• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제20권3호
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• pp.316-327
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• 2007

In this study, a Korean native cattle strain (Hanwoo) evidencing high performance in terms of both meat quality and quantity was employed in the generation of 150,000 BAC clones with an average insert size of 140 kb, and corresponding to about a 6X coverage of bovine chromosomal DNA. The BAC clones were pooled in a mini-scale via three rounds of a pooling protocol, and the efficiency of this pooling protocol was evaluated by testing the accuracy of accessibility to the positive clones, via a PCR-based screening method. Two sets of primers designed from each of two known genes were tested, and each yielded 2 or 3 positive clones for each gene, thereby indicating that the BAC library pooling system was appropriate with regard to the accession of the target BAC clones. Analyses of $3.3{\times}10^6$ base pairs obtained from the 7,090 BAC end sequence (BES) showed that 34.88% of the DNA sequence harbored the repetition sequence. Analysis of the 7,090 BES to the $1^{st}$ and $2^{nd}$ generation radiation hybrid map of the cattle genome, using the COMPASS program designed for the construction of a cattle-human comparative mapping, resulted in the localization of a total of 1,374 clones proximal to 339 $1^{st}$ generation markers, and 1,721 clones proximal to 664 $2^{nd}$ generation markers. Collectively, the BAC library and pooling system of the BAC clones from the Korean cattle, coupled with the chromosome-localized BAC clones, will provide us with novel tools for the excavation of desired clones for genome mapping and sequencing, and will also furnish us with additional information regarding breed differences in cattle.

• 대한환경공학회지
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• 제30권12호
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• pp.1255-1261
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• 2008

생물활성탄(BAC) 재질별 EBCT 및 수온변화에 따른 HAA 5종의 생물분해 특성을 조사한 결과 다음과 같은 결론을 얻을 수 있었다. 본 연구에서 BAC에서 HAA 제거시 EBCT와 수온이 매우 큰 영향을 미치는 것으로 나타났다. EBCT와 수온을 증가시킬 경우 HAA의 제거율이 상승하였으며, 수온이 20$^{\circ}C$ 보다 높을 경우 HAA의 제거능은 EBCT의 영향을 크게 받지 않는 것으로 나타났다. 하지만 수온이 5$\sim$10$^{\circ}C$ 정도로 낮을 경우는 EBCT의 증가가 HAA의 제거율에 큰 영향을 미치는 것으로 나타났다. 활성탄 재질에 따른 BAC에서의 HAA 제거는 석탄계 재질에서의 생물분해능이 가장 높았고, 다음으로 야자계, 목탄계 순으로 조사되었다. HAA 5종에 대한 생물분해 속도상수와 반감기는 수온이 5$^{\circ}C$일 때의 HAA 5종에 대한 생물분해 속도상수(k)와 반감기(t$_{1/2}$)는 0.0373$\sim$0.1175 min$^{-1}$, 반감기는 5.9$\sim$18.58분이었으며, 수온을 10$^{\circ}C$와 20$^{\circ}C$로 증가시켰을 때 5$^{\circ}C$일 때와 반감기를 비교해 보면 1.5$\sim$7.9배로 감소되었다.

• Tuberculosis and Respiratory Diseases
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• 제53권6호
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• pp.635-643
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• 2002

연구배경 : 완전 자동화된 액체배양법과 기존의 고체배양법을 이용하여 폐결핵환자의 객담내 mycobacterium의 신속검출율 및 양성판정시까지의 시간을 비교하고자 하였다. 방 법 : 2002년 1월 1일부터 2002년 6월 30일 사이에 본원에 입원 혹은 외래에서 폐결핵으로 치료중인 환자 127명의 객담검체를 이용하였으며, 배양 중 오염된 28개의 검체(MB/BacT system 18개, L-J배지 14개, 4검체는 두 배양법 모두에서 오염)를 제외한 99명의 객담검체를 대상으로 하였다. 검체는 4% NaOH로 전처치한 후 4300rpm으로 20분간 원심분리한 후 멸균된 phosphate buffer(pH 6.8)를 첨가하여 2ml로 만들어 MB/BacT bottle에 0.5ml, Lowenstein-Jensen배지에 0.25ml를 접종한 후 $35-37^{\circ}C$에 6-12주간 배양하면서 균검출율과 양성판정시까지의 시간을 비교하였다. 결 과 : MB/Bact system과 L-J배양볍 중 어느 한 방법에서 균성장이 발견된 검제는 677B (67.7%) 였다. 두배양법 모두에서 균성장이 발견된 겸체는 5252.5%) 개였으며, MB/BacT에서만 발견된 검체는 15개 (15.2%) 였으나 L-J배양법에서만 발견된 경우는 없었다. 객담검체의 ZN염색법으로 항산균 집균도말겸사상 양성인 검체는 58개, 음성인 검체는 41개였다. 58개의 도말양성 검체 가운데 MB/BacT system에 양성을 보인 검체는 %개 (96.6%), L-J배지양성은 467B (79.3%) 였으며, 균성장 평균 발견시간은 각각 11.0일과 23.5일이었다. 41개의 도말음성검체 가운데 MB/BacT system에 양성을 보인 검체는 11개 (26.8%), L-J배지양성은 6개 (14.6%)였으며, 균성장 평균 발견시간은 각각 13.7일과 27.6일 이었다. 전체적으로 MB/BacT system과 L-J배양법에서 균성장 발견시 간은 각각 $13.3{\pm}8.3$일, $27.2{\pm}0.9$일이었다. 결 론 : 완전 자동화된 MB/BacT system은 L-J배지에 비해 mycobacterium의 검출율이 높고 발견시간이 단축되었다. MB/BacT는 방사성 물질을 사용하지 않는 장점이 있으므로 모든 검사실에 사용하기에 적당할 것으로 보이며, 균동정을 위하여 특이한 DNA probe와 병용하면 CDC가 권고한 결과보고 시간에 근접할 수 있을 것으로 생각되었다.

