• 미생물학회지
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• 제49권3호
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• pp.297-300
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• 2013

인삼근계(근권, 근면, 근내부) 내 EPS 생성세균의 밀도를 측정한 결과, 근권토양 내에는 $2.4{\times}10^6$ CFU/g, 근면에는 $9.1{\times}10^6$ CFU/g, 그리고 근내부에는 $2.0{\times}10^4$ CFU/g로 확인되어 다수의 EPS 생성세균이 분포하고 있음이 확인되었다. 인삼 근계로부터 EPS 생성 우수 균주 24균주를 순수분리하고 계통학적 특성을 확인한 결과, 근권(RS)으로부터 분리된 EPS 생성세균은 Arthrobacter 속 6균주, 그리고 Rhizobium 속 1균주로 나타났다. 근면(RP)으로 부터 분리된 EPS 생성세균은 Arthrobacter 속 6균주, Rhodococcus 속 1균주, Pseudomonas 속 1균주로 나타났다. 근내부(IR)에서 분리된 EPS 생성세균은 Rhizobium 속 6균주, Bacillus 속 1균주 그리고 Rhodococcus 속 1균주, Pseudomonas 속 1균주로 나타났다. 근권과 근면에서 분리된 EPS 세균 중 Arthrobacter 속에 속하는 균주는 가장 특징적인 세균으로 밝혀졌으며, Rhizobium 속은 근내부에서 분리된 가장 특징적인 EPS 생성세균으로 나타났다. EPS 생성 우수균주 Rhizobium sp. 1NP2 (KACC 17637)는 10 g/L 그리고 Arthrobacter sp. 5MP1 (KACC 17636)는 4.9 g/L의 다당을 생성하였으며, 당단백질의 구성당 성분을 확인한 결과, galactose, glucose, mannose를 구성하고 있었으며, glucosamine의 아미노당이 나타났다. 특히, glucose는 72.7-84.9%로 주요 구성당임이 확인되었다.

• Parasites, Hosts and Diseases
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• 제55권2호
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• pp.207-212
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• 2017

Infections of Toxoplasma gondii and Babesia microti are reported in many wild animals worldwide, but information on their incidence and molecular detection in Korean wild fields is limited. In this study, the prevalence of T. gondii and B. microti infection in blood samples of 5 animal species (37 Chinese water deer, 23 raccoon dogs, 6 roe deer, 1 wild boar, and 3 Eurasian badgers) was examined during 2008-2009 in Gangwon-do (Province), the Republic of Korea (=Korea) by using serological and molecular tests. The overall seropositivity of T. gondii was 8.6% (6/70); 10.8% in Chinese water deer, 4.3% in raccoon dogs, and 16.7% in roe deer. PCR revealed only 1 case of T. gondii infection in Chinese water deer, and phylogenic analysis showed that the positive isolate was practically identical to the highly pathogenetic strain type I. In B. microti PCR, the positive rate was 5.7% (4/70), including 2 Chinese water deer and 2 Eurasian badgers. Phylogenetic analysis results of 18S rRNA and the ${\beta}$-tubulin gene showed that all positive isolates were US-type B. microti. To our knowledge, this is the first report of B. microti detected in Chinese water deer and Eurasian badger from Korea. These results indicate a potentially high prevalence of T. gondii and B. microti in wild animals of Gangwon-do, Korea. Furthermore, Chinese water deer might act as a reservoir for parasite infections of domestic animals.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제29권12호
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• pp.1947-1956
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• 2019

The gut microbiome influences the health and well-being of dogs. However, little is known about the impact of breed on the fecal microbiome composition in dogs. Therefore, we aimed to investigate the differences in the fecal microbiome in three breeds of dog fed and housed under the same conditions, namely eight Maltese (8.0 ± 0.1 years), eight Miniature Schnauzer (8.0 ± 0.0 years), and nine Poodle dogs (8.0 ± 0.0 years). Fresh fecal samples were collected from the dogs and used to extract metagenomic DNA. The composition of the fecal microbiome was evaluated by 16S rRNA gene amplicon sequencing on the MiSeq platform. A total of 840,501 sequences were obtained from the 25 fecal samples and classified as Firmicutes (32.3-97.3% of the total sequences), Bacteroidetes (0.1-62.6%), Actinobacteria (0.2-14.7%), Fusobacteria (0.0-5.7%), and Proteobacteria (0.0-5.1%). The relative abundance of Firmicutes was significantly lower in the Maltese dog breed than that in the other two breeds, while that of Fusobacteria was significantly higher in the Maltese than in the Miniature Schnauzer breed. At the genus level, the relative abundance of Streptococcus, Fusobacterium, Turicibacter, Succinivibrio, and Anaerobiospirillum differed significantly among the three dog breeds. These genera had no correlation with age, diet, sex, body weight, vaccination history, or parasite protection history. Within a breed, some of these genera had a correlation with at least one blood chemistry value. This study indicates that the composition of the fecal microbiome in dogs is affected by breed.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제23권9호
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• pp.1236-1243
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• 2010

