• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제32권7호
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• pp.855-861
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• 2022

A white-pigmented, non-motile, gram-negative, and rod-shaped bacterium, designated CYS-02^T, was isolated from soil sampled at Suwon, Gyeonggi-do, Republic of Korea. Cells were strictly aerobic, grew optimally at 20-28℃ and hydrolyzed Tween 40. Phylogenetic analysis based on 16S rRNA gene sequence indicated that strain CYS-02^T formed a lineage within the family Comamonadaceae and clustered as members of the genus Variovorax. The closest members were Variovorax guangxiensis DSM 27352^T (98.6% sequence similarity), Variovorax paradoxus NBRC 15149^T (98.5%), and Variovorax gossypii JM-310^T (98.3%). The principal respiratory quinone was Q-8 and the major polar lipids contain phosphatidylethanolamine (PE), phosphatidylethanolamine (PG), and diphosphatidylglycerol (DPG). The predominant cellular fatty acids were C_16:0, summed feature 3 (C_16:1ω7c and/or C_16:1ω6c) and summed feature 8 (C_18:1ω7c and/or C_18:1ω6c). The DNA GC content was 67.7 mol%. The ANI and dDDH values between strain CYS-02T and the closest members in the genus Variovorax were ≤ 79.0 and 22.4%, respectively, and the AAI and POCP values between CYS-02^T and the other related species in the family Comamonadaceae were > 70% and > 50%, respectively. The genome of strain CYS-02^T showed a putative terpene biosynthetic cluster responsible for antioxidant activity which was supported by DPPH radical scavenging activity test. Based on genomic, phenotypic and chemotaxonomic analyses, strain CYS-02^T was classified into a novel species in the genus Variovorax, for which the name Variovorax terrae sp. nov., has been proposed. The type strain is CYS-02^T (= KACC 22656^T = NBRC 00115645^T).

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제32권12호
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• pp.1553-1560
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• 2022

A Gram-stain-negative, rod-shaped bacterial strain, JC4^T, was isolated from a freshwater sample and determined the taxonomic position. Initial identification based on 16S rRNA gene sequences revealed that strain JC4^T is affiliated to the genus Mucilaginibacter with a sequence similarity of 97.97% to Mucilaginibacter rigui WPCB133^T. The average nucleotide identity and digital DNA-DNA hybridization values between strain JC4^T and Mucilaginibacter species were estimated below 80.92% and 23.9%, respectively. Strain JC4^T contained summed feature 3 (C_16:1 ω7c and/or C_16:1 ω6c) and iso-C_15:0 as predominant cellular fatty acids. The dominant polar lipids were identified as phosphatidylethanolamine, one unidentified aminophospholipid, one unidentified phospholipid, and two unidentified lipids. The respiratory quinone was MK-7. The genomic DNA G+C content of strain JC4^T was determined to be 42.44%. The above polyphasic evidences support that strain JC4^T represents a novel species of the genus Mucilaginibacter, for which the name Mucilaginibacter aquariorum sp. nov. is proposed. The type strain is JC4^T (= KCTC 92230^T = LMG 32715^T).

• 한국수산과학회지
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• 제31권6호
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• pp.852-858
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• 1998

1996년 7월 마산만의 해수를 0.8 $\mu$m filter에 여과한 여과액과 f/2배지에서 배양한 P. micans와의 혼합배양액에서 P. micans를 사멸시키는 해양세균을 분리하였다. 분리균의 형태학적 및 생화학적 검사와 균체지방산을 분석하여 동정한 결과 Pseudomonas 속으로 동정되어 Pseudomonas sp. LG-2로 명명하였으며, 그 살조특성을 조사한 결과는 아래와 같다. Pseudomonas sp. LG-2의 개체수와 배양여과액의 농도가 높을수록 P. micans의 사멸효과가 높게 나타났다. $1.3\times10^5,\;1.3\times10^6$ cells/ml의 농도로 접종한 시험관의 P. micans는 급격히 감소하여 배양 7일 후에는 $10^2$ cells/ml 이하로 사멸되었다. 또한, 배양석과액의 최종농도가 $30\%$일 경우에는 급격히 감소하여 배양 3일 후 거의 사멸하였다. Pseudomonas sp. LG-2의 성장시기에 따른 배양여과액의 사멸효과는 잠복기의 경우 P. micans의 성장에 큰 영향을 미치지 않았으나, 대수증식기 중기의 배양여과액은 접종 5일 후 P. micans의 개체수를 1/2로 감소시켰으며, 정상기의 배양여과액은 접종 후 급격히 감소시켜 배양 3일 후 대부분 사멸시켰다. Alexandrium tamarense, Prorocentrum micans, Scrippsiella trochoidea, Gymnodinium sanguineum, Cochlodinium polykrikoides의 5종의 적조원인 편모조류에 대한 Pseudomonas sp. LG-2의 살조특이성은 P. micans와 S. trochoidea에 살조효과를 나타내었다.

