culture from only two out of 487 blood samples (0.4%). This characterization and identification of pathogenic Brucella isolates is the first to clearly indicate that the organisms were Brucella abortus biovar 1.

Mediation of $N-methyl-_D-aspartate$ on Neuropeptide Y Expression Induced by Morphine in Mouse Cerebellum

  • Kwon, Gee-Youn;Kim, Soo-Kyung
    • The Korean Journal of Physiology and Pharmacology
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    • 제5권6호
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    • pp.479-485
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    • 2001
  • The existence of opioid receptors in mammalian cerebellum except human, has not been clearly understood. In the present study, we found that NPY was inducible by morphine in the mouse cerebellar granular and Purkinje cell layers. We performed in situ RT-PCR and immunohistochemistry to characterize the NPY expression. The increase of NPY gene expression by morphine (30 mg/kg, i.p.) was inhibited by pretreatment with not only naloxone (100 mg/kg, i.p.) but also a noncompetitive NMDA antagonist, MK-801 (0.3 mg/kg, i.p.). The competitive NMDA antagonist, AP-5 (0.9 mg/kg, i.p.) slightly attenuated the increased NPY expression by morphine. Also, the finding similar to morphine was shown by NMDA (70 mg/kg, i.p.) treatment. Our results indicate that NPY was inducible by morphine and this might reflect activation of NMDA receptors in granule cells that relay mossy fiber inputs to Purkinje cells via parallel fibers.

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Hydrocortisone 투여가 비유중기 재래산양의 유단백질과 유선세포 Prolactin Receptor mRNA 발현에 미치는 영향 (Effects of Hydrocortisone Administrations on Expressions of Casein and Prolactin Receptor mRNAs in Mammary Glands of Mid-Lactation of Korean Goats)

  • 전기준;김재영;최재관;정영훈;박정준;이용준;우제석;서동석;홍승국
    • 한국수정란이식학회지
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    • 제17권3호
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    • pp.171-177
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    • 2002
  • Glucocorticoid는 비유기 동물의 유선세포 pro-lactin receptor(PRL-R) 발현을 증가시키며, 전반적인 유선세포의 유합성 작용을 활성시킴으로 유합성 능력을 증진시킨다. 유선세포 PRL-R 발현량 증가는 유생산량 향상과 밀접한 관계를 갖는다. 본 실험은 비유중기의 재래산양의 유합성 능력을 향상시키고자, 0.05. 0.1과 0.2 g hydrocortisone을 5ml의 생리식염수에 현탁하여, 정맥투여하고 유선세포 PRL-R와 $\alpha$-유단백 질 mRNAs 발현 량을 조사하였다. 대조구로는 5$m\ell$의 생리식염수를 정맥투여 하였다. 24시간 후 유선조직을 채취하여 $\alpha$-유단백질과 PRL-R mRNA 발현량을 competitive PCR(polymerase chain reaction)로 발현량을 조사하였다. Hydrocortisone 처리 24시간 후 재래산양 유선세포의 PRL-R mRNA 발현량은 대조구의 PRL-R mRNA 발현량과 유의한 차이가 없었다. $\alpha$-유단백질 mRNA 발현은 대조구에 비하여 0.05g hydrocortisone투여구는 37%, 0.1g hydrocortisone 투여구는 630%, 0.2g hydrocortisone 투여구는 386% 증가하였다. Hydrocortison 처리에 의한 유선세포 PRL-R mRNA 발현에 변화가 없었으나 $\alpha$-유단백질 mRNA 발현 증가는 세포 내 기능성 단백질 발현과 세포 외부로 분비되는 단백질의 시간에 따른 발현양상의 차이인 것으로 사려된다. 본 연구에서 비유중기 재래산양에 hydrocortisone 투여는 $\alpha$-유단백질 mRNA 발현을 증가시키는 것으로 나타났다.

Ras에 의해 암화된 세포에서 dynamin-2의 발현 촉진 (Up-regulation of dynamin-2 gene expression in Ras-transformed cells)

