• Journal of Applied Biological Chemistry
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• 제53권4호
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• pp.225-231
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• 2010

기질분자로서 polyhydroxy 치환된 2-phenyl-l,4-benzopyrone 유도체(Flavones)(1-25)들의 hydroxyl 치환기($R_1-R_9$)가 변화함에 따른 Tyrosinase(PDB ID: oxy-form; 1WX2)에 대한 저해활성을 이해하기 위하여 분자도킹과 3차원적인 정량적 구조활성관계 (3D-QSARs: CoMFA 및 CoMSIA)가 연구되었다. 그 결과, 통계적으로 CoMFA 1 및 CoMSIA 1 모델이 가장 양호한 3D-QSARs 모델이었다. 또한, 순차 혼합화 분석결과로부터 CoMSIA 1 모델($dq^2'/dr_{yy'}^2$=1.009 및 $q^2$=0.511)이 우연상관성에 저촉되지 않는 최적화 모텔이었으며 최적화된 CoMSIA 1 모델의 tyrosinase에 대한 저해활성은 기질분자의 정전기장(51.4%)에 의존적이었다. Tyrosinase의 반응점에 대한 3D-QSAR 모델의 등고도는 수용체로서 tyrosinase과 저해제로서 2-phenyl-l,4-benzopyrone 기질분자 사이의 새로운 상호작용 관계를 이해하는 계기가 되었다. 그러므로 이 결과들은 새로운 잠재적인 tyrosinase 저해제의 최적화에 적용될 수 있을 것이다.

• 대한화학회지
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• 제60권4호
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• pp.225-234
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• 2016

The activity of 34 sulfonamide derivatives has been estimated by means of multiple linear regression (MLR), artificial neural network (ANN), simulated annealing (SA) and genetic algorithm (GA) techniques. These models were also utilized to select the most efficient subsets of descriptors in a cross-validation procedure for non-linear -log (IC50) prediction. The results obtained using GA-ANN were compared with MLR-MLR, MLR-ANN, SA-ANN and GA-ANN approaches. A high predictive ability was observed for the MLR-MLR, MLR-ANN, SA-ANN and MLR-GA models, with root mean sum square errors (RMSE) of 0.3958, 0.1006, 0.0359, 0.0326 and 0.0282 in gas phase and 0.2871, 0.0475, 0.0268, 0.0376 and 0.0097 in solvent, respectively (N=34). The results obtained using the GA-ANN method indicated that the activity of derivatives of sulfonamides depends on different parameters including DP03, BID, AAC, RDF035v, JGI9, TIE, R7e+, BELM6 descriptors in gas phase and Mor 32u, ESpm03d, RDF070v, ATS8m, MATS2e and R4p, L1u and R3m in solvent. In conclusion, the comparison of the quality of the ANN with different MLR models showed that ANN has a better predictive ability.

• 농약과학회지
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• 제9권2호
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• pp.140-145
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• 2005

정량적 구조 활성관계 모델링은 물리적인 성질과 생물학적 활성이 관계 있다는 것을 전제로 한다. 그러나, 퍼센트 활성과 같은 데이터들은 모델링에 많이 활용되지 않았다. 이것의 중요한 이유중의 하나는 이러한 값들이 정량적이 아니고 정성적인 데에 있다. 본 연구에서는 분자모델링에 퍼센트활성 데이터를 활용하기 위하여 데이터 값들을 2개의 계층으로 분류하고 CoMFA(비교분자장)를 판별함수로 활용하였다. 즉, 베타-케토아세트아닐라이드 유도체들의 토마토 역병균에 대한 항균력 시험의 퍼센트 활성 데이터를, 한 계층은 활성이 있는 것, 다른 계층은 활성이 없는 것으로 나누었다. 특히, CoMFA를 활용함으로써 화학적인 이해에 중요한 3차원적인 정보를 얻을 수 있었다. 이 모델은 주어진 데이타를 98%의 정확도로 설명하였으며, LOO 검증을 해본 결과 예측력은 약 69% 정도였다 이 결과는 활성 데이터를 근사적으로 2개의 계급으로 나누고 CoMFA를 활용하는 방식이 구조활성관계를 이해하고 화합물 유도체를 합성하는데 활용될 수 있음을 보여준다.

