• The Plant Pathology Journal
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• 제29권2호
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• pp.201-208
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• 2013

Drought stress is one of the major yield affecting factor for pepper plant. The effects of PGPRs were analyzed in relation with drought resistance. The PGPRs inoculated pepper plants tolerate the drought stress and survived as compared to non-inoculated pepper plants that died after 15 days of drought stress. Variations in protein and RNA accumulation patterns of inoculated and non-inoculated pepper plants subjected to drought conditions for 10 days were confirmed by two dimensional polyacrylamide gel electrophoresis (2D-PAGE) and differential display PCR (DD-PCR), respectively. A total of six differentially expressed stress proteins were identified in the treated pepper plants by 2D-PAGE. Among the stress proteins, specific genes of Cadhn, VA, sHSP and CaPR-10 showed more than a 1.5-fold expressed in amount in B. licheniformis K11-treated drought pepper compared to untreated drought pepper. The changes in proteins and gene expression patterns were attributed to the B. licheniformis K11. Accordingly, auxin and ACC deaminase producing PGPR B. licheniformis K11 could reduce drought stress in drought affected regions without the need for overusing agrochemicals and chemical fertilizer. These results will contribute to the development of a microbial agent for organic farming by PGPR.

• 생명과학회지
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• 제14권4호
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• pp.636-643
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• 2004

김치에서 분리된 Lactococcus sp. JK-8 균주에 의해 생산되는 D-xylose isomerase를 17배 정제하여 물리 화학적인 특성을 조사하였다 D-Xylose isomerase의 N 말단 아미노산 서열을 결정한 결과 Ala-Tyr-Phe-Asn-Asp-Ile-Ala-Pro-Ile-Lys로 확인되었고 이것은 Lactococcus 속의 D-xylose isomerase와는 유사하지 않았다. 정제된 효소의 분자량은 gel filtration의 경우 180 kDa, subunit의 분자량은 SDS-PAGE에서 45 kDa으로 측정되었고 이 효소는 4개의 subunit으로 구성된 homotetramer였다. 최적 반응 pH는 pH 7부근이었고 pH 6∼8 사이에서 안정하였다. 최적 반응온도는 7$0^{\circ}C$였고 1 mM $Mn^{2+}$의 존재 하에서는 7$0^{\circ}C$ 이상에서도 안정하였다. 이 효소도 다른 D-xylose isomerase처럼 활성과 열 안정성을 위해서 $Mg^{2+}$, $Co^{2+}$또는 $Mn^{2+}$와 같은 2가의 양이온을 필요로 하였으며, 이중 $Mn^{2+}$가 효소 활성에 가장 효과적이었다. 기질 특이성에 관한 연구에서는 D-xylose를 사용했을 때 높은 활성을 가짐을 알 수 있었다. 이 효소의 pI 값은 4.8이었고, D-xylose에 대한 Km 값은 5.9 mM이었다.

• 한국잡초학회지
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• 제8권3호
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• pp.250-257
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• 1988

