• 제목/요약/키워드: Base sequence

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엽록체 matK 와 핵 ITS 염기서열을 이용한 나도풍란속 및 풍란속의 계통과 종동정 (Phylogenetic position of Neofinetia and Sedirea (Orchidaceae) and their species identification using the chloroplast matK and the nuclear ITS sequences)

  • 김영기;조상진;김기중
    • 식물분류학회지
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    • 제44권1호
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    • pp.39-50
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    • 2014
  • 엽록체 matK 유전자와 핵 ITS 염기서열을 이용하여 나도풍란속 및 풍란속의 계통학적 위치를 정립하였다. 또한, 이들 마커를 이용하여 종 및 원산지 추적에 활용가능성을 평가하였다. 풍란속과 나도풍란속은 두 마커 모두에서 뚜렷한 단계통군을 형성하였다. 풍란속의 자매군은 Vanda임이 두 마커 모두에서 입증되었으나,본 연구 결과는 풍란속을 Vanda에 포함시키는 처리에는 동의하지 않았다. 나도풍란속은 (Dimorphorchis (Pteroceras (Saccolabiun+Phalaeonopsis))) 계통군과 자매군을 형성하였고, 이중 Dimorphorchis와 자매속일 가능성이 가장 높았다. 형태적 유사성으로 나도풍란속이 Aerides와 자매속이라는 주장의 가능성은 희박하였다. 두 마커를 분석한 결과 풍란속의 경우 종 및 종 내의 산지별 구별이 가능한 것으로 평가되었다. 따라서 풍란의 재배 개체들의 기원을 규명하는데도 유용한 것으로 평가되었다. 그러나, 공공 염기서열 DB에 있는 서열들은 의유전자로 추정되는 서열들을 다수 포함하고 있었다. 또한, 재배 난과식물에는 속간 및 종간 잡종이 많으며 잡종에 의한 수평적 유전자 이동문제 등이 결부되어 있으므로, 계통학적으로 염기서열 자료를 이용하는데 주의하여야 한다. 계통분석을 위하여는 한 종 내의 여러 개체로부터 염기서열을 확보하는 것이 이러한 위험성을 줄이는 방법 중에 하나이다.

포항(浦項)의 제삼기층(第三紀層)과 일본유전지질(日本油田地質)의 층위대비연구(層位對比硏究) (Stratigraphical Study on Tertiary System of Pohang Area Compared with Petrogeologies of Japan)

  • 장세용
    • 자원환경지질
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    • 제9권1호
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    • pp.1-11
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    • 1976
  • It is believed that geological survey, drilling and geophysical survey which was carried out on Tertiary deposits in Pohang is a valuable but through the studying of many Tertiary sediments in Japan discovered many questions on analysis of final report prepared by National geological survey. The main reason is: 1. The seismic sound velocity which have regulated in the final report prepared by geological survey for Tertiary deposits in Pohang was 1,500-2,000m/sec in spite of oil bearing sediments of same age in Japan are 2,000-3,800m/sec. These may means the requirement of reconsideration of seismic velocity for Tertiary deposits in Pohang and required to have a dipper drilling. 2. Stratigraphically, geophysically, and paleontologically, the Tertiary deposits in Pahang land area is similar with that of Nishiyama-Hunakawa formations of Akita oil field in Japan. Nishiyama-Hunakawa formation is the main oil bearing formation in Japan. 3. Those valcanic rock including andestitic rock and liparitic rock which have extensively distributed over either at land area or at sea bottom, assumed by geological survey as the base of Tertiary sediments. But in case of Japan many oil bearing deposits are in over laid by these kind of volcanic rock. Therefore a possible of same condition with Japan is presumable on Tertiary sediments in Pohang. 4. It is believed that the Tertiary sediments of land area in Pohang is the extension of offshore basin but is wandering that the final report submitted by geologic survey have not remain any word on report of ECAFE discribed so much problematics as followed: A. Although it was assumed that no great thickness exceeding 1,000 meters, or major structures would be encountered in the Tertiary offshore sequence, it was hoped that shallow hydrocarbon deposits might be found, because these sediment are lithologically similar to those of the same age in the producing area of the northwest Honshu region of Japan where hydrocarbon are extracted from depths of only 500 to 600 meters. B. Four possible hydrocarbon trap conditions are represented in the survey area: anticlinal folds, faults, pinch outs, along the igneous basement and lateral facies changes. C. Most of the prime possible reservoir area are beyond the 50 meter water depth mark, except for the structures in Yonil Bay. D. Despite the shallowness of the offshore basin, sufficient trap condition exist in the area to warrant further exploration for hydrocarbon. 5. All of the problems mentioned above have gave us a strong reasons to have us hesitating to make a final conclusion on Tertiary problems in Pohang, before to have a drill to a depth to 3,000 meters or more whatever it is the Tertiary or a Mesozoics below 1,000 meters.

