• KSBB Journal
• /
• 제18권1호
• /
• pp.35-38
• /
• 2003

양수 내에 존재하는 총 단백질을 이차원 전기영동을 이용하여 분리 분석하였고, gradient gel을 이용하여 양수 내에 소량으로 존재하는 미세 단백질까지 분리하였다. 양수 내에는 고농도로 존재하는 단백질이 있는데 이것이 serum albumin precursor임을 확인하였고, 8-18% gradient gel의 이용으로 분해능(resolution)이 향상되어 미세 단백질을 분리 분석할 수 있었다. 이차원 전기영동 후 MALDI-TOF를 이용하여 단백질을 identification하여 기존의 양수 protein database에 존재하는 단백질을 확인하였고, 존재하지 않는 새로운 단백질을 분리 분석하였다.

• KSBB Journal
• /
• 제20권2호
• /
• pp.71-75
• /
• 2005

2D-Gel 이미지간의 유사성을 기준으로 생물학적인 시료가 프로테옴 수준에서 유사성의 정도와 서로 다른 단백질 스팟을 파악해 낼 수 있다. 그러나 생물학적인 시료는 개체간 변화가 크고 2차원 전기영동장치의 재현성의 한계로 인하여 비교가 어려운 경우가 많고 의미 없는 차이점만 발견되는 경우 또한 비일비재하다. 이를 극복하기 위해서는 프로테옴 이미지간의 정렬을 통하여 정확한 비교가 가능하게 하여야한다. 본 연구에서는 이미지상의 단백질 스팟을 일일이 찾지 않고 여러 개의 원시 이미지를 동시에 정렬시키는 multiresolution-multilevel algorithm을 활용하여 소프트웨어를 개발하였다. 또 이렇게 정렬된 이미지들이 서로 얼마나 유사한지 보여주는 Phylogenetic tree를 자동으로 생성시키는 소프트웨어를 개발하였다. 이 방법을 이용하여 Fetal Alcohol Syndrome의 case와 control의 10개의 프로테옴 이미지에 대하여 클러스터링을 시도하였다. 이와 같이 2D-Gel 프로테옴 전체의 이미지를 비교하여 유사한 정도에 따라 모으는 클러스터링은 FAS 시료의 경우 case와 control 보다는 시료원의 외연적인 특징인 나이 혹은 성별에 더 의하여 의존하는 것으로 나타났다.

• 한국생물공학회:학술대회논문집
• /
• 한국생물공학회 2003년도 생물공학의 동향(XIII)
• /
• pp.746-749
• /
• 2003

Alignment of 2D-gel images of biological samples can visualize the difference of expression profiles and also inform us candidates of protein spots to be further analyzed. However, comparison of two proteome images between case and control does not always successfully identify differentially expressed proteins due to sample-to-sample variation. Because of poor reproducibility of 2D-gel electrophoresis, sample-by-sample variations and inconsistent electrophoresis conditions, multiple number of 2D-gel image must be processed to align each other to visualize the difference of expression profiles and to deduce the protein spots differentially expressed with reliability. Alignment of multiple 2D-Gel images and their clustering were carried out by applying various algorithms and statistical methods. In order to align multiple images, multiresolution-multilevel algorithm was found out to be suitable for fast alignment and for distorted images. Clustering of 12 different images implementing a k-means algorithm gives a phylogenetic tree of distance map of the proteomes. Microsoft Visual C++ was used to implement the algorithms in this work.

• BMB Reports
• /
• 제37권3호
• /
• pp.298-303
• /
• 2004

In general, a SYPRO Ruby dye is well known as a sensitive fluorescence-based method for detecting proteins by one-or two-dimensional SDS-PAGE (1-DE or 2-DE). Based on the SYPRO Ruby dye system, the combined two-dimensional fibrin zymography (2-D FZ) with SYPRO Ruby staining was newly developed to identify the Bacillus sp. proteases. Namely, complex protein mixtures from Bacillus sp. DJ-4, which were screened from Doen-Jang (Korean traditional fermented food), showed activity on the zymogram gel. The gel spots on the SYPRO Ruby gel, which corresponded to the active spots showing on the 2-D FZ gel, were analyzed by a matrix-assisted laser desorption ionization time of flight (MALDI-TOF) mass spectrometric analysis. Five intracellular fibrinolytic enzymes of Bacillus sp. DJ-4 were detected through 2-D FZ. The gel spots on the SYPRO Ruby dye stained 2-D gel corresponding to 2-D FZ were then analyzed by MALID TOF MS. Three of the five gel spots proved to be quite similar to the ATP-dependent protease, extracellular neutral metalloprotease, and protease of Bacillus subtilis. Also, the extracellular proteases of Bacillus sp. DJ-4 employing this combined system were identified on three gels (e.g., casein, fibrin, and gelatin) and the proteolytic maps were established. This combined system of 2-D zymography and SYPRO Ruby dye should be useful for searching the specific protease from complex protein mixtures of many other sources (e.g., yeast and cancer cell lines).

