• Genomics & Informatics
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• 제21권1호
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• pp.5.1-5.13
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• 2023

Neisseria gonorrhoeae is a Gram-negative aerobic diplococcus bacterium that primarily causes sexually transmitted infections through direct human sexual contact. It is a major public health threat due to its impact on reproductive health, the widespread presence of antimicrobial resistance, and the lack of a vaccine. In this study, we used a bioinformatics approach and performed subtractive genomic methods to identify potential drug targets against the core proteome of N. gonorrhoeae (12 strains). In total, 12,300 protein sequences were retrieved, and paralogous proteins were removed using CD-HIT. The remaining sequences were analyzed for non-homology against the human proteome and gut microbiota, and screened for broad-spectrum analysis, druggability, and anti-target analysis. The proteins were also characterized for unique interactions between the host and pathogen through metabolic pathway analysis. Based on the subtractive genomic approach and subcellular localization, we identified one cytoplasmic protein, 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein (NGFG RS03485), as a potential drug target. This protein could be further exploited for drug development to create new medications and therapeutic agents for the treatment of N. gonorrhoeae infections.

• 한국균학회소식:학술대회논문집
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• 한국균학회 2014년도 춘계학술대회 및 임시총회
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• pp.27-28
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• 2014

Beauveria bassiana (Cordycipitaceae, Hypocreales, Ascomycota) is an anamorphic fungus having a potential to be used as a biological control agent because it parasitizes a wide range of arthropod hosts including termites, aphids, beetles and many other insects. A number of bioactive secondary metabolites (SMs) have been isolated from B. bassiana and functionally verified. Among them, beauvericin and bassianolide are cyclic depsipeptides with antibiotic and insecticidal effects belonging to the enniatin family. Non-ribosomal peptide synthetases (NRPSs) play a crucial role in the synthesis of these secondary metabolites. NRPSs are modularly organized multienzyme complexes in which each module is responsible for the elongation of proteinogenic and non-protein amino acids, as well as carboxyl and hydroxyacids. A minimum of three domains are necessary for one NRPS elongation module: an adenylation (A) domain for substrate recognition and activation; a tholation (T) domain that tethers the growing peptide chain and the incoming aminoacyl unit; and a condensation (C) domain to catalyze peptide bond formation. Some of the optional domains include epimerization (E), heterocyclization (Cy) and oxidation (Ox) domains, which may modify the enzyme-bound precursors or intermediates. In the present study, we analyzed genomes of B. bassiana and its allied species in Hypocreales to verify the distribution of NRPS-encoding genes involving biosynthesis of beauvericin and bassianolide, and to unveil the evolutionary processes of the gene clusters. Initially, we retrieved completely or partially assembled genomic sequences of fungal species belonging to Hypocreales from public databases. SM biosynthesizing genes were predicted from the selected genomes using antiSMASH program. Adenylation (A) domains were extracted from the predicted NRPS, NRPS-like and NRPS-PKS hybrid genes, and used them to construct a phylogenetic tree. Based on the preliminary results of SM biosynthetic gene prediction in B. bassiana, we analyzed the conserved gene orders of beauvericin and bassianolide biosynthetic gene clusters among the hypocrealean fungi. Reciprocal best blast hit (RBH) approach was performed to identify the regions orthologous to the biosynthetic gene cluster in the selected fungal genomes. A clear recombination pattern was recognized in the inferred A-domain tree in which A-domains in the 1st and 2nd modules of beauvericin and bassianolide synthetases were grouped in CYCLO and EAS clades, respectively, suggesting that two modules of each synthetase have evolved independently. In addition, inferred topologies were congruent with the species phylogeny of Cordycipitaceae, indicating that the gene fusion event have occurred before the species divergence. Beauvericin and bassianolide synthetases turned out to possess identical domain organization as C-A-T-C-A-NM-T-T-C. We also predicted precursors of beauvericin and bassianolide synthetases based on the extracted signature residues in A-domain core motifs. The result showed that the A-domains in the 1st module of both synthetases select D-2-hydroxyisovalerate (D-Hiv), while A-domains in the 2nd modules specifically activate L-phenylalanine (Phe) in beauvericin synthetase and leucine (Leu) in bassianolide synthetase. antiSMASH ver. 2.0 predicted 15 genes in the beauvericin biosynthetic gene cluster of the B. bassiana genome dispersed across a total length of approximately 50kb. The beauvericin biosynthetic gene cluster contains beauvericin synthetase as well as kivr gene encoding NADPH-dependent ketoisovalerate reductase which is necessary to convert 2-ketoisovalarate to D-Hiv and a gene encoding a putative Gal4-like transcriptional regulator. Our syntenic comparison showed that species in Cordycipitaceae have almost conserved beauvericin biosynthetic gene cluster although the gene order and direction were sometimes variable. It is intriguing that there is no region orthologous to beauvericin synthetase gene in Cordyceps militaris genome. It is likely that beauvericin synthetase was present in common ancestor of Cordycipitaceae but selective gene loss has occurred in several species including C. militaris. Putative bassianolide biosynthetic gene cluster consisted of 16 genes including bassianolide synthetase, cytochrome P450 monooxygenase, and putative Gal4-like transcriptional regulator genes. Our synteny analysis found that only B. bassiana possessed a bassianolide synthetase gene among the studied fungi. This result is consistent with the groupings in A-domain tree in which bassianolide synthetase gene found in B. bassiana was not grouped with NRPS genes predicted in other species. We hypothesized that bassianolide biosynthesizing cluster genes in B. bassiana are possibly acquired by horizontal gene transfer (HGT) from distantly related fungi. The present study showed that B. bassiana is the only species capable of producing both beauvericin and bassianolide. This property led to B. bassiana infect multiple hosts and to be a potential biological control agent against agricultural pests.