  • 유지윤
    • 생명과학회지
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    • 제17권3호통권83호
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    • pp.375-380
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    • 2007
  • Dynamin은 여러 종류의 endocytosis 과정에서 최종적으로 endocytic vesicle을 membrane으로부터 분리하는데 중요한 역할을 하는 단백질이다. 이전의 보고에 의하면 dynamin-2는 Ras에 의해 암화된 세포에서 Ras signal의 신호 전달 단백질인 Grb2의 SH3 domain과 결합한다고 알려져 있다. 하지만 정상적인 세포 (NIH3T3)에 비해 Ras에 의해 암화된 세포 (NIH3T3(Ras))에서 이들 단백질의 발현이 높아지는지에 대해서는 아직 알려진 바가 없다. 본 연구에서는 먼저 NIH3T3 세포와 NIH3T3(Ras) 세포에서 dynamin-2와 Grb2의 단백질 발현을 보았는데, dynamin-2의 경우 NIH3T3 세포에 비해 NIH3T3(Ras) 세포에서 그 발현이 현저히 증가함을 볼 수 있었지만 Grb2의 경우 두 세포에서 발현의 차이를 관찰할 수 없었다. Competitive PCR을 이용하여 mRNA의발현정도를 확인하였을 때, 단백질 발현 정도와 마찬가지로 dynamin-2의 경우 NIH3T3(Ras) 세포에서 약 100배의 증가를 확인하였지만 Grb2의 경우 차이를 볼 수 없었다. Dynamin-2의 promoter 활성을 NIH3T3(Ras) 세포에서 관찰한 결과 start codon으로부터 300 bp에서 200 bp upstream에 dynamin-2의 promoter 활성을 조절하는 부위가 존재함을 확인할 수 있었다.

생쥐 난자의 성숙과 착상전 배발생에서의 Phospholipase C $\beta1$$\gamma1$의 발현 및 기능 (Expression and Possible Role of Phospholipase C $\beta1$ and $\gamma1$ in Mouse Oocyte Maturation and Preimplantation Embryo Development)

  • 이영현;금동호;심찬섭;서판길;김경진
    • 한국발생생물학회지:발생과생식
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    • 제2권1호
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    • pp.9-20
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    • 1998
  • Phospholipase C (PLC)는 다양한 세포주에서 세포내 신호전달에 중요한 역할을 한다고 알려져 있으나, 생쥐 난자성숙 과정과 착성전 배아발생 과정에서 PLC의 역할과 발현은 아직 연구된 바 없다. 본 연구에서는 난자성숙과 착상전 배아발생 과정에서 생쥐의 PLC \beta 1과 \gamma 1의 유전자 발현을 조사하기 위하여 한 개의 난자 혹은 배아에서 추출된 total RNA를 사용하여 경쟁적 RT-PCR 방법으로 mRNA를 정량하였다. PLC \gamma 1의 유전자 발현을 조사하기 위하여 한 개의 난자 혹은 배아에서 추출된 total RNA를 사용하여 경쟁적 RT-PCR 방법으로 mRNA를 정량하였다. PLC \gamma 1의 유전자는 전혀 발현하지 않았다. 수정후 PLC \betta 1과 \gamma 1의 유전자 발현은 상실기 배아에서 증가하기 시작하여 포배기 배아에서는 현저히 증가하였다. 난자성숙과 착상전 배아발생 과정에서 protein kinase C(PKC) 신호전달체게에 의한 PLC의 역할을 조사하기 위하여 PKC의 억제제인 sphingosin, PKC의 촉진제인 $diC_{8}$, 그리고 PLC의 억제제인 U73122의 효과를 조사하였다. Spihingosine은 처리후 1시간 이내에 대조군에 비해 20% 정도의 난자성숙을 촉지하였으나 U73122는 유효한 효과를 보이지 않았다. U73122는 상실기 배아의 compaction을 억제하였으나 $diC_{8}$에 의하여 부분적으로 극복되었다. 이상의 결과는 PLC \beta 1과 \gamma 1 유전자가 생쥐의 착상전 발생단계에서 특이젖으로 발현하고 있으며, 난자성숙과 착상전 초기배아에서 PKC-PLC 신호전달체계가 관여하고 있으리라 사료된다.

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Expression of Cyclin B1 mRNA and Protein after Activation in Enucleated Mouse Oocytes

  • Hwang, Seong-Soo;Kim, Chang-Kun;Chung, Young-Chai
    • 한국수정란이식학회:학술대회논문집
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    • 한국수정란이식학회 2002년도 국제심포지엄
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    • pp.116-116
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    • 2002
  • Further development of reconstructed embryos may be dependent upon the synchronization of donor nucleus and recipient cytoplasm at cell fusion, To control the synchronization of donor and recipient cells, the enucleated MII arrested oocytes are artificially stimulated prior to embryo reconstruction. Destruction of cyclin B results in the exit of cells from M-phase of cell cycle. This study was designed to investigate the effects of single or combined stimulation affected cyclin B1 mRNA and protein levels in mouse oocytes. The oocyte activation was induced by 7% ethanol or 10$\mu\textrm{g}$/$m\ell$ Ca-ionophore without (single) or with (combined) 10$\mu\textrm{g}$/$m\ell$ cycloheximide. Competitive quantitative PCR for cyclin Bl mRNA and western blot analysis for cyclin B1 protein was preformed in mouse oocytes. Cyclin B1 mRNA level was significantly reduced in single (P<0.05) and combined (P<0.05) stimulation groups. However, this level did not change in non-activated group and increased in intact group. Cyclin B1 protein level was also significantly reduced in both single (P<0.05) and combined (P<0.05) stimulation groups. In conclusion, single and combined stimulation induces the degradation of cyclin B1 mRNA and protein after activation in enucleated mouse oocytes.

