• Fisheries and Aquatic Sciences
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• 제26권6호
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• pp.406-422
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• 2023

Sarcopenia is an age-related, progressive skeletal muscle disorder involving the loss of muscle mass and strength. Previous studies have shown that γ-aminobutyric acid (GABA) from fermented oysters aids in regulatory T cells (Tregs) cell expansion and function by enhancing autophagy, and concomitantly mediate muscle regeneration by modulating muscle inflammation and satellite cell function. The fermentation process of oysters not only increases the GABA content but also enhances the content of branched amino acids and free amino acids that aid the level of protein absorption and muscle strength, mass, and repair. In this study, the effect of GABA-enriched fermented sarco oyster extract (FSO) on reduced muscle mass and functions via Treg modulation and enhanced autophagy in aged mice was investigated. Results showed that FSO enhanced the expression of autophagy markers (autophagy-related gene 5 [ATG5] and GABA receptor-associated protein [GABARAP]), forkhead box protein 3 (FoxP3) expression, and levels of anti-inflammatory cytokines (interleukin [IL]-10 and transforming growth factor [TGF]-β) secreted by Tregs while reducing pro-inflammatory cytokine levels (IL-17A and interferon [IFN]-γ). Furthermore, FSO increased the expression of IL-33 and its receptor IL-1 receptor-like 1 (ST2); well-known signaling pathways that increase amphiregulin (Areg) secretion and expression of myogenesis markers (myogenic factor 5, myoblast determination protein 1, and myogenin). Muscle mass and function were also enhanced via FSO. Overall, the current study suggests that FSO increased autophagy, which enhanced Treg accumulation and function, decreased muscle inflammation, and increased satellite cell function for muscle regeneration and therefore could decrease the loss of muscle mass and function with aging.

• 한국응용과학기술학회지
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• 제37권1호
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• pp.91-101
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• 2020

이 연구는 비만이 심장 조직에서 자가포식 관련 단백질 발현에 미치는 영향을 확인하기 위해 고지방 식이(20주)를 통해 비만을 유도한 후 8주간의 트레드밀 운동을 실시하고, 자가포식의 유도, 형성 그리고 자가포식포와 라이소좀 융합단계를 조절하는 단백질의 발현을 확인하였다. 실험동물(SD rat)은 20주간의 고지방식이(탄수화물: 20%, 지방: 60%, 단백질: 20%)를 통해 비만을 유도하였으며, 8주간의 트레드밀 운동(주 5일, 하루 30분, 5분; 8m/min, 5분; 11m/min, 20분; 14m/min)을 실시하였다. 집단 구분은 정상식이 비교군(n=10), 고지방식이 비교군(n=10), 고지방식이 운동군(n=10)으로 구분하였다. 8주간의 트레드밀 운동 실시 전과 후에 경구당부하검사를 실시하여 곡선 하 면적(area under the curve; AUC)을 산출하였으며, 공복시 인슐린 농도와 포도당 농도를 통해 인슐린 저항성 지표인 HOMA-IR과 체중 당 복부지방량(abdominal visceral fat/Body weight; AVF/BW)를 산출하여 비교하였다. 또한 심장 조직에서 자가포식 관련 단백질을 분석하여 운동 트레이닝의 효과를 검증하였다. 장기간의 고지방식이를 통해 HFD-CON 그룹에서는 비만이 유도되었으며, ND-CON 그룹에 비해 체중, AUC, HOMA-IR, AVF/BW가 증가되는 것으로 나타났다. 하지만 8주간의 트레드밀 운동을 실시한 HFD-TE 그룹에서는 AUC, HOMA-IR, AVF/BW가 개선되는 것으로 나타났다. 체중의 경우, 감소되는 경향은 있었지만, 통계적으로 유의한 차이는 없었다. 자가포식 유도에 관여하는 mTOR와 AMPK는 비만상황에서 모두 감소되었지만, 운동을 통해 증가되는 것으로 나타났다. 자가포식 형성에 관련된 Beclin-1, BNIP3, ATG-7, p62, LC3는 비만상황에서 모두 증가하는 것으로 나타났으며, 운동을 통해 감소되는 것으로 나타났다. 자기포식포와 라이소좀 융합단계 조절하는 Cathepsin L과 LAMP2는 비만상황에서 모두 감소되었으며, 운동을 통해 증가하는 것으로 나타났다. 트레드밀 운동과 같은 신체활동은 대사성 질환에서 나타나는 병리학적 현상을 개선하고 자가포식 과정을 정상적으로 유도하는 것으로 나타났다. 따라서 트레드밀 운동이 심장 관련 질환의 예방 및 치료에 있어 일차적으로 고려해야할 필요성이 있다고 제안한다.