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남조류 분해세균 HY0210-AK1의 분리와 특성 및 Anabaena cylindrica 분해 활성 (Isolation and Characterization of Alga-Lytic Bacterium HY0210-AK1 and Its Degradability of Anabaena cylindrica)

  • 장은희;김정동;한명수
    • 환경생물
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    • 제21권2호
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    • pp.194-202
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    • 2003
  • 남조류의 대발생이 자주 발생하는 석촌호수와 팔당호로부터 시료를 채취하여 남조류 분해세균의 분리를 시도하였다. MDM배지 상에서 Anabaena cylindrica를 숙주로 하는 over-layer method를 이용하여 Anabaena cylindrica lawn에서 남조류 분해 세균을 분리하여 HY0210-AK1으로 명명하였다. HY0210-AK1의 형태적, 생화학적 특성은 Rhizobium속과 유사하였으며, 16S rDNA 염기서열을 분석한 결과 Sphingobium herbicido vorans IFO 16415$^{T}$ 와 99.1%의 높은 유연관계를 보여 Sphingobium herbicidovorans HY0210-AK1로 동정하였다. 잠복기, 대수성장기, 정체기에 있는 Sphingobium herbicidovorans HY0210-AK1를 Anabaena cylindrica NIES-19와 혼합 배양하였을 때, 접종 초기에는 정체기의 Sphingobium herbicidovorans HY0210-AK1를 접종한 처리구에서 가장 좋은 살조 효과를 나타냈으나, 접종 7일 이후에는 커다란 차이를 보이지 않았다 또한,Sphingobium herbicidovorans HY0210-AK1는 $1\times 10^{8}$ CFU $ml^{-1}$ 이상의 농도로 처리하였을 때, Anabaena cylindrica NIES-19가 완전히 분해되었다. Sphingo bium herbicidovorans HY0210-AK1와 Anabaena cylin dricaNIES-19를 혼합 배양한 상등액을 여과하여 접종 하였을때는 납조류 성장 저해 효과가 나타나지 않았다. 따라서 Sphingobium herbicidovorans HY0210-AK1는 Anabaena cylindrica NIES-19를 직접 공격하여 분해하는 것으로 사료된다. Sphingobium herbicidovorans HY0210-AK1는 Microcystis aeruginosa 분해하였다..

반강접 접합부 배치에 따른 비가새 5층 철골골조구조물의 비탄성 정적해석 (Pushover Analysis of an Unbraced 5-Story Steel Framed Structure for Arrangement of Semi-Rigid Connection)

  • 강석봉;김신애
    • 한국강구조학회 논문집
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    • 제22권4호
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    • pp.325-334
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    • 2010
  • 본 연구에서는 반강접 접합부 배치에 따른 구조물 거동특성을 파악하기 위하여 KBC2005 건축구조설계기준으로 비가새 5층 철골 구조물을 설계하여 모든 접합부를 완전 강접합부과 반강접 접합부로 이상화한 경우 그리고 반강접 접합부를 수직배치 및 수평배치한 경우에 대하여 푸쉬오버 구조해석을 실시하였다. 철골 보 및 기둥의 모멘트-곡률관계는 화이버모델을 이용하여 확인하였으며 반강접 접합부의 모멘트-회전각 관계는 3-매개변수 파워모델을 이용하여 나타내었다. KBC2005 등가정적횡하중을 받는 2차원 구조물에 대한 푸쉬오버 구조해석을 실시하여 지붕충변위, 밑면전단력, 접합부 요구연성도, 소성힌지 발생순서 그리고 초과강도계수, 연성계수, 반응수정계수와 같은 설계계수 등을 확인하였다. 반강접 접합부를 부분적으로 사용하면 모든 접합부에 반강접 접합부를 사용한 골조 보다 큰 강도 및 강성도를 확보 할 수 있었고 모든 접합부에 강접 접합부를 사용한 골조 보다 큰 연성능력을 확보할 수 있었다. 초과강도계수는 기준과 비슷하였지만 반응수정계수는 기준 보다 훨씬 큰 값을 보였다. TSD 접합부는 예제 구조물에서 경제성과 안전성을 확보할 수 있음을 확인할 수 있었다.

