• Genomics & Informatics
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• 제19권3호
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• pp.31.1-31.9
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• 2021

Leptospirosis is a zoonotic disease caused by spirochetes from the genus Leptospira. In Thailand, Leptospira interrogans is a major cause of leptospirosis. Leptospirosis patients present with a wide range of clinical manifestations from asymptomatic, mild infections to severe illness involving organ failure. For better understanding the difference between Leptospira isolates causing mild and severe leptospirosis, illumina sequencing was used to sequence genomic DNA in both serotypes. DNA of Leptospira isolated from two patients, one with mild and another with severe symptoms, were included in this study. The paired-end reads were removed adapters and trimmed with Q30 score using Trimmomatic. Trimmed reads were constructed to contigs and scaffolds using SPAdes. Cross-contamination of scaffolds was evaluated by ContEst16s. Prokka tool for bacterial annotation was used to annotate sequences from both Leptospira isolates. Predicted amino acid sequences from Prokka were searched in EggNOG and David gene ontology database to characterize gene ontology. In addition, Leptospira from mild and severe patients, that passed the criteria e-value < 10e^-5 from blastP against virulence factor database, were used to analyze with Venn diagram. From this study, we found 13 and 12 genes that were unique in the isolates from mild and severe patients, respectively. The 12 genes in the severe isolate might be virulence factor genes that affect disease severity. However, these genes should be validated in further study.

• The Plant Pathology Journal
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• 제37권3호
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• pp.215-231
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• 2021

Brown leaf spot disease caused by Nigrospora guilinensis on Phellodendron chinense occurs in a large area in Dayi County, Chengdu City, Sichuan Province, China each year. This outbreak has severely reduced the production of Chinese medicinal plants P. chinense and caused substantial economic losses. The bacterial isolate JKB05 was isolated from the healthy leaves of P. chinense, exhibited antagonistic effects against N. guilinensis and was identified as Bacillus megaterium. The following fermentation medium and conditions improved the inhibitory effect of B. megaterium JKB05 on N. guilinensis: 2% glucose, 0.1% soybean powder, 0.1% KCl, and 0.05% MgSO₄; initial concentration 6 × 10⁶ cfu/ml, and a 42-h optimal fermentation time. A composite of 0.1% nano-SiO₂ JKB05 improved the thermal stability, acid-base stability and ultraviolet resistance by 16%, 12%, and 38.9%, respectively, and nano-SiO₂ was added to the fermentation process. The best formula for the wettable powder was 35% kaolin, 4% polyethylene glycol, 8% Tween, and 2% humic acid. The following quality test results for the wettable powder were obtained: wetting time 87.0 s, suspension rate 80.33%, frequency of microbial contamination 0.08%, pH 7.2, fineness 95.8%, drying loss 1.47%, and storage stability ≥83.5%. A pot experiment revealed that the ability of JKB05 to prevent fungal infections on P. chinense increased considerably and achieved levels of control as high as 94%. The use of nanomaterials significantly improved the ability of biocontrol bacteria to control this disease.

• 한국동물위생학회지
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• 제45권4호
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• pp.277-284
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• 2022

Salmonella is a pathogenic bacterium that has long been important industrially because it has a wide host range and can be transmitted to humans through direct contact as well as indirect contact such as food contaminated with animal waste. Understanding how to reduce Salmonella contamination in pig farms is important for public health and the livestock industry from an economic perspective. In the swine industry, high concentrations of disinfectants have been applied because it is difficult to effectively control Salmonella in environments contaminated with organic substances. In order to evaluate the synergetic effect of disinfectants, the efficacy of two commercial disinfectants diluted in hard water and microbubble water (MBW) were compared under the laboratory condition. Different concentrations of both disinfectants combined with 1% detergent diluted in the two diluents were evaluated for their antibacterial effect. In the case of monopersulfate-based disinfectant groups, the growth of Salmonella was not observed at 1:200 dilution with both the hard water and MBW combined with 1% detergent. In the case of citric acid-based disinfectant, the bacterial growth was not observed at 1:800 dilution with MBW combined with 1% detergent. Our results show that the use of MBW as a diluent might improve the biological activities of acid-based disinfectant.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제33권9호
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• pp.1162-1169
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• 2023