• 한국생물정보학회:학술대회논문집
• /
• 한국생물정보시스템생물학회 2002년도 제1차워크샵
• /
• pp.35-47
• /
• 2002

2D-PAGE/MALDI-TOF는 프로-테옴 연구의 중요한 실험 기법중의 하나이다. 이는 단백질의 발현 분석을 위한 방법으로, 2D-PAGE 결과로 얻어진 영상 데이터의 분석에 대한 정확도가 단백질 발현에 대한 분석 결과의 질을 결정하는 중요한 요인으로 작용한다. 2D Electrophoresis에 의한 Gel Protein Database는 현재 많은 연구자들에 의해 생산되고 있으며, 대단히 많은 데이터들이 인터넷을 통하여 접근이 가능하다. 이러한 대량 정보의 Database 활용이 가능한 상황은 2D-PAGE에 의해 생산된 Gel Image의 상호 비교에 대한 요구를 도출하였다. 본 발표에서는 영상처리 및 형태인식 기술과 2D-PAGE 연구의 결합을 주제로 하여, 2D-PAGE Gel 영상 처리 및 비교에 관련되는 전처리 (preprocessing), spot detection, feature extraction, spot matching 및 image comparison 기술을 소개한다.

• 치위생과학회지
• /
• 제10권2호
• /
• pp.79-83
• /
• 2010

소염진통제인 Ketorolac tromethamine에 치자엑스 복합제제를 혼합하여 4종의 하이드로겔을 제조한 다음 주성분의 확인, 점도, 표면장력, 인장강도 및 생체부착성 실험을 통해 다음과 같은 결론을 얻었다. 1. KGE 및 KGH gel 제제 중 Ketorolac tromethamine의 함량은 1.02~0.97%이었고, Geniposide의 함량은 KGE gel A와 C에서 0.34%이었으나, KGH gel B와 D에서 0.11%로 낮아졌고, Genipin의 함량은 KGE gel A와 C에서는 나타나지 않았으나, KGH gel B와 D에서 0.13%로 나타났다. 2. Gel 제제의 온도에 따른 점도는 gel 화제로 Carbopol 940을 단독으로 사용한 gel이 Poloxamer 407을 추가한 gel보다 더 높은 점도를 유지하였으며, 각 제제에서의 표면장력은 $37^{\circ}C$에서 34.77~40.58 dyne/cm를 나타냈다. 제제의 인장강도는 KGH gel B에서 대조군에 비하여 3.5배 정도 높은 인장강도를 나타냈다. 3. 생체부착성은 등피부 상부(표피층)와 배피부의 경우 KGH gel B 에서 50.62 N으로 나타나 대조군에 비해 5배 정도 높은 수치를 나타내었고, 등피부 하부(진피층)와 배피부의 경우 KGH gel B의 에서 35.93 N으로 나타나 대조군에 비해 3.5배 정도 높은 수치를 나타냈다.

• Journal of Applied Biological Chemistry
• /
• 제51권3호
• /
• pp.88-94
• /
• 2008

Three different protein extraction methods-phenol extraction, trichloroacetic acid (TCA) precipitation, and desalting/TCA precipitation-were compared to determine the optimal reproducible high resolution 2-dimensional (2-D) electrophoresis for each chungkugjang, doenjang, and kochujang samples. The soluble proteins from Chungkugjang extracted by phenol were separated with high reproducibility and resolution, and gained 1.75- to 3-fold more protein spots on 2-D gel than those from the other methods. On the contrary, the extracted proteins from doenjang and kochujang treated by desalting/TCA precipitation method showed about 1.5- to 3.3-fold more protein spots on 2-D gel. Using the established methods, the changes in the protein profiles of the fermented soy foods were monitored during the fermentation period by 2-DE. One of the major proteins in soy, $\beta$-conglycinin $\alpha$-subuint, and some proteins with unknown functions were localized on 2-D gel as the protease-resistant proteins throughout the fermentation period of doenjang. Changes in the protein profile monitored by the established methods can provide basic information on unfolding the mechanisms of the generation of biofunctional activity in the fermented soy foods.

