• 한국축산식품학회지
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• 제28권3호
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• pp.355-362
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• 2008

젖소 초유에서 427개의 유산균 집락을 분리하였고 이중 산 생성 및 당 이용성이 우수한 1번, 71번 집락을 16S rRNA gene sequence 834 bp의 분석결과 1번 집락은 99% S. macedonicus, 71번 집락은 16S rRNA gene sequence 736bp의 분석결과 99% S. thermophilus 균으로 밝혀졌다. 분리한 균은 각각 S. macedonicus mCNB-11와 S. thermophilus CNB-11로 명명하였다. S. macedonicus CNB-11와 S. thermophilus CNB-11의 발효특성을 L. fermentum과 비교하면 당 함량, pH, 적정산도, 유산균수 조사에서 L. fermentum CNB-11과 S. thermophilus CNB-11이 우수한 결과를 얻었다. 발효초유사료 0.5% 급여구가 대조구에 비해 증체율이 유의성 있게 16.73%증가하였다. 1일 증체량은 대조구에 비해 84.56 g이 높았다. 따라서 발효초유사료 급여에 따른 사양성적은 매우 우수한 것으로 확인되었다. 혈액성분 중 혈당, 콜레스테롤, 알부민, 글로블린의 양은 대조구와 발효초유사료 0.5% 급여구에서 차이는 나타나지 않았다. 자돈의 설사는 시험기간 4주간 설사증상을 보이는 개체는 대조구가 16.6%인데 비해 발효초유사료 0.5% 급여구에서는 전혀 나타나지 않았다.

• Journal of Periodontal and Implant Science
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• 제28권4호
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• pp.659-678
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• 1998

본 연구에서는 한국인 성인성 치주염의 관련세균 중에서 구강 스피로헤타의 분포를 조사하기 위하여 배양하지 않고도 구강 스피로헤타를 분리할 수 있는 16S rRNA에 의거한 올리고뉴클레오타이드 소식자를 사용하였다. 성인성 치주염 환자 29명을 대상으로 한 사람당 6mm 이상의 탐침 깊이를 보이는 부위 4곳(실험군)과 3mm 이하의 탐침 깊이를 보이는 건강한 부위 1곳(대조 1군), 건강한 치주조직을 가진 학생 20명을 대상으로 한 사람당 5부위로부터 치은연하 치태를 채취한 뒤(대조 2군) 중합효소연쇄반응과 점상블롯보합결합법을 시행하였다. 소식자로는 구강 스피로헤타의보편 소식자 및 현재 배양이 되는 구강 스피로헤타중에서 T. denticola, T. pectinovorum, T. socranskii, T. vincentii, T. maltophilum에 대한 종 특이 소식자 TDEN, TPEC, TSOC, TVIN, TMAL과 현재 배양이 되지않은 구강스피로헤타중에서 I-VII군에 대한 군 특이 소식자 TRE I-TRE VII을 이용하여 다음과 같은 결론을 얻었다. 1. 위상차 현미경으로 본 결과는 실험군, 대조 1군에서 각기 91.37%, 14.28%의 구강스피로헤타가 관찰되었으며 대조 2군에서는 관찰되지 않았다. 2. 보편 소식자를 사용한 경우는 실험군, 대조 1군, 대조 2군에서 각기 98.27%, 46.42%, 22.0%의 구강 스피로헤타가 관찰되었다. 3. 특이 소식자를 사용한 경우는 실험군, 대조 1군, 대조 2군에서 각기 95.68%, 35.71%, 19.0%의 구강 스피로헤타가 관찰되었다. 4. 종 특이 소식자를 사용한 경우는 T. socranskii가 가장 많이 관찰되었으며 (81.89%), 그다음이 T. maltophilum(50.0%), T. vincentii(36.20%), T. denticola(13.79%)순이었고, 군 특이 소식자를 사용한 경우는 TREIV(85.34%), TRE II(77.58%), TREI(56.89%), TRE III(25.86%), TREVI(5.17%), TRE V(2.58%) 순이었다. 5. T. vincentii는 치주염에 이환된 부위에서만 관찰되었고, 건강한 부위에서는 관찰되지 않았다. 6. T. pectinovorum과 VII군에 속하는 구강스피로헤타는 어느 표본에서도 관찰되지 않았다. 이상의 결과에서 16S rRNA에 의거한 올리고뉴클레오타이드 소식자로 구강 스피로헤타의 성인성 치주염과의 연관성과 분리되지 않은 구강 스피로헤타를 확인하였으며, 인종 및 치주염의 형태에 따른 구강 스피로헤타의 분포 차이, T. vincentii의 병원성, 치료 전후의 구강 스피로헤타의 분포 변화등의 보다 세분화된 연구가 필요하다고 생각된다.

