• 제목/요약/키워드: 16S rRNA sequence

검색결과 752건 처리시간 0.03초

전통재래 간장으로부터 항진균 활성 B. velezensis SSH100-10의 분리와 그 항진균 물질의 특성 구명 (Isolation of Bacillus velezensis SSH100-10 with Antifungal Activity from Korean Traditional Soysauce and Characterization of Its Antifungal Compounds)

  • 장미;문송희;장해춘
    • 한국식품저장유통학회지
    • /
    • 제19권5호
    • /
    • pp.757-766
    • /
    • 2012
  • 향미가 우수한 100년 묵은 재래 간장에서 부터 강력한 항진균 활성(antifungal)균주를 분리 동정하여 Bacillus velelzensis SSH100-10으로 명명하였다. B. velezensis SSH100-10은 식품 위해 및 식품 변패곰팡이에 대한 항곰팡이 활성과 장류에 이취를 주는 산막효모 등에 대한 항효모 활성이 동시에 있으며, 강력한 단백분해활성을 나타내었다. NaCl 내염성도 우수하여 12% NaCl 농도하에서도 생육 48시간에 $A_{600}$에서 3.51의 생육도를 나타내었다. 또한 최근 Bacillus subtilis group 중 일부 균주에서 설사형 독소인 enterotixon을 나타내는 균주들에 대한 보고가 증가함에 따라, 안전성검증의 일환으로 enterotoxin 생성 여부를 조사하였을 때, 본 분리 균주는 enterotoxin 검지반응에서 음성을 나타내었다. B. velezensis SSH100-10이 생산하는 항진균 활성물질을 SPE, preparative HPLC, reverse phase-HPLC로 정제 후, MALDI-TOF-MS와 아미노산 조성 분석을 통하여 그 항진균 원인 물질이 $C_{14}$ iturin A와 $C_{15}$ iturin A 임을 구명하였다. 또한 B. velezensis SSH100-10의 배양상징액과 분리 정제된 항진균 물질 $C_{14}$ iturin A와 $C_{15}$ iturin A와 대조구로 시판되는 $C_{14{\sim}15}$ iturin A의 pH, 온도, 효소 안정성 실험을 통하여 B. velezensis SSH100-10은 pH, 열, 효소처리에 매우 안정한 iturin A 이외에도 pH에 불안정한 또 다른 구명되지 않은 항진균 물질을 생산함을 보고하였다. 본 연구에서 보고된 강력한 항진균 활성을 지니는 B. velezensis SSH100-10은 맛있는 발효과정의 종균으로서의 작용과 더불어 콩발효식품에서 유해요소가 될 수 있는 바람직하지 못한 미생물을 제어함으로서 콩발효식품의 안전과 위생수준을 개선할 수 있는 우수한 종균으로 활용될 수 있을 것이다.

신규 분리균주 Streptomyces sp. BCNU 1030의 in vitro 항균활성 (In vitro Antimicrobial Activity of a New Isolate Streptomyces sp. BCNU 1030)

  • 방지훈;최혜정;안철수;김동완;정영기;주우홍
    • 생명과학회지
    • /
    • 제21권4호
    • /
    • pp.589-595
    • /
    • 2011
  • 질병를 유발하는 미생물들의 항생물질에 대한 증가하는 내성문제를 극복할 수 있는 새로운 항생물질을 개발하고자 항생물질을 생산하는 방선균을 탐색하여 특성화하는데 본 연구는 초점을 맞추고 있다. 충청북도 일대의 토양으로부터 PDA, starch casein agar 등의 배지를 이용하여 100여 개의 방선균주를 순수분리하였다. 순수분리된 방선균주 중 메티실린 내성 황색포도상구균에 가장 활성이 뛰어난 BCNU 1030을 선발하여 형태학적, 생화학적, 분자생물학적 방법으로 동정한 결과 Streptomyces 속으로 동정되었다. 분리균주인 BCNU 1030은 MRSA를 포함한 그람양성 및 그람음성세균에 대한 폭넓은 항균스펙트럼을 가졌다. BCNU 1030의 디클로로메탄 추출물은 MRSA CCARM 3090에 대하여 최소$0.78\;{\mu}g/ml$의 농도에서 저해활성이 있음이 확인되었다. 그러므로 BCNU 1030은 새로운 anti-MRSA 항생물질의 개발에 있어서 가능성을 가지고 있는 것으로 판단된다.