버즘나무방패벌레 기생성 곰팡이의 특성 구명 (Characteristics of an Entomopathogenic Fungus Infecting Corythucha ciliata (Hemiptera: Tingidae))

  • 구창덕;이승규;김성환
    • 한국산림과학회지
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    • 제96권1호
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    • pp.58-64
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    • 2007
  • 월동 중인 버즘나무방패벌레 성충이 흰색의 분생포자로 덮혀 있음이 청주시내 가로수에서 확인되었다. 이 연구의 목적은 월동중인 방패벌레 성충에 감염하는 곰팡이에 대하여 특성을 구명하는 것이다. 이 균이 형성한 분생자과는 $300-400{\mu}m$, 각 분생자는 $15-20{\mu}m$, 그리고 각 분생포자는 $2.5-3.0{\mu}m$, 균사의 굵기는 $1-5{\mu}m$이었다. 이 균은 감자한천배지(PDA)에서 5-6일이면 성충몸체에서 분리배양되었고 흰색의 콜로니는 옅은 황색으로 변하였다. 순수배양된 이 균의 분생포자과에서 채집한 분생포자를 월동중인 버즘나무방패벌레의 비감염 성충에 접종하였을 때 같은 형태의 분생포자과를 형성하였으며, 성충의 치사율은 $88{\pm}16%$였다. 이 균의 ITS-5.8s rDNA 염기서열은 Cordyceps bassiana(불완전균 이름은 beauveria bassiana)의 염기서열과 99% 이상의 유사성이 있었다. 앞으로 이 균의 생태적 특성과 기주에 대한 감염과정 등을 구명하여 생물학적 방제제로서 이용가능성을 연구할 필요가 있다고 생각한다.

Analysis of Small Fragment Deletions of the APC gene in Chinese Patients with Familial Adenomatous Polyposis, a Precancerous Condition

  • Chen, Qing-Wei;Zhang, Xiao-Mei;Zhou, Jian-Nong;Zhou, Xin;Ma, Guo-Jian;Zhu, Ming;Zhang, Yuan-Ying;Yu, Jun;Feng, Ji-Feng;Chen, Sen-Qing
    • Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
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    • 제16권12호
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    • pp.4915-4920
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    • 2015
  • Background: : Familial adenomatous polyposis (FAP) is an autosomal dominant inherited disease mainly caused by mutations of the adenomatous polyposis coli (APC) gene with almost complete penetrance. These colorectal polyps are precancerous lesions that will inevitable develop into colorectal cancer at the median age of 40-year old if total proctocolectomy is not performed. So identification of APC germline mutations has great implications for genetic counseling and management of FAP patients. In this study, we screened APC germline mutations in Chinese FAP patients, in order to find novel mutations and the APC gene germline mutation characteristics of Chinese FAP patients. Materials and Methods: The FAP patients were diagnosed by clinical manifestations, family histories, endoscope and biopsy. Then patients peripheral blood samples were collected, afterwards, genomic DNA was extracted. The mutation analysis of the APC gene was conducted by direct polymerase chain reaction (PCR) sequencing for micromutations and multiplex ligation-dependent probe amplification (MLPA) for large duplications and/or deletions. Results: We found 6 micromutations out of 14 FAP pedigrees, while there were no large duplications and/or deletions found. These germline mutations are c.5432C>T(p. Ser1811Leu), two c.3926_3930delAAAAG (p.Glu1309AspfsX4), c.3921_3924delAAAA (p.Ile1307MetfsX13), c3184_3187delCAAA(p.Gln1061AspfsX59) and c4127_4126delAT (p.Tyr1376LysfsX9), respectively, and all deletion mutations resulted in a premature stop codon. At the same time, we found c.3921_3924delAAAA and two c.3926_3930delAAAAG are located in AAAAG short tandem repeats, c3184_3187delCAAA is located in the CAAA interrupted direct repeats, and c4127_4128 del AT is located in the 5'-CCTGAACA-3', 3'-ACAAGTCC-5 palindromes (inverted repeats) of the APC gene. Furthermore, deletion mutations are mostly located at condon 1309. Conclusions: Though there were no novel mutations found as the pathogenic gene of FAP in this study, we found nucleotide sequence containing short tandem repeats and palindromes (inverted repeats), especially the 5 bp base deletion at codon 1309, are mutations in high incidence area in APC gene,.