• Earthquakes and Structures
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• 제22권2호
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• pp.185-201
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• 2022

Structural Health Monitoring (SHM) is used to provide reliable information about the structure's integrity in near realtime following extreme incidents such as earthquakes, considering the inevitable aging and degradation that occurs in operating environments. This paper experimentally investigates an integrated wireless sensor network (Wi-SN) based monitoring technique for damage detection in concrete structures. An effective SHM technique can be used to detect potential structural damage based on post-earthquake data. Two novel methods are proposed for damage detection in reinforced concrete (RC) building structures including: (i) Jerk Energy Method (JEM), which is based on time-domain analysis, and (ii) Modal Contributing Parameter (MCP), which is based on frequency-domain analysis. Wireless accelerometer sensors are installed at each story level to monitor the dynamic responses from the building structure. Prior knowledge of the initial state (immediately after construction) of the structure is not required in these methods. Proposed methods only use responses recorded during ambient vibration state (i.e., operational state) to estimate the damage index. Herein, the experimental studies serve as an illustration of the procedures. In particular, (i) a 3-story shear-type steel frame model is analyzed for several damage scenarios and (ii) 2-story RC scaled down (at 1/6th) building models, simulated and verified under experimental tests on a shaking table. As a result, in addition to the usual benefits like system adaptability, and cost-effectiveness, the proposed sensing system does not require a cluster of sensors. The spatial information in the real-time recorded data is used in global damage identification stage of SHM. Whereas in next stage of SHM, the damage is detected at the story level. Experimental results also show the efficiency and superior performance of the proposed measuring techniques.

• 정보처리학회논문지C
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• 제11C권7호
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• pp.905-916
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• 2004

