• Applied Biological Chemistry
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• 제50권2호
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• pp.95-100
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• 2007

식물성장 촉진호르몬인 auxin, 식물병원성 진균을 방제하는 siderophore 그리고 cellulase를 동시에 생산하는 PGPR균이자 생물방제균인 Bacillus licheniformis K11의 cellulase의 유전자를 PCR을 이용해 pUC18에 재조합 후 E. coli DH5${\alpha}$에 cloning하였으며, 이 형질전환 된 균주를 E. coli DH5${\alpha}$(pCW 77)라 하였다. 형질전환 균주 E. coli DH5${\alpha}$(pCW 77)는 B. licheniformis K11의 1.6kb 유전자를 포함하며, 이 cellulase는 1,479 bp, 499개의 amino acid가 암호화된 것으로 추정된다. 형질전환균주가 생산하는 cellulase(CelW)는 lac 프로모터를 이용해 발현되었으며, CMC-SDS-PAGE의 방법으로 약 55 kDa의 분자량을 확인하였다. B. licheniformis K11의 cellulase는 4종의 대표적인 Bacillus spp. 들이 생산하는 cellulase의 아미노산 배열이 97% 이상 일치하였다. CelW는 carboxymethyl-cellulose(CMC) 뿐만 아니라 불용성 섬유소인 Avicel, Filter paper(Whatman$^{\circledR}$ No. 1)는 물론이고 고추역병균 P. capsici의 건조 cell wall도 분해하였다. CMC를 기질로 60$^{\circ}C$에서 효소활성이 가장 높았으며, 최적 pH는 pH 6.0이었다. 그리고 CoCl$_2$ 또는 MnSO$_4$ 첨가시 활성이 2배 이상 증가하였지만, FeCl$_3$ 또는 HgCl$_2$ 첨가 시는 활성이 20% 이하로 떨어졌고, SDS와 sodium azide 등 여러 화학 저해제들을 첨가하여도 87% 이상의 활성을 유지하였다. 이 결과들은 B. licheniformis K11이 식물뿌리에 근권 microflora형성의 중요한 요인으로 작용할 수 있고, 생물방제력을 발휘하는 식물병원성 진균의 세포벽 분해 cellulase 기능 연구를 가능케 하여 식물병의 생물학적 방제 연구에 기초가 될 것이라 생각된다.

• 미생물학회지
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• 제42권1호
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• pp.40-46
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• 2006

우유에 풍부하게 존재하는 유당은 galactose와 포도당의 $\beta(1\rightarrow4)$ glycosidic 결합으로 구성되어 있고, 인간에서 이를 가수분해하는 효소는 lactase, 세균에서는 $\beta-galactosidase$로 알려져 있다. Lactase의 활성이 낮은 사람이 우유를 섭취했을 경우 일시적인 설사를 일으키고 때로는 만성적인 대감의 염증으로 인한 만성설사의 원인이 되기도 한다. 겨울철에 젖소를 사육하는 축사 주변에서 저온에서 생육하는 세균 AS-20을 분리하여 $\beta-galactosidase$ 활성을 갖는 균주를 선별하고 온도별로 분리균의 성장을 조사하였다. 그 결과 대장균이 자라지 못하는 $10^{\circ}C$에서도 분리된 AS-20은 생육이 가능하였고 생육 최적온도는 $30^{\circ}C$이였으며 이 온도에서 세대시간은 60여분 이었다. AS-20의 생화학적 특성을 bioMerieux Vitek Gram negative identification card (GNI+)로 조사한 결과 포도당을 발효, 산화시켰으며 유당, maltose, mannitol, xylose, L-arabinose 등을 이용하여 97% Hafnia alvei, 2% Escherichia coli로 동정되었다. Polymerase chain reaction으로 16S rRNA유전자를 증폭하여 1,426 bp의 염기서열을 결정하여 기존에 보고된 유전자들과의 유사도를 조사한 결과 분리된 균주 AS-20은 Hafnia alvei와 99%의 염기서열상 동성을 보였다. 이러한 결과는 BioMerieux Vitek Gram negative identification card 키트로 동정한 결과와 일치하였다. AS-20을 $10^{\circ}C,\;20^{\circ}C,\;30^{\circ}C$에서 배양하면서 $\beta-galactosidase$ 활성을 조사한 결과 저온인 $10^{\circ}C$와 $20^{\circ}C$에서 배양하였을 때에 배양최적 온도인 $30^{\circ}C$에서 배양했을 때 보다 1.5 배 정도 높은 효소활성을 보여주었으며, $30^{\circ}C$에서 배양된 대장균 보다 6배 이상의 효소활성을 보여 주어 저온조건에서 분리균의 효소생산이 비교적 높은 것으로 판단되었다.

