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Characterizing Milk Production Related Genes in Holstein Using RNA-seq

  • Seo, Minseok;Lee, Hyun-Jeong;Kim, Kwondo;Caetano-Anolles, Kelsey;Jeong, Jin Young;Park, Sungkwon;Oh, Young Kyun;Cho, Seoae;Kim, Heebal
    • Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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    • 제29권3호
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    • pp.343-351
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    • 2016
  • Although the chemical, physical, and nutritional properties of bovine milk have been extensively studied, only a few studies have attempted to characterize milk-synthesizing genes using RNA-seq data. RNA-seq data was collected from 21 Holstein samples, along with group information about milk production ability; milk yield; and protein, fat, and solid contents. Meta-analysis was employed in order to generally characterize genes related to milk production. In addition, we attempted to investigate the relationship between milk related traits, parity, and lactation period. We observed that milk fat is highly correlated with lactation period; this result indicates that this effect should be considered in the model in order to accurately detect milk production related genes. By employing our developed model, 271 genes were significantly (false discovery rate [FDR] adjusted p-value<0.1) detected as milk production related differentially expressed genes. Of these genes, five (albumin, nitric oxide synthase 3, RNA-binding region (RNP1, RRM) containing 3, secreted and transmembrane 1, and serine palmitoyltransferase, small subunit B) were technically validated using quantitative real-time polymerase chain reaction (qRT-PCR) in order to check the accuracy of RNA-seq analysis. Finally, 83 gene ontology biological processes including several blood vessel and mammary gland development related terms, were significantly detected using DAVID gene-set enrichment analysis. From these results, we observed that detected milk production related genes are highly enriched in the circulation system process and mammary gland related biological functions. In addition, we observed that detected genes including caveolin 1, mammary serum amyloid A3.2, lingual antimicrobial peptide, cathelicidin 4 (CATHL4), cathelicidin 6 (CATHL6) have been reported in other species as milk production related gene. For this reason, we concluded that our detected 271 genes would be strong candidates for determining milk production.

바이오센서를 위한 PC 기반의 휴대용 고속 임피던스 분석기 개발 (Development of PC-based and portable high speed impedance analyzer for biosensor)

  • 김기련;김광년;허승덕;이승훈;최병철;김철한;전계록;정동근
    • 센서학회지
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    • 제14권1호
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    • pp.33-41
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    • 2005
  • For more convenient electrode-electrolyte interface impedance analysis in biosensor, a stand-alone impedance measurement system is required. In our study, we developed a PC-based portable system to analyze impedance of the electrochemical cell using microprocessor. The devised system consists of signal generator, programmable amplifiers, A/D converter, low pass filter, potentiostat, I/V converter, microprocessor, and PC interface. As a microprocessor, PIC16F877 which has the processing speed of 5 MIPS was used. For data acquisition, the sampling rate at 40 k samples/sec, resolution of 12 bit is used. RS-232 with 115.2 kbps speed is used for the PC communication. The square wave was used as stimuli signal for impedance analysis and voltage-controlled current measurement method of three-electrode-method were adopted. Acquired voltage and current data are calculated to multifrequency impedance signal after Fourier transform. To evaluate the implemented system, we set up the dummy cell as equivalent circuit of which was composed of resistor, parallel circuit of capacitor and resistor connected in parallel and measured the impedance of the dummy cell; the result showed that there exist accuracy within 5 % errors and reproduction within 1 % errors compared to output of Hioki LCR tester and HP impedance analyzer as a standard product. These results imply that it is possible to analyze electrode-electrolyte interface impedance quantitatively in biosensor and to implement the more portable high speed impedance analysis system compared to existing systems.

경주 감포지역 해안단구의 지형면분석을 위한 GIS의 적용 (GIS Application for the Analysis of Geomorphic Surfaces of Marine Terrace at Gampo, Gyeongju City)

  • 황상일;정혜경;윤순옥
    • 한국지리정보학회지
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    • 제3권2호
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    • pp.48-60
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    • 2000
  • 1:5,000 수치지형도를 GIS로 처리하여 해안단구가 모식적으로 분포하는 경북 경주시 감포읍 일대의 지형면 분포특색을 조사하고, 지형면을 추출하였다. 이 과정에서 해안단구 지형연구에 GIS tool의 유용성과 문제점을 검토하였다. 12 지점에서의 해안단구 종단면에 대하여 종단면분석을 행하여 한국 남부 해안에서는 보고된 바 없는 해발고도 100m 이상인 고고위면을 확인하였다. 또한, 실측으로 얻은 지형면 분포가능범위인 평균경사도 $1{\sim}5^{\circ}$를 해발고도 4~87m에 대입하여, 경사도분석으로 각 단구면의 면적비를 추출하여 해안단구 저위 I 면이 해안단구 연구의 기준면이 될 수 있음을 확인하였다. GIS를 이용함으로서 최소한의 노력으로 해안단구면의 분포가능지역을 탐색해 볼 수 있으나, 상세한 실제측량을 통해 각 지형면의 자료가 제공되어야 정확한 분석이 가능하다. 이 방법은 지형분석결과를 계량화하여 주므로 객관적인 분석의 기초를 제공한다. 또한 현지조사가 어려운 지역에 대한 자료를 획득할 수 있고, 지형면의 기복을 쉽게 파악할 수 있는 효용성이 있으나, 분석의 정확도를 제고하기 위해서는 보다 대축척화된 지형도와 수치지형도가 제공되어야 할 것이다.