• 한국어병학회지
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• 제6권2호
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• pp.93-101
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• 1993

효모의 RNAI유전자는 RNA processing에 관여 하는지 혹은 RNA transport에 관여 하는지 아직까지 유전자의 기능이 정확히 알려져 있지 않은 실정이다. 효모의 RNAI 유전자의 기능을 파악하기 위한 방법으로 본 연구에서는 rna1-1 mutant gene을 cloning하여 이에 대한 DNA sequence를 조사함으로써 RNAI 유전자와 rna1-1 유전자의 차이점을 이해하고자 하였다. rna1-1 marker를 갖는 yeast strain(R49)로 부터 genomic DNA를 추출하여 이를 BglII로 절단하여 genomic southern blotting을 행한 결과 wild type의 경우와 동일하게 3.4 kb에서 hybridization되는 signal을 얻었으며, RNAl 및 rna1-1이 yeast genome내에 single site로 존재함을 보여 주는 결과를 얻었다. mutant strain으로 부터 얻은 3.4 kb의 BglI fragment를 pUC19의 BamHI site에 subcloning하여 transformant들을 얻었고, wild type RNAl 유전자를 probe로 하여 rna1-1 mutant 유전자를 cloning할 수 있었다. pUC19에 cloning된 RNA1유전자 및 rna1-1유전자로부터 다양한 Ba131유도체를 얻어 이들에 대한 염기 서열을 비교한 결과 transcription initation site에서부터 down stream쪽으로 17 아미노산위치에 TCC가 TTC로 대치되어 있었으며 그 결과 serine이 phenylalanine으로 변환되는 결과를 얻었다. Wild type RNAI gene의 5'-region에는 3군데의 TATA-like sequence가 true TATA box인지 확인하기 위하여 Bal3I deletion에 의해 -103nt까지 deletion된 유도체를 얻었으며 ${\Delta}RNAI$, rna1-1, 81-2-6 clone이 rna1-1 allele와 complementation한지 확인하였으나 ${\Delta}RNAI$은 TS-complementation을 하지 못하였다. 따라서 현재까지 TATA-box라고 알려진 부분은 promoter로 작용하지 못함을 확인하였다.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제26권1호
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• pp.30-35
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• 2013

The myostatin (MSTN) gene, as a negative regulator of skeletal muscle growth, has been proposed to be associated with production traits in farm animals. In the present study, a T/C variant at -125 bp (relative to ATG start codon) of 5'regulatory region of rabbit MSTN was identified by direct sequencing. Two hundred and twenty two rabbits, which were randomly sampled from 3 breeds (Ira rabbits, Champagne rabbits and Tianfu black rabbits), were genotyped by high-resolution melting (HRM). Comparing the genotyping results of 47 samples with direct sequencing, the HRM showed high sensitivity (0.96) and high specificity (0.98). In the three rabbit breeds, the allele C was the predominant allele. The polymorphic site showed high heterozygosity (He = 0.48) and high effective number of alleles (Ne = 1.91). The genetic diversity was reasonably informative (0.25

• BMB Reports
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• 제36권5호
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• pp.475-487
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• 2003

A gene that encodes a homologue to baculoviral p74, an envelope-associated viral structural protein, has been identified and sequenced on the genome of Choristoneura fumiferana granulovirus (ChfuGV). A part of the ChfuGV p74 gene was located on an 8.9 kb BamHI subgenomic fragment using different sets of degenerated primers. These were designed using the results of the protein sequencing of a major 74 kDa structural protein that is associated with the occlusion-derived virus (ODV). The gene has a 1992 nucleotide (nt) open-reading frame (ORF) that encodes a protein with 663 amino acids with a predicted molecular mass of 74,812 Da. Comparative studies revealed the presence of two major conserved regions in the ChfuGV p74 protein. This study also shows that all of the p74 proteins contain two putative transmembrane domains at their C-terminal segments. At the nucleotide sequence level, two late promoter motifs (TAAG and GTAAG) were located upstream of the first ATG of the p74 gene. The gene contained a canonical poly(A) signal, AATAAA, at its 3' non-translated region. A phylogenetic tree for baculoviral p74 was constructed using a maximum parsimony analysis. The phylogenetic estimation demonstrated that ChfuGV p74 is related the closest to those of Cydia pomonella granulovirus (CpGV) and Phthorimaea operculella granulovirus (PhopGV).

