• Journal of the Korean Association of Oral and Maxillofacial Surgeons
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• 제29권1호
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• pp.48-55
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• 2003

The purpose of this study was to isolate and identify the bacteria in osteomyelitis lesion of 3 patients. Two lesions were due to the post-infection after extraction. The other was resulted from mal-fixation of both sides of mandibular angles. Pus samples were collected by needle aspiration from the lesion and examined by culture method. Bacterial culture was performed in three culture systems (anaerobic, $CO_2$, and aerobic incubator). Identification of the bacteria was performed by 16S rRNA gene cloning and nucleotide sequencing method. Our results showed that Streptococci species was predominantly isolated in both lesions of extraction socket. Only one species (Proteus vulagris) was detected in lesion of mandibular angle. This study was not sufficient to identify the causative bacteria in those osteomyelitis. However, our data may be offered the clue to solve the problem.

• 환경생물
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• 제41권2호
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• pp.167-178
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• 2023

Large amounts of waste and wastewater from aquaculture have negatively impacted ecosystems. Among them, shrimp aquaculture wastewater contains large amounts of nitrogen contaminants derived from feed residues in an aerobic environment. This study isolated candidate strains from adult rockworms to treat shrimp aquaculture wastewater (SAW) in an aerobic environment. Among 87 strains isolated, 25 grew well at the same temperature as the shrimp aquaculture with excellent polymer degradation ability (>0.5 cm clear zone). Six isolates (strains AL1, AL4, AL5, AL6, LA10, and PR15) were finally selected after combining strains with excellent polymer degradation ability without antagonism. 16S rRNA sequencing analysis revealed that strains AL1, AL4, AL5, AL6, LA10, and PR15 were closely related to Bacillus paramycoides, Bacillus pumilus, Stenotrophomonas rhizophila, Bacillus paranthracis, Bacillus paranthracis, and Micrococcus luteus, respectively. When these six isolates were applied to SAW, they reached a maximum cell viability of 2.06×10⁵ CFU mL^-1. Their chemical oxygen demand (COD_Cr) and total nitrogen(TN) removal rates for 12h were 51.0% and 44.6%, respectively, when the COD_Cr/TN ratio was approximately 10.0. Considering these removal rates achieved in this study under batch conditions, these six isolates could be used for aerobic denitrification. Consequently, these six isolates from rockworms are good candidates that can be applied to the field of aquaculture wastewater treatment.

• 한국미생물·생명공학회지
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• 제44권1호
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• pp.74-83
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• 2016

본 연구에서는 선행 발효두유에서의 산미 이취를 개선시키기 위해 한국 전통발효식품인 김치로부터 젖산균을 분리 및 동정하였다. 분리된 89주의 균주 중 두유 발효 시 산미 이취를 생성하지 않는 균 3주(Strain No. R53, R83, R84)를 임의로 분리하였다. 생물학적, 형태학적 및 16S rRNA 유전자 염기서열 등과 같은 생화학적 분석 결과 최종적으로 3주의 균은 W. koreensis 동정되었다. 최종적으로 이 3주의 균 중 가장 산미 이취를 적게 생성하는 것으로 판단되는 Strain No. R83을 최종 실험 균주로 사용하였으며 이 균주를 W. koreensis KO3로 명명하였다. W. koreensis KO3을 이용하여 최적 발효두유를 제조하였으며 이화학적 특성을 알아보았다. $30^{\circ}C$에서 12시간 발효시켰을 때 생균수가 $8.71{\times}10^8CFU/ml$로 가장 생육이 뛰어났으며, 이때의 pH와 산도는 각각 6.02, 0.33%를 나타내었다. 일반성분은 수분 94.06%, 조회분 0.18%, 조단백 2.71%, 조지방 1.16%, 조섬유 0.01%로 측정되었다. 아미노산 분석 결과 27종의 아미노산과 유도체들이 확인되었다. 단맛을 가지는 아미노산으로 알려진 serine, glycine, threonine, alanine, aspartic acid 함량이 증가하였고 발효 전에는 검출되지 않았던 ornithine이 생성되었다. 관능평가에 있어서는 선행 발효두유에 비해 모든 항목에서 개선된 평가를 얻었다. 따라서 관능검사, pH 및 산도 그리고 아미노산 분석을 결과를 토대로 볼 때 W. korensis K03로 제조한 발효두유는 음료로서 가능성이 있다고 생각되며 향후 연구를 통해 기능성 성분이 탐색 된다면 새로운 형태의 건강식품개발의 기초 자료로서 활용 가능할 것으로 보인다.