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The Usefulness of Selected Physicochemical Indices, Cell Membrane Integrity and Sperm Chromatin Structure in Assessments of Boar Semen Sensitivity

  • Wysokinska, A.;Kondracki, S.;Iwanina, M.
    • Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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    • 제28권12호
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    • pp.1713-1720
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    • 2015
  • The present work describes experiments undertaken to evaluate the usefulness of selected physicochemical indices of semen, cell membrane integrity and sperm chromatin structure for the assessment of boar semen sensitivity to processes connected with pre-insemination procedures. The experiments were carried out on 30 boars: including 15 regarded as providers of sensitive semen and 15 regarded as providers of semen that is little sensitive to laboratory processing. The selection of boars for both groups was based on sperm morphology analyses, assuming secondary morphological change incidence in spermatozoa as the criterion. Two ejaculates were manually collected from each boar at an interval of 3 to 4 months. The following analyses were carried out for each ejaculate: sperm motility assessment, sperm pH measurement, sperm morphology assessment, sperm chromatin structure evaluation and cell membrane integrity assessment. The analyses were performed three times. Semen storage did not cause an increase in the incidence of secondary morphological changes in the group of boars considered to provide sperm of low sensitivity. On the other hand, with continued storage there was a marked increase in the incidence of spermatozoa with secondary morphological changes in the group of boars regarded as producing more sensitive semen. Ejaculates of group I boars evaluated directly after collection had an approximately 6% smaller share of spermatozoa with undamaged cell membranes than the ejaculates of boars in group II ($p{\leq}0.05$). In the process of time the percentage of spermatozoa with undamaged cell membranes decreased. The sperm of group I boars was characterised with a lower sperm motility than the semen of group II boars. After 1 hour of storing diluted semen, the sperm motility of boars producing highly sensitive semen was already 4% lower ($p{\leq}0.05$), and after 24 hours of storage it was 6.33% lower than that of the boars that produced semen with a low sensitivity. Factors that confirm the accuracy of insemination male selection can include a low rate of sperm motility decrease during the storage of diluted semen, low and contained incidence of secondary morphological changes in spermatozoa during semen storage and a high frequency of spermatozoa with undamaged cell membranes.

항만정온도 추정방법 개선방안 검토 (Review of the Improvement of the Estimation Method of Harbor Tranquility)

  • 정원무;류경호
    • 한국해안·해양공학회논문집
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    • 제26권6호
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    • pp.397-404
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    • 2014
  • 우리나라의 항만정온도 검토 방법에는 이상 시 항내정온도 검토와 항만가동율 검토 등이 있으며 대부분의 경우에 두 가지 방법을 모두 수행하고 있다. 전자에서는 정온도 기준을 합리적인 근거가 없는 항내파고 절대치로 판단하고 있는 문제점이 있으며 그 실효성에도 의문이 제기된다. 후자에서는 초과출현율 파 또는 장기간의 실측 및 역추산 자료의 파향-주기군을 사용하여 항만가동율을 산정하는 방법 등이 사용되고 있는데 이들 중 초과출현율 파의 사용은 정확도에 문제가 있으므로 장기간 자료를 사용하는 것이 바람직하다. 또한, 현재 적용되는 하역한계파고의 기준은 너무 단순하여 실제 상황을 반영하는데 한계가 있다. 본 논문에서는 부산항 신항에서 관측한 파고 실측자료를 사용하여 현행 항만정온도 및 항만가동율 검토방법의 문제점을 실질적으로 입증하였으며 실측자료의 중요성을 강조하였다. 향후 우리나라 주요 항만 내 외에서 장기간의 실측 자료를 확보함으로써 개선된 항만정온도 기준을 마련하는데 적극적으로 활용하는 것이 바람직하다.