• 산업식품공학
• /
• 제21권1호
• /
• pp.36-41
• /
• 2017

The release profiles of nisin from nisin-incorporating gel foods and the antimicrobial activities of the gels on the growth of Brochothrix thermosphacta in an aqueous system containing the gels have been investigated. A linear regression model was applied to determine the diffusion coefficient (D) for the diffusion of nisin in the gel. The antimicrobial activities of nisin released from 1, 2 and 3% (w/v) agar gels on the growth of B. thermosphacta in a broth medium with and without nisin were investigated. The D decreased from $1.2{\times}10^{-2}$ to $8.2{\times}10^{-3}$ and $6.4{\times}10^{-3}cm^2/s$ as the agar concentration in the gel increased from 1 to 2 and 3% (w/v), demonstrating the diffusion rate in the gels can be controlled by the agar concentration in gel. The agar gel incorporating nisin inhibited the B. thermosphacta growth in the broth medium by prolonging the lag phase. The growth inhibition was enhanced by the addition of nisin in the medium. The results of this study exhibited that the gel food is a feasible nisin delivery system with a controlled release achieved by the adjustment of agar concentration in the system, demonstrating the potential of nisin-incorporating gel for preserving particulate-containing drinks.

• Bulletin of the Korean Chemical Society
• /
• 제33권8호
• /
• pp.2489-2493
• /
• 2012

A new fluorescent system (acridine/RTIL hybrid gel) confined in the 3D micro-structure of a poly(lactic acid) membrane were prepared from 1-butyl-3-methylimidazolium-based ionic liquids ([bmim]X (X = $SbF_6$, $NTf_2$, Cl); RTILs), poly(lactic acid) (PLA), and acridine via the sol-gel route. SEM images showed that, in the presence of [bmim]$SbF_6$ and [bmim]$NTf_2$, 3D-ly paticulated structures were created inside the PLA membranes and acridine/RTIL hybrid gels were confined in gabs of particulates. However, the use of [bmim]Cl induced the formation of a 3D-ly porous structure containing the hybrid gel of acridine/[bmimCl in the micropores. The three fluorescent systems exhibited different fluorescence behaviors (fluorescence maximum and intensity) depending on the C2-H acidity scale of the RTILs (or their anion type). Acridine gels hybridized with [bmim]$SbF_6$ and [bmim]$NTf_2$ showed blue fluorescence with relative high intensity, whereas the hybrid gel with [bmim]Cl exhibited almost no fluorescence under dry conditions. However, the acridine/[bmim]Cl hybrid system in the micro-porous PLA membrane started to emit fluorescent light under humid conditions and showed a possible response, indicating that it could be applied as a humidity sensor.

• 미생물학회지
• /
• 제26권4호
• /
• pp.324-331
• /
• 1988

Pleuratus ostreatus로부터 ascorbate oxidizing enzyme을 황산암모늄 침전, preparative polyacrylamide gel 전기영동, DEAE Sepharose CL-6B 이온교환크로마토그라피, Sephadex G-150 gel 여과크로마토그라피의 단계를 거쳐 순수분리 하였다. 이 효소의 분자량은 gel 여과크로마토그라피에 의하여 140,000 정도로, 효소의 소단위 분자량은 SDS-polyacrylamide gel 전기영동에 의하여 66,000 정도로 추정되었다. Isoelectric focusing에 의하여 이 효소는 6.0의 등전점을 갖는 것으로 밝혀졌고, 최적반응온도는 $85^{\circ}C$ 정도, 최적반응 pH는 5.2 정도인 것으로 나타났다. 본 효소는 L-ascorbic acid와 D-isoascorbic acid에 대하여 동일한 친화도를 갖는 것으로 보이며, Km값은 두가지 기질에 대해 모두 2.2µM 이였다.