• 제목/요약/키워드: Classification Database

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복숭아 유전자원의 적색 과육 판별 SNP 분자표지 개발 (Development of SNP Molecular Marker for Red-fleshed Color Identification of Peach Genetic Resources)

  • 김세희;남은영;조강희;전지혜;정경호
    • 한국자원식물학회지
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    • 제32권4호
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    • pp.303-311
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    • 2019
  • 과피와 과육의 다양한 색은 복숭아 분류에 가장 널리 사용되는 상업적 기준 중 하나이다. 새로운 적색 과육 품종을 육성하기 위해서는 많은 교배 조합과 세대가 진전되어야 한다. 따라서 육종 효율을 높이기 위해서는 목적 형질을 가진 개체에 적용할 조기 선발 분자표지를 개발할 필요가 있다. 과육색이 다르게 발현되는 복숭아 품종의 유전자 발현을 비교하기 위해 2개의 cDNA library를 제작하였다. 적색 과육 품종인 '조생혈도'와 백색 과육 품종인 '미백도'의 유전자 발현 차이를 보기 위해 차세대 염기서열 분석(NGS) 기술을 사용하였고, 두 품종으로부터 얻은 EST의 염기서열을 결정하고 기존에 보고된 유전자와의 상동성을 분석하였다. '조생혈도'와 '미백도'의 EST database로부터 72쌍의 SNP 분자표지를 선발하였고, 적색 과육 품종 8개와 백색 과육 품종 24개를 구분할 수 있는 SNP 분자표지를 HRM 방법으로 분석하였다. 본 연구에서는 복숭아 EST database를 기반으로 HRM 분석 방법을 이용하여 복숭아 품종의 적육계와 백육계를 구분할 수 있는 효율적인 SNP 분자표지를 개발하였다. 이러한 SNP 분자표지는 복숭아 육종에 유용하게 사용할 수 있으며, 복숭아 품종의 다양한 색 변화에 관한 분자 기작 연구에 좋은 참고자료가 될 수 있을 것이다.

채소 및 육류 섭취의 상대적인 선호도와 암 발생의 연관성: 국민건강보험공단 국민건강정보자료 활용 (Association between Relative Preference for Vegetables and Meat and Cancer Incidence in Korean Adults: A Nationwide Population-based Retrospective Cohort Study)

  • 이가은;김안나;조현정;강민지;문성지;김인아;고광필;이정은;박수경
    • 대한지역사회영양학회지
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    • 제26권3호
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    • pp.211-227
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    • 2021
  • Objectives: We aimed to examine the association between the relative preference for vegetables and meat and cancer incidence, in a population-based retrospective cohort in Korea. Methods: We included 10,148,131 participants (5,794,124 men; 4,354,007 women) who underwent national health screening between 2004 and 2005 from the National Health Information Database of the National Health Insurance Service (NHIS-NHID). Participants were asked whether they preferred consuming 1) vegetables more often, 2) both vegetables and meat or 3) meat more often. Participants were followed up to Dec. 31, 2017. All cancer and eighteen common cancer cases were identified through the code from the International Classification of Diseases, 10th revision. We estimated sex-specific relative risks and 95% confidence intervals, adjusting for age, body mass index, alcohol consumption, smoking, physical activity, and income level. Results: During an average follow-up of 12.4 years, 714,170 cancer cases were documented. In men, consuming meat more often was associated with lower risk of esophageal, liver, and stomach cancers, but higher risk of lung and kidney cancers. Consuming both vegetables and meat was associated with higher risk of prostate cancer, but with lower risk of esophageal, liver, and stomach cancers in men. In women, consuming meat more often was associated with a higher risk of colorectal cancer and breast, endometrial, and cervical cancers diagnosed before the age of 50. Consuming both vegetables and meat was associated with lower risk of liver cancer in women. Conclusions: Our study suggests a potential link between vegetable and meat intake and cancer incidence in the Korean population. Further investigation on the association between the intake of specific types of vegetables and meat and cancer risk in Korean prospective cohort studies is needed.