• 한국물환경학회지
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• 제25권1호
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• pp.76-83
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• 2009

In 2005, the 5.84-Km length of Cheonggyecheon stream, previously covered with concrete road, was uncovered in the middle of Seoul, Korea. We investigated microbial water quality in various sites in Cheonggyecheon stream. We took water samples on three different days. The sampling sites included inflow water from upper stream (Mojeongyo), midstream (Ogansugyo), and downstream (Muhakgyo). Fecal pollution indicator microorganisms were measured by both IDEXX $Colilert^{(R)}$ and $Enterolert^{(R)}$. Microbial community from these sampling sites was also characterized based on 16S rRNA gene sequences. The average concentrations of total coliform are 5 CFU/100 mL, 1474 CFU/100 mL, and 1776 CFU/100 mL at Mojeongyo, Ogansugyo, and Muhakgyo, respectively. The average concentrations of fecal coliform were 28 CFU/100 mL, 47 CFU/100 mL in Ogansugyo, and Muhakgyo, respectively. The concentrations of other fecal indicator microorganisms including E. coli and Enterococcus sp. increased in downstream. When we characterized the microbial community, unique microbial community were discovered at different sampling sites. This study suggests that Cheonggyechoen stream is likely affected by non-point fecal sources and has unique microbial environment as the river flows downstream.

• 환경생물
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• 제25권4호
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• pp.349-355
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• 2007

지렁이과 (family Megascolecidae) 왕지렁이속 (genus Amynthas) 그룹을 rDNA ITS 유전자를 이용하여 계통 유연관계를 알아보고자 하였다. 2과 10속에서 26종의 DNA 염기서열을 이용하여 종간 계통적 유연관계를 MP (Maximum Parsimony), NJ (Neighbor Joining), QP (Quartet Puzzling)로 계통도를 작성하였다. 염기서열이 확보된 Megascolecidae (지렁이과)의 국내외 26종에 대한 계통 분석은 위 3개의 알고리즘 모두 동일한 5개의 그룹으로 나뉘는 것을 확인하였다. 또한 Amynthas 속은 크게 한국산 그룹과 필리핀산 그룹으로 구분되었다. 첫 번째 그룹, Amynthas jirensis, A. agrestis, A. gucheonensis, A. sopaikensis, A. bubonis, A. multimaculatus, A. koreanus, A. dageletensis, A. heteropodus, A. odaesanensis, Pontoscolex sp., Pheretima sp. 1와 다른 그룹, Dendropheretima banahawensis. Amynthas halconensis, A. isarogensis, A. mindrooensis, Pithemera sp. 2, Pithmera sp. 1, and Pleionogaster sp.이다. 이는 ITS 유전자가 속간의 차이를 보여주는 것보다 동일한 속이라 하더라도 지리적 차이에 따른 환경의 영향을 받았음을 알 수 있다. 즉 형태적 분화가 이루어졌다고 하더라도 유전적으로는 동질성을 나타내고 있음을 알 수 있다. 형태적 특징에 의한 명백한 차이는 구분되지 않았다.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제18권7호
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• pp.1203-1206
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• 2008

A Gram-positive strain designated as MSL-$14^T$ isolated from a soil sample collected from Bigeum Island, Korea, was subjected to polyphasic taxonomy. The isolate was strictly aerobic. Cells were short rods and motile. Optimum growth temperature and pH was 28$^{\circ}C$ and 7.0, respectively. It was characterized chemotaxonomically as having a cell-wall peptidoglycan type based on LL-2,6-diaminopimelic acid and MK-$8(H_4)$ as the predominant menaquinone. The major fatty acids were iso-$C_{16:0}$, $C_{17:1}$ omega8c, and $C_{18:1}$ omega9c. The G+C content was 67.6 mol%. Phylogenetic analysis based on the 16S rRNA gene sequence revealed that strain MSL-$14^T$ is affiliated to the genus Nocardioides and formed a distinct lineage within the genus. MSL-$14^T$ showed highest sequence similarity to Nocardioides aestuarii JCM $12125^T$, having a similarity of 96.5%. Based on the 16S rRNA gene sequence divergence and phenotypic characteristics, it is proposed that strain MSL-$14^T$ should be classified as representing a novel member of the genus Nocardioides, for which we propose the name Nocardioides tritolerans sp. novo The type strain is strain MSL-$14^T$ (=KCTC $19289^T$=DSM $19320^T$).