자율구성 계층구조 에드혹 네트워크(Self-organizing hierarchical ad hoc network, SOHAN)는 편평구조 에드혹 네트워크의 확장성을 향상시키기 위해 설계된 새로운 형태, 즉, 액세스 포인트, 전달 노드, 이동 노드의 3 계층의 애드혹 노드로 구성된 네트워크 구조이다. 본 논문에서는 SOHAN의 자율구성을 위한 토폴로지 탐색과 라우팅 프로토콜을 소개한다. 또한 높은 전송 용량을 갖는 최적의 클러스터 기반 계층구조 토폴로지를 형성하기 위한 링크 품질 및 MAC 지연 시간 기반의 크로스레이어 설계방식의 경로 척도를 제안한다. 토폴로지 탐색 프로토콜은 2.5 계층에서 MAC 주소를 기반으로 동작하는 라우팅 프로토콜을 위한 기본적인 정보를 제공한다. 이 라우팅 프로토콜은 AODV 프로토콜을 기반으로 하며, 계층구조의 장점을 활용하기 위해 토폴로지 탐색 프로토콜과 상호 연동하도록 설계된다. 시뮬레이션을 통해 전송용량, 종단간 지연시간, 패킷 전달률, 제어 오버헤드 관점에서 SOHAN의 우수한 성능과 확장성을 보인다.

• 지능정보연구
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• 제28권3호
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• pp.237-258
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• 2022

국내 ICT 산업은 세계 시장 환경이 변화함에 따라, 세계에 미치는 영향력이 점차 커지고 있다. 이 산업은 국가 경제에 기술적, 사회적 측면에서 중요한 원동력으로 여겨지고 있다. 특히 ICT 산업 내 중소기업은 다양성 추구, 기술 발전 및 고용 창출 측면에서 국내 경제 발전의 반드시 필요한 주체로서 여겨지고 있다. 하지만 대기업이나 중견 기업에 비해 작은 규모이기 때문에, 불완전하고 급변하는 환경 속에서 중소기업이 차별화된 전략을 가지고 살아 남기 어려운 상황에 직면해 있다. 그래서 중소기업은 자신이 가진 역량을 향상시키기 위해서 많은 노력을 해야 하며, 정부도 이들이 지속적으로 경쟁력을 갖추도록 기업 내부자원에 맞는 바람직한 도움을 제공해 줄 필요성이 있다. 본 연구는 정부지원 프로그램에 참여하고 있는 ICT 중소기업의 유형을 분류하고, 각각의 유형별로 기업들이 가지고 있는 자원들과 성과창출 간의 관계를 분석하였다. 분석 자료로는 과학기술정보통신부에서 매년 실시하고 있는 ICT 중소기업 실태조사의 데이터를 사용하였다. 이를 위해, 본 연구는 첫번째 단계에서 ICT 중소기업들을 정부지원 프로그램 경험에 따라 공통의 요소를 기반으로 군집화 하였다. 세 개의 군집이 의미 있게 분류되었으며, 각각의 군집은 '적극적 참여형,' '초기 지원형,' '홀로서기형'으로 명명하였다. 두번째 단계로, 본 연구는 각 군집에 대해 프로파일링 분석을 통해 각 군집의 특성을 비교하였다. 본 연구가 수행한 세번째 단계는 군집별로 R&D 성과창출 메커니즘을 회귀분석을 통해 알아보았는데, 각 군집별로 서로 상이한 요인들이 성과창출에 영향을 주었고, 그 영향력의 크기도 서로 달랐다. 구체적으로, "적극적 참여형"은 "현재 보유 인력", "기술경쟁력", "전년도 R&D 투자액"이 "R&D 성과창출"에 중요한 요인들로 밝혀졌다. "초기 지원형"은 "연구개발전담조직 보유 여부", "전년도 R&D 투자액", "대기업 매출 비중", "대기업 납품 벤더 비중"이 성과에 기여하는 것으로 파악되었다. 마지막으로 "홀로서기형"의 경우, "현재 보유 인력"과 더불어 "미래 충원 계획", "기술경쟁력", "R&D 투자액", "대기업 매출 비중", "해외매출 비중"이 유의한 관계를 보여주었다. 본 연구는 정부의 창업프로그램 참여 방식에 따라, 향후 중소기업을 지원할 때, 어떤 전략을 수립해야 하는지를 보여준다는 정책적 시사점을 가지며, 구체적으로 어떤 지원을 제공해야 하는지에 대한 가이드를 제공한다는 실무적 시사점을 가진다.