16S rRNA short amplicon sequencing-based microbiota profiling has been thought of and suggested as a feasible method to assess food safety. However, even if a comprehensive microbial information can be obtained by microbiota profiling, it would not be necessarily sufficient for all circumstances. To prove this, the feasibility of the most widely used V3-V4 amplicon sequencing method for food safety assessment was examined here. We designed a pathogen (Vibrio parahaemolyticus) contamination and/or V. parahaemolyticus-specific phage treatment model of raw oysters under improper storage temperature and monitored their microbial structure changes. The samples stored at refrigerator temperature (negative control, NC) and those that were stored at room temperature without any treatment (no treatment, NT) were included as control groups. The profiling results revealed that no statistical difference exists between the NT group and the pathogen spiked- and/or phage treated-groups even when the bacterial composition was compared at the possible lowest-rank taxa, family/genus level. In the beta-diversity analysis, all the samples except the NC group formed one distinct cluster. Notably, the samples with pathogen and/or phage addition did not form each cluster even though the enumerated number of V. parahaemolyticus in those samples were extremely different. These discrepant results indicate that the feasibility of 16S rRNA short amplicon sequencing should not be overgeneralized in microbiological safety assessment of food samples, such as raw oyster.

• 한국간담췌외과학회지
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• 제26권4호
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• pp.325-332
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• 2022

Backgrounds/Aims: To analyze relationships of hepatic histopathological findings and bile microbiological profiles with perioperative outcomes and risk of late biliary stricture in individuals undergoing surgical bile duct injury (BDI) repair. Methods: A historical cohort study was carried out at a tertiary university hospital. Fifty-six individuals who underwent surgical BDI repair from 2014-2018 with a minimal follow-up of 24 months were enrolled. Liver biopsies were performed to analyze histopathology. Bile samples were collected during repair procedures. Hepatic histopathological findings and bile microbiological profiles were then correlated with perioperative and late outcomes through uni- and multi-variate analyses. Results: Forty-three individuals (76.8%) were females and average age was 47.2 ± 13.2 years; mean follow-up was 38.1 ± 18.6 months. The commonest histopathological finding was hepatic fibrosis (87.5%). Bile cultures were positive in 53.5%. The main surgical technique was Roux-en-Y hepaticojejunostomy (96.4%). Overall morbidity was 35.7%. In univariate analysis, liver fibrosis correlated with the duration of the operation (R = 0.3; p = 0.02). In multivariate analysis, fibrosis (R = 0.36; p = 0.02) and cholestasis (R = 0.34; p = 0.02) independently correlated with operative time. Strasberg classification independently correlated with estimated bleeding (R = 0.31; p = 0.049). The time elapsed between primary cholecystectomy and BDI repair correlated with hepatic fibrosis (R = 0.4; p = 0.01). Conclusions: Bacterial contamination of bile was observed in most cases. The degree of fibrosis and cholestasis correlated with operative time. The waiting time for definitive repair correlated with the severity of liver fibrosis.

• 한국환경농학회지
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• 제38권4호
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• pp.254-261
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• 2019

농업용수는 채소류의 식중독세균 오염의 주요 경로 중 하나임에도 불구하고 우리나라에서는 농업용수의 미생물학적 안전성 대한 기초 자료가 부족한 실정이다. 본 연구에서는 전라북도에서 2018년 4월, 7월, 10월에 31지점에서 수집한 지표수 시료와 2018년 4월 7월에 20지점에서 수집한 지하수 시료의 위생지표세균 밀도를 조사하였다. 지표수에서는 평균적으로 대장균군이 2.7±0.55 log CFU/100 mL, 분원성대장균군 1.9±0.71 log CFU/100 mL, 대장균 1.4±0.58 log CFU/100 mL로 나타났고, 7월에 가장 높은 밀도를 보였다. 지하수의 경우 평균적으로 대장균군이 1.9±0.58 log CFU/100 mL, 분원성대장균군 1.4±0.37 log CFU/100 mL, 대장균 1.0±0.33 log CFU/100 mL로 나타났고 조사시기 간의 유의한 차이가 나타나지 않았다. 총질소량(T-N), 질산성질소(NO₃-N) 등 유기물 함량이 높은 용수에서 E. coli O157:H7의 생존이 연장되는 것으로 나타났다. 물에서의 E. coli O157:H7 감소율은 25℃>35℃>5℃>15℃ 순으로 높게 나타났다. 이러한 결과는 전북 지역 농업용수의 미생물학적 오염도와 수질과 온도가 E. coli O157:H7의 생존에 미치는 영향을 보여준다. 이러한 결과는 농업용수의 미생물학적 오염도를 예측하고 미생물 제어 기술 개발의 기초자료로서 활용될 수 있다.