쪽 염료 니람으로부터 Comamonas sp.와 Microbacterium sp.의 분리 및 특성분석 (Isolation and Characterization of Comamonase sp. and Microbacterium sp. from Deep Blue Sediment Dye of Polygoum tinctoria, Niram)

  • 장성은;이남근;이유리;최미성;정용섭
    • KSBB Journal
    • /
    • 제28권1호
    • /
    • pp.60-64
    • /
    • 2013
  • Two strains were isolated from the traditional Deep Blue Sediment Dye of Polygoum tinctoria, Niram, and temporarily named Niram A and Niram B, respectively. The phylogenetic analysis revealed that strain Niram A and B were closely related to the members of the genus Comamonas and Microbacterium, respectively. Strain Niram A exhibited the highest 16S rRNA gene sequence similarity to C. aquatica LMG $2370^T$ (98.06%). Strain Niram B showed 100% homology with M. oxydans DSM 20578T and M. maritypicum DSM $12512^T$. The growth of the strain Niram A and B was not inhibited in Niram medium containing high calcium concentration without free sugar as carbon source. The reducing Niram is greenish. Therefore, the reducing ability on the Niram of the strains Niram A and B were determined with the color difference of the $a^*$ values of Niram fermented-fluids. The $a^*$ value indicates the level of redness (positive value) or greenness (negative value). The green color is increasing towards the negative value. In all samples fermented for 10 days, the $a^*$ values among samples were no significant difference. However, samples fermented for 15 days have an appreciable change. After fermentation for 15 days, the control Niram sample had $-3.96{\pm}0.02$ of the $a^*$ value. On the other hand, the Niram samples fermented with the strain Niram A and B showed $-4.20{\pm}0.02$ of the $a^*$ value and $-7.86{\pm}0.03$ of the $a^*$ value, respectively. In the reducing ability on the Niram, the strain Niram B was significantly better than the strain Niram A.

Pseudomonas aeruginosa AJ1에 의한 Microcystis aeruginosa의 성장제어 (Growth Suppression of Microcystis aeruginosa by Pseudomonas aeruginosa AJ1)

  • 김선정;이상섭
    • 미생물학회지
    • /
    • 제45권4호
    • /
    • pp.362-367
    • /
    • 2009
  • 대청호의 한 지류인 소옥천으로부터 고효율 조류억제 세균을 분리하기 위하여 176균주를 분리 스크린하였으며, 이 중 AJ1이 가장 높은 조류성장억제능을 나타내었다(지름 50.0 mm 성장억제환). 조류성장억제능이 높았던 AJ1 균주 동정을 위하여 형태학적, 생리 생화학적, 16S rRNA gene sequence 분석, 지방산 분석을 수행하였으며 그 결과, Pseudomonas aeruginosa 로 판별되었다. AJ1 배양액을 원심분리한 후 상등액을 조류배양액에 첨가 시, 상등액에 의한 조류성장억제능이 나타남에 따라 세포 외 물질 분비에 의한 것을 확인할 수 있었다. 가장 높은 조류성장억 제능[60.2(${\pm}$1.3)%]은 탄소원으로 mannitol을 사용하고, 온도 $30^{\circ}C$, pH 8에서 배양할 때 보였다. 또한, AJ1 균주의 배양기간 및 투여시기에 따른 조류성장억제능 평가 결과, 조류 성장 초기 단계에 조류성장억제균을 투여하였을 때 조류성장억제능이 높게 나타났고, 균주의 배양기간에 따른 조류성장억제능은 연관성이 나타나지 않았다. 상등액 접종량에 따른 조류성장억제능은 상등액의 접종량이 높아질수록 M. aeruginosa의 제거량은 증가하였으며, 고농도(40ml/L)로 적용하였을 때 80.3(${\pm}$8.6)%의 가장 높은 M. aeruginosa 제거효율을 보여주었다. 제거 속도의 경우 상등액 접종량이 낮아질수록 M. aeruginosa 제거율이 높아지는 경향을 확인하였으며, 저농도(10 ml/L)로 적용시 $8.2{\mu}g$ chl-a/supernatant ml/day로 가장 높게 나타났다. 본 연구 결과, AJ1 균주의 현장 적용 시 M. aeruginosa의 제어에 효율적일 것으로 사료된다.