Bensulfuron에 대표적인 내성군(耐性群)(UCP-28, Chinsurah Boro II, Fukunohama, Fadehpur-2, IR 14252-13-2-2-5)과 감수성품종군(感受性品種群)(HP93(3) FA, HP94(9) FA, Padilabou Alumbis. KH-17854, IR 1846-2841-1)을 공시(供試)하여 종실(種實) 단백질(蛋白質)(SDS-PAGE)과 유묘(幼苗) 동위효소(同位酵素)(malate dehydrogenase, acid phosphatase, peroxidase, esterase: 7% PAGE)의 전기영동(電氣泳動) profile을 분석(分析)하고, bensulfuron 0, $10^{-6}$, $10^{-5}$, $3{\times}10^{-5}M$ 용액에서 생장(生長)한 두 대표 품종(品種)(cv. Chinsurah Boro II와 cv. IR 1846)의 5 일령(日齡) 유묘(幼苗)의 동위효소(同位酵素) profile 변화양상(變化樣相)을 비교(比較)하므로써, bensulfuron에의 내성차이(耐性差異)와 이들 전기영동(電氣泳動) profile 차이(差異)가 갖는 연관성(聯關性)을 알고저 하였다. 결과(結果)를 요약(要約)하면 다음과 같다. 1. 종실단백(種實蛋白)의 전기영동(電氣泳動)으로 16개(個) band를 확인(確認)할 수 있었고, 이를 근거(根據)로 clustering한 결과(結果), 내성(耐性)에서의 M, O, P band가 높게 나타났고 또한 전체 peak 면적(面積)이 크다는 특이성(特異性)에 기인(起因)하여 두 품종군간(品種群間)에 비유사성(非類似性)이 인정(認定)되는 정도(程度)로 분류(分類)되었다. 2. 무처리(無處理)된 유묘(幼苗)의 동위효소(同位酵素) 가운데, peroxidase로는 4개(個) band가 얻어졌고, 내성군(耐性群)의 특이성(特異性)은 D band에서의 활성(活性)이 높은 데 있었다. Malate dehydrogenase는 3개(個) band로 분리(分離)되었고, 내성군(耐性群)만이 A band를 나타내며 B 및 C band도 내성군(耐性群)에서 선명하였다. Esterase는 3~4개(個) band로 구분(區分)되었고 내성군(耐性群)이 A 및 B band에서 높은 활성(活性)을 보였다. Acid phosphatase는 하나의 major band와 2~3개(個)의 minor band로 나타났으며 내성군(耐性群)만은 B band를 갖는 경향(傾向)이었다. 3. Bensulfuron의 처리농도(處理濃度)에 따라, 동위효소(同位酵素) 가운데 peroxidase는 감수성(感受性)에서만 C band의 생성(生成)과 D band의 소실현상(消失現象)이 야기(惹起)되었고, 내성품종(耐性品種)에서는 C band가 나타나지 않았으며, 다른 band에서의 변화(變化)도 없었다. Malate dehyrogenase의 경우, major band인 D, E, F는 감수성(感受性)에서 활성(活性)이 컸고 변화(變化)는 없었으며, minor band인 A, B, C는 감수성(感受性)에서만 민감(敏感)하게 소실(消失)되었다. Esterase는 5개(個) band로 표현(表現)되었으며 내성(耐性)에서는 A, B, C, D 감수성(感受性)에서는 A, B, C, E만 나타났으며, 약처리농도증가(藥處理濃度增加)로 감수성품종(感受性品種)은 A, C, E band의 활성(活性)이 민감(敏感)하게 소실(消失)되었다.

• Journal of Plant Biology
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• 제39권4호
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• pp.301-307
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• 1996

The disassembly of Chl-protein complexes during dark-induced senescence (DIS) was investigated using detached third and fourthleaves of 21$\pm$1 day-old Arabidopsis thaliana. Although Chl content decreased linearly after 1 d, a significant decrease of photochemical effeciency (Fv/Fm) was observed after 2 d. In experiments using native green gel electrophoresis of Chl-protein complexes combined with additional two-dimensional SDS-PAGE analysis, we could observe the degradation of both photosystems after 2 d. Although light-harvesting complex(LHC) for PSI (LHCI) was degraded first in PSI complex, small PSII apoproteins including CP47/CP43 and D1/D2 apoproteins were degraded first in PSII complexes. LHC for PSII (LHCII) trimers were stable until 4 d. The level of LHCII monomers was increased until 3 and decreased thereafter, resulting in the increase of free pigments. These results suggest that the disassembly process of PSI is different from that of PSII.

• 한국작물학회지
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• 제40권2호
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• pp.133-141
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• 1995