• 한국환경농학회지
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• 제27권4호
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• pp.435-440
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• 2008

E. coli, S. agalactiae, S. aureus는 젖소의 유방염을 유발하는 주요 원인균들이다. 이 균들은 분변 혹은 우유에 존재하며, 감염되지 않은 다른 개체로의 감염을 유발한다. 자외선은 소독제로서 이미 산업계 및 의료계에서 쓰레기 및 물의 살균에 사용되고 있으므로, 자외선을 이용하여 젖소의 유방염 확산을 방지하는 것의 실효성을 검증하였다. 분변의 함수율은 젖소 유방염 유발균의 증식에 영향을 미치지 않았고, 144시간 이상의 장시간 생존이 가능함을 확인하였다. 자외선의 조사 시, 조사하는 동안 우분뇨 및 톱밥을 교반하는 것이 교반하지 않는 것보다 균의 증식을 억압하는 것을 확인할 수 있었다. 한편, 자외선의 살균력은 함수율이 낮을수록, 조사시간이 길수록, 조사거리가 짧을수록 더 증가하는 것을 확인할 수 있었다. 본 실험을 통해 얻은 함수율, 조사시간, 조사거리, 교반 여부에 대한 결과는 환경 유래, 특히 우분뇨 유래 젖소 유방염의 감염을 예방하고자 할 때 자외선 살균기의 적용이 가능할 것이며, 현장에 적용할 살균기의 제작에 중요한 기초 자료로서 활용될 것이다.

• 한국식품위생안전성학회지
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• 제21권4호
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• pp.250-257
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• 2006

이 연구의 목적은 잎채소의 미생물 오염을 평가하는 것이다. 신선한 채소에서 미생물 오염정도를 알아보기 위하여 총호기성균수와 대장균군수 및 Staphylococcus aureus, Bacillus cereus, Clostridium perfringens, Escherichia coli, Escheyichia coli O157:H7, Salmonella spp., Vibrio parahaemolyticus, Listeria monocytogenes, Yersinia enterocolitica, Campylobacter jejuni와 같은 식중독균을 검사하였다. 또한 총호기성균수와 대장균군수를 일반 소비자들에 의해 행해지는 수돗물 세척이 얼마나 효과적인지를 알아보기 위해 세척전후로 검사하였다. 깻잎, 미나리, 배추, 부추, 상추, 쑥갓, 참나물, 치커리의 8종류의 야채 124건을 인천 도매시장에서 채취하였다 야채 각각에 대해 총호기성균의 평균은 $2.2\times10^6\;CFU/g$부터 $6.0\times10^7\;CFU/g$이고, 총대장균군은 $4.1\times10^5\;CFU/g$부터 $9.8\times10^6\;CFU/g$으로 나타났다. 두가지 모두 3월부터 9월의 기간 중 여름철에 최고수치를 보였다. 수돗물로 세척한 후 감소율은 총호기성균은 81.0%이고 대장균군은 82.5%이었다. 식중독균은 Staphylococcus aureus 8.1%, Bacillus cereus 14.5%, Clostridium perfringens 5.6%, Escherichia coli 18.5%로 검출되었다. 이 중에서 11가지 검체에서는 두가지 균이 검출되었다. 각각의 야채에 대해서는 Staphylococcus aureus가 최고 검출율과 최저 검출율이 0.0% 에서 22.2%, Bacillus cereus가 0.0%에서 29.4%, Clostridium perfringens는 0.0%에서 23.1%, Escherichia coli는 0.0%에서 35.0%로 검출되었다. Escherichia coli O157:H7, Salmonella spp., Vibrio parahaemolyticus, Listeria monocytogenes, Yersinia enterocolitica, Campylobacter jejuni는 검출되지 않았다. 이 연구는 신선한 야채에서의 병원체에 대한 기초 자료로 활용 가능할 것이라 기대된다.

