• 디지털융복합연구
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• 제13권2호
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• pp.153-158
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• 2015

생물학자들은 특정 암이나 선천성 질병을 이해하는데 핵심정보를 제공할 수 있는 유전자관련 연구를 진행하고 있다. 하지만 생물학적 실험은 실험당시의 여러 가지 요소나 상황의 차이 또는 해석의 차이에 의해 서로 다른 결과를 생성하기도 한다. 따라서 현존하는 연구 결과들은 서로 상이한 정보를 제공할 수 있다. 유전자 정보의 통합을 통하여 이러한 불일치를 찾을 수 있다. 유전자 정보들이 불일치가 없이 통합 된다면 생물학자들은 어떤 유전자 정보를 알기 위해서 여러 연구 결과를 검토하지 않아도 되어 시간과 노력을 절감할 수 있게 된다. 이를 위하여 본 논문에서는 서로 다른 연구에 의해 구축된 유전자 정보를 하나의 정보로 통합 및 확장하는 기법을 소개한다.

• KSII Transactions on Internet and Information Systems (TIIS)
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• 제16권3호
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• pp.771-791
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• 2022

Protein-protein interaction (PPI) extraction from original text is important for revealing the molecular mechanism of biological processes. With the rapid growth of biomedical literature, manually extracting PPI has become more time-consuming and laborious. Therefore, the automatic PPI extraction from the raw literature through natural language processing technology has attracted the attention of the majority of researchers. We propose a PPI extraction model based on the large pre-trained language model and adversarial training. It enhances the learning of semantic and syntactic features using BioBERT pre-trained weights, which are built on large-scale domain corpora, and adversarial perturbations are applied to the embedding layer to improve the robustness of the model. Experimental results showed that the proposed model achieved the highest F1 scores (83.93% and 90.31%) on two corpora with large sample sizes, namely, AIMed and BioInfer, respectively, compared with the previous method. It also achieved comparable performance on three corpora with small sample sizes, namely, HPRD50, IEPA, and LLL.

• 한국콘텐츠학회논문지
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• 제10권6호
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• pp.49-54
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• 2010

유전자 서열정보는 그 양이 방대하고 다양하기에 DB 구축 및 분석을 위하여 고성능 컴퓨터 및 정보기술 기법이 필요하다. 그래서 컴퓨터를 활용하여 생물학적 데이터를 수집, 관리, 저장, 평가, 분석하는 연구분야인 생명정보학이라는 학문이 지속적으로 발전하고 있다. 이런 생명정보학 발전에 발맞추어 한국과학기술정보연구원(KISTI)에서는 정보기술 기반 생명정보 인프라를 구축하여 생명과학 연구자들에게 제공하고 있다. 본 논문에서는 생명정보 DB 중에서 전세계 연구자들이 가장 많이 이용하는 유전자 DB인 Genbank의 reference 필드를 분석하여 한국과학기술정보연구원(KISTI)의 과학기술정보 통합서비스인 NDSL (http://NDSL.kr)과의 연계 방안을 제안하고자 한다. 이를 위하여 NCBI FTP 사이트에서 Genbank 데이터를 수집하여 Genbank 텍스트 파일을 유전자 기본정보와 참고정보로 나누어 DB로 재구축하였으며 Genbank reference 필드에서 논문 및 특허 정보 추출을 통한 새로운 테이블을 생성하였고, KISTI의 논문 DB (http://scholar.ndsl.kr), 특허 DB (http://patent.ndsl.kr)와의 연계 방안을 제시하였다.

• 대한의용생체공학회:의공학회지
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• 제26권2호
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• pp.65-71
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• 2005

The main obstacles for adopting a mobile health information system to existing hospital information system are the redundancy of clinical data and the additional workload for implementing the new system. To obtain a seamless communication and to reduce the workload of implementation, an easy and simple implementation strategy is required. We propose a mobile clinical information system (MobileMed) which is specially designed for the easy implementation. The key elements of MobileMed are a smart interface, an HL7 message server, a central clinical database (CCDB), and a web server. The smart interface module transfers the key information to the HL7 message server as new clinical tests data is recorded in the existing laboratory information system. The HL7 message server generates the HL7 messages and sends them to the CCDS. As a central database the CCDS collects the HL7 messages and presents them to the various mobile devices such as PDA. Through this study we might conclude that the architecture for the mobile system will be efficient for real-time data communication, and the specially designed interface will be an easy tool for implementing the mobile clinical information system.