약용 식물의 추출액이 자가영양배양세포의 광합성전자전달계에 미치는 영향을 조사하기 위해 9종의 약용식물 추출액으로부터 종자발아, PA세포의 엽록소 억제정도, DCIP의 환원율, 세포 생존율, 광계 I의 전자전달활성, 단백질에 미치는 영향을 조사한 결과는 다음과 같다. 1. 식물의 추출액을 농도별로 처리하였을 때 10％ 처리시 전 식물체에서 상추의 발아억제 현상을 나타내었고, 특히 백두옹과 초오 추출물 10％ 처리시는 100％ 억제를 나타내었다. 2. 백두옹의 증류수 및 MeOH 추출액을 PA세포에 처리한 경우 엽록소의 생성을 100％ 억제 하 였다. 이는 광합성 전자전달 저해제로 알려진 DCMU 10-3M 처리와 동일한 억제 효과였다. 3. PA세포에 추출물 처리시 백두옹이 힐반응 억제가 가장 컸으며, 세포 생존력은 가장 낮았다. 4. 광합성 산소발생은 반하, 독활, 백두옹, 만형자 추출액 처리시 14-77％ 억제되었고, 특히 PA 세포 2ml 반응액에 백두옹 추출물 60rl 처리시 50％ 산소발생 억제를 나타내었다. 5. 추출액을 PA 세포에 처리한 후 단백질을 추출하여 SDS-PAGE를 이용하여 조사한 결과 대조구에 비하여 백두옹 추출물 10％ 처리에서 14KD, 31KD, 41KD, 53KD, 73KD의 밴드가 나타나지 않았다.

• Journal of Microbiology
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• 제45권3호
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• pp.268-271
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• 2007

In Korea, the Mycobacterium tuberculosis K-strain is the most prevalent clinical isolates and belongs to the Beijing family. In this study, we conducted comparative porteomics of expressed proteins of clinical isolates of the K-strain with H37Rv, H37Ra as well as the vaccine strain of Mycobacterium bovis BCG following phagocytosis by the human monocytic cell line U-937. Proteins were analyzed by 2-D PAGE and MALDI-TOF-MS. Two proteins, Mb1363 (probable glycogen phosphorylase GlgP) and MT2656 (Haloalkane dehalogenase LinB) were most abundant after phagocytosis of M. tuberculosis K-strain. This approach provides a method to determine specific proteins that may have critical roles in tuberculosis pathogenesis.

• 한국발생생물학회지:발생과생식
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• 제14권3호
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• pp.185-197
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• 2010

The reproduction of animals is a means to maintain their species. The golden hamsters are seasonal breeders, and their reproduction is regulated by the photoperiod. The shifts of the sexual functions imply the changes of the protein expression, and those are reflected by the proteome. Thus the present study was to examine via two dimensional polyacrylamide gel electrophoresis (2d PAGE), the physiological changes and the alterations of protein expressions in hypothalamus upon the reproductive situation related to the pineal gland. Among the pineal intact animals, the reproductive functions were sustained in animals housed in long photoperiod (LP) but regressed in animals housed in short photoperiod. And those pinealectomized animals showed high sexual activities regardless of photoperiod. Ultimately they were branched into dichotomy, sexually active and inactive animals. Apart from the changes of physiological parameters upon the reproductive conditions, there were obvious differences in proteins extracted from the hypothalamus. The hypothalamus of LP animals presented high levels of enzymes which are involved in the production of energy, glycolysis and Krebs cycle. The increased energy might be related to the GnRH synthesis in hypothalamus and indirectly to the constant cell divisions in spermatogenesis. Taken together, the impacts of the photoperiodic information controlling reproduction could be observed through 2d PAGE. Therefore, the present results suggest the potential of biomarkers collectively to diagnose the fertility and the infertility by way of proteomics in organs with regard to the reproductive system, further could be applied to diagnose various diseases.

• Nutritional Sciences
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• 제9권4호
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• pp.317-322
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• 2006

Soybeans are well-known as allergenic foods. Koreans consume large amounts of soybean foods, such as kochujang, which have gone through the fermentation process. To lower the allergenicity of these foods, we prepared hypo allergenic kochujang with aloe extract (AK). A sensory evaluation was conducted along with a clinical evaluation that used a double-blind, placebo-controlled food challenge (DBPCFC) test These tests were designed to evaluate the acceptability of the fermented foods. In comparison to normal kochujang (NK), AK elicited a higher sensory test score, and the rate of positive reactions in atopic dermatitis patients during the DBPCFC test was reduced. Methods of protein extraction, protein quantitation with sodium dodecyl sulphate polyacrylamide gel electrophoresis (SDS-PAGE), and protein identification using two-dimensional (2D) gel electrophoresis were performed for both NK and AK to compare the functional factors. We found a reduction in the levels of high molecular proteins even though the bands of the proteins had not entirely disappeared, indicating that the boiling and fermentation process changed the soybean protein patterns. The rate of the reduction of high molecular proteins was more effective in the AK. In conclusion, AK can be recognized as a food with hypoallergenic effect.