• 한국식품위생안전성학회지
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• 제39권1호
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• pp.54-60
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• 2024

본 연구는 축산물 생산 환경에서 오염 가능한 Aspergillus ochraceus와 Rhodotorula mucilaginosa를 저감하기 위하여 자외선과 유기산을 활용하여 그 효과를 구명하였다. 이를 위하여 각각의 균 현탁액(10⁷-10⁸ spores/mL)을 칼 표면에 1 mL 접종하고 37℃에 건조한 후 각각의 처리 조건에 활용하였다. 먼저 유기산 효과를 구명하기 위하여 아세트산, 젖산, 구연산을 활용하였으며 적정 농도 선정을 위하여 0.5, 1, 2, 3, 4, 5%의 농도로 제조하였다. 그 결과 아세트산의 경우 약 5 log, 젖산은 최대 2 log CFU/cm² 감소하였으나, 구연산의 경우 1 log 이하로 미미한 수준이었다. 이에 따라 유기산 처리 효과를 더욱 극대화하기 위해 자외선과의 복합처리를 진행하고자 하였다. 두 균주는 모든 유기산에서 90% 이상 감소하여 초기 균주와 비교하였을 때 유의적인 차이(P<0.05)를 보였으며 특히 4%의 젖산은 자외선(360 mJ/cm²)과 함께 처리하였을 때, 2 log CFU/cm²이상 감소하였으며 같은 조건에서 아세트산은 5 log CFU/cm²이상의 저감능을 보였다. 그러나 본 연구에서 사용한 4% 농도의 아세트산으로 제조할 경우 이취가 매우 심하여 작업자가 생산환경에서 사용하기에 어려움이 있다. 이에 따라서 현장에 적용하기 위한 유기산과 자외선 최적 처리 조건은 4% 젖산 용액에 1분간 침지한 후 자외선을 20분 가량(360 mJ/cm²) 살균 처리하는 방법으로 선정하였다. 최종적으로 유기산 세척 및 자외선 처리가 된 칼로 돼지고기 절단 작업을 수행하였을 때, 현장 오염 수준의 진균류 농도에서 작업 후 돼지고기 표면으로 이행되는 오염량은 모두 불검출 되었다. 본 연구를 통하여 실험실 규모뿐만 아니라 최종적으로 현장에서 살균된 도구를 활용하여 작업 시 고기 표면까지 이행되는 교차오염을 방지할 수 있는 것으로 사료된다.

• 한국미생물·생명공학회지
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• 제34권2호
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• pp.166-173
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• 2006

본 연구는 매립지 침출수로 오염된 지하수에서 수지화학적 분석결과와 미생물 군집구조 사이의 관계를 밝히기 위해 수행되었다. 이 연구를 위해 5개의 시료, 즉 침출수(KSG1-12), 처리수(KSG1-16), 두 개의 오염 지하수(KSG1-07과 KSG1-08), 비오염 지하수(KSG1-13)를 채취하여 분석하였다. 각 시료의 pH는 순서대로 8.83, 8.04, 6.87, 6.87, 6.53이였으며, 산화환원전위(Eh)는 각각 108, 202, 47, 200, 154 mV 이였고, 전기전도도(EC)는 3710, 894, 1223, 559, 169.9 $\mu$S/cm이였으며, 부유물질(SS)의 농도는 각각 86.45, 13.74, 4.18, 0.24, 11.91 mg/L이었다. KSG1-12 시료의 음이온 농도가 전체적으로 높았는데, 특히 염소이온($Cl^-$)와 중탄산염 ($HCO_3^-$)이 높았다. 기타 전자수용체와 관련 있는 이온들의 농도에서, 철(Fe), 망간(Mn), 황산염($SO_4^{2-}$)은 KSG01-08보다 KSG1-07에서 더 높았고 질산염은 반대로 나타났다. DGGE fingerprint 분석을 통한 유사도 비교는 KSG1-13과 KSG1-16이 57.2%로 가장 높았는데, 둘 다 오염도가 낮거나 오염이 전혀 없기 때문으로 추정된다. 한편, KSG1-08은 KSG1-13과 25.8% 그리고 KSG1-12와 27.6%의 유사성을 나타냈는데 이는 오염도의 차이 때문일 것으로 사료된다. 각 시료 별 우점종들의 가장 많이 분포된 계통발생학적 집단을 보면 KSG1-12는 분석된 클론 중 55.6%가 $\alpha$-Proteobacteria에 속하였고, KSG1-16은 50.0%가 $\gamma$-Proteobacteria, KSG1-07은 66.7%가 $\beta$-Proteobacteria, KSG1-08은 54.5%가 $\gamma$-proteobacteria, KSG1-13은 36.4%가 $\beta$-Proteobacteria에 속하였다. 이러한 결과를 통해 매립지 침출수가 지하수를 따라 흐르면서 미생물 군집구조가 바뀌었음을 알 수 있었는데, 오염물질의 농도변화, 이용 가능한 전자수용체, 및 기타 여러 환경요인들의 차이에 의한 것임을 추측할 수 있다.