• 한국동물위생학회지
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• 제31권1호
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• pp.1-16
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• 2008

Salmonella infections cause the disease in pigs but also some zoonotic Salmonella serotypes can be transmitted to human through swine products, resulting in food poisoning. The objective of this study was to investigate the bacteriological prevalence and detection of invA gene using Salmonella specific polymerase chain reaction (PCR), the epidemiological characteristics related to Salmonella strains cultured from pig samples in Gangwon areas using serotyping, random amplified polymorphic DNA (RAPD) and pulsed field gel electrophoresis (PFGE) methods. During the period of November 2001 through April 2002, 1,174 ileocecal lymph node were collected from the slaughtered pigs raised in 38 farms located in Gangwon province. The samples were submerged in boiling water and macerated in saline and lymph node homogenates were inoculated into Tetrathionate broth with iodine (TTB, Difco, 0.5% iodine was added) for enrichment growth. Then additional tests were performed using several mediums, and suspects were identified by API 20E kit (BioMerieux) and PCR. Of total 1,174 samples from 38 farms, 44 (3.7%) were isolated as Salmonella spp from 13 farms (34.2%). Of 44 isolates, 31 were in Yangyang region, followed by 9 in Goseong, 2 in both Gangneung and Sokcho. However, there was no difference in regional isolation frequency. All isolates have a 521bp amplified product in Salmonella specific PCR with primer invA which encodes in proteins for invasion of epithelial cells. Of 44 recovered serotypes, 23 (52.3%) were S Eingedi, 10 (22.7%) S Schwarzengrund, 9 (20.5%) S Typhimurium, and 2 (4.5%) S Mbandaka. In RAPD analysis, there appeared to be unique bands distinguishing each serotype, although similarities exist between the different serotypes. Four serotypes of 44 Salmonella isolates appeared to fall into 14 different RAPD types. In PFGE analysis, 9 S Typhimurium were tested with XbaI enzyme and SpeI enzyme. The combination of results obtained with two enzymes subdivided the 9 S Typhimurium into 4 PFGE types.

• 대한수의학회지
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• 제48권4호
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• pp.441-449
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• 2008

The genus Lactobacillus is the largest of the genera included in lactic acid bacteria and is associated with mucosal membranes of human and animal. Only a few Lactobacillus plasmid-encoded functions have been discovered and used. In this study, a novel plasmid (pILR091) was isolated from a wild L. reuteri isolated from pig and described the characteristics of its replicons, genetic organization, and relationship with other plasmids. After digestion of the plasmid, pILR091, with SalI, plasmid DNA was cloned into the pQE-30Xa vector and sequenced. The complete sequence was confirmed by the sequencing of PCR products and analyzed with the Genbank database. The isolate copy number and stability were determined by quantitative-PCR. The complete sequence of L. reuteri contained 7,185 nucleotides with 39% G-C content and one cut site by two enzymes, SalI and HindIII. The similar ori sequence of the pC194- rolling circle replication family (TTTATATTGAT) was located 63 bp upstream of the protein replication sequence, ORF 1. Total of five ORFs was identified and the coding sequence represented 4,966 nucleotides (70.4%). ORF1 of pILR091 had a low similarity with the sequence of pTE44. Other ORFs also showed low homology and E-values. The average G-C content of pILR091 was 39%, similar with that of genomic DNA. The copy number of pILR091 was determined at approximately 24 to 25 molecules per genomic DNA. These results suggested that pILR091 might be a good candidate to construct a new vector, which could be used for cloning and expression of foreign genes in lactobacilli.