• 대한환경공학회지
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• 제39권6호
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• pp.318-324
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• 2017

본 연구에서는 생물활성탄 공정에서 geosmin과 MIB의 제거시 생물분해와 흡착기작의 역할을 BAC와 biofilter를 이용하여 평가하였다. 정상상태에 도달한 BAC 공정에서 부착 박테리아들의 활성이 저하된 저수온기($9^{\circ}C$)에도 EBCT 30분의 조건에서는 geosmin과 MIB가 완전 제거되었다. 유입수의 수온이 $26^{\circ}C$일 때가 $9^{\circ}C$일 때보다 상층부분에서 부착 박테리아의 생체량과 활성도가 높았고, 여층의 하부로 갈수록 부착 박테리아의 생체량과 활성도의 감소율이 높게 나타났다. 이는 수온이 높을 때 상층부분에서 BOM 제거율이 높아 하층에 공급할 수 있는 BOM 양이 감소하기 때문이다. 부착 박테리아의 활성이 억제된 BAC 공정의 geosmin과 MIB의 제거율은 활성화된 BAC 공정에서의 제거율과 비교하여 큰 차이를 나타내지 않아 BAC 공정에서 geosmin과 MIB의 제거에 흡착기작의 기여도가 높게 나타났다. BAC 공정에서 geosmin과 MIB의 제거시 부착 박테리아에 의한 생물분해 기작과 활성탄 표면이 가지는 흡착 기작이 경쟁적으로 작용하였다.

• 미생물학회지
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• 제45권3호
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• pp.281-285
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• 2009

본 연구에서는 객담 내 결핵균의 배양시험과 약제 감수성 시험 방법으로서 BacT/Alert 액체 배지, Ogawa 배지 및 $L\ddot{o}wenstein$-Jensen 배지 배양법을 비교하였다. 신속 액체배양시스템은 기존의 Egg-based media (Ogawa, $L\ddot{o}wenstein$-Jensen 배지)에 비해 높은 민감도와 빠른 배양으로 결핵환자의 초기 객담 검사와 약제 감수성 시험에 널리 사용되어 왔다. 객담은 N-Acetyl-L-cystine과 4% NaOH로 처리한 후 BacT/Alert 액체 배지 시스템과 Ogawa 배지에 접종하고 배양하여 비교하였다. 결핵환자 객담 검체 135개 중 도말검사결과 양성은 95개였고, Ogawa 배지 배양결과 양성으로 확인된 수는 89개(65.9%)였으며, BacT/Alert 액체 배지에서는 97개(71.9%)가 양성으로 확인되었다. 결핵균 배양 양성 검체의 평균배양일은 Ogawa 배지에서 22.4일, BacT/Alert 액체 배지는 11.3일로 단축되는 것을 확인하였다. 약제 감수성 시험에는 32개 결핵균주를 이용하였으며, isoniazid를 첨가한 BacT/Alert 액체 배지와 $L\ddot{o}wenstein$-Jensen 배지에서의 약제 감수성 시험 검사결과 일치률은 87.5%를 보였고, rifampicin에서의 일치률은 90.6%로 나타났다.

• BMB Reports
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• 제39권4호
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• pp.418-425
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• 2006

A human bacterial artificial chromosome (BAC) library was constructed with high molecular weight DNA extracted from the blood of a male Korean. This Korean BAC library contains 100,224 clones of insert size ranging from 70 to 150 kb, with an average size of 86 kb, corresponding to a 2.9-fold redundancy of the genome. The average insert size was determined from 288 randomly selected BAC clones that were well distributed among all the chromosomes. We developed a pooling system and three-step PCR screen for the Korean BAC library to isolate desired BAC clones, and we confirmed its utility using primer pairs designed for one of the clones. The Korean BAC library and screening pools will allow PCR-based screening of the Korean genome for any gene of interest. We also determined the allele types of HLA-DRA and HLA-DRB3 of clone KB55453, located in the HLA class II region on chromosome 6p21.3. The HLA-DRA and DRB3 genes in this clone were identified as the DRA*010202 and DRB3*01010201 types, respectively. The haplotype found in this library will provide useful information in future human disease studies.

