• 미생물학회지
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• 제43권3호
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• pp.201-209
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• 2007

송이 자생군락 토양 내 세균군집의 정량적 평가를 수행한 결과 CFDA 형광염색법을 이용해 직접 계수된 생균수는 $7.4{\pm}1.19{\times}10^8{\sim}1.07{\pm}0.17{\times}10^9cells/g$ soil로 육즙영양배지(nutrient broth, NB)에서 배양된 생균수는 CFDA 계수치의 $5{\sim}8%$로 계수되었으며, $10^{-2}$으로 희석한 NB(DNB)배지에서는 $40{\sim}47%$의 계수치를 나타내었다. 이상의 결과로부터 송이 자생군락 토양내에는 배양이 곤란한 난배양성(viable but non-culturable; VBNC)세균이 다수 존재해 있는 것으로 추정되었다. 송이 자생군락 토양내 세균군집의 계통학적 특성을 검토하기 위해 토양으로부터 직접 DNA를 추출하고 16S rDNA-ARDRA cluster 분석을 통하여 대표 clone의 16S rDNA 염기서열 분석을 수행하였다. 송이 자생군락 토양으로부터 구축된 총 115 clone은 31 ARDRA cluster로 분류되었으며, ${\alpha}-,\;{\beta}-,\;{\gamma}-$ Proteobacteria, Acidobacteria, Actinobacteria 그리고 Firmicutes의 6개 계통군이 확인되었다. 이들 계통군 중 약 85%가 Acidobacteria 계통군에 속하여 압도적인 우점군임이 확인되어 매우 독특한 계통학적 특성을 나타내었다.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제27권2호
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• pp.179-186
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• 2014

This study aimed to investigate the diversity of the Butyrivibrio group bacteria in goat rumen and its response to garlic oil (GO) supplementation as revealed by molecular analysis of cloned 16S rRNA genes. Six wethers fitted with ruminal fistulas were assigned to two groups for a cross-over design with 28-d experimental period and 14-d interval. Goats were fed a basal diet without (control) or with GO ruminal infusion (0.8 g/d). Ruminal contents were used for DNA extraction collected before morning feeding on d 28. A total bacterial clone library was firstly constructed by nearly full-length 16S rRNA gene cloned sequences using universal primers. The resulting plasmids selected by Butyrivibrio-specific primers were used to construct a Butyrivibrio group-specific bacterial clone library. Butyrivibrio group represented 12.98% and 10.95% of total bacteria in control and GO group, respectively. In libraries, clones were classified to the genus Pseudobutyrivibrio, Butyrivibrio and others within the family Lachnospiraceae. Additionally, some specific clones were observed in GO group, being classified to the genus Ruminococcus and others within the family Ruminococcaceae. Based on the criterion that the similarity was 97% or greater with database sequences, there were 29.73% and 18.42% of clones identified as known isolates (i.e. B. proteoclasticus and Ps. ruminis) in control and GO groups, respectively. Further clones identified as B. fibrisolvens (5.41%) and R. flavefaciens (7.89%) were specifically found in control and GO groups, respectively. The majority of clones resembled Ps. ruminis (98% to 99% similarity), except for Lachnospiraceae bacteria (87% to 92% similarity) in the two libraries. The two clone libraries also appeared different in Shannon diversity index (control 2.47 and GO group 2.91). Our results indicated that the Butyrivibrio group bacteria had a complex community with considerable unknown species in the goat rumen.

• 미생물학회지
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• 제46권3호
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• pp.255-261
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• 2010

남태평양에 서식하는 두 종의 해면 Hyrtios sp. 604와 Callyspongia sp. 612로부터 16S rDNA DGGE 방법을 이용하여 공생세균 군집의 다양성을 분석하였다. DGGE band로부터 염기서열 분석 결과, Hytrios sp. 604의 공생세균은 Alphaproteobacteria, Gammaproteobacteria, Acidobacteria, Actinobacteria, Chloroflexi, Cyanobacteria, Firmicutes로 나타났으며, Callyspongia sp. 612의 공생세균 그룹은 Alphaproteobacteria, Gammaproteobacteria, Chloroflexi, Cyanobacteria로 나타났다. 풍부한 이차대사산물의 생산자로 보고된 Hyrtios 해면 속의 Hyrtios sp. 604는 Callyspongia sp. 612에 비해 더 다양한 공생세균 군집을 나타내었으며 주요 공생세균 군집으로 Actionobacteria가 포함되었다. 동일 지역에 서식하나 화학적 특성이 다른 두 해면 종의 세균 군집은 서로 다른 것으로 나타났다. 발견된 공생세균의 염기서열은 90% 이상이 uncultured clone들과 높은 상동성을 나타내었다.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제18권1호
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• pp.5-14
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• 2008