• Applied Biological Chemistry
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• 제47권3호
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• pp.351-356
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• 2004

HQSAR 방법으로 일련의 새로운 1-(5-methyl-3-phenylisoxazolin-5-yl)methoxy-2-chloro-4-fluorobenzene 유도체들중 A = 3,4,5,6-tetrahydrophthalimino, B = 3-chloro-4,5,6,7-tetrahydro-2H-indazolyl 및 C = 3,4-dimethylmaleimino 치환체들의 구조 변화에 따른 벼(Orysa sativa L.)와 논피(Echinochloa crus-galli) 뿌리와 줄기부위 사이의 살초활성 관계를 연구하였다. 두 가지 초종의 뿌리와 줄기의 살초활성에 대하여 유도된 4개의 HQSAR 모델들은 예측성, cross-validated $r^2\;_{cv.}$값$(q^2\;=\;0.760{\sim}0.924)$, non-cross-validated 상관계수$(r^2\;_{cv.}\;=\;0.868{\sim}0.970)$ 및 PRESS 값$(0.123{\sim}0.261)$에 근거하여 매우 양호한 통계값들을 나타내었다. 유도된 HQSAR 모델들은 벼 보다는 논피에 대하여 양호한 경향을 나타내었으며 CoMFA 모델에 비하여 예측성은 좋았으나$(q^2\;=\;HQSAR\;>\;CoMFA)$ 저해활성과의 상관성은 약간 낮은$(r^2\;=\;HQSAR\;<\;CoMFA)$ 경향이었다. 또한, HQSAR 기여도로부터 논피에 대한 선택적인 살초활성은 2-fluoro-4-chloro-5-alkoxy anilino 및 C-phenyl 고리상 $R_3-$치환기에 의존적임을 알았다.

• Bulletin of the Korean Chemical Society
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• 제31권10호
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• pp.2761-2770
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• 2010

In this study, we have developed QSAR models for a series of 38 piperidine-4-carboxamide CCR5 antagonists using CoMFA, CoMSIA and HQSAR methods. Developed models showed good statistics in terms of $q^2$ and $r^2$ values. Best predictions obtained with standard CoMFA model ($r^2$ = 0.888, $q^2$ = 0.651) and combined CoMSIA model ($r^2$ = 0.892, $q^2$ = 0.665) with electrostatics and H-bond acceptor parameter. The validity of developed models was assessed by test set of 9 compounds, which showed good predictive correlation coefficient for CoMFA (0.804) and CoMSIA (0.844). Bootstrapped analysis showed statistically significant and robust CoMFA (0.968) and CoMSIA (0.936) models. Best HQSAR model was obtained with a $q^2$ of 0.662 and $r^2$ of 0.936 using atom, connection, hydrogen, donor and acceptor as parameters and fragment size (7-10) with optimum number of 6 components. Predictive power of developed HQSAR model was proved by test set and it was found to be 0.728.

• 통합자연과학논문집
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• 제9권2호
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• pp.121-127
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• 2016

CXC chemokine receptor 2 (CXCR2) is a prominent chemokine receptor on neutrophils. The neutrophilic inflammation in the lung diseases is found to be largely regulated through CXCR2 receptor. Antagonist of CXCR2 may reduce the neutrophil chemotaxis and alter the inflammatory response. Hence, in the present study, ligand based Comparative molecular field analysis (CoMFA) was performed on a series of CXCR2 antagonist named pyrimidine-5-carbonitrile-6-alkyl derivatives. The optimum CoMFA model was obtained with statistically significant cross-validated coefficients ($q^2$) of 0.568 and conventional coefficients ($r^2$) of 0.975. The contour maps suggest the important structural modifications and this study can be used to guide the development of potent CXCR2 antagonist.