• 한국지하수토양환경학회지:지하수토양환경
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• 제19권6호
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• pp.59-71
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• 2014

We investigated soil contamination depending on the land use by examining the contamination levels and distribution characteristics of 16 polycyclic aromatic hydrocarbons (PAHs) in the national soil. Total PAHs (the sum of 16 PAH concentrations) and carcinogenic PAHs (the sum of seven carcinogenic PAH concentrations) were $8.50{\sim}3,437.16{\mu}g/kg$ and $2.94{\sim}2,136.96{\mu}g/kg$, respectively. The concentration of benzo(a)pyrene, one of the contaminants regulated by the soil quality standard in the nation, was $ND{\sim}924.73{\mu}g/kg$. Its maximum value of $924.73{\mu}g/kg$ was detected in railroad (Region 3) and is approximately 13% of the standard value for Region 3 (i.e., 7 mg/kg). We also investigated the characteristics of contamination sources of PAHs in soil of the upland, forests, roads, and railroads, examining the fraction distribution of PAHs concentration by the number of benzene rings against the total PAHs concentration. The results demonstrate that the mean fraction of 4~6-ring PAHs against total PAHs concentration in soil was in the range of 51.8~80.7% with relative abundance of high-molecular PAHs, showing that the origin of contamination is under the category of combustion sources. When the molecular indices (Flu/(Flu/Pyr), Ant/(Ant+Phe), InP/(InP+BP), and BaA/(BaA+Chr)) were applied, they were also categorized as petroleum-based combustion sources. The individual PAH concentrations in soil by the land use were grouped into Regions 1, 2, and 3, which are statistically treated and are the parts of the national category system of soil quality standard. As a result, the concentration level of 16 PAHs was $0.02{\sim}2.63{\mu}g/kg$ in Region 1, $0.05{\sim}4.26{\mu}g/kg$ in Region 2, and $2.36{\sim}178.27{\mu}g/kg$ in Region 3. The concentration level of 6 carcinogenic PAHs was 14.2~320.4% against that of benzo(a)pyrene in Region 3 and sites of recycling waste sleepers. Considering that there were similarities among PAHs in terms of structures and toxicities, it would be recommended to review other types of carcinogenic PAHs together with benzo(a)pyrene when developing the soil quality standards in the nation.

• 한국동물학회지
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• 제38권4호
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• pp.550-556
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• 1995

c-myc proto-oncogene은 여러 세포들의 분화와 형질전화에 뿐만 아니라 정상세포의 분열조절에도 관여한다고 알려져왔다. 특히 생쥐의 초기배아에서 c-myc mRNA가 발현되고 antisense c-myc oligomer의 미세주입에 의해 배발생이 억제된다는 연구결과는 c-myc이 초기배아의 발생 및 분열에 관여하는 것을 시사한다. 그러나 최근까지 초기배아에 존재하는 c-myc promoter의 기능적 활성화에 관한 연구는 미진하였다. 이를 위하여, c-myc promoter와 대장균의 lacZ 유전자를 결합시킨 두 종류의 vector(pcmyc-Gall, pcmyc-Ga12)를 만들어 수정란의 전핵에 미세주입한 후, 배 발생에 따른 c-myc promoter의 활성화를 lacZ 유전자의 산물인 $\beta$-galactosidase 에 의한 X-gal 염색으로 조사하였다. 미세주입된 초기 배아는 2세포기 배아를 포함하는 여러 발생단계에서 $\beta$-galactosidase 의 활성을 보였다. 이는 c-myc 유전자가 배아의 게놈유전자로부터 발현되며, 또한 궁극적으로 초기 배아의 발생과정에 중요한 역할을 하고 있음을 시사하고 있다.

• 한국제4기학회지
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• 제9권1호
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• pp.33-42
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• 1995