Correlation analysis of muscle amino acid deposition and gut microbiota profile of broilers reared at different ambient temperatures

  • Yang, Yuting;Gao, Huan;Li, Xing;Cao, Zhenhui;Li, Meiquan;Liu, Jianping;Qiao, Yingying;Ma, Li;Zhao, Zhiyong;Pan, Hongbin
    • Animal Bioscience
    • /
    • 제34권1호
    • /
    • pp.93-101
    • /
    • 2021
  • Objective: Temperature could influence protein and amino acid deposition as well as gut microbiota profile and composition. However, the specific effects of ambient temperature on amino acids deposition and gut microbiota composition remain insufficiently understood. Methods: A total of 300 one-day-old Avian broilers were randomly divided into three groups and reared at high, medium, and low temperature (HT, MT, and LT), respectively. Breast muscle and fecal samples were collected for amino acid composition analysis and 16S rRNA gene sequence analysis. Results: Our data showed that compared to the MT group, there was a decrease of muscle leucine and tyrosine (p<0.05), as well as an increase of methionine in the HT group (p<0.05) and a decrease of serine in the LT group. Examination of microbiota shift revealed that at genus level, the relative abundance of Turicibacter and Parabacteroides was increased in the HT group (p<0.05) and that the relative abundances of Pandoraea, Achromobacter, Prevotella, Brevundimonas, and Stenotrophomonas in the LT group were higher than those in the MT group (p<0.05). In addition, there were substantial correlations between microbes and amino acids. In the HT group. Turicibacter was negatively correlated with aspartic acid and tyrosine, whereas Parabacteroides was positively correlated with methionine (p<0.05). In the LT group, there were multiple positive correlations between Achromobacter and arginine, isoleucine or tyrosine; between Prevotella and cysteine or phenylalanine; between Brevundimonas and cysteine; and between Stenotrophomonas and cysteine as well as a negative correlation between Stenotrophomonas and serine. Conclusion: Our findings demonstrated that amino acid content of breast muscle and intestinal microbiota profile was affected by different ambient temperatures. Under heat exposure, augmented abundance of Parabacteroides was correlated with elevated methionine. Low temperature treatment may affect muscle tyrosine content through the regulation of Achromobacter.

Positive effects of grazing on blood components and intestinal microbiota in growing horses

  • Ji Hyun Yoo;Jong An Lee;Jae Young Choi;Sang Min Shin;Moon Cheol Shin;Hyeon Ah Kim;Yong Jun Kang;Hee Chung Ji;In Cheol Cho;Byoung Chul Yang
    • 농업과학연구
    • /
    • 제49권4호
    • /
    • pp.963-971
    • /
    • 2022
  • Production of high-quality horses is important to make the horse industry grow. Grazing during the growing period can be an important factor affecting the production of high-quality horses. The objective of this study was to determine the effects of grazing on growing horses by analyzing their blood components and intestinal microbiota. Twelve growing horses for evaluating blood components and ten growing horses for evaluating intestinal microbiota were raised for about seven months and separated by two treatments: grazing vs. stable. Complete blood count, blood chemistry, and creatine kinase levels were analyzed as blood components and a 16s rRNA gene sequence analysis was performed to analyze intestinal microbiota. Calcium ions tended to be lower in the group with grazing treatment. Alkaline phosphatase and creatine kinase tended to be higher in the group with grazing treatment. These results indicate that grazing can provide horses with more exercise than staying in stables. At the phylum level, Firmicutes/Bacteroidetes ratios in grazing and stable groups were 4.2 and 6.5, respectively. Because various studies have reported that a. high Firmicutes/Bacteroidetes ratio indicates obesity, the method of raising horses might affect their physical ability. At the species level, rates of Clostridium butyricum in grazing and stable groups were 3.2% and 13.1%, respectively. Some strains of C. butyricum can cause several diseases such as botulism. These results indicate that grazing can positively affect growing horses in terms of blood components and intestinal microbiota. Moreover, grazing can be helpful to make growing horses healthy through proper exercise.