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제10권2호
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• pp.258-263
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• 2000

2-Hydroxy-6-oxo-6phenylhexa-2,4-dienoate (HOPDA) hydrolase catalyzes the hydrolytic cleavage of HOPDA to bemzpate and 2-hydroxypenta-2, 4-dienoate (HPD) during microbial catabolism of biphenyl and polychlorinated biphenyls. A HOPDA hydrolase gene (pcbD) was isolated from the genomic library of Pseudomonas sp. P20 and designated as pCNUO1201; a 7.5-kb XbaI DNA fragment from Pseudomonas sp. P20 was inserted into the pBluescript SK(+) XbaI site. E. coli HB101 harboring pCNU1201 exhibited HOPDA hydrolase activity. The open reading frame (ORF) corresponding to the pcbD gene consisted of 855 base pairs with an ATG initiation codon and a TGA termination codon. The ORF was preceded by a rebosome-binding sequence of 5'-TGGAGC-3' and its G+C content was 55 mol%. The pcbD gene of Pseudomonas sp. P20 was located immedeately downstream of the pcbC gene encoding 2,3- dihydroxybiphenyl 1,2-dioxygenase, and approximately 4-kb upstream of the pcbE gene encoding HPD hydratase. The pcbK gene was able to encode a polypeptide with a molecular weight of 31,732 containing 284 amino acid residues. The deduced amino acid sequence of the HOPDA hydrolase of Pseudomonas sp. P20 exhibited high identity (62%) with those of the HOPDA hydrolases of P. putida KF715, P. pseudoalcaligenes KF707, and Burkholderia cepacia LB400, and also significant homology with those of other hydrolytic enzymes including esterase, transferase, and peptidase.

• 한국미생물·생명공학회지
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• 제30권1호
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• pp.8-14
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• 2002

Pseudomonas sp. S-47은 xylXYZLTE 유전자에 의하여 암호화되는 효소군에 의하여 4CBA를 분해하여 5-chloro-2-hydroxymuconic semialdehyde(5C-2HMS)를 생성하는데, 본 연구에서는 이 5C-2HMS의 다음 분해과정을 확인하였다. xylXYZLTE 유전자와 5-chloro-2-hydroxymuconic semialdehyde dehydrogenase(5C-2HMSD)를 암호화하고 xylG 유전자를 포함하는 재조합 균주인 pCSS202로부터, xylG 유전자를 포함하는 재조합 플라스미드 pENV5를 만들었다. 이 플라스미드는 2-hydroxymuconic semialdehyde, 3-chloro-muconate, 2-hydroxy-6-oxohepta-2,4-dienoate, 2-hydroxy-5-methylmuconic semialdehyde와 같은 aromatic compound 에서 분해능을 나타냈으며, 그 중 5C-2HMS에서 가장 높은 분해능을 나타내었다. 또한 5C-2HMSD를 암호화하는 유전자인 xylC의 염기서열을 분석한 결과, 약 1,600 bp의 염기와 486개의 amino acid residue를 갖고있는 것을 확인하였다. P. sp. S-47의 xylG 유전자를 비교 분석한 결과 P. putida CF600, P. putida G7과 P. putida mt-2 등의 5C-2HMS dehydro-genase와 85％ 이상의 amino acid homology를 보여주었다.

• 한국어류학회지
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• 제23권1호
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• pp.10-20
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• 2011