• 한국미생물·생명공학회지
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• 제39권2호
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• pp.133-139
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• 2011

우리나라 전남지역에서 생산되는 천일염의 생산공정별 미생물 분포 조사 및 배양 분리법을 이용하여 호염미생물을 분리하여 동정하는 것을 이번 연구의 목표로 삼았다. 천일염 시료는 생산지를 고려하여 육지 염전인 영광군 한 지역과 해안 염전 지역인 신안군 두 군데에서 생산공정별로 세분화하여 총 28개 분석시료를 수집하여 사용하였으며, 이들 시료를 십진 희석하여 4종류의 미생물 분리용 배지에 도말, 배양한 후 나타난 집락(colony)을 계수하였다. 그 결과 천일염 생산 공정 중 대장균 등의 식품 오염지표 미생물은 검출되지 않았지만, 저장수에서 증발지 단계로 진행되면서 $1.1{\times}10^3{\sim}1.8{\times}10^5$ CFU/g의 호염성 미생물들이 검출되었다. 그러나 이후 단계인 함수저장고, 결정지에서는 미생물 수가 점차적으로 감소되었으며, 소금저장소에 보관된 천일염 시료에서는 미생물이 전혀 검출되지 않았다. 이들 분리균들은 형태학적 특성에 따라 무작위로 62개 집락을 선정하여 분리하였다. 순수 분리된 미생물들은 PCR 기법을 통해 16S rRNA 유전자의 염기서열을 분석한 후, 기존에 보고된 미생물 유전자 database와 비교함으로써 12속의 천일염 유래 호염균들의 존재를 확인하였다. 이번 연구 결과 천일염 생산 단계에서 분리된 halophilic bacteria은 Halobacillus, Halomonas, Bacillus, Idiomarina, Marinobacter, Pseudoalteromonas, Vibrio, Salinivibrio, Virgibacillus, Alteromonas, Staphylococcus 및 un-known 등이다.

• Mycobiology
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• 제51권6호
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• pp.379-387
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• 2023

In this study, twenty-five yeast strains were isolated from soil samples collected in the gold mining ore in Gia Lai, Vietnam. Among them, one isolate named GL1^T could highly tolerate Cu²⁺ up to 10 mM, and the isolates could also grow in a wide range of pH (3-7), and temperature (10-40 ℃). Dried biomass of GL1 was able to remove Cu²⁺ effectively up to 90.49% with a maximal biosorption capacity of 18.1 mg/g at pH 6, temperature 30 ℃, and incubation time 60 min. Sequence analysis of rDNA indicated this strain was closely related to Rhodotorula mucilaginosa but with 1.53 and 3.46% nucleotide differences in the D1/D2 domain of the 28S rRNA gene and the ITS1-5.8S rRNA gene-ITS2 region sequence, respectively. Based on phylogenetic tree analysis and the biochemical characteristics, the strain appears to be a novel Rhodotorula species, and the name Rhodotorula aurum sp. nov. is proposed. This study provides us with more information about heavy metal-tolerant yeasts and it may produce a new tool for environmental control and metal recovery operations.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제22권9호
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• pp.1301-1306
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• 2012

We combined real-time RT-PCR and real-time PCR (R/P) assays using a hydrolysis probe to detect Mycobacterium tuberculosis complex (MTBC)-specific 16S rRNA and its rRNA gene (rDNA). The assay was applied to 28 non-respiratory and 207 respiratory specimens from 218 patients. Total nucleic acids (including RNA and DNA) were extracted from samples, and results were considered positive if the repeat RT-PCR threshold cycle was ${\leq}35$ and the ratio of real-time RT-PCR and real-time PCR load was ${\geq}1.51$. The results were compared with those from existing methods, including smear, culture, and real-time PCR. Following resolution of the discrepant results between R/P assay and culture, the overall sensitivity, specificity, positive predictive values (PPV), and negative predictive values (NPV) of all samples (including non-respiratory and respiratory specimens) were 98.2%, 97.2%, 91.7%, and 99.4%, respectively, for R/P assay, and 83.9%, 89.9%, 72.3%, and 94.7%, respectively, for real-time PCR. Furthermore, the R/P assay of four patient samples showed a higher ratio before treatment than after several days of treatment. We conclude that the R/P assay is a rapid and accurate method for direct detection of MTBC, which can distinguish viable and nonviable MTBC, and thus may guide patient therapy and public health decisions.