• Journal of Radiation Protection and Research
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• 제26권4호
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• pp.385-392
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• 2001

환경독성물질이나 생물 위해 요소의 환경내 준위가 일정 수준 이상일 경우 환경재해가 유발될 수 있다. 이온화 방사선의 산업적 의료적 이용이 점차 증가하고 있으며 병해충을 막기 위한 살충제 사용의 점진적 증가로 인해 이들에 의한 재해 가능성을 배제할 수 없다. 이들 재해 요인들에 의한 인체 위해도를 비교하기 위하여 단세포 겔 전기영동법 (SCGE)을 이용하여 사람 림프구 DNA 손상에 미치는 방사선과 살충제의 영향을 각각 평가하였다. 각기 다른 농도로 살충제를 10분간 처리한 림프구에 대한 SCGE 분석을 실시하였고 또한 $0{\sim}2.0Gy$의 방사선을 조사한 림프구에 대한 SCGE 분석을 실시하여 DNA 손상도를 평가하였다. DNA 손상도는 감마선에 대해서 뚜렷한 선량-반응 관계를 나타내었을 뿐 아니라 살충제에 대해서도 명확한 농도-반응 관계를 나타내었다. 파라치온은 농업권장 사용농도인 $1mg{\ell}^{-1}$에서도 림프구에 대해 강한 유전독성을 나타내는데 이러한 유전독성은 0.1 Gy의 감마선에 의해 유발되는 DNA 손상에 상응하며 $2mg{\ell}^{-1}$의 파라치온은 임상적 증상을 야기할 가능성이 있는 전신 외부피폭 방사선량인 0.25 Gy에 상응하는 세포손상을 유발하였다. 이와 같은 연구를 통해 방사선과 살충제의 인체 위해도를 비교할 수 있는 실험적 자료와 환경재해 예방에 필요한 생물정보를 제공할 수 있다.

• 한국어류학회지
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• 제24권3호
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• pp.160-166
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• 2012

멸종위기 담수어인 모래주사의 종 보존을 위한 기초자료를 얻기 위해 난발생 및 초기생활사를 연구하였다. 2012년 5월 1일 전북 임실에서 포획된 성어를 이용하여 인공 수정시켰으며, 수정란은 구형의 분리침성란에 난경은 $1.8{\pm}0.14mm$였다. $23^{\circ}C$의 수온에서 29시간 후에 부화하였으며, 부화 직후 전기자어의 크기는 $2.2{\pm}0.48mm$였다. 부화 후 4일째 난황을 모두 흡수하여 후기자어기에 진입하였으며, 전장은 $3.6{\pm}0.55mm$였다. 20일이 지나자 지느러미 기조수가 정수가 되어 치어기로 이행하였으며, 전장은 $6.5{\pm}0.77mm$였다. 부화 후 60일이 지나자 두부와 체측에 나타나는 반문이 성어와 유사해졌으며, 전장은 $24.4{\pm}1.71mm$에 달하였다. 모래주사의 난발생 과정 및 초기생활사를 모래무지아과 어류들과 비교한 결과 수정란의 부화시간은 비교적 빨랐으며 부화 직후 전기자어의 크기도 작았다.

• 한국습지학회지
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• 제17권3호
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• pp.245-250
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• 2015

지방자치단체 수준에서의 습지 보전 현황을 파악하기 위해 경상남도를 대상으로 실행계획과 과제현황을 분석하였다. 습지보전실천계획은 기반체계(습지조사, 습지보호지역 람사르습지 관리, 습지관리전략 수립), 습지보전 및 현명한 이용(습지복원, 생물관리, 이용시설조성), 교육 및 인식증진, 협력체계구축(국내외 습지보전기관과의 협력)으로 구분하였다. 2010년부터 2013년 까지 총 42개 과제(145건)가 수행되었고 총 88,899백만원이 경상남도의 14개 기관에서 수행된 것으로 분석되었다. 과제의 규모와 예산은 점차 감소하는 추세에 있지만 지속적으로 추진되는 과제가 많으며, 수행 주체는 일부 지방자치단체에 집중되어 있는 양상을 보였다. 각 과제가 얼마나 많은 성과를 만들었는가를 판단하기에 앞서, 전통적인 습지관리방법이나 행정적 법적 지원이 충분하지 않은 상황에서 여러 가지 시도를 통해 지방정부 차원에서 습지를 관리하고 이를 조례로 입법화한 것은 지방자치단체 수준의 습지보전에 높은 의미를 가지는 것으로 평가할 수 있었다. 단일 지방자치단체의 역량만으로 국가 네트워크를 통한 자료 공유 또는 법적 제제는 무리가 따르므로 이를 위한 중앙정부차원의 법적 근거 마련과 타 지방자치단체와의 협력체계 구축이 시급한 것으로 판단된다.