우리나라의 서해(West Sea)는 일명 황해(Yellow Sea)라고 일컬어지는 약 40여 m의 평균 수심을 갖는 대륙붕 해저지형 분지에 의하여 지배되는 전형적 육연해이다, 그런데 이 바다는 중심부(황해의 중심부)를 기준으로 하여 중국 대륙의 산동반도에서 양가강 하구에 이르는 서부 해안을 가지며 북부에는 발해만의 해안이 있고 동부에는 서해(황해) 특유의 넓 은 조수환경(tidal environment)과 조수해안이 발달한다. 그러나 남쪽으로는 북서태평양과 연결된다. 한국 서해안이 평균 4m 이상의 조차(tidal range)를 나타내는 조간대 조수환경이 며 조간대 해저지형(intertidal morphology)이 전형적인 퇴적층(체)에 의하여 지배되는 여러 가지 특징을 나타낸다. 서해안 조수환경은 네델란드, 독일 또는 지배되는 여러 가지 특징을 나타낸다. 서해안 조수환경은 네델란드 독일 또는 미국의 경우와 같이 연구가 잘되어 세계 적으로 널리 알려진 소위 barrier island system and tidal depositional environments와는 크 게 다른 퇴적과정과 환경이다. 경기도 남양만의 조수 환경의 경우, 조간대 해저지형 요소인 조류로(tidal channel)와 조간대 정규해저(intertidal zone proper)에 관한 동력적 퇴적과정 연 구결과 조간대 특유의 lateral sedimentation 과 vertical sedimentation 2가지 퇴적과정중 후 자의 퇴적과정이 우세한 것으로 밝혀졌고 이러한 퇴적과정의 진행이 매우 안정한 지속성을 가지는 것이 특징이다, 이러한 퇴적과정의 조간대 퇴적물의 쇄설 입자는 약 20% 미만의 모 래(sand) 입자 50~70%의 실트(silt) 와 점토(clay) 입자가 20~30%에 달하는 입자조직 (grain texture)의 퇴적상을 나타낸다. 결과적으로 조간대의 동력적인 조수수괴의 수위(level of tidal water)는 평균 만조선과 평균 저조선으로 한정되며 이것은 퇴적과정과 퇴적작용의 조정(control) 요인으로 조간대 퇴적상의 발달과 분포에 큰 영향을 미친다, 예를들면 남양만 등의 대부분의 서해안 조간대 표층 퇴적상(녁\ulcorner미 sedimentary faci-es)은 만조선에서 간조 선에 가까울수록 조립화현상(coarsening trend)을 나타낸다. 이러한 퇴적상 변화는 저조선에 서 만조선으로의 조간대 지형과 주조수로의 지형.수력학적 특성이 다음과 같기 때문이다. a) a general decrease in width b) a general decrease in depth c) a general decrease in maximum and average current velocities d) a general increase in contents of suspended mud e) a general decrease in grain size of the bottom sand and an increasing abundance of muddy deposits. 우리나라 서해안 조간대 퇴적층(체)의 수직 층서(vertical stratigraphy)는 지난 3여년동안의 수십개의 vibracoring(주상시추)에 의하여 매우 흥미롭고 중요하게 밝혀지고 있는바 이것은 현세(Holocene)와 선현세(preHolocene: 11000 years BP)의 오랜시간 경과에 따른 조수환경 변화의 수직퇴적 과정과 기후 해수면 변화의 현상에 원인이 있다고 해석된다.(박용안 외, 1992-1995)결과적으로 서해안 조수퇴적체(층)의 분지주변(basim margin)진화과정이 밝혀지 고 있다.

• 한국식품영양학회지
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• 제9권4호
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• pp.452-458
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• 1996

호열균 B. stearothermophilus의 세포내 PPIase를 정제하여 Edman 법으로 N-말단 아미노산 배열을 결정하여 이를 바탕으로 합성한 올리고누클레오티드의 프리머를 이용하여, 서턴 분석하여 PPIase 유전자 약 3.0kb를 클로닝하였다.(pPI-40) PPI-40으로부터 PPIase N-말단 배열을 코드 하는 영역으로부터 합성한 프리머(A-1, B-2)를 이용하여, PCR법으로 PPIase N-말단을 코드 하는 유전자를 증폭하여, 염기배열을 경정한 후, 그 정보에 따라 유전 해석한 결과 PCR로 증폭된 단편(pSN-18)은 165염기로부터 형성된 55 아미노산잔기를 코드 하는 open reading frame (ORF)이 계속되고 있었고, Edman법으로 결정한 PPIase N-말단 아미노산 39 아미노산잔기가 완전히 일치하였다. 그리고, 이 ORF를 중심으로, 지금까지 클론화된 대장균의 PPIasea (cytoplasm)와 PPIase b(periplasm)의 아미노산 일차구조 해석으로부터 각각 58%(cytoplasm), 16%(periplasm)의 상동성을 나타냈다. PPIase 구조 유전자를 갖는 재조합플라스미드 pPI-40을 JM109로 형질전환하여 Lac 프로모터로 PPIase 단백질을 발현시켰다. 효소 분자량을 SDSPAGE로 확인한 결과 약 18kDa으로 호열균 B. stearothermophilus로부터 정제한 단백질 분자량과 동일하다. 면역억제(CsA, FK506)와의 화학적인 반응은 대장균의 PPIase와 동일하게, 면역억제와는 비감수성으로 나타났다.