• 미생물학회지
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• 제38권4호
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• pp.247-253
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• 2002

환경오염원으로서 폭약 2,4,6-trinitrotoluene (TNT)에 대한 TNT 분해세균 Stenotrophomonas sp. OK-5의 세포반응에 대하여 조사하였다. 아치사조건의 TNT농도와 노출시간에 따른 균주 OK-5의 생존율을 분석한 결과, 이 세균의 생존율은 스트레스 충격 단백질의 생성과 비례하였다. 총세포 지방산 조성분석에서 균주 OK-5는 tryp-ticase soy agar에서 자랄 때보다 TNT 배지에서 자랄 때 여러 가지 종류의 지방산이 생성되거나 사라지는 것이 밝혀졌다. 주사전자현미경하에서 TNT에 노출된 세포는 쭈글쭈글하고 불규칙적인 간상형으로 나타났다. Anti-DnaK와 anti-GroEL을 이용하여 SDS-PAGE와 Western blot을 통한 분석으로 균주 OK-5는 70 kDa DanK와 60 kDa GroEL을 포함하는 몇가지 스트레스충격단백질을 생성하는 것으로 밝혀졌다. TNT에 노출된 OK-5 배양에서 수용성 단백질 분획에 대하여 2-D PAGE를 실시하였으며, pH 3에서 pH 10의 범위에서 약 300여 개 spot들이 silver로 염색된 gel상에서 관찰되었다. 이들 가운데 TNT의 반응으로 현저하게 유도되고 발현된 10개의 spot들을 확인하였으며, 2개의 단백질, spot #1과 spot #10에 대한 내부아미노산 서열을 ESI-Q TOF로 분석한 결과, Xylella fastidiosa의 DnaK protein XF2340와 Mesorhizobium loti의 스트레스 유도단백질로 각각 밝혀졌다.

• 정보처리학회논문지D
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• 제13D권4호
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• pp.463-476
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• 2006

R-tree는 일반적으로 트리 노드의 크기를 디스크 페이지의 크기와 같게 함으로써 I/O 성능이 최적화 되도록 구현한다. 최근에는 주메모리 환경에서 CPU 캐시 성능을 최적화하는 R-tree의 변형이 개발되었다. 이는 노드의 크기를 캐시 라인 크기의 수 배로 하고 MBR에 저장되는 키를 압축하여 노드 하나에 더 많은 엔트리를 저장함으로써 성능을 높였다. 그러나, 디스크 최적 R-tree와 캐시 최적 R-tree의 노드 크기 사이에는 수십-수백 바이트와 수-수십 킬로바이트라는 큰 차이가 있으므로, I/O 최적 R-tree는 캐시 성능이 나쁘고 캐시 최적 R-tree는 디스크 I/O 성능이 나쁜 문제점을 가지고 있다. 이 논문에서는 CPU 캐시와 디스크 I/O에 모두 최적인 R-tree, PR-tree를 제안한다. 캐시 성능을 위해 PR-tree 노드의 크기를 캐시 라인 크기보다 크게 만든 다음 CPU의 선반입(prefetch) 명령어를 이용하여 캐시 실패 횟수를 줄이고, 트리 노드를 디스크 페이지에 낭비가 적도록 배치함으로써 디스크 I/O 성능도 향상시킨다. 또한, 이 논문에서는 PR-tree에서 검색 연산을 수행하는데 드는 캐시 실패 비용을 계산하는 분석 방법을 제시하고, 최적의 캐시와 I/O 성능을 보이는 PR-tree를 구성하기 위해, 가능한 크기의 내부 단말 노드, 중간 노드를 갖는 PR-tree 생성하여 성능을 비교하였다. PR-tree는 디스크 최적 R-tree보다 삽입 연산은 3.5에서 15.1배, 삭제 연산은 6.5에서 15.1배, 범위 질의는 1.3에서 1.9배, k-최근접 질의는 2.7에서 9.7배의 캐시 성능 향상이 있었다. 모든 실험에서 매우 작은 I/O 성능 저하만을 보였다.