• 환경생물
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• 제34권4호
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• pp.304-313
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• 2016

현재 전 세계적으로 원자력 발전소가 직면하고 있는 문제 중 가장 큰 문제는 방사성 핵종($^{134}Cs$, $^{135}Cs$, $^{137}Cs$)에 오염된 핵 폐기물 저장 및 처리시설 확충이다. 원자력 발전소의 꾸준한 증가율에 비하여 방사성 폐기물을 처리할 수 있는 처리시설의 공간적 한계에 직면하고 있기 때문이다. 이에 환경 친화적이면서 효율적인 폐기물 처리방법의 개발이 시급하다. 이에 따라, 경제적이면서 높은 회수율을 가지는 균주와 세슘 이온의 상호 작용을 통한 방사성 세슘 생물학적 흡착에 대한 연구가 각광받고 있다. 하지만, 현재 세슘 저항성을 지닌 균주는 많이 보고되어 있지 않은 상태이다. 본 연구는 한국원자력연구원 첨단방사선 연구소 주변에서 샘플을 채취하여 세슘 저항성을 지닌 균주를 선별하였다. 세슘 저항성 균주 선별 방법은 다음과 같다. 샘플 및 100 mM CsCl을 R2A 액체 배지에 첨가한 뒤, 72시간 후에 살아남은 균주들을 16S rRNA 염기서열을 NCBI's BlastN의 database의 균주들의 염기서열과 비교/분석을 하여 균주를 동정 분석하였다. 동정 분석 결과, B. anthracis Roh-1, B. cereus Roh-2 균주들이 세슘 저항성 우점종 균주인 것을 확인할 수 있었다. B. cereus Roh-2 균주가 B. anthracis Roh-1 균주보다 세슘에 대한 저항성을 보이는 것을 본 실험을 통해 확인할 수 있었으며, 특히 50 mM CsCl 환경에서 B. cereus Roh-2 균주는 B. anthracis Roh-1 균주보다 최대 30% 이상 세슘에 대해 저항성을 가지는 것을 확인하였다. 또한, $0.2mg\;L^{-1}$ $Cs^+$가 함유된 R2A 배지를 24시간 동안 처리하였을 때, B. anthracis Roh-1 균주는 g당 최대 $2.01mg\;L^{-1}$의 세슘 흡착능을 유도결합플라즈마 질량분석기 분석을 통해 확인하였다. 본 세슘 저항성 균주 스크리닝 기술 및 선별된 균주들은 차후에 방사성 오염지역 생물학적 환경 정화 및 제염해체를 위한 플랫폼 기술로 활용될 수 있을 것으로 보인다.

• 한국임상수의학회지
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• 제27권5호
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• pp.618-621
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• 2010

서울 소재 수족관에서 관상용으로 사육되었던 giant grouper (Epinephelus lanceolatus) 한 마리가 폐사된 채발견되었다. 폐사어는 2주간 식욕부진, 무기력 및 침울의 증상을 보였다. 폐사어의 장기 (신장, 간 및 비장)로부터 세균을 순수 분리하여 Vitek System 2, API 20E test, multiplex PCR 및 16S rRNA gene sequencing을 수행하여 Photobacterium damselae subsp. damselae로 확진하였다. 본 증례에서, 우리는 국내 수족관에서 사육되었던 giant grouper에서의 Photobacterium damselae subsp. damselae의 분리 및 특성을 보고하고자 한다.