한반도 고유종인 묵납자루(Acheilognathus signifer)로부터 metallothionein(MT) 유전자를 분리하고 그 유전자 구조와 발현 특징을 분석하였다. 묵납자루 MT cDNA는 20개의 시스테인(cysteines)을 포함한 60개의 아미노산을 암호화하고 있었고, 이들 시스테인 잔기들의 위치는 잉어목 어류에서 잘 보전되어 있었다. 묵납자루 MT 유전자는 3개의 exon과 2개의 intron으로 구성되어 있었으며 intron영역은 A/T조성 빈도가 높았다. 생물정보 분석법을 통해 묵납자루 MT 유전자의 프로모터 영역은 중금속 조절 빛 스트레스/면역관련 조절에 관련한 다양한 전사 조절인자들의 부착 위치들이 보유하고 있는 것으로 예측되었다. Real-time RT-PCR 분석법을 이용한 묵납자루 MT mRNA의 조직 별 발현 수준을 조사한 결과, 난소와 장 조직에서의 발현 수준이 가장 높았으며 성장과 근욕 조직에서의 발현 수준이 가장 낮은 것으로 확인되었다. 구리를 이용한 중금속 노출 실험(구리 농도 $0.5\;{\mu}M$을 이용, 48 시간 동안 침지 처리)을 통하여 간 조직에서 MT mRNA 발현이 가장 많이 유도되었고(3.5배 이상), 비장, 신장 및 아가미에서도 유의적인 발현양의 증가(1.5~2.5배)가 관찰되었다. 그러나 뇌 및 장 조직에서는 MT 발현양의 변화가 없었다. 본 연구 결과는 향후 멸종위기 고유종인 묵납자루의 중금속 관련 스트레스 연구에 유용한 기초 자료를 제공할 수 있으리라 기대된다.

• BMB Reports
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• 제31권6호
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• pp.578-584
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• 1998

In a previous paper (Kim et al., 1996a), the immediate 5' -flanking region and coding region of the human UDP-N -acetylglucosamine:-D-mannoside-1,4-Nacetylglucosaminyltransferase III (N-acetylglucosaminyitransferase- III; GnT-III) gene was reported, isolated and analyzed. Herein, we report on amplification of a new 5' -noncoding region of the GnT-III mRNA by single-strand ligation to single-stranded cDNA-PCR (5' -RACE PCR) using poly(A)+ RNA isolated from human fetal liver cells. A cDNA clone was obtained with 5' sequences (96 bp) that diverged seven nucleotides upstream from the ATG (+1) start codon. A concensus splice junction sequence, TCTCCCGCAG, was found immediately 5' to the position where the sequences of the cDNA diverged. The result suggested the presence of an intron in the 5' -noncoding region and that the cDNA was an incompletely reversetranscribed cDNA product derived from an mRNA containing a new noncoding exon. When mRNA expression of GnT-III in various human tissues and cancer cell lines was examined, Northern blot analysis indicated high expression levels of GnT-III in human fetal kidney and brain tissues, as well as for a number of leukemia and lymphoma cancer cell lines. Promoter activities of the 5' -flanking regions of exon 1 and the new noncoding region were measured in a human hepatoma cell line, HepG2, by luciferase assays. The 5'-flanking region of exon 1 was the most active, whilst that of exon 2 was inactive.

• Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
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• 제13권11호
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• pp.5433-5438
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• 2012

Background: Hepatocellular carcinoma (HCC) is a common and aggressive malignancy. Despite of the improvements in its treatment, HCC prognosis remains poor due to its recurrence after resection. This study provides complete genetic profile for Egyptian HCC. Genome-wide analyses were performed to identify the predictive signatures. Patients and Methods: Liver tissue was collected from 31 patients with diagnosis of HCC and gene expression levels in the tumours and their adjacent non-neoplastic tissues samples were studied by analyzing changes by microarray then correlate these with the clinico-pathological parameters. Genes were validated in an independent set by qPCR. The genomic profile was associated with genetic disorders and cancer focused on gene expression, cell cycle and cell death. Molecular profile analysis revealed cell cycle progression and arrest at G2/M, but progression to mitosis; unregulated DNA damage check-points, and apoptosis. Result: Nine hundred fifty eight transcripts out of the 25,000 studied cDNAs were differentially expressed; 503 were up-regulated and 455 were down-regulated. A total of 19 pathways were up-regulated through 27 genes and 13 pathways were down-regulated through 19 genes. Thirty-seven genes showed significant differences in their expression between HCC cases with high and low Alpha Feto Protein ($AFP{\geq}600$ IU/ml). The validation for the microarray was done by real time PCR assay in which PPP3CA, ATG-5, BACE genes showed down-regulation and ABCG2, RXRA, ELOVL2, CXR3 genes showed up-regulation. cDNA microarrays showed that among the major upregulated genes in HCC are sets. Conclusion: The identified genes could provide a panel of new diagnostic and prognostic aids for HCC.