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고체상 나노구멍을 이용한 DNA 염기서열 분석기술 (DNA Sequencing Analysis Technique by Using Solid-State Nanopore)

  • 김태헌;박정호
    • 센서학회지
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    • 제21권5호
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    • pp.359-366
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    • 2012
  • Nanopore DNA sequencing is an emerging and promising technique that can potentially realize the goal of a low-cost and high-throughput method for analyzing human genome. Especially, solid-state nanopores have relatively high mechanical stability, simple surface modification, and facile fabrication process without the need for labeling or amplification of PCR (polymerized chain reaction) in DNA sequencing. For these advantages of solid-sate nanopores, the use of solid-state nanopores has been extensively considered for developing a next generation DNA sequencing technology. Solid-state nanopore sequencing technique can determine and count charged molecules such as single-stranded DNA, double-stranded DNA, or RNA when they are driven to pass through a membrane nanopore between two electrolytes of cis-trans chambers with applied bias voltage by measuring the ionic current which varies due to the existence of the charged particles in the nanopore. Recently, many researchers have suggested that nanopore-based sensors can be competitive with other third-generation DNA sequencing technologies, and may be able to rapidly and reliably sequence the human genome for under $1,000.

Identification of DNA Markers Linked to Metalaxyl Insensitivity Loci in Phytophthora infestans

  • Eom, Seung-Hee;Kim, Kwon-Jong;Jung, Hee-Sun;Lee, Sang-Pyo;Lee, Youn-Su
    • Mycobiology
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    • 제31권4호
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    • pp.229-234
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    • 2003
  • A total of 24 isolates of Phytophthora infestans were tested and analyzed for their resistance to metalaxyl fungicides. Sensitivity to metalaxyl was determined by growing isolates on 20% V8 medium amended with 0, 5, and 100 ${\mu}g/ml$ metalaxyl. Four isolates among the 24 tested were resistant to metalaxyl. Eleven isolates were intermediate and nine isolates were sensitive. Amplified fragment length polymorphism(AFLP) assay was used to identify the amplification products of resistant isolates. As a result, selected fragments were cloned, sequences and primer pairs were developed which linked to metalaxyl insensitivity in P. infestans using competitive PCR.

개인용 피부미용 복합자극기 개발 (Development of a Personal Compound Stimulus Device for Skin-care)

  • 이전;김지현;정금희
    • 전자공학회논문지SC
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    • 제49권1호
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    • pp.12-19
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    • 2012
  • 국내외적으로 경제수준의 향상과 웰빙 트렌트로 인해 피부미용기기 시장이 지속적으로 성장하고 있다. 본 연구에서는 기존 대형기기 및 일부 보급된 개인용 피부미용기기와 차별화된 개인용 피부미용 복합자극기를 개발하고자 하였다. 복합자극의 종류로 한약재 추출액의 생화학 자극, 피부 신진대사를 촉진시키는 온열 자극, 다양한 피부미용 효과가 보고되고 있는 광 자극을 선택하였으며, 이들이 동시에 제공 가능하도록 복합자극부 구조를 설계하였다. 생화학 자극은 탈지면 패드에 함유된 한약재혼합추출물이 온열에 의해 기화됨으로써 피부에 공급되도록 하였으며, 온열자극은 탄소섬유 면상 발열체를 통해, 그리고 광자극은 850nm 파장을 갖는 고출력 근적외선 LED를 통해 공급되도록 하였다. 제작된 시제품의 보완 및 성능평가를 위하여 온열자극부 및 광 자극부를 테스트하였다. 온열자극의 경우 목표온도 도달시간, 제어 오차가 각 2분 이내, ${\pm}1.5^{\circ}C$ 이내로 적절히 동작하였으며, 광 자극의 경우 근적외선 LED와 발열체가 결합된 구조로 인해 정상 동작범위 이상으로 온도가 상승하는 것이 확인되어 방열체 제작 추가함으로써 이 문제를 해결하였다. 마지막으로, C2C12 mouse myoblast을 대상으로 한약재 자극을 제외한 복합자극의 유효성을 평가하는 실험을 실시하였으며, RT-PCR분석 결과 $37^{\circ}C$ 온열자극과 광 자극의 복합자극을 인가한 그룹에서 대조군에 비해 collagen I mRNA 발현량이 4.9배, collagen III mRNA 발현량이 1.3배 증가하는 것을 확인하였다.