• 한국식품저장유통학회지
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• 제14권2호
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• pp.188-193
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• 2007

하향주의 제조에 이용되는 누룩으로부터 젖산균을 분리하고, 배양학적 특성과 생리적 특성을 검토하였다. 분리된 총 11균주를 이용하여 알코올 10%와 pH 4.0에서 생육이 억제되는 양조학적으로 적합한 5균주의 젖산균을 분리하였고, 16S rRNA의 염기서열을 분석하여 동정한 결과 Lactobacillus plantarum 1균주, Lactobacillus sakei 1균주 및 Lactobacillus curvatus 3균주로 나타났으며 모두 젖산 간균으로 확인되었고, 이들을 각각 L. plantarum L-3, L. sakei L-10 그리고 L. curvantus L-8, 11, 12로 명명하였다. L plantarum L-3이 배양 초기 pH 4.0일 때 0.78%의 산도를 나타내어 나머지 4균주에 비해 약 10배정도 높은 산을 생성하였다. 분리된 5균주는 모두 $30^{\circ}C$에서 가장 산생성능이 우수하였고, L. sakei L-10을 제외한 모든 균주는 $45^{\circ}C$에서 생육이 정지되었으나, L. sakei L-10은 $40^{\circ}C$에서 생육이 저해되었다. 그리고 에탄을 농도가 6%일 때 산의 생성이 급격히 감소되었으며 L. curvatus L-8, 11, 12는 8% 에탄올에서 거의 생육이 이루어지지 않아 에탄올에 대한 내성이 낮았으며, L. plantarum L-3과 L sakei L-10은 10% 에탄올에서 생육이 정지되었다.

• 대한임상검사과학회지
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• 제54권4호
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• pp.239-248
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• 2022

임상미생물학 분야에서 세균의 분류는 끊임없이 변화하는 상태에 있다. 무산소성 세균의 대규모 분류와 명명법은 지난 수십년 동안 발생되었는데, 주로 16S rRNA 염기서열 분석 및 전체 게놈 염기서열(WGS) 분석과 같은 분자 기술의 발전 때문이다. 새로운 균속과 균종이 추가되었고, 기존 균종과 균속은 재분류되었거나 재명명되었다. 임상미생물검사실의 주요 역할은 임상적으로 중요한 세균의 정확한 동정 및 적절한 감수성 시험, 그리고 신속한 보고 및 임상의와의 의사 소통이다. 무산소성 세균의 분류학적 변화는 진단적으로 적절한 보고 항균제의 선택과 항균제 감수성 해석 기준의 적용에 잠정적으로 영향을 미칠 수 있다. 이는 신흥 병원성 무산소성 세균의 항균제 내성 및 잘못된 동정은 환자 치료에 있어서 부적절한 경험적 치료를 유발할 수 있기 때문이다. 따라서, 임상미생물검사실은 주기적으로 무산소성 세균의 분류학적 변경 사항을 업데이트하고, 임상의에게 이러한 변경 사항을 적절하게 알려야 한다. 이 논문에서는 임상적으로 중요한 무산소성 세균의 분류에 관한 업데이트을 제시하였고, 이전의 균명 또는 동의어을 함께 기술하였다. 무산소성 세균의 분류 업데이트는 무산소성 세균 감염에 대한 항균제 요법을 안내하고, 치료 실패를 예방하는데 임상미생물검사실과 임상의 모두에게 도움이 될 수 있다.

• 미생물학회지
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• 제49권1호
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• pp.58-63
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• 2013

본 연구는 한국 제주도 조간대에 서식하는 홍조류로부터 분리된 JIM57 균주의 계통학적 특성을 조사하기 위하여 수행되었다. 16S rRNA gene 염기서열을 분석한 결과, 본 균주는 Oceanisphaera 속과 대단히 유사하였으며, Oceanisphaera litoralis DSM $15406^T$와 98.02%, O. donghaessis KCTC $12522^T$와 97.7%의 염기서열 상동성을 나타내었다. 본 균주는 그람양성의 호기성 구균으로써, 0.5-8.0%의 NaCl 및 $4-47^{\circ}C$에서 생육할 수 있었다. 본 균주는 Oceanisphaera litoralis DSM $15406^T$와 일부 생리학적 및 생화학적 특성을 공유하였으나 ethanol, proline 및 alanine 이용성에서는 차이가 있었다. 본 균주 genomic DNA의 GC 함량은 61.94 mol%였으며, 주요 균체 지방산 지방산으로서 $C_{16:1}$ ${\omega}7c$, iso-$C_{15:0}$ 2-OH, $C_{16:0}$, and $C_{18:1}$ ${\omega}7c$를 함유하고 있었다. 또한 DNA-DNA 상동성을 조사한 결과, JIM57 균주는 O.litoralis DSM $15406^T$ 및 O. donghaessis KCTC $12522^T$와 별개의 종임을 알 수 있었다. 이러한 결과들을 종합한 결과, JIM57 균주(=KCTC 22371 =AM 983543 =CCUG 60764)는 O. litoralis DSM $15406^T$ 및 O. donghaessis KCTC $12522^T$와 다른 특성을 나타내는 것으로 확인되어 Oceanisphaera의 새로운 종임을 제안하였다.

