• 한국식품과학회지
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• 제50권5호
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• pp.480-485
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• 2018

본 연구는 Berkshire 간 조직을 이용하여 RNA-sequencing 분석을 통해 돼지 육질 연관 단일염기다형성을 발굴하기 위해 수행되었다. 그 결과, C9 유전자의 cDNA 942번 G 서열이 T 서열로 변환되어 라이신(lysin)이 아스파라진(asparagin)으로 변하는 non-synonymous SNP를 확인하였다. Berkshire 돼지 405두에서 C9 단일염기다형성의 유전자형을 분석한 결과 major allele는 G, minor allele은 T였다. Berkshire 돼지 405두의 육질 형질을 분석하여 C9 단일염기다형성의 유전자형과 육질 형질과의 연관성 분석한 결과 우성 모델의 경우 육색의 명도, 콜라겐, 수분, 도축 후 24시간 뒤 pH ($pH_{24h}$) 육질 형질에서 유의성이 확인되었고, 열성 모델의 콜라겐 함량, 공우성 모델의 육색의 명도(CIE L), 단백질, 콜라겐 함량에서 유의성을 가졌다. 성별에 따른 C9 유전자형과 육질 형질 간의 연관성을 분석한 결과 거세돈에서 도체중, 콜라겐에서 유의성이 있었으며, 암퇘지의 경우 육색의 명도, 단백질, $pH_{24h}$ 육질 형질에서 유의성이 있었다. 육질 형질 중 $pH_{24h}$ 형질은 육질을 결정하는 중요한 형질로 C9 유전자의 유전자형이 다른 유전자형들에 비해 $pH_{24h}$가 증가되고 육즙 손실이 감소되는 것으로 확인되어 C9 유전자의 TG 유전자를 가진 돼지가 더 좋은 육질을 가지는 것으로 판단된다. 본 결과를 바탕으로 C9 유전자의 단일염기다형성을 육질을 판단하는 생물마커(biomarker)로의 활용이 기대된다.

• Journal of Animal Science and Technology
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• 제53권2호
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• pp.89-97
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• 2011

본 연구는 버크셔종의 육질에 대한 특성을 분석하여 국내 돈육시장에서의 적합성을 확인하고, MS marker를 이용한 육질 우수 개체 선발의 효율성에 대해서 분석하였다. 버크셔 323두를 동일 사양조건에서 사육하고 도축하여 육질형질을 분석하고, 혈액으로부터 genomic DNA를 분리하여 50개의 MS marker에 대한 유전자형을 분석하였다. 버크셔종은 국내에서 가장 많이 이용되고 있는 듀록, 요크셔, 랜드레이스 종보다도 육질에 있어서 더욱 우수한 특성을 나타내었다. 특히 도축 24시간 후 pH 값은 평균 $5.88{\pm}0.01$로 대단히 높게 나타났고, 지방함량의 경우에도 $2.878{\pm}0.06$로 확인되었다. MS marker와의 연관성을 확인한 결과, 14개 MS marker가 육질형질과 연관성을 있는 것으로 나타났다(p<0.05). 특히 pH24hr와 지방함량에서는 가장 높은 값을 가지는 대립유전자집단이 가장 낮은 집단에 비해 최고 0.55, 2.04%가 높은 것을 확인할 수 있었다. 이러한 특성을 버크셔종의 육질 우수 개체 선발에 이용한다면 육색, 지방함량, pH24hr, 가열감량, 드립감량, 그리고 보수성에서 육질 형질값의 높은 개량효과를 기대할 수 있을 것으로 판단된다.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제25권10호
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• pp.1357-1363
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• 2012

Pigs may need to be exploited as xenotransplantation donors due to the shortage of human organs, tissues and cells. Porcine endogenous retroviruses (PERVs) are a significant obstacle to xenotransplantation because they can infect human cells in vitro and have the potential for transmission of unexpected pathogens to humans. In this research, 101 pigs, including four commercial breeds (23 Berkshire, 13 Duroc, 22 Landrace and 14 Yorkshire pigs), one native breed (19 Korean native pigs) and one miniature breed (10 NIH miniature pigs) were used to investigate insertional variations for 11 PERV loci (three PERV-A, six PERV-B and two PERV-C). Over 60% of the pigs harbored one PERV-A (907F8) integration and five PERV-B (B3-3G, B3-7G, 742H1, 1155D9 and 465D1) integrations. However, two PERV-A loci (A1-6C and 1347C1) and one PERV-B locus (B3-7F) were absent in Duroc pigs. Moreover, two PERV-C loci (C2-6C and C4-2G) only existed in Korean native pigs and NIH miniature pigs. The results suggest that PERV insertional variations differ among pig breeds as well as among individuals within a breed. Also, the results presented here can be used for the selection of animals that do not have specific PERV integration for xenotransplantation research.