가압기 노즐 이종금속 용접부의 구조적 오버레이 용접부에 대한 위상배열 초음파기법의 현장 적용 (Field Application of Phased Array Ultrasonic Testing for Structural Weld Overlay on Dissimilar Welds of Pressurizer Nozzles)

  • 김진회;김용식
    • 비파괴검사학회지
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    • 제35권4호
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    • pp.268-274
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    • 2015
  • 용접 오버레이법은 1980년 초반에 배관 용접부 결함의 임시 보수방법으로 미국발전소에 처음 사용되었다. 원자력발전소의 배관 오버레이 용접부는 초음파검사 기술을 이용하여 주기적으로 검사되어야 한다. 최근 위상배열 초음파 기술 발달로 휴대하기 좋은 소형 장비를 이용할 수 있게 되었다. 현재, 완화기법 및 또는 복잡한 형상의 검사체의 표면검사 조건을 개선하기 위한 선제적인 용접 오버레이 기법 적용이 일반적으로 사용되고 있다. 복합적인 형상(용접 오버레이, 기존 용접부 및 모재)의 적당한 검사를 위해서는 여러 개의 일반 초음파검사용 초점 탐촉자들이 필요하게 된다. 대안으로 위상배열 초음파 탐촉자는 일반 초음파검사 탐촉자와 비교하여 더 좋고 빠른 커버리지를 제공하기 위해 다양한 초점거리에서 여러 검사 각도를 동시에 발생시킬 수 있다. 그래서, 이 기술은 검사 속도 증가, 비용 절감, 방사선 피폭을 줄일 수 있다. 이 논문에서는 현장검사에서 검출된 PAUT 신호에 대한 신호 분석 결과를 설명하였다.

Microsatellite 마커를 이용한 딸기 품종의 DNA Profile Database 구축 (Construction of DNA Profile Data Base of Strawberry Cultivars Using Microsatellite Markers)

  • 홍지화;최근진;권용삼
    • 원예과학기술지
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    • 제32권6호
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    • pp.853-863
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    • 2014
  • 국내외에서 재배되고 있는 딸기 100품종의 DNA profile 데이터베이스를 구축하기 위하여 다형성이 높은 microsatellite 마커의 선정과 유전적 유사도 분석을 통한 품종식별력 검정 등에 대한 연구를 수행하였다. 딸기 21품종을 274개의 microsatellite 마커로 검정하여 반복 재현성이 높은 25개의 다형성이 높은 마커를 선정하였다. 이들 마커와 국내외에서 재배되고 있는 딸기 100품종을 검정하였을 때 마커당 평균 대립유전자수는 7.50개로 나타났고, 3-13개까지 다양한 분포를 나타내었다. PIC 값은 마커의 유전자형에 따라 0.333-0.841 범위에 속하였으며 평균값도 0.706으로 높게 나타났다. Microsatellite 마커의 대립유전자를 이용하여 딸기 100 품종에 대한 계통도를 작성하였을 때 품종 육성의 계보 및 육성 지역에 따라 7개의 그룹으로 크게 나누어졌으며 2품종을 제외한 98품종이 microsatellite 마커의 유전자형에 의해 식별이 되는 것으로 나타났다. 본 연구에서 얻어진 딸기 품종별 DNA profile 데이터베이스는 품종보호 출원 품종의 재배심사 및 품종진위성과 관련된 종자분쟁을 해결하는 수단으로 유용하게 활용될 수 있을 것이다.