• 디지털융복합연구
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• 제14권2호
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• pp.271-278
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• 2016

산학협력은 단기적 문제해결뿐만 아니라 대한민국 경제의 지속 성장에도 필수불가결한 요소이다. 이를 구체화하고 실행하기 위해 우리 정부는 지난 10년간 산학협력 진흥을 위해 각종 재정지원 프로그램과 제도를 마련하여 추진하고 있으며, 재단법인 산학협동재단에서는 학술 및 연구개발 지원, 창의인재 육성 및 장학금 지원, 국제교류 지원 등 다양한 사업을 수행하고 있다. 따라서 본 논문에서는 창의형 산학융합사례 및 IT 기반 국내외 융합 기술 선진사례를 분석하고, 기업연계형 대학의 산학 협력 지원책 강구 및 모델을 수립하였다. 이 모델을 기반으로 최신 IT 기술을 활용한 산업계, 학계, 근로자간 협업 시스템 구축 방안을 제안하였다.

• The Plant Pathology Journal
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• 제35권4호
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• pp.321-329
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• 2019

Ascochyta blight caused by Ascochyta rabiei (Pass.) Lab. (Telomorph: Didymella rabiei) (Kov.) is one of the most important fungal diseases in chickpea worldwide. Knowledge about pathogen aggressiveness and identification resistance sources to different pathotypes is very useful for proper decisions in breeding programs. In this study, virulence of 32 A. rabiei isolates from different part of Iran were analyzed on seven chickpea differentials and grouped into six races based on 0-9 rating scale and susceptibility/resistant pattern of chickpea differentials. The least and most frequent races were race V and race I, respectively. Race V and VI showed highly virulence on most of differential, while race I showed least aggressiveness. Resistance pattern of 165 chickpea genotypes also were tested against six different A. rabiei races. ANOVA analysis showed high significant difference for isolate, chickpea genotypes and their interactions. Overall $chickpea{\times}isolate$ (race) interactions, 259 resistance responses (disease severity ${\leq}4$) were identified. Resistance spectra of chickpea genotypes showed more resistance rate to race I (49.70%) and race III (35.15%), while there were no resistance genotypes to race VI. Cluster analysis based on disease severity rate, grouped chickpea genotypes into four distinct clusters. Interactions between isolates or races used in this study, showed the lack of a genotype with complete resistance. Our finding for virulence pattern of A. rabiei and newly identified resistance sources could be considerably important for integration of ascochyta blight resistance genes into chickpea breeding programs and proper decision in future for germplasm conservation and diseases management.

• International Journal of Computer Science & Network Security
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• 제21권4호
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• pp.186-198
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• 2021

The introduction of digital technologies affects most socio-economic processes and activities in the economy, from agriculture to public services. Even though the world is currently only in the early stages of digital transformation, the digital economy is growing rapidly, especially in developing countries. Shortly, digital platforms will be able to replace the "invisible hand" of the market and turn it into digital. Some digital platforms have already reached global reach in some sectors of the economy. The growing value of data and artificial intelligence is reflected in the high capitalization of these enterprises. Their growing role has far-reaching consequences for the organization of economic activity and integration into the field of e-business. However, their importance and level of development in different countries differ significantly. The main purpose of this article is an assessment of the level and trends of the digital economy in the world and the identification of homogeneous groups of states following the main trends in the development of its components from among the EU countries. The methodology of the conducted research is based on the use of general scientific research methods in the analysis of secondary sources and the application of statistical methods of correlation-regression and cluster analysis. Macroeconomic indicators and components of DESI (Digital Economy and Society Index) were used for the analysis. Results. Based on the analysis established that most developed countries have a medium level of digitalization of the business environment and a high level of digitalization of socially oriented public services, while countries with lower GDP focus their policies on building digital infrastructure and training qualified personnel. The study summarizes and analyzes current trends in digital technology, analyzes the level and dynamics of integration of digital technologies of the studied EU countries, the level of development of e-business and e-commerce. The conceptualization of mechanisms of creation of added value in the digital economy is offered and the possible consequences of digitalization of the economy of developing countries are generalized.