• 한국축산식품학회지
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• 제30권5호
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• pp.867-871
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• 2010

체계적인 종돈관리와 우리의 식문화 특성을 고려하여 육질이 우수한 버크셔 계통조성을 위하여 총 8농장에서 종돈을 구입하여 유전적인 교류 유무에 따라 총 448두의 버크셔를 가계에 따라 5계통으로 분류하고 도축하여 육질을 비교한 결과 도축 후 45분 pH($pH_{45\;min}$)는 성장계통이 6.08로 육질 1계통과 3계통에 비하여 유의적으로 높았지만, 사후 24시간 pH($pH_{24\;h}$)는 육질 1계통과 계통5가 각각 5.69, 5.65로 유의적으로 낮았다. 수분함량은 계통5가 가장 높았고, 근내지방 함량은 계통 4가 3.07%으로 높았다. 보수력은 계통 3이 58.36%로 가장 높았고, 전단력은 계통 4가 2.84 kg로 가장 낮았다(p<0.05). 육색 명도(CIE L) 값에서는 계통5가 51.59로 다른 계통들에 비하여 유의적으로 높았고, 적색도(a)와 황색도(b)는 유의적인 차이를 보이지 않았다. 전반적인 결과를 볼 때 육질 측면에서 계통 4가 근내지방 함량과 pH가 높고, 육색 명도, 드립감량, 전단력가가 낮아 육질형, 계통 5는 성장형으로서의 한국형 버크셔 계통조성에 활용성이 높을 것으로 판단되었다.

• 한국국제농업개발학회지
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• 제30권4호
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• pp.277-284
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• 2018

본 연구는 돼지 농가의 생산성 향상 및 수익성 증대를 위한 분자 육종 기술에 적용할 유전자 마커를 개발하기 위해 수행되었다. 분석 결과에 따르면, 돼지의 간 조직을 이용하여 RNA-Sequencing을 수행한 결과 ECI2 유전자의 SNP를 발견하였고 발견된 SNP chr 7:g.2302809는 c.608로 608번째 C가 G로 변환되어 Threonine에서 Serine으로 아미노산이 치환되는 단일염기다형성임을 확인하였다. Berkshire 돼지 430으로 ECI2 유전자형과 육질 형질과의 연관성 분석 결과 도 체중, 적색도, 육즙 손실, 수분 함량 및 $pH_{24hr}$에서 유의성을 확인할 수 있었다. 그중 GG 유전자형은 $pH_{24hr}$에서 다른 유전자형에 비해 수치가 증가시키는 경향을 확인하였다. 성별에 따른 유전자형과 육질 형질과의 연관성은 거세돈에서 GG 유전자형이 육즙 손실의 감소와 $pH_{24hr}$에서 유의성이 확인되었고, 암퇘지의 GG 유전자형도 수분함량이 증가되었다. 따라서 ECI2 유전자의 GG 유전자형을 가진 돼지가 육질이 더 좋은 것으로 판단된다. 이러한 결과를 바탕으로 ECI2의 GG 유전자형을 고정시킨다면 육질이 우수한 돼지고기 생산이 가능할 것이다. 또한 ECI2 유전자를 이용하여 품종개량 및 조기 선발 기술에 바이오마커로 활용한다면 농가의 경쟁력 강화 효과에 도움이 될 것으로 사료된다.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제27권7호
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• pp.926-931
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• 2014