석탄가스화 복합발전플랜트 가스터빈 압축기와 공기분리장치 간의 최적 연계설계를 위한 매개변수연구 (Parametric Study for the Optimal Integration Design between the Gas Turbine Compressor and the Air Separation Unit of IGCC Power Plant)

  • 이찬;김형택
    • 에너지공학
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    • 제5권2호
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    • pp.160-169
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    • 1996
  • 석탄가스화복합발전소의 가스터빈 공기압축기와 공기분리장치 간의 최적 연계설계를 위한 매개변수 연구를 수행하였다. 본 연구에서는 복수형 증류탑공정의 공기분리장치를 사용하였으며, 증류탑공정의 특성으로부터 압축기와의 연계조건인 공기추출량, 공기추출압력 및 공기/질소 열교환 조건들을 정의, 수식화하였다. 공기분리장치와 연계된 가스터빈용 공기압축기의 성능변화는 유선곡률방법과 압력손실모델을 결합한 해석방법을 사용하였으며, 예측결과들을 실제 압축기성능 시험결과와 비교하여 예측정확도를 검증하였다. 본 압축기성능 해석방법을 이용하여, 압축기와 공기분리장치의 연계조건인 열교환기의 핀치포인트 온도차, 추출공기량 및 추출 공기압력이 압축기성능에 미치는 영향을 정량적으로 검토하였다. 공기추출량이 늘어나거나 핀치포인트 온도차가 커질수록, 압축기의 압축비 및 소요동력은 증가하였다. 반면에, 압축기 효율은 공기추출량의 증가에 따라 고압공기추출시에는 저하되고, 저압공기추출시에는 향상되었다. 더나아가, 압축기의 일반화된 입구조건과 효율간의 특성곡선을 통해, 압축기 효율을 극대화 할 수 있는 압축기/공기분리장치간의 최적연계조건을 제시하였다.

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PLEIADES 영상과 TerraSAR 기준점을 활용한 비접근지역의 1/5,000 수치지형도 제작을 위한 기하보정의 허용오차 만족 가능성 평가 (Assessment of Possibility of Adopting the Error Tolerance of Geometric Correction on Producing 1/5,000 Digital Topographic Map for Unaccessible Area Using the PLEIADES Images and TerraSAR Control Point)

  • 신진규;이영진;김경종;이준혁
    • 한국측량학회지
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    • 제33권2호
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    • pp.83-94
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    • 2015
  • 최근 남북교류 협력사업과 통일에 대비한 각종 계획 및 정책 수립에 비접근 지역에 대한 공간자료의 필요성이 대두되고 있다. 이에 본 연구에서는 PLEIADES 영상과 TerraSAR 기준점을 활용하여 비접근 지역의 1/5,000 수치지형도 제작을 위한 기하보정의 허용오차 만족 가능성을 평가하였다. GPS 측량성과의 기준점 수량 및 배치를 변경해 가면서 기하보정을 수행하였고, 기하학적 배치와 안전성을 고려하여 5점을 활용하는 방안을 선정하였다. 선정된 위치에 TerraSAR 기준점을 확보하여 정확도를 평가한 결과, RMSE는 X=±0.64m, Y=±0.46m, Z=±0.28m였고, TerraSAR 기준점으로 PLEIADES 영상을 기하보정한 결과, RMSE는 X=±0.34m, Y=±0.27m, Z=±0.11m, 검사점에 대한 RMSE는 X=±0.50m, Y=±0.30m, Z=±0.66m임을 확인하였다. 본 연구 결과를 통해 비접근지역의 PLEIADES 영상과 최적의 TerraSAR 기준점을 확보하여 공간자료를 구축한다면 국내 항공삼각측량의 조정계산 및 오차한계의 1/5,000 수치지형도 제작 규정에 부합하는 고정밀 공간정보의 확보가 가능하다고 사료된다.

이종의 도로망 데이터 셋에서 면 객체 매칭 기반 변화탐지 (Automatic Change Detection Based on Areal Feature Matching in Different Network Data-sets)

  • 김지영;허용;유기윤;김정옥
    • 한국측량학회지
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    • 제31권6_1호
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    • pp.483-491
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    • 2013
  • 차량용 내비게이션의 빠른 확산과 스마트폰 등 개인 단말기의 측위 기술 발달로 사용자 중심위치기반서비스, 특히 보행자 내비게이션 서비스에 대한 관심이 증대되고 있다. 보행자 내비게이션 서비스를 위한 핵심정보인 수치지도는 대용량이고 짧은 갱신주기를 요구하는 경우가 많아 수치지도의 효율적인 갱신이 중요한 이슈가 된다. 본 연구에서는 구축시기가 상이한 이종의 도로망 데이터 셋에 형상유사도 기반 면 객체 매칭을 적용하여 변화 탐지하는 기법을 제안하였다. 변화탐지에 앞서 이종의 도로망 데이터 셋의 면 객체 매칭에서 탐지될 수 있는 갱신 유형을 정의하였다. 면 객체 매칭 기반 변화 탐지를 위하여 이종의 두 도로망 데이터 셋의 선형인 도로객체를 이들로 둘러싸인 면인 블록으로 변환하였다. 변환된 블록을 중첩하여 중첩된 블록 간의 형상유사도를 계산하고, 이 값이 0.6 이상인 것을 후보 블록 쌍으로 추출하였다. 객체 유형별로 이분 그래프 군집화와 오목다각형 특성을 적용하여 정의된 갱신유형별 블록 쌍을 탐지하고, 해당 블록 쌍을 구성하거나 내부에 있는 도로 세그먼트 간의 프레셰 거리를 계산하였다. 이때, 프레셰 거리가 50 이상인 도로명주소기본도 도로구간의 도로객체가 갱신 도로객체로 추출된다. 그 결과 0.965의 높은 탐색율을 보여 제안된 기법이 이종의 도로망 데이터 셋의 선형 객체의 변화탐지에 적용될 수 있음을 확인할 수 있었다.