• 경영과정보연구
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• 제37권3호
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• pp.83-113
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• 2018

본 연구의 목적은 변화저항에 따라 달라지는 스마트워크 투자와 직무 성과를 실증적으로 검정하는 것이다. 연구에서는 우선적으로 스마트워크 투자와 생산성 성과 사이의 의사소통 매개 효과를 살펴볼 것이다. 그 다음 스마트워크 투자를 저하시키는 조직 변화저항을 수준별로 분류하여 투자와 생산성의 차이를 확인할 것이다. 스마트워크란 조직 구성원들에게 시간과 장소의 유연성을 제공하고, 업무 생산성을 개선시키는 근무방식을 말한다. 스마트워크의 도입은 조직 내부에 새로운 조직문화, 조직제도, 신기술을 채택하는 것을 의미한다. 조직 의사소통과 협업이 변화된 형태이기 때문에 기존 조직문화와 제도, 기술의 관행에 대한 변화를 요구할 수밖에 없다. 이에 본 연구 방법은 스마트워크 투자에 따른 의사소통의 매개적 효과, 조직저항 수준별로 조절 효과를 검정할 수 있도록 구조방정식 모형을 채택하였다. 구조방정식 모형을 통해서 스마트워크 투자가 의사소통과 조직 생산성에 긍정적 영향을 제공하는지 확인하고자 한다. 또한, 조직 변화 저항을 군집 분석하여 수준별로 구분하여 스마트워크 생산성에 미치는 효과 차이를 확인하였다. 연구결과, 스마트워크 투자로서 조직IT, 조직제도, 조직문화는 의사소통에 중요한 영향자로서 나타났으며, 개인적 성과에 직접적 영향력을 제공한다고 나타났다. 또한, 조직IT와 조직제도, 문화는 의사소통을 매개로 하여 개인 생산성과 조직 생산성에 간접적 영향력도 가진다고 나타났다. 하지만 조직IT와 조직제도의 독립변수는 조직 생산성을 높여주는 직접적 영향력은 없다고 나타났다. 그럼에도 불구하고, 조직IT와 조직제도는 의사소통을 매개로 하면 조직 생산성을 높이는 영향력을 가진다고 간접효과가 나타났다. 다음으로 조직저항의 세 집단의 생산성을 확인한 결과, 집단 간에 스마트워크 생산성 성과의 차이가 있다고 나타났다. 여기서 조직 저항이 낮은 집단은 다른 집단에 비해서 높은 생산성 성과의 영향력을 가진다고 나타났다. 집단별 분석 결과의 함의로는, 스마트워크의 긍정적 성과를 위해서는 우선적으로 조직제도를 개정하고, 다음으로 조직 문화를 형성시키고, 마지막으로 기술 도입을 고도화시키는 것이 중요하다고 나타났다. 본 연구의 이론적 함의로는 스마트워크의 배경을 기반으로 사회기술시스템 이론과 조직제도, 문화이론, 조직 변화저항이론, 직무 생산성 이론을 설명하였고, 기존 사회과학 이론들을 한층 더 구체화시키는 기반을 넓혔다. 실천적 함의로는 스마트워크로 발생될 수 있는 변화저항을 수준별로 관리한다는 것이다. 스마트워크를 급진적으로 투자하기보다는 단계별로 투자하여 생산성 성과를 높여야 한다는 것을 설명하였다. 향후 연구에는 스마트워크 투자를 국내 기업과 공공기관으로 구분하고 조직문화, 제도, 기술, 성과에 대한 차이를 비교 분석할 필요가 있겠다.