Sphingomonas abietis sp. nov., an Endophytic Bacterium Isolated from Korean Fir

  • Lingmin Jiang;Hanna Choe;Yuxin Peng;Doeun Jeon;Donghyun Cho;Yue Jiang;Ju Huck Lee;Cha Young Kim;Jiyoung Lee
    • Journal of Microbiology and Biotechnology
    • /
    • 제33권10호
    • /
    • pp.1292-1298
    • /
    • 2023
  • PAMB 00755T, a bacterial strain, was isolated from Korean fir leaves. The strain exhibits yellow colonies and consists of Gram-negative, non-motile, short rods or ovoid-shaped cells. It displays optimal growth conditions at 20℃, 0% NaCl, and pH 6.0. Results of 16S rRNA gene-based phylogenetic analyses showed that strain PAMB 00755T was most closely related to Sphingomonas chungangi MAH-6T (97.7%) and Sphingomonas polyaromaticivorans B2-7T (97.4%), and ≤96.5% sequence similarity to other members of the genus Sphingomonas. The values of average nucleotide identity (79.9-81.3%), average amino acid identity (73.3-75.9%), and digital DNA-DNA hybridization (73.3-75.9%) were significantly lower than the threshold values for species boundaries; these overall genome-related indexes (OGRI) analyses indicated that the strain represents a novel species. Genomic analysis revealed that the strain has a 4.4-Mbp genome encoding 4,083 functional genes, while the DNA G+C content of the whole genome is 66.1%. The genome of strain PAMB 00755T showed a putative carotenoid biosynthetic cluster responsible for its antioxidant activity. The respiratory quinone was identified as ubiquinone 10 (Q-10), while the major fatty acids in the profile were identified as C18:1ω7c and/or C18:1ω6c (summed feature 8). The major polar lipids of strain PAMB 00755T were diphosphatidylglycerol, phosphatidylethanolamine, sphingoglycolipid, and phosphatidylcholine. Based on a comprehensive analysis of genomic, phenotypic, and chemotaxonomic characteristics, we proposed the name Sphingomonas abietis sp. nov. for this novel species, with PAMB 00755T as the type strain (= KCTC 92781T = GDMCC 1.3779T).

국내 양식 무지개송어(Oncorhynchus mykiss)에서 분리된 Photobacterium sp. YW2207의 특성 (Characterization of Photobacterium sp. YW2207 isolated from rainbow trout (Oncorhynchus mykiss) raised in a fresh water farm in South Korea)

  • 김현우;이은섭;이승준;김한을;한소라;오태진;김명석;김수진;권세련
    • 한국어병학회지
    • /
    • 제36권2호
    • /
    • pp.251-261
    • /
    • 2023
  • Photobacterium sp. YW2207 was isolated from rainbow trout raised in a fish farm located in Yeongwol-gun, Gangwon Province, South Korea. Based on 16S rRNA sequence analysis and phylogenetic analysis, it was confirmed that Photobacterium sp. YW2207 showed 100% similarity with Photobacterium piscicola and Photobacterium phosphoreum, and 94.6% similarity with P. damselae subsp. damselae. Biochemical analysis revealed that Photobacterium sp. YW2207 is a Gram-negative, motile bacterium with a cell size of 1.5~3×3~5 ㎛. The bacteria were cultured on nutrient agar, brain heart infusion agar, Muller-Hinton agar, tryptic soy agar, and thiosulfate citrate bile sucrose agar with NaCl concentrations ranging from 0 to 2.5%. The API50CHE and API20E tests indicated lower utilization capabilities compared to the P. damselae strains provided in the API database. Furthermore, unlike most Photobacterium species, Photobacterium sp. YW2207 presented negative for catalase test. Results from the flow cytometric measurement indicated that Photobacterium sp. YW2207 exhibited a more diverse distribution of cell sizes and had larger cell sizes compared with P. damselae subsp. damselae. Minimum inhibitory concentration tests showed that Photobacterium sp. YW2207 had low susceptibility to β-Lactam and aminoglycoside antibiotics, while having high susceptibility to tetracycline, doxycycline, and quinolone antibiotics. Pathogenicity on rainbow trout revealed that an immersion of 1×105 CFU/ml did not cause mortality or clinical symptoms.

