• 생명과학회지
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• 제28권12호
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• pp.1477-1488
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• 2018

본 연구는 제주 연안에서 채집한 오분자기(Sulculus diversicolor supertexta)를 구성하는 미생물 군집의 다양성을 알아보기 위하여 근육, 장, 생식소 각 부위별로 조사하였다. 배지로 1차 순수 분리한 결과 근육은 MA, 장 1% BHIA, 생식소 1% TSA에서 각각 최대 군락 계수가 나타났다. 16S rRNA sequence로 표준 균주와 비교 유사도 분석 결과 총 190개의 순수 colony가 분리되었다. NBLAST program 분석 결과 크게 5문 25과 39속 71종으로 나타났다. 표준 균주와 상동성은 91-100%를 나타냈다. 오분자기 내 미생물 군집은 크게 Probacteria (Gamma-proteobacteria, Alpha-proteobacteria) 48%, Actinobacteria 32.5%, Firmicutes 16.9%, Bacteroide 1.3%, Deinococcus-thermus 1.3%로 나타났다. 근육, 장, 생식소 모든 부위에서 Moraxellaceae과 Psychrobacter cibarius가 우점하였다. 근육, 장, 생식소 모든 부위에서 Alteromonadaceae, Enterobacteriaceae, Pasturellaceae, Moraxellaceae, Rhodobacteraceae, Geminicoccaceae, Dietziaceae, Intrasporangiaceae, Microbacteriaceae, Micrococcaceae, Micromonosporaceae, Streptomycetaceae, Aerococcaceae, Bacillaceae, Paenibacillaceae, Planococcaceae, Staphylcoccaceae가 공통적으로 분리되었으며, 장에서 Flavobacteriaceae, Corynebacteriaceae, Yesiniaceae, Vibrionaceae, Hahellaceae, Pseudomonadaceae가 추가 분리되었다. 분리 균주로부터 인체 유해 질병 세균에 대한 항균활성 모니터링 결과 Sterptomyces albus (96%)가 4균주 모두 항균활성을 보였고 Agrococcus baldri (99%), Psychrobacter nivimaris (99%)가 E. coli, E. aerogens에 대한 항균활성을 나타냈다. 그 외 상동성이 낮은 일부 균주가 분리되어 신균주 실험을 비롯한 항균활성물질 정제 등 추가 실험이 필요한 것으로 사료된다. 본 실험은 오분자기 미생물 군집의 다양성과 유전학적 자원을 확보하는데 의의를 두며, 응용 미생물의 개발 가능성에 있어 기초 자료를 제공하고자 하였다.

• 미생물학회지
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• 제45권4호
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• pp.318-323
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• 2009

본 연구는 식중독 원인 세균인 Salmonella enteritidis JK-15를 장미추출물에 노출시켜 나타나는 살균효과를 조사하기 위하여 실시하였다. 분리세균인 S. enteritidis JK-15는 장시간 노출된 음식으로부터 농화, 분리되었다. 16S rRNA PCR을 수행하여 S. enteritidis JK-15의 유전학적 계통수를 작성하였다. BIOLOG 분석 시스템과 16S rRNA 염기서열 분석을 통하여 S. enteritidis 종(species)과 98% 유사성을 가졌으며, 이 균주를 S. enteritidis JK-15로 명명 하였다. 5~100 mg/ml 범위의 장미추출물에 노출된 S. enteritidis JK-15의 살균효과를 조사하였고, 100 mg/ml의 장미추출물에서 6시간, 그리고 50 mg/ml에서 12시간 이내에 완전히 살균되었다. 지수생장기의 S. enteritidis JK-15 균주는 노출된 장미추출물의 농도와 시간에 따라 lipopolysaccharide의 양이 변화하는 것을 SDS-PAGE와 silver staining을 통하여 관찰하였다. 또한, 주사전자현미경을 이용하여 장미추출물에 노출시킨 세균의 외부 형태를 분석한 결과, 움푹 패이고 불규칙적인 간균 형태로 관찰되었다.