The deep subseafloor rock in oil reservoirs represents a unique environment in which a high oil contamination and a very low biomass can be observed. Sampling this environment has been a challenge owing to the techniques used for drilling and coring. In this study, the facilities developed by the Brazilian oil company PETROBRAS for accessing deep subsurface oil reservoirs were used to obtain rock samples at 2,822-2,828 m below the ocean floor surface from a virgin field located in the Atlantic Ocean, Rio de Janeiro. To address the bacterial diversity of these rock samples, PCR amplicons were obtained using the DNA from four core sections and universal primers for 16S rRNA and for APS reductase (aps) genes. Clone libraries were generated from these PCR fragments and 87 clones were sequenced. The phylogenetic analyses of the 16S rDNA clone libraries showed a wide distribution of types in the domain bacteria in the four core samples, and the majority of the clones were identified as belonging to Betaproteobacteria. The sulfate-reducing bacteria community could only be amplified by PCR in one sample, and all clones were identified as belonging to Gammaproteobacteria. For the first time, the bacterial community was assessed in such a deep subsurface environment.

• 대한환경공학회지
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• 제32권4호
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• pp.369-378
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• 2010

폐기물매립장의 안정화에는 미생물이 중요한 역할을 수행한다. 폐기물매립장에서 미생물군집 변화 모니터링에 말단 제한절편다형성(Terminal Restriction Fragment Length Polymorphism; T-RFLP)법의 활용 가능성을 평가하고자 박테리아의 16S rDNA 서열에 기초한 T-RFLP법으로 4개의 폐기물매립장 내부에서 채취한 침출수의 미생물군집 구조를 조사하였다. T-RFLP법을 사용하여 해석한 침출수 내 우점 미생물군집 구조와 일반적으로 널리 사용되고 있는 16S rDNA 클론 해석법에 의한 우점 미생물군집구조는 유사하였다. 또한, T-RFLP법을 이용하여 폐기물매립장의 구조, 매립 폐기물 종류, 운영기간이 다른 폐기물매립장 침출수의 우점 미생물군집 구조가 서로 다르게 나타나는 것을 확인 할 수 있었다. 따라서 T-RFLP법을 사용하여 폐기물매립장 침출수내 미생물군집 구조를 장기적으로 모니터링 한다면 많은 비용과 시간이 소요되는 클론해석법의 반복적인 수행 없이도 비교적 간단하게 폐기물매립장의 안정화 정도를 평가할 수 있을 것으로 기대한다.

• Journal of Microbiology
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• 제44권2호
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• pp.155-161
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• 2006

Comparative analysis of microbial communities in a sequencing batch reactor which performed enhanced biological phosphorus removal (EBPR) was carried out using a cultivation-based technique and 16S rRNA gene clone libraries. A standard PCR protocol and a modified PCR protocol with low PCR cycle was applied to the two clone libraries of the 16S rRNA gene sequences obtained from EBPR sludge, respectively, and the resulting 424 clones were analyzed using restriction fragment length polymorphisms (RFLPs) on 16S rRNA gene inserts. Comparison of two clone libraries showed that the modified PCR protocol decreased the incidence of distinct fragment patterns from about 63 % (137 of 217) in the standard PCR method to about 34 % (70 of 207) under the modified protocol, suggesting that just a low level of PCR cycling (5 cycles after 15 cycles) can significantly reduce the formation of chimeric DNA in the final PCR products. Phylogenetic analysis of 81 groups with distinct RFLP patterns that were obtained using the modified PCR method revealed that the clones were affiliated with at least 11 phyla or classes of the domain Bacteria. However, the analyses of 327 colonies, which were grouped into just 41 distinct types by RFLP analysis, showed that they could be classified into five major bacterial lineages: ${\alpha},\;{\beta},\;{\gamma}-$ Proteobacteria, Actinobacteria, and the phylum Bacteroidetes, which indicated that the microbial community yielded from the cultivation-based method was still much simpler than that yielded from the PCR-based molecular method. In this study, the discrepancy observed between the communities obtained from PCR-based and cultivation-based methods seems to result from low culturabilities of bacteria or PCR bias even though modified culture and PCR methods were used. Therefore, continuous development of PCR protocol and cultivation techniques is needed to reduce this discrepancy.