Bacillus coagulans NRR1207이 생산하는 α-galactosidase에 의한 대두박 비소화성분의 가수분해 (Hydrolysis of Non-digestible Components of Soybean Meal by α-Galactosidase from Bacillus coagulans NRR1207)

  • 라석한;렌친핸드;박민길;김완섭;백승희;남명수
    • 생명과학회지
    • /
    • 제28권11호
    • /
    • pp.1347-1353
    • /
    • 2018
  • 본 연구는 한국전통약용식물(구기자, 오미자 잎)의 발효물로부터 분리한 Bacillus coagulanse NRR1207의 발효 특성을 파악하고 Bacillus coagulans NRR1207의 ${\alpha}$-galactosidase의 활성과 이를 통한 대두박의 비소화성분의 분해를 확인하였다. Bacillus coagulans NRR1207이 생산하는 효소 중 ${\alpha}$-galactosidase, ${\beta}$-galactosidase, ${\alpha}$-glucosidase가 가장 높은 40 nmol 이상의 활성을 나타내었다. Bacillus coagulans NRR1207의 발효 특성은 10% skim milk에서 배양했을 때, pH는 급속히 감소했고 적정 산도는 1.9%까지 증가했고 생균수도 발효 24시간에 8.8 log CFU/ml로 증가했다. 유당은 배양 72시간째 완전히 고갈되었고 유산 생산 능력도 탁월했다. Bacillus coagulans NRR1207을 대두박에 접종 후 배양시간에 따른 생균수의 변화는 배양 시작 시 7.6 log CFU/ml, 배양 16시간에 최고에 도달하여 9.0 log CFU/ml이었고 배양 72시간에 8.3 log CFU/ml로 Bacillus coagulans NRR1207이 왕성하게 잘 성장하였다. 대두박의 비소화성분 분해는 Bacillus coagulans NRR1207 접종 후 발효 24, 48, 72시간이 경과하면서 이 균이 생산한 ${\alpha}$-galactosidase에 의해 비소화성분인 stachyose와 raffinose가 대부분 분해되고 galactose가 생성되었다. 따라서 Bacillus coagulans NRR1207은 대두박의 비소화성분을 분해하는 생균제(Probiotics)로써 이용하여 식품 및 가축 사료 이용성 증대에 활용이 가능할 것으로 사료된다.

김치 분리 항진균 유산균의 치즈 스타터로서 이용 가능성 (Potential of Antifungal Lactic Acid Bacteria Isolated from Kimchi as Cheese Starters)

  • 오현희;허창기;최하늘;양희선;배인휴;이재성;정용섭;이남근;정후길
    • Journal of Dairy Science and Biotechnology
    • /
    • 제31권2호
    • /
    • pp.133-141
    • /
    • 2013
  • 본 연구는 치즈 숙성 중 오염원인 곰팡이균 제거 기술 개발의 일환으로 치즈 숙성실에서 자생하는 곰팡이와 다양한 지역의 김치로부터 유산균을 분리하여 곰팡이에 대한 생육억제활성이 있는 항진균 활성 유산균을 선발하고, 선발된 유산균의 배양특성을 확인하였다. 치즈와 치즈 숙성실에 자생하는 곰팡이 8종과 다양한 지역의 김치로부터 유산균 44종을 분리 동정하였고, 김치에서 분리한 유산균 44종 중 항진균 활성이 있는 유산균 6종을 최종 선발하여 그 특성을 규명하였다. 최종 선발된 유산균 6종 중에서 유산균 ALH (L. sakei subsp.)가 곰팡이균 8종에 대하여 항진균 활성이 가장 크게 나타났다. 최종 선발된 6종의 유산균의 생육은 배양 5시간부터 20시간까지 활발하였고, 배양시간이 경과할수록 배양액의 pH는 낮아졌다. 유산균 생육의 최적온도는 $30{\sim}37^{\circ}C$였으며, 최적 pH는 7이었다. 단백질 분해력은 6종 유산균 모두 유사하였으며, 단백질 응고력은 ALH, ALL, ALS 균주가 ALD, ALJ, ALT 균주에 비해 좋았다. 또한 ALD, ALH, ALJ 균주는 ALL, ALS, ALT 균주보다 산성조건에서 잘 견디는 것을 확인하였다. 유산균 배양액의 유기산 조성을 분석한 결과, lacic acid가 가장 많이 생성되었다. 본 실험에서 김치에서 분리한 유산균은 항진균력이 뛰어나고, 배양특성이 유제품을 제조하기에 적합하다고 사료되므로, 추후 곰팡이의 생육을 억제할 수 있는 치즈 및 유제품 개발에 활용할 수 있을 것으로 기대된다.

  • PDF