코쿠리아 광안리엔시스의 제라닐제라닐 피로인산염 합성 효소의 클로닝과 대장균에서 공발현을 통한 효소 활성에 관한 연구 (Cloning of Geranylgeranyl Pyrophosphate Synthase (CrtE) Gene from Kocuria gwangalliensis and Its Functional Co-expression in Escherichia coli)

  • 서용배;김군도;이재형
    • 생명과학회지
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    • 제22권8호
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    • pp.1024-1033
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    • 2012
  • Kocuria gwangalliensis로부터 카로티노이드 생합성 경로의 첫 번째 단계 기질인 geranylgeranyl pyrophosphate (GGPP)를 생합성하는 GGPP synthase (CrtE)를 암호화하고 있는 crtE를 클로닝 하여 이를 KgGGPP로 명명하였다. 기존 세균에서 밝혀진 GGPP synthase의 아미노산 서열을 NCBI에서 검색하여 KgGGPP synthase의 아미노산 서열과 비교한 결과 Kocuria rhizophila와 59.6%의 상동성을 가지는 것을 확인하였다. crtE 유전자를 대장균에서 발현 시키기 위하여 pCcrtE 재조합 DNA를 구축하였고, 이를 대장균에서 발현시킨 결과 약 41 kDa의 재조합 단백질이 과발현 됨을 확인 할 수 있었으며, 이 단백질은 기존 세균에서 밝혀진 GGPP synthase와 유사한 분자량을 가지고 있다는 것을 알 수 있었다. CrtE 재조합 단백질의 활성을 분석하기 위하여 대장균 내에서 라이코펜의 생합성을 유도 하였다. 대장균의 경우 메발론산 경로를 통하여 FPP와 IPP를 생합성 하지만 crtE, crtB, crtI 유전자가 없기 때문에 라이코펜을 생합성 하지는 못한다. 대장균 내에서 라이코펜의 생합성을 위해서는 crtE, crtB, crtI 유전자의 발현이 필수적으로 요구되기 때문에 crtB, crtI 유전자의 경우는 P. haeundaensis에서 유래한 유전자를 이용하여 pRScrtBI 재조합 DNA를 구축하여 그 발현을 유도하였다. 상기 두 재조합 DNA를 대장균에서 공발현 시켰으며, HPLC 분석법을 이용하여 대장균 내에서 라이코펜의 생산 유무에 따른 KgGGPP synthase의 활성을 분석하였다.

울산 광산의 철-텅그스텐 스카른화작용 (Magnetite and Scheelite-Bearing Skarns in Ulsan Mine, Korea)

  • 최선규;이마이 나오야
    • 자원환경지질
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    • 제26권1호
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    • pp.41-54
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    • 1993
  • 경상분지 남동부에 위치한 울산광산은 석회암을 교대한 전형적인 calcareous skarn강상으로 Fe W광화작용 이외에도 Cu, Pb, Zn, As, Bi, Ni, Co, Cr, Ag, Sn, In, Te, Sb 등이 수반되는 다금속광화작용의 특성을 보여주고 있다. 본 광상은 직립에 가까운 파이프상 광체로 산출되며, 자철석과 함께 북측의 혼펠스와의 경계부근에 회중석이 부분적으로 광염되어 있다. 본 광상의 스카른대는 석회암 및 혼펠스를 교대한 괴상 스카른과 양자를 각기 절단하는 맥상스카른으로 구분된다. 괴상스카른은 석회암 기원의 스카른이 주체를 이루며, 이러한 스카른대는 규회석 스카른, 석류석 스카른, 단사휘석-석류석 스카른, 단사휘석 스카른으로 분류되며, 부분적으로 스카른대 주변부를 따라 거정질 방해석대가 존재하고 있다. 스카른 진화과정은 초기스카른 및 후기스카른의 두 시기로 분류되며, 초기스카른은 prograde한 스카른 생성시기로 초기에는 규회석, Mg-rich 단사휘석, Al-rich garnet가 주로 정출되며 광석광물은 거의 불모한 시기이나, 초기스카른의 말기로 진행됨에 따라 자철석과 회중석이 정출된다. 그리고, 후기스카른의 전반기까지는 Fe-rich 단사휘석, Fe-rich garnet와 함께 자철석 회중석이 연속적으로 정출되었으나, 후기스카른의 중기부터는 Ni, Co, As, Cu, Zn, Fe, Bi 등의 황화광물이 정출되는 다금속광화 작용의 특정을 보인다. 또한, 최후기 열수작용시기에는 섬아연석과 방연석 등의 Base-metal 황화광물이 주로 정출되는 연 아연 광화작용의 양상을 나타낸다. 이러한 각 광화시기별 스카른 광물과 광석광물의 변화양상은 고온의 열수용액이 천부로 유출되는 과정에서 광화용액의 온도가 급격히 떨어진 결과 (telescope)에 기인된 것으로 사료된다.

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