인간 단백질 분석을 위한 빅 데이타 기반 RMF 방법 (A Big Data Based Random Motif Frequency Method for Analyzing Human Proteins)

  • 김은미;정종철;이배호
    • 한국전자통신학회논문지
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    • 제13권6호
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    • pp.1397-1404
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    • 2018
  • 입체적 단백질 구조를 이용한 단백질의 분석은 3차원 데이타를 생성하기 위한 기술적인 어려움과 요구되는 높은 비용으로 인해 크게 발전하지 못하였다. 모티프(motif)는 단백질이나 유전자 염기서열의 단편(segment) 정보로 정의된다. 단순성 때문에 모티프는 다양한 분야에서 활발하고 폭넓게 응용되고 있다. 그러나 모티프 자체에 대한 포괄적인 이해와 연구는 미미하다. 이 논문이 가지는 중요성은 인공지능 기법을 활용하여 인간 단백질을 분석하는 방법으로 3가지 측면에서 찾아볼 수 있다. (1) 현재 단백질 데이타 뱅크 (PDB)에 저장된 모든 인간의 단백질 구조를, 이에 상응하는 효소위원회 (EC)의 데이타베이스와 단백질의 구조적 특성에 따른 분류 데이타베이스 (SCOP)를 연동하여, 단백질이 가지는 고유의 특성을 모티프를 응용한 새로운 방법으로 컴퓨터를 이용하여, 분석한 최초의 종합적이고 심층적인 인간 단백질의 분석법이다. (2) 본 연구는 모티프에 의해 생성된 새로운 단백질의 특성을 계층적 클러스터링을 이용하여 단백질이 가지는 고유한 특징을 패턴 분석법과 통계 그리고 단백질 기능 분석의 세 가지 범주로 단백질의 특성을 분석한다. (3) 임의로 생성된 모티프가 단백질 내에서 가지는 빈도에 대해 빅 데이타를 활용하여 모티프의 길이를 다양화시킴과 동시에 접촉 염기와 단백질의 기능을 다각도로 분석할 수 있는 임의 모티프 빈도 (RMF)를 이용한 단백질 분석 방법론을 제안한다.

웹 검색 기반으로 한 제주 오름의 콘셉트 분류 시스템 (Concept Classification System of Jeju Oreum based on Web Search)

  • 안진현;변소영;우서정;안예지;강정운;김민철
    • 디지털융복합연구
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    • 제19권8호
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    • pp.235-240
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    • 2021
  • 오름의 방문객 수가 증가하고 있고 관광의 트렌드는 빠른 속도로 변화하고 있다. 오름 방문의 동기도 과거의 휴식과 쾌락의 차원에서 경험과 체험을 중점으로 변화하고 있다. 이러한 변화에 맞춰 사람들은 오름에 오를 때 단순히 운동만이 아닌 결혼, 가족여행 등과 같은 동기를 선정하여 방문한다. 하지만 관광객의 오름 방문 동기에 맞는 오름을 찾는 것은 어렵다. 본 연구에서는 이러한 문제점들을 해결하기 위하여 웹문서 검색 엔진을 통해 오름과 콘셉트에 대한 연관 수치를 실시간으로 수집하여 오름의 콘셉트를 자동으로 분류하고 홈페이지에 제공하는 시스템을 제안한다. 원하는 날짜를 선정해서 과거 혹은 선택한 기간의 오름과 콘셉트에 대한 연관 수치 확인이 가능하다. 이러한 연구를 통해서 제주의 자연유산인 오름의 방문을 활성화하여 제주 관광의 발전에 이바지할 수 있다. 향후 제주 오름만이 아닌 해수욕장이나 바다 등으로 본 시스템을 확장할 수 있다.

국내 간호대학생에게 적용한 플립러닝의 효과에 대한 메타분석 (The effectiveness of a flipped learning on Korean nursing students; A meta-analysis)

  • 강미정;강경자
    • 디지털융복합연구
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    • 제19권1호
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    • pp.249-260
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    • 2021
  • 본 연구는 국내 간호대학생을 대상으로 한 플립러닝 연구들의 결과를 통합하고 분석하기 위해 실시한 메타분석연구이다. 대상 문헌은 PubMed, EMBASE, Cochrane, CINAHL, Korean databases가 이용되었으며 국내 간호학과학생들의 플립러닝 효과를 평가하는 무작위 실험과 비무작위 실험연구가 포함되었다. 95% 신뢰 구간과 SMD가 변량효과 메타분석 결과로 산출되었으며, 플립러닝 전체 효과 크기는 대조군에 비해 큰 효과 크기(SMD = 1.21; 95% CI = 0.84 ~ 1.63; I2 = 93.9; n = 23)로 나타났다. Bloom 분류에 따른 추가 분석 결과, 플립러닝은 심동적 영역, 인지적 영역, 정서적 영역의 변수들에 의미있게 영향을 미치는 것으로 나타났다. 본 메타분석은 총 10건의 문헌 분석을 통해 국내의 간호학과 학생들에 대한 플립러닝 교수법이 전통적인 교수법보다 심동적 영역, 인지적 영역, 정서적 영역에서 효과적임을 보여주었다. 추후 플립러닝은 간호대학생들의 학문적 수행 능력 향상을 위한 이론수업 및 실습 간호교육에 까지 통합 되어질 수 있다.