• 대한임상검사과학회지
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• 제49권2호
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• pp.135-140
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• 2017

중합효소연쇄반응법을 이용한 축산물 가공식품 내에 존재하는 소고기 성분을 특이적으로 검출할 수 있는 방법을 개발하기 위하여 축산물 가공식품 78종류를 무작위로 선별하였다. 가공식품으로부터 추출한 genomic DNA를 이용하여 소의 미토콘드리아 16S rRNA 염기서열을 이용하여 strain-specific primer를 직접 제작하여 중합효소연쇄반응을 수행한 후, 증폭된 반응산물의 염기서열을 분석 하였다. 축산물 가공식품 내 소고기 성분 검출을 위한 중합효소연쇄반응 수행 결과, 소고기 성분이 함유되어 있는 17개의 축산물 가공식품이 정확히 증폭되었고, 증폭산물의 DNA 염기서열 분석 결과 소의 미토콘드리아 16S rRNA 서열과 95% 이상의 상동성을 보였다. 본 실험에서 제시된 방법으로 축산물 가공식품 내 소고기 성분검출을 적용하였을 시, 소고기 성분이 함유된 축산물 가공식품을 정확하게 감별할 수 있었으며, 나아가 식품 원재료의 허위기재 등에 의한 불량식품 유통 근절 및 종교적 이유로 인한 금기 식품감별 등과 같은 과학적 식품 감시에 기여할 수 있다고 사료된다.

• Journal of Periodontal and Implant Science
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• 제33권2호
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• pp.149-158
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• 2003

The purpose of this study was to isolate and characterize the Fusohacrerium nucleatum (F. nucleatum) from subgingival plaque in Korean periodontitis patients. The subgingival plaque samples of periodontitis patient were collected with sterilized paper point. The paper point was put into reduced transfer medium and then immediately transferred to laboratory. The subgingival samples were diluted by 10,000 folds and plated on F. nucleatum-selective media agar plate. The plates were incubated at 37$^{\circ}C$ in an anaerobic chamber for 3 days. The violet-colored colonies were selected and subjected to further verification whether those are F. nucleatum or not. For further confirmation, 16S rRNA genes (rDNA) were cloned from each of bacterial clones and determined sequence of 16S rDNA. In this study, we found 17 distinct clinical isolates of F. nucleatum from subgingival plaque. The clinical isolates will be a useful in various studies in periodontology.

• Journal of Species Research
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• 제7권1호
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• pp.9-12
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• 2018

In 2016, as part of a larger effort to discover indigenous prokaryotic species in Korea, we isolated the family Deinococcaceae and Planctomycetaceae as unrecorded bacterial species. From the high 16S rRNA gene sequence similarity (>98.5%) and formation of a robust phylogenetic clade with known species, it was determined that each strain was a distinct bacterial species. There are no official reports that these two species have been described in Korea; therefore, the bacterial strains of Deinococcus and Blastopirellula are described for the first time in Korea. Gram reaction, colony and cell morphology, basic biochemical characteristics, and isolation sources are also described in the species description section.

• Journal of Species Research
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• 제6권3호
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• pp.214-223
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• 2017

As part of a larger study with the aim to discover indigenous prokaryotic species in Korea, nine bacterial strains were isolated and assigned to the phylum Proteobacteria in 2016. High 16S rRNA gene sequence similarity (>98.5%) and formation of a robust phylogenetic clades with known species indicated that each strain belongs to an independent and predefined bacterial species. This is the first report of these nine species in Korea: two strains of the Methylobacterium, two strains of the Microvirga, one strain of the Pantoea, and four strains of the Psychrobacter, all within the Proteobacteria. Gram reaction, colony and cell morphology, basic biochemical characteristics, and isolation sources are also described in the species description section.