• 미생물학회지
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• 제51권2호
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• pp.141-147
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• 2015

소금생산을 위해 25% 이상의 함수를 저장해 놓는 염전의 해주로부터 호염성 세균 4균주를 분리하고 높은 염분농도에서도 ${\beta}$-glucosidase를 생성하는 HJS1과 HJS6 균주를 선발하였다. 이들 ${\beta}$-glucosidase 생성세균은 NaCl 1-10%에서 70-79U/mg의 최적 활성을 나타내었고, NaCl 3%에서 최대 활성을 나타내었으며 NaCl 0-20% 농도에서 최대 효소 활성대비 75%이상의 효소활성을 유지하는 내염성 ${\beta}$-glucosidase를 생성하는 것으로 확인되었다. 내염성 ${\beta}$-glucosidase 생성 HJS1과 HJS6 균주의 16S rRNA 유전자 염기서열을 검토한 결과, Roseivivax roseus $BH87090^T$ (FJ897782)와 99.8%의 상동성을 나타내었고 상기 균주들의 염기서열은 NCBI GenBank에 각각 AB971835와 AB971836로 등록하였다. 계통학적으로 근연종인 Roseivivax roseus $BH87090^T$와의 DNA-DNA 상동성을 비교 검토한 결과, 90.1-90.3%를 나타내었다. 이들 균주의 주요 균체지방산은 $C_{16:0}$, $C_{18:1}$ ${\omega}7c$, $C_{19:0}$ cyclo ${\omega}8c$ 그리고 11-methyl $C_{18:1}$ ${\omega}7c$를 함유하고 Quinone종은 Q-10로 근연종 Roseivivax roseus $BH87090^T$ 균주와 동일한 특징을 나타내어 Roseivivax roseus로 동정되었다. 반면, 비교 균주 Roseivivax roseus $BH87090^T$는 ${\beta}$-glucosidase 생성하지 않는 것으로 나타났다. 본 연구에서 분리된 Roseivivax roseus HJS1과 HJS6 균주는 내염성 ${\beta}$-glucosidase 효소 개발을 위한 유전자원으로 활용 가능하리라 사료된다.

• 대한화장품학회지
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• 제30권3호
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• pp.345-352
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• 2004

아토피 피부염을 설명하는 데는 두 가지 패러다임이 있는데, 첫 번째는 outside-inside paradigm이고 두 번째는 inside-ouside paradigm이다. Outside-inside paradigm에 의하면 아토피 피부염을 치료하기 위한 가장 좋은 방법은 피부 장벽 기능을 회복시키는 것이다. 장벽 기능은 각질층의 특징적인 구조에 의해 유지되는데, 각질층은 층상구조의 inter-cellular lipids와 corneocyte로 구성되어 있다. 아토피 피부염 환자, 층판상 어린선 환자의 각질층 내 층상구조는 hexagonal 구조가 많이 존재하고 있음을 보였으며, 이는 Ceramide 1 타입과 long chain fatty acid의 감소 때문이라고 보여진다. 이러한 이유에서 라멜라구조를 가지며 intercellular long periodicity phase 기능을 복원할 수 있는 보습제는 각질층의 intercellular lipid의 층상구조를 복원시킬 수 있을 것이다. 또한 세라마이드와 유사세라마이드를 함유한 보습제는 손상된 피부장벽, 피부질환, 아토피 피부염을 위한 유용한 치료제로 사용할 수 있다. Inside-outside paradigm에 따르면, 아토피 피부염 등이 보조 T cell, lg E, eosinophil 등을 포함한 면역반응과 관계되는데, 특히 Th1/Th2 imbalance의 복원이 아토피 피부염을 치료하는데 효과적일 것이다. 현재 여러 종류의 면역억제제가 소개되고 있지만, 이들은 고유 면역기능을 감소시킬 우려를 가지고 있다. 따라서, 세라마이드 대사산물인 SPC와 S1P는 면역조절 기능 및 상처치유의 기능을 가짐으로써 향후 관심이 집중될 것이다.