Pork from Jeju black pig (population J) and Berkshire (population B) has a unique market share in Korea because of their high meat quality. Due to the high demand of this pork, traceability of the pork to its origin is becoming an important part of the consumer demand. To examine the feasibility of such a system, we aim to provide basic genetic information of the two black pig populations and assess the possibility of genetically distinguishing between the two breeds. Muscle samples were collected from slaughter houses in Jeju Island and Namwon, Chonbuk province, Korea, for populations J and B, respectively. In total 800 Jeju black pigs and 351 Berkshires were genotyped at thirteen microsatellite (MS) markers. Analyses on the genetic diversity of the two populations were carried out in the programs MS toolkit and FSTAT. The population structure of the two breeds was determined by a Bayesian clustering method implemented in structure and by a phylogenetic analysis in Phylip. Population J exhibited higher mean number of alleles, expected heterozygosity and observed heterozygosity value, and polymorphism information content, compared to population B. The $F_{IS}$ values of population J and population B were 0.03 and -0.005, respectively, indicating that little or no inbreeding has occurred. In addition, genetic structure analysis revealed the possibility of gene flow from population B to population J. The expected probability of identify value of the 13 MS markers was $9.87{\times}10^{-14}$ in population J, $3.17{\times}10^{-9}$ in population B, and $1.03{\times}10^{-12}$ in the two populations. The results of this study are useful in distinguishing between the two black pig breeds and can be used as a foundation for further development of DNA markers.

• 한국축산식품학회지
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• 제40권5호
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• pp.852-859
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• 2020

The muscle stem cells of domestic animals are of interest to researchers in the food and biotechnology industries for the production of cultured meat. For producing cultured meat, it is crucial for muscle stem cells to be efficiently isolated and stably maintained in vitro on a large scale. In the present study, we aimed to optimize the method for the enrichment of pig muscle stem cells using a magnetic-activated cell sorting (MACS) system. Pig muscle stem cells were collected from the biceps femoris muscles of 14 d-old pigs of three breeds [Landrace×Yorkshire×Duroc (LYD), Berkshire, and Korean native pigs] and cultured in skeletal muscle growth medium-2 (SkGM-2) supplemented with epidermal growth factor (EGF), dexamethasone, and a p38 inhibitor (SB203580). Approximately 30% of total cultured cells were nonmyogenic cells in the absence of purification in our system, as determined by immunostaining for cluster of differentiation 56 (CD56) and CD29, which are known markers of muscle stem cells. Interestingly, following MACS isolation using the CD29 antibody, the proportion of CD56⁺/CD29⁺ muscle stem cells was significantly increased (91.5±2.40%), and the proportion of CD56 single-positive nonmyogenic cells was dramatically decreased. Furthermore, we verified that this method worked well for purifying muscle stem cells in the three pig breeds. Accordingly, we found that CD29 is a valuable candidate among the various marker genes for the isolation of pig muscle stem cells and developed a simple sorting method based on a single antibody to this protein.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제27권11호
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• pp.1540-1547
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• 2014

The accuracy of genomic estimated breeding values (GEBV) was evaluated for sixteen meat quality traits in a Berkshire population (n = 1,191) that was collected from Dasan breeding farm, Namwon, Korea. The animals were genotyped with the Illumina porcine 62 K single nucleotide polymorphism (SNP) bead chips, in which a set of 36,605 SNPs were available after quality control tests. Two methods were applied to evaluate GEBV accuracies, i.e. genome based linear unbiased prediction method (GBLUP) and Bayes B, using ASREML 3.0 and Gensel 4.0 software, respectively. The traits composed different sets of training (both genotypes and phenotypes) and testing (genotypes only) data. Under the GBLUP model, the GEBV accuracies for the training data ranged from $0.42{\pm}0.08$ for collagen to $0.75{\pm}0.02$ for water holding capacity with an average of $0.65{\pm}0.04$ across all the traits. Under the Bayes B model, the GEBV accuracy ranged from $0.10{\pm}0.14$ for National Pork Producers Council (NPCC) marbling score to $0.76{\pm}0.04$ for drip loss, with an average of $0.49{\pm}0.10$. For the testing samples, the GEBV accuracy had an average of $0.46{\pm}0.10$ under the GBLUP model, ranging from $0.20{\pm}0.18$ for protein to $0.65{\pm}0.06$ for drip loss. Under the Bayes B model, the GEBV accuracy ranged from $0.04{\pm}0.09$ for NPCC marbling score to $0.72{\pm}0.05$ for drip loss with an average of $0.38{\pm}0.13$. The GEBV accuracy increased with the size of the training data and heritability. In general, the GEBV accuracies under the Bayes B model were lower than under the GBLUP model, especially when the training sample size was small. Our results suggest that a much greater training sample size is needed to get better GEBV accuracies for the testing samples.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제30권5호
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• pp.749-754
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• 2017