The aim of this study was to screen lactic acid bacteria for the fermentation of garlic and to assess the increase in inhibitory activity of garlic fermented against antibiotic-resistant pathogens for use as an animal feed supplement. We screened 45 strains of lactobacillus for the fermentation of garlic. Of these strains, 23 showed similar growth rates with or without allicin. Cultures of the 23 strains were mixed with an equivalent amount of garlic juice and incubated overnight at $37^{\circ}C$. The three strains with the lowest pH values were Lactobacillus paracasei KCTC 3169, L5 strain, and L. reuteri SW. Garlic juice fermented by the L5 strain more strongly inhibited antibiotic-resistant pathogenic bacteria than L. paracasei KCTC 3169, L. reuteri SW, or garlic juice itself. By examining carbohydrate utilization, morphologic properties and 16S rRNA gene sequences, we identified the L5 strain as Pediococcus pentosaceus and deposited it in the name of P. pentosaceus KACC 91419 into the Korea Agricultural Culture Collection. To identify the antimicrobial compound from the garlic filtrate fermented by P. pentosaceus KACC 91419, we fractionated P. pentosaceus KACC 91419 culture on a C18 column and checked the antimicrobial activity of fractions A6 to A10. Only fraction A9 showed inhibitory activity on Staphylococcus aureus. Comparing the mass spectra of the fractions with and without antimicrobial activity, we observed a single dominant product ion (m/z 157.99) from the fraction showing antimicrobial activity. Its molecular mass (157.99) was 2 atomic mass units less than that of allicin (162.02). This suggests that allicin might be converted to its derivative, which has antimicrobial activity, during fermentation by P. pentosaceus KACC 91419.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제27권3호
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• pp.480-491
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• 2017

Fluorescent pseudomonads have been isolated from halophytes, mesophytes, and xerophytes of Pakistan. Among these, eight isolates, GS-1, GS-3, GS-4, GS-6, GS-7, FS-2 (cactus), ARS-38 (cotton), and RP-4 (para grass), showed antifungal activity and were selected for detailed study. Based on biochemical tests and 16S rRNA gene sequences, these were identified as strains of P. chlororaphis subsp. chlororaphis and aurantiaca. Secondary metabolites of these strains were analyzed by LC-MS. Phenazine-1-carboxylic acid (PCA), 2-hydroxy-phenazine, Cyclic Lipopeptide (white line-inducing principle (WLIP)), and lahorenoic acid A were detected in variable amounts in these strains. P. aurantiaca PB-St2 was used as a reference as it is known for the production of these compounds. The phzO and PCA genes were amplified to assure that production of these compounds is not an artifact. Indole acetic acid production was confirmed and quantified by HPLC. HCN and siderophore production by all strains was observed by plate assays. These strains did not solubilize phosphate, but five strains were positive for zinc solubilization. Wheat seedlings were inoculated with these strains to observe their effect on plant growth. P. aurantiaca strains PB-St2 and GS-6 and P. chlororaphis RP-4 significantly increased both root and shoot dry weights, as compared with uninoculated plants. However, P. aurantiaca strains FS-2 and ARS-38 significantly increased root and shoot dry weights, respectively. All strains except PB-St2 and ARS-38 significantly increased the root length. This is the first report of the isolation of P. aurantiaca from cotton and cactus, P. chlororaphis from para grass, WLIP and lahorenoic acid A production by P. chlororaphis, and zinc solubilization by P. chlororaphis and P. aurantiaca.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제30권8호
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• pp.1169-1179
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• 2020