• 미생물학회지
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• 제42권3호
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• pp.185-194
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• 2006

본 연구는 치근관 감염병소에서 세균을 분리 및 동정하고, 8종의 항생제들에 대한 분리균주들의 감수성을 조사하기 위하여 실시하였다. 세균에 감염된 27개 치아의 괴사된 치근부 치부소직을 바비드 브로치나 페이퍼 포인트로 무균적으로 채취하였다. 치수가 채취된 부위의 바비드 브로치와 페이퍼 포인트를 500 ul의 $1{\times}PBS$ 용액에 담아 잘 혼합하고, 이를 5% 양혈이 포함된 BHI 한천배지(혈액한천배지)에 도말하여 $37^{\circ}C$ 혐기성 배양기에서 2-5일 동안 배양하였다. 혈액한천배지에서 자라난 세균은 16S rRNA 유전자(rDNA) 염기서열결정법을 이용하여 종수준으로 동정하였다. 이들 균주들의 8종 항상제에 대한 감수성은 최소성장억제농도 측정법으로 조사하였다. 본 연구결과, 101개의 세균 집락이 생겼고, Streptococcus spp. (29.7%)와 Actinomyces spp. (21.8%)가 가장 많이 검출되었다. 이들 균주들 중 9균주는 실험 도중 소실되거나 액체배지에 자라지 않아서 항생제 감수성 심험에서는 제외되었다. 각 항생제들에 대한 감수성을 조사한 결과, 분리된 균주들 중 80(87.0%) 균주가 클린다마이신에 감수성을 보였으며, 세프록심 아세틸과 테트라사이클린에 69(75.0%)가, 오그멘틴에 66(71.7%) 균주가, 페니실린 G에 63(68.5%) 균주가, 에리트로마이신에 61(66.3%) 균주가, 아목시실린에 41(44.6%) 균주가 감수성을 보였다. 그러나 시플록사신에는 29(31.5%) 균주만이 감수성을 보였다. 이러한 8종 항생제에 대한 균주들의 감수성 양상은 세균 종의 종류보다는 분리된 숙주에 따라 차이가 있었다. 이러한 결과는 치근관 감염질환의 치료에 항생제가 필요할 경우 항생제 감수성검사를 병행하는 것이 효과적임을 시사한다.

• The Plant Pathology Journal
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• 제24권2호
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• pp.207-210
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• 2008

In March of 2003, tumors (galls) were observed on ginseng seedling roots in ginseng seedbeds at Yeoju, Gyeonggi province, Korea. Symptoms were spherical or galls with about 0.5-1.0cm in diameter formed on the upper through middle parts of the primary roots. Bacterial isolates obtained from the root galls were Gram-negative, rod-shaped with peritrichous flagella, aerobic, not forming yellow or orange colonies on nutrient glucose agar, yeast extract-dextrose $CaCO_3$ agar and nutrient-broth yeast extract agar, non-fluorescent on King's B agar, and non-spore forming, which were identical to characteristics of the genus Agrobacterium. They were identified as Agrobacterium tumefaciens with 0.732-0.993 similarities in 100% probability by the Biolog analyses. The 16S rRNA gene partial sequences of the six isolates tested (Genbank Accession EF486308-EF486313) were 100% homologous to those of other A. tumefaciens strains (GenBank accession AF501343, AY701900, AY701898, AY701899). The above results confirmed that this bacterium is A. tumefaciens. Pathogenicity of the bacteria was proved by the inoculation test on carrot root discs and tomato seedlings. This is the first description of A. tumefaciens causing root gall in ginseng seedling. The disease occurred locally and sparsely, but considering its appearances in seedbeds suggests that the ginseng root gall may become a threat to ginseng in Korea.