• Bulletin of the Korean Chemical Society
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• 제28권2호
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• pp.211-219
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• 2007

The subtle but significant differences and thereby the lack of consensus in active site structures among the crystal structures of cyclin-dependent kinase 2 (CDK2) has hampered structure-based drug design. In this study, we devised a simple but effective ‘mutation, pharmacophore-guided docking, followed by mutation' strategy to generate an “average” CDK2 structure, which was used for ligand docking study to successfully reproduce 30 out of 32 X-ray ligand positions within 2.0 A of heavy atom RMSD. This novel docking method was applied for structure-based 3D QSAR with CoMSIA study of a series of structurally related ligands, which showed a good discrimination between CDK2 binders and nonbinders.

• Applied Biological Chemistry
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• 제47권4호
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• pp.414-421
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• 2004

새로운 5-methyl-3-phenylisoxazolin-5-yl)methoxy-2-chloro-4-fluorobenzenes 유도체들의 구조 변화에 의한 벼(Orysa sativa L.)와 논피 (Echinochloa crus-galli) 뿌리와 줄기 부위의 protox 저해활성에 대한 3차원적 구조-활성관계(3D-QSAR)에 근거하여(성낙도, 등 (2004) 한국응용생명화학회지 47(3), 351-356) 비교분자 유사성 지수분석(CoMSIA) 방법으로 연구하였다. 두 초종의 부위별 protox 저해활성에 관한 CoMSIA 모델들은 수소결합 주게장이 제외된 입체장, 정전기장, 소수성장, 수소결합 받게장 등으로 조합된 CoMSIA장과 부가적 설명 인자로서 LUMO 분자 궤도장, 몰라 굴절을(MR) 및 쌍극자 능율(DM) 등이 추가된 조건에서 유도되었다. 방제 대상인 논피에 대한 모델이 벼에 대한 모델보다 양호하였으며 논피에 대한 모델은 cross-validated $r^2\;_{cv.}$값$(q^2=0.871{\sim}0.913)$과 non cross-validated $r^2\;_{ncv.}$값$(0.936{\sim}0.920)$ 그리고 PRESS 값$(0.255{\sim}0.273)$에 근거하여 매우 좋은 예측성을 나타내었다. 그리고 protox 저해 활성은 분자의 입체장$(5.4{\sim}15.7%)$ 및 소수성장$(68.0{\sim}84.3%)$과 높은 상관성을 보였다. 이같은 CoMSIA 분석결과, 논피에 대한 선택적인 protox 저해활성은 C-phenyl 고리상 ortho-위치가 steric bulky 할수록 클 것으로 예상되었다.

• 통합자연과학논문집
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• 제9권4호
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• pp.241-248
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• 2016

Corticotropin-releasing factor receptors (CRFRs) activate the hypothalamic-pituitary-adrenal axis, which is an integral part of the fight or flight response to stress. Increase in CRH level is observed in Alzheimer's disease and major depression and hypoglycemia. Here, we report on the relevant physicochemical parameters required for the CRFR inhibitors. Comparative molecular similarity indices analysis (CoMSIA) was performed with the derivatives of 8-substituted-2-aryl-5-alkylaminoquinolinesas CRFR inhibitors. The best predictions were obtained for the best CoMSIA model with a $q^2$ of 0.576 with 6 components and $r^2$ of 0.977. The statistical parameters from the generated CoMSIA models indicated that the data are well fitted and have high predictive ability. CoMSIA contour maps could be useful in the designing of more potent and novel CRFR derivatives.

• 대한약학회:학술대회논문집
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• 대한약학회 2003년도 Proceedings of the Convention of the Pharmaceutical Society of Korea Vol.2-2
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• pp.65.2-65.2
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• 2003

88 selective COX-2 inhibitors belonging to three chemical classes (triaryl rings, diaryl cycloalkanopyrazoles, and diphenyl hydrazides) were studied using comparative molecular field analysis (CoMFA) and comparative molecular similarity indices analysis (CoMSIA). Partial least squares analysis produced statistically significant models with q values of 0.84 and 0.79 for CoMFA and CoMSIA, respectively. The key spatial properties were detected by careful analysis of the isocontour maps. The binding energies calculated from flexible docking correlated with inhibitory activities by the least-squares fit method. (omitted)