• 생태와환경
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• 제46권3호
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• pp.419-428
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• 2013

일반인들의 생물다양성 인식정도를 지방자치단체 및 기초자치단체의 자연상징물 (새, 꽃, 나무)의 종수로 파악한 결과 전체 종다양성은 40목 59과 90속 114종이 자연 상징물로 지정되어 있었다. 상징새 38종, 꽃 40종, 나무 36종이 지정되어 있었으며, 새는 까치, 꽃은 철쭉, 나무는 은행나무가 높은 빈도로 지정되었다. 연안에 위치한 지역에서는 갈매기과에 속한 새와 동백꽃, 소나무과에 속한 종을, 내륙에서는 까치나 비둘기와 같은 텃새류와 진달래과에 속한 식물종 등 주변에서 흔히 관찰되는 종들이 자연상징물로 지정되어 있었다. 자연상징물로 지정된 종들은 크기가 크거나 화려하며 대중적으로 인식정도 높은 종을 선정하였기 때문에 지역간 중복지정된 종들이 많았다. 대중들이 관심을 갖는 생물종들에 대한 정보가 축적되면 깃대종 또는 상징종을 지정기준을 설정하고 서식처 보전에 상징종을 이용하는 방안을 수립하는 데도 도움이 될 것으로 보인다.

• KSBB Journal
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• 제20권2호
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• pp.93-99
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• 2005

불포화지방산의 생합성능이 뛰어나다고 알려진 Thraustochytrids 균주 중 26185를 대상으로 arachidonic acid (AA C20:4 n-6)를 포함하는 PUFA 생산에 관여하는 유전자의 하나로서 key enzyme인 desaturase를 보다 효율적이고 안정적인 방법으로 cloning한 후 결과물을 분석하였다. 이를 위해 실험균주인 26185 균주를 대상으로 효율적인 전체 nucleic acids 추출법을 개발하였으며 관련된 기법의 활용을 통해 일반적으로 활용이 가능한 효과적이 방법임을 확인하였다. 확보된 유전체를 통한 direct PCR의 결과물을 기존에 알려진 cDNA 합성방법에 의한 결과물과 비교하였을 때 동일한 결과물임을 확인하였다. 이는 Thraustochytrids 관련 균주로부터 지방산 생합성에 관련된 효소군을 탐색하는 방법이 cDNA 합성방법에 의하지 않고 보다 직접적으로 진행될 수 있음을 제안할 수 있는 하나의 결과물로 생각되어진다. 획득된 유전자를 같은 진핵세포인 P. pastoris를 숙주로 하여 유전자를 도입하고 활성을 재현성 있게 규명함으로써 인공진화 혹은 재조합균체의 개발이 가능하다는 사실을 부분적으로 제시할 수 있었다.

• 환경영향평가
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• 제27권6호
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• pp.521-547
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• 2018

본 연구는 식물자원 및 생태계에 대한 정보가 부족한 지기산 일대를 대상으로 관속식물상을 조사하여 자연환경 평가 및 기초자료 구축을 위해 수행되었다. 현지조사 결과, 낙엽활엽수 및 침활혼효림을 이루는 지역으로서 관속식물은 96과 286속 391종 7아종 40변종 3품종 2교잡종 등443분류군이 확인되었다. 한반도 고유종은 은사시나무, 개나리, 만리화, 넓은잎각시붓꽃 4분류군이 확인되었다. IUCN 평가기준에 따른 적색목록은 6분류군으로 취약종(VU)에 만리화, 관심대상종(LC)에 이팝나무, 물잔디, 보춘화, 미평가종(NE)에 인삼, 푸른하늘지기가 확인되었다. 식물구계학적 특정식물은 27분류군으로, V등급에 2분류군, IV등급에 3분류군, III등급에 6분류군, II등급에 4분류군, I등급에 12분류군이 조사되었다. 특이분포식물은 27분류군으로 북방계식물이 4분류군, 남방계식물이 12분류군, 격리분포식물이 10분류군이었으며, 최근 학계에 보고된 흰들제비꽃 1분류군이 확인되었다. 외래식물은 67분류군으로 귀화율(NI) 15.12%, 도시화지수(UI) 20.9%로 나타났다.