H.264 압축과 SVDD를 이용한 영상 감시 시스템에서의 비정상 집단행동 탐지 (Abnormal Crowd Behavior Detection via H.264 Compression and SVDD in Video Surveillance System)

  • 오승근;이종욱;정용화;박대희
    • 정보보호학회논문지
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    • 제21권6호
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    • pp.183-190
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    • 2011
  • 감시카메라 환경에서 군중의 비정상 집단행동 탐지란 감시카메라로부터 유입되는 영상에서 다중 객체가 위험에 처한 상황을 신속하고 정확하게 탐지하는 분야를 말한다. 본 논문에서는 CCTV 등과 같은 감시카메라 환경에서 움직임 벡터와 SVDD를 이용하여 집단내의 비정상 상황을 탐지하는 프로토타입 시스템을 제안한다. 제안된 시스템은 H.264 압축과정에서의 움직임 벡터 정보를 이용하여 영상내의 움직임 정보를 추출 표현하였으며, 비정상 집단행동의 판별 문제를 실용적 차원의 단일 클래스 분류 문제로 재해석하여 단일 클래스 SVM의 대표적 모델인 SVDD를 탐지기로 설계하였다. 제안된 시스템은 H.264 압축 과정에서 얻어지는 움직임 벡터를 이용함으로써, 실시간성을 보장하며 SVDD의 점증적 갱신 학습 능력으로 인하여 비정상 집단행동 데이터베이스의 변화에도 능동적으로 적응할 수 있다. 공개적으로 사용 가능한 벤치마크 데이터 셋인 PETS 2009와 UMN을 이용하여 본 논문에서 제안한 비정상 집단행동 탐지 시스템의 성능을 실험적으로 검증한다.

Spatial modeling of mortality from acute lower respiratory infections in children under 5 years of age in 2000-2017: a global study

  • Almasi, Ali;Reshadat, Sohyla;Zangeneh, Alireza;Khezeli, Mehdi;Teimouri, Raziyeh;Naderi, Samira Rahimi;Saeidi, Shahram
    • Clinical and Experimental Pediatrics
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    • 제64권12호
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    • pp.632-641
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    • 2021
  • Background: Over the past few decades, various goals have been defined to reduce the mortality of children caused by acute lower respiratory infections (ALRIs) worldwide. However, few spatial studies to date have reported on ALRI deaths. Purpose: We aimed to assess the spatial modeling of mortality from ALRI in children under 5 years of age during 2000-2017 using a global data. Methods: The data on the mortality of children under 5 years old caused by ALRI were initially obtained from the official website of the World Health Organization. The income status of their home countries was also gathered from the Country Income Groups (World Bank Classification) website and divided into 5 categories. After that, in the ArcGIS 10.6 environment, a database was created and the statistical tests and related maps were extracted. The Global Moran's I statistic, Getis-Ord Gi statistic, and geographically weighted regression were used for the analyses. In this study, higher z scores indicated the hot spots, while lower z scores indicated the cold spots. Results: In 2000-2017, child mortality showed a downward trend from 17.6 per 100,000 children to 8.1 and had a clustered pattern. Hot spots were concentrated in Asia in 2000 but shifted toward African countries by 2017. A cold spot that formed in Europe in 2007 showed an ascending trend by 2017. Based on the results of geographically weighted regression test, the regions identified as the hot spots of mortality from ALRI in children under 5 years old were among the middle-income countries (R2=0.01, adjusted R2=8.77). Conclusion: While the total number of child deaths in 2000-2017 has decreased, the number of hot spots has increased among countries. This study also concluded that, during the study period, Central and Western Africa countries became the main new hot spots of deaths from ALRI.