• Journal of Animal Science and Technology
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• 제63권4호
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• pp.934-953
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• 2021

Ciglitazone is a member of the thiazolidinedione family, and specifically binds to peroxisome proliferator-activated receptor-γ (PPARγ), thereby promoting adipocyte differentiation. We hypothesized that ciglitazone as a PPARγ ligand in the absence of an adipocyte differentiation cocktail would increase adiponectin and adipogenic gene expression in bovine satellite cells (BSC). Muscle-derived BSCs were isolated from six, 18-month-old Yanbian Yellow Cattle. The BSC were cultured for 96 h in differentiation medium containing 5 µM ciglitazone (CL), 10 µM ciglitazone (CM), or 20 µM ciglitazone (CH). Control (CON) BSC were cultured only in a differentiation medium (containing 2% horse serum). The presence of myogenin, desmin, and paired box 7 (Pax7) proteins was confirmed in the BSC by immunofluorescence staining. The CL, CM, and CH treatments produced higher concentrations of triacylglycerol and lipid droplet accumulation in myotubes than those of the CON treatment. Ciglitazone treatments significantly increased the relative expression of PPARγ, CCAAT/enhancer-binding protein alpha (C/EBPα), C/EBPβ, fatty acid synthase, stearoyl-CoA desaturase, and perilipin 2. Ciglitazone treatments increased gene expression of Pax3 and Pax7 and decreased expression of myogenic differentiation-1, myogenin, myogenic regulatory factor-5, and myogenin-4 (p < 0.01). Adiponectin concentration caused by ciglitazone treatments was significantly greater than CON (p < 0.01). RNA sequencing showed that 281 differentially expressed genes (DEGs) were found in the treatments of ciglitazone. DEGs gene ontology (GO) analysis showed that the top 10 GO enrichment significantly changed the biological processes such as protein trimerization, negative regulation of cell proliferation, adipocytes differentiation, and cellular response to external stimulus. Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes pathway analysis showed that DEGs were involved in the p53 signaling pathway, PPAR signaling pathway, biosynthesis of amino acids, tumor necrosis factor signaling pathway, non-alcoholic fatty liver disease, PI3K-Akt signaling pathway, and Wnt signaling pathway. These results indicate that ciglitazone acts as PPARγ agonist, effectively increases the adiponectin concentration and adipogenic gene expression, and stimulates the conversion of BSC to adipocyte-like cells in the absence of adipocyte differentiation cocktail.

• 생명과학회지
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• 제31권6호
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• pp.559-567
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• 2021

태종대 구역별 바람맥이, 굴통머리, 참물개, 조홍택, 고래등 구역에서 채취한 자연산 돌미역의 총 플라보노이드 함량을 비교한 결과 굴통머리 구역에서 채취한 돌미역의A+M 및 MeOH 추출물들의 총 플라보노이드 함량이 각각 1.44±0.04 mg/g 및 0.66±0.13 mg/g으로 5종 돌미역들 중 총 플라보노이드 함량이 가장 높았다. 지방산 조성분석 결과 굴통머리 돌미역은 30.1%의 n-6 지방산 및 10.0%의 총 n-3 지방산을 함유하였고 5종 돌미역 중 가장 높은 다가불포화지방산(polyunsaturated fatty acids, PUFA)을 함유하였다. 5종 돌미역 추출물들의 DPPH 및 ABTS 라디칼 소거능을 비교했을 때 모든 돌미역 A+M 추출물에 의한 소거활성이 MeOH 추출물보다 높았고 그 중 굴통머리A+M 추출물에 의한 소거능 활성이 가장 높았다(p<0.05). 5종 돌미역A+M 및 MeOH 추출물을 0.05 및 0.025 mg/ml의 농도로 인체 섬유육종세포(HT-1080)에 처리하여 세포 내 활성산소종을 측정한 결과 모든 추출물들은 측정시간 120분이 지남에 따라 높은 세포 내 활성산소종 생성 억제효과를 나타내었다. 바람맥이 및 굴통머리 구역에서 채취한 돌미역A+M 추출물에 의한 활성산소종 생성 억제효과가 높았다(p<0.05). 이상의 결과로부터 굴통머리 구역의 돌미역이 높은 함량의 플라보노이드 및 페놀 함량을 나타내었고 이러한 높은 함량은 세포내 활성산소종 생성 억제효과 및 DPPH 소거능과 상관성이 있다고 여겨지며 또한 굴통머리 구역 돌미역은 높은 함량의 EPA와 DHA를 함유하고 있어 향후 해조류유래 n-3 지방산 활용 기능성 식품 혹은 지역 대표 수산식품으로 개발 가능할 것으로 기대된다.