• 대한임상검사과학회지
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• 제51권3호
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• pp.294-300
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• 2019

국내시판 김치로부터 분리한 probiotics의 병원생 미생물에 대한 억제효과와 항균제 내성을 조사하기 위해 35종의 국내시판 김치에서 총 140주의 probiotics를 분리하였으며, 16S rRNA 염기서열 분석을 통해 L. plantarum이 53주(37.9%), E. faecium 27주(19.3%) 그리고 L. rhamnosus 7주(5.0%) 순으로 동정되었고, 12종(species)의 다양한 병원성 미생물 즉 S. Typhi, S. Enteritidis, E. coli O157:H7, S. flexneri, NAG Vibrio, L. monocytogenesis, Y. enterocolitica, S. aureus, S. pyogenes, G. vaginalis, C. albicans, P. acne에 대한 전체적인 항균성은 69주(49.3%)이었으며, 균종별로 살펴보면 L. plantarum 75.5%, L. sakei 66.7%, E. faecium 40.7%, 그리고 L. rhamnosus 28.6% 순이었다. 또한 디스크 확산법에 의한 18종의 다양한 계열의 항균제에 대한 내성시험 결과 nalidixic acid가 98.6%의 내성을, S 83.6%, gentamicin 75.7%, vancomycin 73.6%, norfloxacin 72.1%, 그리고 ciprofloxacin 67.9% 순으로 나타났다. 결론적으로 본 실험에서 다양한 항균활성과 광범위한 항생제 내성을 지닌 L. plantarum, L. sakei, 그리고 E. faecium 균주가 장기 항생제 치료환자에 대한 유용한 설사 치료용 및 Candida 속이 야기하는 여성질염 치료제로서의 사용이 유용할 것으로 생각된다.

• 분석과학
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• 제28권5호
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• pp.331-340
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• 2015

DNA/RNA결합 단백질로 다양한 기능을 한다고 알려진Fused in Sarcoma (FUS)의 유전자 돌연변이가 루게릭병 및 전측두엽성 치매 환자에서 발견되었다. 정상적인 FUS는 핵에 위치하지만 병리상황에서 FUS는 세포질로 잘못 타기팅 되어 스트레스 응집체와 결합된 단백질 응집체를 형성하는 것으로 알려졌다. 그러나 이들에 의한 스트레스 응집체 형성 기전 및 응집체 형성에 관여하는 FUS의 도메인은 정확히 알려지지 않았다. 따라서, 본 연구에서는 루게릭병 연관 FUS 미스센스 돌연변이(P525L, R521C, R521H, R521G)의 세포내 위치 및 세포질 FUS의 응집체 형성에 관여하는 FUS내 도메인을 분석하고 동정하고자 하였다. 이를 위해 먼저, FUS 미스센스 돌연변이의 세포내 위치를 분석한 결과, P525L대부분은 세포질로 위치하여 스트레스 응집체를 형성하는 반면, R521C, R521H, R521G는 핵과 세포질에 위치하였다. 이를 통해 FUS의 핵으로의 이동에는 FUS의 마지막 2개의 아미노산이 매우 중요함을 확인할 수 있었다. 세포질로 빠져 나온 FUS의 응집체 형성에 관여하는 FUS도메인 분석을 위해서 핵 위치서열이 결손되어 대부분 세포질 응집체를 형성하는 FUS-∆17를 이용하여, 다양한 도메인 결손 돌연변이를 제작하고, 이들의 응집체 형성여부를 분석하였다. 그 결과, SYGQ-RGG1나 RGG2-ZnF-RGG3없는 세포질 FUS (FUS-∆SYGQ-RGG1-∆17, FUS-∆RGG2-ZnF-RGG3-∆17)는 스트레스 응집체를 형성하지 않은 반면, RRM이 없는 FUS-∆RRM-∆17은 FUS-∆17에 비해 많은 스트레스 응집체를 형성함을 알 수 있었다. 따라서, 도메인 분석결과 세포질의 FUS는 SYGQ-RGG1나 RGG2-ZnF-RGG3 도메인을 통해 FUS 스트레스 응집체 형성이 촉진되고, RRM도메인은 FUS 응집체 형성을 저해하고 있는 것으로 생각된다. 이러한 연구 결과는 FUS의 스트레스 응집체 형성과 연관된 다양한 퇴행성 뇌질환의 발병기전에 대한 이해뿐만이 아니라 이들 질환 치료를 위한 치료 후보 타겟 물질 발굴에 중요한 단서를 제공할 수 있을 것이다.