머신러닝 기반 아파트 주동형상 자동 판별 모형 개발 및 적용 - 주동형상에 따른 아파트 개발 특성분석을 중심으로 - (Application and development of a machine learning based model for identification of apartment building types - Analysis of apartment site characteristics based on main building shape -)

  • 한상욱;서정석;;;김정섭
    • 한국지리정보학회지
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    • 제26권2호
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    • pp.55-67
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    • 2023
  • 본 연구의 목적은 GIS와 머신러닝 알고리즘을 활용하여 아파트 단지의 주동형상을 자동으로 판별해주는 모형을 개발하고, 이를 주동형상과 단지특성 관의 관계 분석에 적용하는 것이다. 지리정보데이터를 사용하여 아파트단지별 주동 데이터베이스를 구축하고 랜덤포레스트 알고리즘을 활용하여 단지 내 개별동을 형태에 따라 판상형, 탑상협, 혼합형으로 분류하였다. 또한, 아파트단지별 주동형상별 비중과 개발밀도, 층수 등 단지특성 정보간의 관계를 분석하여 부동산 분야 지리정보응용 가능성을 제안하였다. 본 연구는 인공지능 기반 건축물 유형 분류와 관련한 기초연구로서 다양한 공간분석 및 부동산 분석에 활용될 것으로 예상한다.

Type 3 Gastric Neuroendocrine Neoplasm Clinical Features: A Multicenter Study in Korea

  • Kyong Joo Lee;Hee Man Kim;Sang Kil Lee;Ho Sun Choi;Jie-Hyun Kim;Seun Ja Park;Sung Chul Park;Byung Ik Jang;Jin Tae Jung;Tae Joo Jeon;Jong Hun Lee ;Jae Kyu Sung;Semi Park;Yoon Jae Kim;Jae Hee Cho
    • Journal of Digestive Cancer Research
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    • 제5권2호
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    • pp.86-90
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    • 2017
  • Background: The aim of this study was to investigate clinicopathologic features of type 3 gastric neuroendocrine neoplasm (NEN) by treatment modality. Methods: The Korean Society of Gastrointestinal Cancer conducted the Korean Gastroenteropancreatic Neuroendocrine Tumor Registry, a retrospective registry database of gastroenteropancreatic neuroendocrine tumors from 16 hospitals in Korea. The normal serum gastrin level range was defined as <100 pg/mL, and gastric NEN patients with normal gastrin level were selected for analysis. Results: Among 358 patients with gastric NEN, 21 (5.9%) patients were classified with type 3 gastric NEN. The median age was 53 years (range 30-74). According to the WHO 2010 classification, 13 (61.9%) patients had grade 1, and 8 (38.1%) patients had grade 2 or 3. Endoscopic treatment was performed in 14 (66.7%) patients, and surgery was performed in 7 (33.3%) patients. The tumor size was smaller in the endoscopic treatment group than in the surgery group (0.6 cm vs 1.3 cm, p=0.006). After treatment, there was one recurrence in the surgery group. Conclusion: In small size Type 3 gastric NEN, endoscopic treatment was associated with a good prognosis, compared to surgery. Thus, endoscopic treatment can be used an alternative modality in selected cases of type 3 gastric NEN.

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국내 온라인 유통 복어 제품의 종판별 및 표시사항 모니터링 연구 (Species Identification and Monitoring of Labeling Compliance for Commercial Pufferfish Products Sold in Korean On-line Markets)

  • 이지영;김건희;강태선
    • 한국식품위생안전성학회지
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    • 제38권6호
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    • pp.464-475
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    • 2023
  • 본 연구에서는 온라인 마켓에서 판매되는 50개 복어제품의 종판별 및 표시사항 일치여부 모니터링을 수행했다. 복어의 종판별을 위해 cytochrome c oxidase subunit I 및 cytochrome b 유전자의 염기서열을 분석하여 NCBI GenBank 데이터베이스에 등록되어있는 생물종의 염기서열과 비교 후 계통 분석을 수행했다. 참복, 흰점참복, 까치복, 복섬, 검복, 국매리복, 흑밀복 총 7종이 동정되었으며, 35개 제품(70%)에서 표시사항과의 불일치를 나타냈다. 12개의 제품(24%)에서는 식품공전에서 제시한 식용 가능한 복어 21종의 국명 대신 일반명(복어)을 사용하였다. 가공 정도별 불일치율은 다중가공 제품(n=9, 81.8%)이 단순가공 제품(n=26, 66.7%)보다 높은 비율을 보였으며, 원산지별 불일치율의 경우 중국산 제품(n=8, 80%)이 국산 제품(n=26, 66.7%)보다 높은 비율을 보였다. 시장명, 방언 등의 이름이 혼용되어 다수의 복어종을 밀복, 졸복으로 표시하였다. 이러한 분류체계의 어려움으로 인해 흰점참복, 국매리복과 같은 식용불가 복어가 식용 가능한 복어인 졸복으로 혼용되어 판매되는 것이 확인되었다. 따라서 식용 가능한 복어를 정확히 분류할 수 있는 방법의 개발이 필요하며, 수입 및 국내 유통 복어 제품의 주기적인 모니터링이 필요하다.