• 지능정보연구
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• 제27권1호
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• pp.1-21
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• 2021

글로벌 경영환경 변화로 기술개발과 시장니즈의 불확실성이 커지고 기업 간 상호 경쟁이 심화되면서 개별 기업들의 연구개발 활동에 대한 관심과 요구가 증가하고 있다. 이러한 환경변화에 대응하기 위하여 연구개발 기업들은 설비투자에 더욱 신중을 가하면서 연구개발의 질적인 경쟁력을 제고시키기 위한 수단 중 하나로 연구개발 투자를 강화하고 있다. 결과적으로 설비나 연구개발 투자 요소는 연구개발 기업들의 입장에서는 미래 불확실성을 떠안아야하는 부담이 될 수 밖에 없다. 단지 연구개발 역량을 제고시키기 위한 수단으로 연구개발 투자를 증가시키는 경영 전략은 기업성과측면에서 불확실성이 높은 것이 사실이다. 본 연구에서는 데이터마이닝 기법을 활용하여 기업들의 연구개발 역량에 영향을 주는 특성들을 기술경영능력, 연구개발능력, 그리고 기업분류 속성 관점에서 탐색하고 이러한 개별 요인들이 연구개발 역량의 수준에 따라 나타나는 특성들을 탐색하였다. 이를 위해서 국내 연구개발 기업 전체를 대상으로 증거데이터에 근거해 군집분석과 실험결과를 제시하였다. 상기의 3개 관점마다 세부 평가지표를 각각 7개, 2개, 4개로 구성하여 해당 영역에서의 개별적인 수준을 정량적으로 측정하고자 하였다. 기술경영능력과 연구개발능력의 경우 현행 기술력 평가기관들이 주도적으로 활용하고 있는 소항목 평가지표를 참조하였으며, 이때 정량적으로 자료 확보가능한지 여부를 고려하여 최종적인 세부 평가지표를 새롭게 구성하였다. 기업분류 속성의 경우에는 가장 기본적인 기업 분류 프로파일 정보를 고려하여 구성하였다. 특히 연구개발 역량수준의 동질성 파악을 위해서 기술경영능력과 연구개발능력의 세부평가지표를 활용하여 개별기업별 종합점수를 부여하였으며, 이때 역량수준을 5개의 등급으로 분류하여 군집분석 결과와 비교하였다. 분석된 군집과 역량수준 등급과의 비교평가에 따른 의미를 부여하기 위해서 군집별로 연구개발 역량수준이 높은 경향과 낮은 경향이 존재하는 군집들을 탐색하였다. 이후 해당 군집에서 세부 평가지표에 따른 특징들을 분석하였다. 이와 같은 연구수행 방법을 통해 연구 개발 역량수준이 높은 군집이 2개, 낮은 군집이 1개로 분석되었으며, 나머지 2개의 군집들은 역량수준이 거의 높은 발생 빈도로 유사하게 나타났다. 결과적으로 본 연구에서는 역량수준이 높은 2개 군집과 낮은 1개의 군집들을 대상으로 세부 평가지표에 따른 개별적 특징들을 분석하였다. 본 연구의 결과가 제시하고 있는 시사점은 기술변화 속도와 시장수요의 변화에 효과적으로 대응할 수 있는 전문 경영자의 교체주기가 빠를수록 연구개발 역량 제고에 기여할 가능성이 높다는 점이다. 개인기업의 경우에 법인기업으로의 전환을 통해 연구개발 인력들의 기업에 대한 소속감을 제고시킴으로써 연구개발 역량의 투입강도를 높일 필요가 있으며, 조직적 측면에서도 팀단위의 조직구성을 통해 책임과 권한의 정확성을 제공할 필요가 있다는 점이다. 기술상용화 실적건수나 기술인증건수는 역량제고에 기여하는 경우와 그렇지 않은 경우 모두 발생되고 있어, 경영자 입장에서 연구개발 역량제고를 위한 중요 인자로 검토하는데 한계가 있는 것으로 확인되었다. 마지막으로 실용신안출원의 경험 여부는 연구개발 역량에 중요한 영향을 미치는 요인으로 파악되어, 연구개발 역량 제고를 위해서는 실용신안출원 장려를 위한 동기부여를 제공할 필요성을 확인하였다. 이처럼 본 연구결과는 개별 기업들의 연구개발 역량 제고를 위한 기업 경영전략의 중요한 시사점을 제공할 수 있을 것으로 기대된다.