• 미생물학회지
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• 제37권4호
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• pp.265-272
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• 2001

깨끗한 대기가 유지되는 청정지역 및 산성강하물의 영향을 받는 공단지역에서 자라는 떡갈나무(Quercus dentate Thunb.) 잎표면에서 분리한 내산성세균 배양으로부터 16S rDNA를 추출하여 모두 444개의 clone을 얻었으며, 이를 대상으로 Restriction fragment length polymorphism (RFLP)을 실시한 결과 총 17종류의 계통형 (phylotype)이 나타났다. 두 지역에서 나타난 대표적인 내산성 잎권세균 군집은 매우 단순하여 ${\gamma}$-Proteobacteria와 low-G+C gram-positive bacteria의 2개 group이었다. 식물 잎의 나이가 들수록 내산성 잎권세균 계통형의 다양성은 현저하게 증가하였다. 내산성 잎권세균 군집 구조는 $\gamma$-Proteobacteria에 속하는 Pseudomonas group과 Enterobacteriaceae, 그리고 low-G+C gram-positive bacteria 즉 Bacillus/Clostridium group에 속하는 Streptococcaceae와 Staphylococcus group이 우점하였다. 산성강하물에 따른 내산성 잎권세균 군집 구조의 변화는 상위 계통분류군(subphylum 수준)에서는 뚜렷이 볼 수 없었지만 보다 하위분류군에서 볼 때 $\gamma$-Proteobacteria의 Xanthomonadales group은 공단지역에서만, 그리고 $\alpha$-Proteobacteria의 Acetobacteraceae는 청정지역에서만 각각 검출되었으므로 이들 세균집단을 산성강서만, 그리고 $\alpha$-Proteobacteria의 Acetobacteraceae는 청정지역에서만 각각 검출되었으므로 이들 세균집단을 산성강 하물에 대한 지표세균으로서 사용할 수 있는 가능성을 남겨 놓았다.

• 미생물학회지
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• 제39권4호
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• pp.272-276
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• 2003

본 연구에서는 삽교호의 요인 분석과 주변 지류의 영향과 계절에 따른 세균 군집구조의 변화를 분자생태학적 접근 방법을 통해 조사하였다. 시료 채취는 5월과 8월 삽교호 방조제 앞 표층수에서 실시하였으며, 분자생태학적 접근을 위해 시료로부터 DNA를 직접 추출하고, 16S rDNA를 증폭한 후 pGEM-T easy vector에 삽입하여 클로닝을 수행하였다. 획득한 클론 라이브러리를 이용하여 RFLP (restriction fragment length polymorphism)를 분석하였으며, OTUs (operating taxonomy units)로 그룹화하였다. 측정된 종다양성 지수가 8월에 더 높게 나타났으며, 5월의 153개중 34개의 클론과 8월의 131개중 38개의 클론들을 염기서열 분석하였다. 그 결과 Proteobacteria, Cytophaga, Gram positive bacteria와 Verrucomicrobia가 5월과 8월에 공통적으로 분포하는 것으로 나타났으며, 특히 Planctomyces, 시안세균과 엽록체가 조류 대발생이 일어난 8월에 분포하는 것으로 조사되었다. 전반적인 조사결과 삽교호는 전형적인 하구지역의 특성을 나타내었으며 주변 하천으로부터 유입되는 종속영양물질의 영향을 받는 것으로 생각된다.