• 대기
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• 제29권1호
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• pp.87-103
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• 2019

이 기술 노트에서는 중간복잡도 지구시스템모델의 하나인 LOVECLIM의 1.3 버전의 특성과 설치 및 운영 방법을 살펴보았으며, 두 종류의 홀로세의 기후 실험을 수행하고 그 결과를 기존 CMIP5/PMIP3실험결과와 비교, 분석하였다. 이 연구에서 수행된 홀로세 중기 평형기후실험과 홀로세 중기부터 현재까지의 점진적 기후변화 실험 결과를 CMIP5/PMIP3 실험 결과와 비교하여 살펴본 결과, 연직 3층의 준지균 근사 방정식을 사용하는 LOVECLIM의 대기모델은 지면대기 온도, 200 hPa 동서방향 바람, 800 hPa 남북방향 바람의 전구 분포의 공간상관도와 편차에서 CMIP5/PMIP3에 참여한 최신의 기후모델들에 비하여 상대적으로 낮은 대기장의 모의정확도를 보였지만, 전구 지면온도의 분포 및 변화, 대륙 연안 지역의 800 hPa 바람장, 200 hPa 동서방향 바람장 등은 최신의 기후모델과 유사한 모의 특성을 보였다. 특히 최근 6천년간의 장기 기후변화 실험은 단일 CPU 환경에서 약 4일 정도의 적분을 통해 수행되었음에도 CMIP5/PMIP3 기후모델들에서 모의된 두 시기의 지면온도의 주요한 차이를 잘 모의하고 있는 것으로 나타났다. 이렇듯 중간복잡도 지구시스템모델은 상대적으로 낮은 정확도로 인하여 범용적인 연구 도구로 활용되기에는 한계가 있지만, 고기후 등 특정 분야의 연구에서는 매우 유용한 연구 도구로 활용될 수 있다. 이러한 활용성은 중간복잡도 지구시스템모델을 이용한 여러 연구 결과들에서도 살펴볼 수 있으며, 이 기술 노트에서 소개된 LOVECLIM의 특성 및 설치 과정이 LOVECLIM을 이용한 다양한 국내 연구에 기여할 수 있길 기대한다.

• 한국식품과학회지
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• 제38권5호
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• pp.605-608
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• 2006

2004년 9월부터 12월까지 경인지역으로 수입되는 원료농산물 및 가공식품에 대하여 유전자재조합성분 함유여부 및 유전자재조합식품 표시제 이행실태를 확인하기 위하여 모니터링을 실시하였다. 분석방법은 유전자재조합식품 검사지침에 따랐으며, 콩류가공품(원료콩 포함) 64건, 옥수수 가공품(원료 옥수수 포함) 52건, 콩 및 옥수수 함유식품 4건 등 총 120 건을 분석대상으로 하였다. 분석결과 콩을 원료로 하는 콩류가공품 1건, 콩 및 옥수수 혼합 가공식품 1건 등 총 2건에서 유전자재조합 콩인 round-ready soybean 성분을 확인 할 수 있었다. 그러나 유전자재조합 옥수수 (Bt11, GA21, T25, E176, Mon810)를 포함하는 가공식품은 확인되지 않았다. 그리고 콩 가공품 3건, 옥수수가공품 8건, 콩 및 옥수수가공품 1건 등 총 12건에서는 내재성유전자를 확인할 수 없어 검사불능으로 판정되었다. 유전자재조합성분이 확인된 시료 2건은 구분유통증명서를 구비하고 있었으며, 검사불능 시료의 경우 대부분 옥수수전분을 포함하는 제품으로 확인되었고, 추출된 유전자를 양상을 분석한 결과 크기가 300 bp 이하로 절단되어 PCR법을 이용한 분석 시 주형유전자로 사용하기에는 충분 하지 않은 것으로 판단된다.