압전 구동기를 이용한 인코넬 690 튜브의 프레팅 마멸시험 (Fretting Wear Test of Inconel 690 Tubes Employing Piezoelectric Actuator)

  • 정일섭;이명호;박기홍;이정훈;권재도
    • 한국정밀공학회지
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    • 제26권2호
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    • pp.101-108
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    • 2009
  • 압전 구동기를 사용하여 상온 대기 중에서 프레팅 마멸 시험을 수행하기 위한 장치를 개발하였다. 구동기의 특성상 사용이 간편하며, 중력에 의한 가하중 방식을 채택하여 구조를 매우 단순화하였다. 개발된 시험기는 구동 시스템 자체의 마멸로 인한 미끄럼 운동 범위의 오차를 우려할 필요가 없다는 상대적 장점을 가진다. 본 연구에서 사용한 시험편의 경우 약 $600{\mu}m$ 이상 직경의 마멸흔이 생성되는 조건에서의 미끄럼 운동 범위의 평균 값 및 진폭의 변동은 각각 $3.3{\mu}m$$2.3{\mu}m$ 이내인 것으로 측정되었으며, 마멸흔의 크기에 비추어 볼 때 이는 만족할 만한 운동 정밀도라 판단된다. 제작된 시험기를 사용하여 인코넬 690 튜브의 프레팅 마멸 시험을 수행하였다. 수직 하중 10N 및 15N 에서 $10^6$ 사이클 동안 미끄럼 진폭을 최대 $82.7{\mu}m$까지 변화시킨 시험 결과를 정량화 하였으며, 이로부터 마멸 상수를 구하였다 또한 마멸 자국의 크기와 마멸 부피로부터 마멸 진행 거동이 상이한 세 영역을 구별할 수 있었다. 전자현미경 관찰을 통해 마멸흔을 살펴보았으며, 돌출부, 판상 층, 거친 모재 표면 등과 여기에 생성된 균열 등이 관찰되었다. 이를 통해 인코넬 690 튜브의 프레팅 마멸은 연삭 마멸과 더불어 입자의 분리 및 압착, 소성 변형과 판상 층의 형성, 균열의 생성 및 박리 등의 복합적 과정으로 진행됨을 알 수 있었다.

상수관로의 경제적 교체시기를 산정하기 위한 통계적 방법론 (A Statistical Methodology to Estimate the Economical Replacement Time of Water Pipes)

  • 박수완
    • 한국수자원학회논문집
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    • 제42권6호
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    • pp.457-464
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    • 2009
  • 본 논문에서는 상수관로의 파손자료를 이용하여 관로의 위험률을 산정하기 위해 사용되는 비례위험모형의 관로의 순차적 파손시간 예측정확도를 분석하고 이를 이용하여 관로의 경제적 교체 시간구간을 산정할 수 있는 방법론을 제시하였다. 비례위험모형에 기초한 생존함수를 이용하여 연구대상 관로들의 순차적 파손시간을 예측하고 이들을 기록된 파손시간과의 차이를 분석하였다. 이를 통하여 비례위험모형의 파손시간 예측 오차를 최소화하는 생존확률은 0.70인 것으로 결정되었으며, 세 번째 파손으로부터 일곱 번째 파손에 대한 모형만이 관로의 파손시간을 예측하는데 적합한 것으로 분석되었다. 생존확률 0.70과 순차적 파손사건에 대한 생존함수의 하한 및 상한을 이용하여 예제로 사용된 관로에 대해 예측된 파손시간의 95% 신뢰구간의 하한 및 상한을 추정하였다. 예측된 파손시간의 95% 신뢰 구간의 하한과 상한을 이용하여 관로 파손 경향모형인 General Pipe Break Prediction Models(GPBM)을 구축하고 이들을 관로의 한계파괴율과 결합하여 시간에 대한 해를 구하므로써 경제적 교체 시간구간을 산정하였다.