• 미생물학회지
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• 제42권2호
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• pp.103-110
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• 2006

들잔디(zoysia japonica)에 제초제를 살포 한 다음, 아미노산을 포함한 액비(LFcAA)를 처리한 들잔디 토양의 미생물 군집구조 및 다양성을 비교하기 위하여 16S rDNA서열에 기초한 T-RFLP (terminal restriction fragment length polymorphism)분식과 클론의 염기서열 분석을 실시하였다. 제한효소 HaeIII을 이용한 T-RFLP 분석결과 아미노산 액비를 처리한 실험구 KD3과 KD4에서, 32, 38개의 유효한 피크를 가진 T-RFs가 나타났다. 23개를 나타낸 아미노산 무처리구인 KD2가 KD3,4에 비해 미생물군집구조가 단순한 것으로 조사되었다. 네 개의 실험구 KDl (대조구), KD2 (무처리구), KD3 (LFcAA 1X)., KD4 (LFcAA 2X)에서 각각 110개의 클론의 16S rDNA부분 염기서열 분석결과 대부분이 $91{\sim}99%$ 유사도 수준에서 GeneBank에 등록된 염기서열 중 대부분 uncultured bacterium으로 BLAST결과 조사되었다. 이외의 대부분의 클론들은 Proteobacteria, Acidobacteria, Actinobacteria, Sphingobacteria, Planctomycetes 그룹들의 클론들이 조사되었고, 특히 LEcAA 2X 처리구인 KD4에서는 KD2에서와는 다르게 Alphaproteobacteria의 Rhizobiales, Shigomonadales,그리고 Caulobacterales목에 속하는 미생물들의 클론이 조사되었으며, Gammaproteobactetia의 Pseudomonas 속의 세균들이 주로 나타났으며, Betaproteobaderia 의 Nitrosomonadales 목의 Nitrosospira 속들이 주로 조사되었다. 이 외에도 Acidobacteria 그룹, Actinobacteria 그룰, Planctomycetacia, Sphingobacteria 그룹들이 다양하게 조사되었다. 이러한 결과는 제초제를 살포한 미생물 군집구조가 LFcAA 첨가로 들잔디의 미생물 군집 구조에 큰 영향을 주고 있음을 시사하였다.

• 미생물학회지
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• 제40권3호
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• pp.189-198
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• 2004

강화도 장화리 갯벌 퇴적물 내의 두 층(0-1cm, 6-7cm 깊이)에 서식하는 미생물 군집구조 및 다양성을 비교하기 위해 16S rDNA의 서열에 기초한 말단제한절편 다형성(terminal-restriction fragment length polymorphism ; T-RFLP)분석과 클론의 염기서열 분석을 실시하였다. 제한 효소HhaI을 이용한 T-RFLP분석 결과표층(0-1cm)에서는 다양한 크기(($60{\pm}2$) bp-($667{\pm}2$)bp)의 말단제한절편(T-RF)들이 고른 분포로 나타났으며, 저층(6-7 cm)에서는 ($60{\pm}2$)bp와 ($93{\pm}2$) bp의 T-RF가 우세하게 나타나 표층에 비해 미생물 군집구조가 단순한 것으로 조사되었다. 총 172개의 클론의 16S rDNA부분 염기서열 분석 결과 98% 유사도 수준에서 98%의 클론이 GenBank에 등록된 염기서열 중 배양된 어떤 미생물과도 일치하지 않는 것으로 조사되었으며, 이 중 148개의 클론(86%)이 서로 다른 계통형(phylotype)으로 분류되어 다양한 미생물이 서식하고 있음을 알 수 있었다. 대부분의 클론들은 $\alpha$-, $\gamma$, $\delta$-Proteobacteria, Acidobacteria/Holophaga 그리고 green nonsulfur bacteria 그룹 내에 속하였고, 이 중 Proteobacteria 그룹이 표층에서는 전체의 69%, 저층에서는 46%의 높은 비율을 차지하였다. 또한 황원소의 산화와 환원에 관련된 $\gamma$-Proteobacteria와 $\delta$-Proteobacteria 그룹이 각각 21.5%와 15.7%로 우세하게 나타나 갯벌의 미생물 군집 구조가 혐기성 환경에서의 황환원에 의해 생성된 황의 거동과 밀접한 연관이 있음을 시사하였다.