In this study, two soybean genotypes, i.e., aluminum-tolerant Baxi 10 (BX10) and aluminumsensitive Bendi 2 (BD2), were used as plant materials and acidic red soil was used as growth medium. The soil layers from the inside to the outside of the root are: rhizospheric soil after washing (WRH), rhizospheric soil after brushing (BRH) and rhizospheric soil at two sides (SRH), respectively. The rhizosphere bacterial communities were analyzed by high-throughput sequencing of V4 hypervariable regions of 16S rRNA gene amplicons via Illumina MiSeq. The results of alpha diversity analysis showed that the BRH and SRH of BX10 were significantly lower in community richness than that of BD2, while the WRH exhibited no significant difference between BX10 and BD2. Among the three sampling compartments of the same soybean genotype, WRH had the lowest community richness and diversity while showing the highest coverage. Beta diversity analysis results displayed no significant difference for any compartment between the two genotypes, or among the three different sampling compartments for any same soybean genotype. However, the relative abundance of major bacterial taxa, specifically nitrogen-fixing and/or aluminum-tolerant bacteria, was significantly different in the compartments of the BRH and/or SRH at phylum and genus levels, indicating genotype-dependent variations in rhizosphere bacterial communities. Strikingly, as compared with BRH and SRH, the WRH within the same genotype (BX10 or BD2) always had an enrichment effect on rhizosphere bacteria associated with nitrogen fixation.

• 한국미생물·생명공학회지
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• 제39권2호
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• pp.104-110
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• 2011

방선균은 그램양성 토양 박테리아로서 항생제, 항암제, 항구충제, 면역억제제 등 유용한 2차 대사산물을 생산하는 유용 산업미생물이다. 비록 대부분의 방선균이 속해있는 스트렙토마이세스는 지난 수 십 년간 분자수준에서의 연구가 집중적으로 진행되어 왔으나, 최근에 분리된 잠재적 유용성을 갖는 스트렙토마이세스 이외의 희소방선균들은 유전자 조작시스템의 부재로 그 특성이 잘 규명되지 않고 있다. 본 연구에서는 독립적으로 분리된 180 여 방선균주들 중에서 희소방선균만을 선별하기 위하여 중합효소연쇄반응을 이용한 유전체 스크리닝 전략을 시도하였으며, 이 전략을 통하여 7종의 희소방선균을 성공적으로 분리하였다. 특히 여러 생리활성 테스트를 통하여, 항진균 및 항생제 활성을 띄는 잠재적 유용성이 높은 노카이디옵시스 균주 MMBL010을 선별하였다. 또한 전통적인 방선균 유전자 조작기법이 작동하지 않는 본 MMBL010 균주를 대장균 접합을 통한 유전자 전달 시스템도 최적화시킴으로써, 유전체 스크리닝을 통한 유용희소방선균의 선별 및 유전자 조작시스템 구축은 궁극적으로 희소방선균의 잠재적 유용성을 극대화시킬 수 있는 효율적인 전략으로 사료된다.

• 한국미생물·생명공학회지
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• 제36권2호
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• pp.106-114
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• 2008

김치로부터 강력한 H. pylori 생육 저해활성을 보이는 균주를 분리, 동정하여 Lb. plantarum NO1으로 명명하였다. Lb. plantarum NO1은 H. pylori 뿐만 아니라 그람 양성균 및 그람 음성균들에 넓은 범위의 저해활성을 나타내었다. Lb. plantarum NO1의 배양 상징액을 H. pylori배양액에 첨가한 후 H. pylori의 urease 활성을 측정한 결과 Lb. plantarum NO1의 강한 urease 억제활성($40{\sim}60%$ 저하)을 확인할 수 있었다. AGS위암 세포주에 H. pylori를 부착시킨 후 Lb. plantarum NO1의 배양액을 첨가하여 AGS세포에서 H. pylori 탈착능을 측정한 결과 Lb. plantarum NO1은 유산균 배양액 무첨가보다 33% 이상 높은 H. pylori 탈착능을 나타내었으며, 비교구로 사용된 Lb. rhamnosus GG, Lb. sakei SI3에 비해 더 우수한 H. pylori 탈착능을 나타내었다. 분리균주의 장내 생존성 여부 확인을 위하여 내산성, 인공위액에서 2시간동안 처리한 결과 Lb. plantarum NO1이 초기균수$(10^9CFU/ml)$를 유지하면서 높은 저항성을 나타내었다. Oxgall 농도 0.3%와 0.5%의 인공담즙에서 24시간 처리한 후에도 초기균수$(10^9CFU/ml)$를 유지하였다. 뿐만 아니라 인공위액에서 생존한 균주를 연속적으로 인공담즙으로 처리하였을 때에도 높은 생존율$(10^8{\sim}10^9CFU/ml)$를 유지하였다. Lb. plantarum NO1의 용혈성 반응 유무 결과 용혈반응이 일어나지 않았으므로 인체에 안전하다는 것을 간접적으로 확인할 수 있었다. 본 연구에서 김치로부터 분리한 H. pylori억제 유산균 Lb. plantarum NO1은 장내에 생존 가능성도 높으며, 동시에 위에서 효과적으로 H. pylori를 억제 할 수 있을 것으로 기대되어진다.