• 대한환경공학회지
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• 제31권5호
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• pp.378-381
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• 2009

본 연구에서는 BAC 공정을 장기간 운전하면서 유입수중의 $Br^-$ 농도변화에 따른 THMFP 제거율을 평가하였다. BAC 공정을 장기간 운전하면서 THMFP 구성종별로 제거능을 살펴본 결과, $CHCl_3$ 생성능의 경우는 계절변화에 따른 유입수중의 $Br^-$ 농도변화에 따라 관계없이 우수한 제거능을 나타내었으나, 브롬계 THM 생성능의 경우는 유입수중의 $Br^-$/DOC 비가 증가할수록 제거율은 저하되었다. 또한, BAC 공정에서의 THMFP 구성종별로 제거특성을 살펴본 결과, 유입수의 $Br^-$/DOC 비가 높은 경우에 EBCT가 증가할수록 $CHCl_3$ FP의 제거율은 증가하였으나 브롬계 THMFP의 경우는 EBCT가 증가할수록 감소하는 경향을 나타내었고, THMFP 구성종의 브롬원자 개수가 많아질수록 제거율은 감소하였다.

• Genomics & Informatics
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• 제4권4호
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• pp.141-146
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• 2006

We sequenced 1,841 BAC clones by terminal sequencing, and 1,830 of these clones were characterized with regard to their human chromosomal location and gene content using Korean BAC library constructed at the Korean Science (KCGS). Sequence analyses of the 1,830 BAC clones was performed for chromosomal assignment: 1,144 clones were assigned to a single chromosome, 190 clones apparently assigned to more than one chromosome, and 496 clones to no chromosome. Evaluating gene content of the 1,144 BAC clones, we found that 706 clones represented 1,069 genes of which 415 genes existed in the BAC clones covering the full sequence of the gene, 180 genes covering a $50%{\sim}99%$, and 474 genes covering less than 50% of the gene coverage. The estimated covering size of the KBAC clones was 73,379 kilobases (kb), in total corresponding to 2.3% of haploid human genome sequence. The identified BAC clones will be a public genomic resource for mapped clones for diagnostic and functional studies by Korean scientists and investigators worldwide.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제16권2호
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• pp.256-263
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• 2006

In the model legume Medicago truncatula, two mutants, sickle and sunn, exhibit morphologically and genetically distinct hypernodulation phenotypes. However, efforts to isolate the single recessive and single semidominant genes for sickle and sunn, respectively, by map-based cloning have so far been unsuccessful, partly due to the absence of clones that enable walks from linked marker positions. To help resolve these difficulties, a new bacterial artificial chromosome (BAC) library was constructed using BamHI-digested genomic fragments. A total of 23,808 clones were collected from ligation mixtures prepared with double-size-selected high-molecular-weight DNA. The average insert size was 116 kb based on an analysis of 88 randomly selected clones using NotI digestion and pulsed-field gel electrophoresis. About 18.5% of the library clones lacked inserts. The frequency of the BAC clones carrying chloroplast or mitochondrial DNA was 0.98% and 0.03%, respectively. The library represented approximately 4.9 haploid M. truncatula genomes. Hybridization of the BAC clone filters with a $C_{0}t-l$ DNA probe revealed that approximately 37% of the clones likely carried repetitive sequence-enriched DNA. An ordered array of pooled BAC DNA was screened by polymerase chain reactions using 13 sequence-characterized molecular markers that belonged to the eight linkage groups. Except for two markers, one to five positive BAC clones were obtained per marker. Accordingly, the sickle- and sunn-linked BAC clones identified herein will be useful for the isolation of these biotechnologically important genes. The new library will also provide clones that fill the gaps between preexisting BAC contigs, facilitating the physical mapping and genome sequencing of M. truncatula.

• 분석과학
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• 제26권3호
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• pp.199-204
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• 2013

본 연구에서는 음주 후 시간경과에 따른 혈중알코올농도 변화의 재현성을 실험하였다. 5명의 한국인 자원자에게 22%(v/v) 소주 한병(ethyl alcohol로 환산했을 경우 55.5 g)을 30분 안에 나눠 마시게 하는 실험을 5회 반복하였다. 자원자들에게는 안주로 회와 탕수육을 교대로 제공하였다. 알코올 섭취량과 섭취시간을 일정하게 유지했음에도 불구하고 혈중알코올농도가 최고에 이르는 시간과 그 때의 농도 및 시간경과에 따른 혈중알코올농도의 감소율은 사람에 따라 큰 차이를 보였다. 또한 안주에 따라서도 시간 변화에 따른 혈중알코올농도 변화곡선이 달라지는 것을 확인할 수 있었다. 동일인에게 5회에 걸쳐 각기 다른 날 동일한 조건으로 음주하게 한 후 혈중알코올농도 변화곡선을 관찰한 결과, 시간경과에 따른 혈중알코올농도변화는 재현성이 없이 나타나는 것을 확인하였다. 또한 특정 시간대의 혈중알코올농도를 정확하게 역추정하는 것은 불가능하다는 것을 알 수 있었다.