• 한국자원식물학회:학술대회논문집
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• 한국자원식물학회 2018년도 추계학술대회
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• pp.103-103
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• 2018

Oenothera biennis, commonly known as evening primrose, a potential source of natural bioactive substances: flavonoids, steroids, tannins, fatty acids and terpenoids responsible for a diverse range of pharmacological functions. However, whether extract prepared from aerial part of O. biennis (APOB) protects skin against oxidative stress remains unknown. To investigate the protective effects of APOB against oxidative stress-induced cellular damage and elucidated the underlying mechanisms in the HaCaT human skin keratinocytes. Our results revealed that treatment with APOB prior to hydrogen peroxide ($H_2O_2$) exposure significantly increased viability, and the highest DPPH radical-scavenging activities and reducing power of HaCaT cells. APOB also effectively attenuated H2O2-induced comet tail formation and inhibited the $H_2O_2$-induced phosphorylation levels of the histone ${\gamma}H2AX$, as well as the number of apoptotic bodies and Annexin V-positive cells. In addition, APOB exhibited scavenging activity against intracellular reactive oxygen species (ROS) accumulation and restored the mitochondrial membrane potential loss by $H_2O_2$. Moreover, $H_2O_2$ enhanced the cleavage of caspase-3 and degradation of poly (ADP-ribose)-polymerase (PARP), a typical substrate protein of activated caspase-3, as well as DNA fragmentation; however, these events were almost totally reversed by pretreatment with APOB. Furthermore, APOB increased the levels of heme oxygenase-1 (HO-1), which is a potent antioxidant enzyme, associated with the induction of nuclear factor-erythroid 2-related factor 2 (Nrf2). According to our data, APOB is able to protect HaCaT cells from $H_2O_2$-induced DNA damage and cell death through blocking cellular damage related to oxidative stress through a mechanism that would affect ROS elimination and activating the Nri2/HO-1 signaling pathway.

• 한국응용곤충학회지
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• 제53권3호
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• pp.271-280
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• 2014

곤충병원성세균 Xenorhabdus nematophila (Xn)의 일부 대사물질은 대상 곤충의 phospholipase $A_2$ ($PLA_2$)를 억제하여 아이코사노이드 생합성 활성을 저해시킨다. 그러나 이들 세균 대사물질이 억제하는 곤충의 $PLA_2$에 대해서는 알려져 있지 않다. Xn의 배양액에서 화학구조가 동정된 8 가지 대사물질들은 두 종의 나비목 배추좀나방(Plutella xylostella)과 파밤나방(Spodoptera exigua)의 유충에 대하여 살충 활성을 보유했다. 특별히 이들 물질은 모두 Bacillus thuringiensis (비티)의 살충력을 크게 향상시켰다. 파밤나방의 세포성 인지질 분해효소($SecPLA_2$)를 클로닝하고 대장균에서 과발현시켰다. 분리된 $SecPLA_2$를 지방체에서 얻은 인지질과 반응시켰을 때 여러 다가불포화지방산을 해리시켰다. 이 효소활성이 Xn 유래 대사물질들에 의해 뚜렷이 억제되었다. 또한 $SecPLA_2$에 대한 억제효과와 비티 살충력 상승효과 사이에 정의 상관관계를 보였다. 본 연구는 $SecPLA_2$가 Xn 대사물질의 억제 대상 분자 종말점 가운데 하나라고 제시하고 있다.

• Molecules and Cells
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• 제43권1호
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• pp.66-75
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• 2020

Saturated fatty acids contribute to β-cell dysfunction in the onset of type 2 diabetes mellitus. Cellular responses to lipotoxicity include oxidative stress, endoplasmic reticulum (ER) stress, and blockage of autophagy. Palmitate induces ER Ca²⁺ depletion followed by notable store-operated Ca²⁺ entry. Subsequent elevation of cytosolic Ca²⁺ can activate undesirable signaling pathways culminating in cell death. Mitochondrial Ca²⁺ uniporter (MCU) is the major route for Ca²⁺ uptake into the matrix and couples metabolism with insulin secretion. However, it has been unclear whether mitochondrial Ca²⁺ uptake plays a protective role or contributes to lipotoxicity. Here, we observed palmitate upregulated MCU protein expression in a mouse clonal β-cell, MIN6, under normal glucose, but not high glucose medium. Palmitate elevated baseline cytosolic Ca²⁺ concentration ([Ca²⁺]_i) and reduced depolarization-triggered Ca²⁺ influx likely due to the inactivation of voltage-gated Ca²⁺ channels (VGCCs). Targeted reduction of MCU expression using RNA interference abolished mitochondrial superoxide production but exacerbated palmitate-induced [Ca²⁺]_i overload. Consequently, MCU knockdown aggravated blockage of autophagic degradation. In contrast, co-treatment with verapamil, a VGCC inhibitor, prevented palmitate-induced basal [Ca²⁺]_i elevation and defective [Ca²⁺]_i transients. Extracellular Ca²⁺ chelation as well as VGCC inhibitors effectively rescued autophagy defects and cytotoxicity. These observations suggest enhanced mitochondrial Ca²⁺ uptake via MCU upregulation is a mechanism by which pancreatic β-cells are able to alleviate cytosolic Ca²⁺ overload and its detrimental consequences.