• 미생물학회지
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• 제51권4호
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• pp.347-354
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• 2015

콩은 우리나라와 극동아시아가 원산지로 알려져 있으나 국산 콩의 근권 세균 군집에 대한 연구는 미흡하다. 따라서 본 연구에서는 국산 재배콩을 대상으로 차세대 염기서열 분석 방법인 파이로시퀀싱 방법을 사용하여 콩 근권 세균 군집 구조를 해석하고 생육단계별 군집의 변화 및 콩 근권의 핵심 세균 군집을 구명하고자 하였다. 세균 군집 분석 결과, 근권 세균의 군집은 근권과 비근권간에 뚜렷한 차이를 보였으며, 총 21개의 문으로 구성되었다. Proteobacteria가 가장 우점(36.6-42.5%)하였고, Acidobacteria (8.6-9.4%), Bacteroidetes (6.1-10.9%), Actinobacteria (6.4-9.8%), Firmicutes (5.7-6.3%) 등의 순으로 상대풍부도가 감소하였다. 모든 생육단계에 걸쳐 콩 근권의 핵심 세균 군집에는 Proteobacteria에 속한 OTU들이 가장 많이 분포하였으며, 이들 중 Bradyrhizobium에 속한 OTU의 상대 풍부도가 가장 높았다. 본 연구결과는 콩 근권의 핵심 세균 군집은 주로 생육 촉진 기능과 유기물 순환에 관련된 OTU로 구성되어 있다는 것을 보여주었다.

• 미생물학회지
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• 제53권3호
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• pp.180-192
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• 2017

본 연구에서는 깍두기로부터 분리한 유산균으로 발효시킨 사워도우의 항산화 및 항균 활성을 조사하였다. 염기서열 분석을 통해 분리 균주는 99%의 상동성을 가진 Leuconostoc dextranicum SRK03, Lactobacillus brevis SRK15, Pediococcus halophilus SRK22, Lactobacillus acidophilus SRK30, Lactobacillus plantarum SRK38, Leuconostoc citreum SRK 42 및 Lactobacillus delbrueckii SRK60으로 동정되었다. L. dextranicum SRK03, L. acidophilus SRK30, L. plantarum SRK38 혹은 L. delbreckii SRK60과 Saccharomyces cerevisiae KCTC 7246을 혼합하여 $30^{\circ}C$에서 24시간 발효시킨 사워도우의 유산균과 효모수는 각각 $10^9$ 및 $10^7CFU/g$이었으며, 특히 L. dextranicum SRK03으로 제조한 사워도우는 L. acidophilus SRK30, L. plantarum SRK38 및 L. delbreckii SRK60 보다 유의하게 높은 총 산도와 에탄올 및 세포 외 다당류 함량을 나타내었다. L. dextranicum SRK03 및 L. acidophilus SRK30으로 제조한 사워도우는 DPPH 라디칼 소거능과 유지의 과산화 억제능도 높았다. 게다가 L. acidophilus SRK30이 생산한 유기산과 박테리오신에 의해 $25^{\circ}C$에서 5일간 저장하는 동안 사워도우 내 Bacillus cereus ATCC 11778과 Staphylococcus aureus ATCC 6538의 균수는 유의하게 낮은 수준을 유지되었다.