• The Plant Pathology Journal
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• 제21권4호
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• pp.383-386
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• 2005

In 2003 typical phytoplasma symptoms of witches' broom and flower malformation were observed on statice (Limonium sinuatum) plants grown at commercial greenhouses in Busan, South Korea. The DNA extracted from the infected leaves was amplified using universal primer pair of Pl/P6 derived from conserved 16S rRNA gene of Mollicutes giving the expected Polymerase chain reaction (PCR) product of 1.5 kb. In the nested PCR assays, the expected DNA fragment of 1.1 kb was amplified with the specific primer pair 16Fl/Rl that was designed on the basis of aster yellows (AY) phytoplasma 16S rDNA sequences. The 1.1 kb PCR products were cloned and nucleotide sequences were determined. The sequences were identical to that of Onion yellows OY phytoplasma (GenBank accession no. D12569) isolated from Onion in Japan. Electron microscopy of thin sections of leaf veins showed phytoplasma bodies in the phloem. Statice witches' broom symptom occurred on statice in commercial greenhouses in Korea was confirmed as infection of AY phytoplasma by transmission electron microscopy observation, and by determination of 16S rRNA gene sequences of phytoplasma.

• 한국미생물학회:학술대회논문집
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• 한국미생물학회 2003년도 International Meeting of the Microbiological Society of Korea
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• pp.19-21
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• 2003

• Journal of Microbiology
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• 제44권6호
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• pp.694-698
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• 2006

Several marine bacterial strains were isolated from Undaria pinnatifida (Miyok in Korean). Sixty-six strains were isolated on R2A agar media at $10^{\circ}C$ and identified by a phylogenetic analysis of the 16S rRNA gene sequences. They were grouped into 10 different sequence types based on the initial sequence analysis of the 5' domain of the gene (approximately 500 bp). Full sequences of 16S rRNA gene, were obtained from one strain in each sequence type and the species-affiliation was determined using phylogenetic and sequence similarity analyses. The results of the analyses indicated that they were closely related to Psychrobacter aquimaris, P. celer, P. nivimaris, P. pulmonis, Psychromonas arctica or Bacillus psychrodurans. These bacteria are marine or psychrotrophic bacteria. Because the sporophytes of U. pinnatifida are cultured on the costal area during winter, the U. pinnatifida-associated bacteria appeared to grow at low temperatures. U. pinnatifida sporophytes can be a good source for the isolation of psychrotrophic bacteria.

• 생명과학회지
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• 제28권9호
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• pp.1118-1126
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• 2018

본 논문은 양식 어류에게 많은 경제적 피해를 입히고 있는 다양한 어류질병세균 중에서 연쇄구균증에 대한 일반적인 특성과 종류, 진단 방법에 대하여 기존에 연구 보고된 논문을 기반으로 알아보고자 한다. 대표적인 어류연쇄구균증의 원인체로는 Lactococcus garvieae, Streptococcus iniae, S. parauberis가 있다. 연쇄구균증에 감염 시 나타나는 증상으로는 체색변화, 안구이상, 아가미 퇴색, 출혈, 복부팽만, 신장과 비장의 종대 등의 보이다 폐사가 일어난다. 또한 수온이 상승하는 6월부터 10월까지 주로 일어나며 집단적으로 발병하여 폐사가 일어난다. 현재 연쇄구균증을 진단하기 위한 기술로는 16S rRNA, 16S-23S rRNA intergenic spacer region (ISR), Random Amplified polymorphic DNA (RAPD), Ribotyion (RT), Loop-mediated isothermal amplification (LAMP) 등이 있다. 이중에서 현장에서 적용 가능성이 높은 LAMP법이 각광을 받고 있지만 결과 확인 등의 문제로 인하여 현재는 어려움을 겪고 있는 실정이다. 이에 현장에서 진단부터 결과 확인까지 손쉽게 사용할 수 있도록 문제점을 보완하면 연쇄구균증에 대한 경제적 손실을 최소화 할 것으로 사료된다.