Objective: The objective of the present study was to investigate the effects of farrowing month (FM), parity and sex on the growth performance of Berkshire swine raised in alternative production systems. Methods: A total of 40 farrowing records from 27 sows and 1,258 body weight (BW) records from 274 piglets collected over a two-year period were used for the analysis. The BWs were recorded at birth, weaning (28 d), 56, 84, 112, and 140 days. Any BW not recorded on schedule was recalculated to conform the days of age among corresponding BW records, using growth curves drawn with polynomial functions whose power was determined by the number of existing observations for each individual. Results: The mean parity (${\pm}$standard deviation) of the sows was $3.42{\pm}2.14$. The sows that farrowed in June had the lowest number of total born with an average of $6.25{\pm}2.22$ piglets per sow. However, the lowest average number of piglets weaned at day 28 was found in sows that farrowed in May, as well as the highest number recorded for the stillborn piglets with an average of 2.67 piglets per sow. Moreover, the smallest increase in weight from birth to weaning occurred in piglets that were farrowed in May, which also corresponds with the average daily gain (ADG) of 0.29 kg and the last recorded weight measurement on day 140 of $41.69{\pm}1.45kg$. Contrastingly, the highest growth rate was found among pigs farrowed in June, with the largest increase in weight of 7.55 kg from birth to weaning, the highest ADG of 0.51 kg from birth to 140 day of age and the highest BW of $74.70{\pm}1.86kg$ recorded on day 140. Conclusion: Pigs farrowed in June also had the least number of piglets that died between birth and weaning. The zone of thermal comfort found in sows reared in indoor confinement systems did not improve the reproductive performance of the sows reared in an outdoor, alternative production system, while the growth performance of the piglets was improved when the ambient temperature was consistently hot or consistently cold.

• Journal of Animal Science and Technology
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• 제46권3호
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• pp.301-306
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• 2004

돼지 6번 염색체에서 근내지방 함량과 등지방 두께와 관련된 QTL이 탐색되어진 영역(6q28-6q32)에서 미세지도 작성을 위한 유용한 marker를 개발하기 위하여 실시하였다. 대량 염기서열 분석자료를 근거로, 반복염기서열 분석을 수행한 결과 KP0290F2(TTCC), KP0248C11(AAAT), KP1231C91(TAG), KP1231C92(TTG) 그리고 KP1231C93(GA)의 5 부위에서 다형성을 나타내었다. 이 부위들에 대한 랜드레이스, 재래돼지, 듀록, 요크셔, 버크셔, 오지산돈, 향돈 그리고 민돈의 8품종에 대한 유전자형 분석 결과 평균 대립유전자의 수는 2.13, 4.63, 7.38, 2.75 그리고 6.25로 나타났다. 그리고 8품종에 대한 KP0290F2, KP0248C11, KP1231C91, KP1231C92 그리고 KP1231C93에 대한 평균 heterozygosity 값을 산출한 결과, 0.2110, 0.6865, 0.8304, 0.4057 그리고 0.7051로 나타났으며, 5markers에 대한 8 품종의 평균 heterozygosity 값은 0.6313, 0.5662, 0.5814, 0.6957, 0.4517, 0.4847, 0.5758 그리고 0.5559로 나타났다. KP0248C11, KP1231C91 그리고 KP1231C93은 적절한 대립유전자 수를 나타내었고, 또한 hetetozygosity 값이 높게 나타났을 뿐만 아니라, 표준편차도 적게 나타난 점으로 미루어 보아 앞으로 유용한 marker로서 이용이 가능할 것이라 사료된다. 본 연구의 결과 개발된 marker는 SW71(98.6cM)과 SW1881(121.1 cM) 영역내에 존재하는 유용한 유전자를 발굴하기 위한 미세지도 작성에 유용하게 활용될 수 있는 marker로 판단되며, positional cloning에도 이용 할 수 있을 것이라 사료된다. 또한 돼지 게놈 연구가 완성되어 염기배열이 밝혀지기 전에 이용 가능한 표지인자들을 다량으로 확보 수 있을 것이라 사료된다.