• 미생물학회지
• /
• 제55권3호
• /
• pp.220-225
• /
• 2019

최근 10년간 미생물생태분석 기반의 연구는 차세대염기서열분석법이 개발된 이래로 지속적으로 증가하고 있다. 장내미생물생태와 건강의 연관성은 미생물 생태학 분야에 있어서 중요한 결과로 여겨지고 있다. 미생물 군집 분석은 주로 16S rRNA 유전자 가변 영역의 염기서열을 통해 분석되지만 이는 미생물의 활성 정보를 제공하지 않는다. 본 연구에서는 cDNA 기반의 미생물 생태분석을 수행하고 DNA 및 cDNA기반의 미생물생태분석 결과를 비교하였다. 두 가지의 서로 다른 접근법이 Butyrate producer와 probiotics와 같이 장내 대사과정에서 중요한 미생물의 abundance 뿐만 아니라 비만 지표로 알려진 Firmicutes 와 Bacteroidetes의 비율에 있어서 차이가 있음을 나타내었다. 따라서, cDNA 기반 미생물 군집은 이전에 수행된 DNA 기반 미생물 군집 분석과 비교하여 장내미생물생태의 역할과 관련된 또 다른 분석 방향성을 제공한다.

• The Plant Pathology Journal
• /
• 제21권1호
• /
• pp.55-58
• /
• 2005

In order to diagnose and differentiate jujube witches' broom (JWB) phytoplasma rapidly, oligonucleotide primer pair, 16Sr(V) F/R, for polymerase chain reactions (PCRs) was designed on the basis of 16S rRNA sequences of JWB phytoplasma. The PCR employing phytoplasma universal primer pair P1/P7 consistently amplified DNA in all tested phytoplasma isolates. But no phytoplasma DNA was detected from healthy jujube seedlings. The nested PCR, the primer pair 16S(V) F/R, about 460 bp fragment, amplified DNA in all tested JWB and related phytoplasmas including ligustrum witches' broom phytoplasma of the 16S rRNA group V, but no DNA amplification was detected from other phytoplasma strains such as groups 16SrI (Aster yellows) and 16SrXII (Stolbur group) in which mulberry dwarf phytoplasma and chrysanthemum witches' broom phytoplasma belong to, respectively. The same results were obtained from both Korean and Chinese isolates of JWB phytoplasma. Nested-PCR using phytoplasma universal primer pair P1/P7 and 16SrV group-specific primer pair 16S(V) F/R could detect group V phytoplasmas rapidly and easily, in particular JWB phytoplasma.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
• /
• 제16권12호
• /
• pp.1816-1821
• /
• 2003

Reliable PCR based identification of lactobacilli has been described utilizing the sequence of 16S-23S rRNA intergenic spacer region. Those sequence comparisons showed a high degree of difference in homology among the strains of L. rhamnosus, L. casei, L. acidophilus and L. helveticus whose 16S-23S rRNA intergenic small SR's sizes were 222 bp, 222 bp, 206 bp and 216 bp respectively. The sequence of 16S-23S rRNA intergenic spacer region of L. rhamnosus ATCC 53103 revealed the close relatedness to those of L. casei strains by the homology ranges from 95.4% to 97.2%. 16S-23S rRNA intergenic spacer region nucleotide sequence of L. acidophilus showed some distant relatedness with L. rhamnosus ATCC 53103 with the homology ranges from 40.3% to 41.8% and that with L. helveticus was shown to be 30% of homology, which exists at the most distant phylogenetic relatedness. The identification of species and strain of lactobacilli was possible on the basis of these results. The common sequences among the 17 strains were CTAAGGAA located in the initiating position of the DNA and some discrepancies were found between the same strains based on these results.

• International Journal of Oral Biology
• /
• 제38권1호
• /
• pp.29-36
• /
• 2013

Mitis group streptococci (MGS) were classified based on the nucleotide sequences 16S rRNA gene (16S rDNA) and comprised 13 Streptococcus species. However, 16S rDNA homogeneity among MGS was too high to discriminate between clinical strains at the species level, notably between Streptococcus mitis, Streptococcus oralis, Streptococcus pneumoniae, and Streptococcus pseudopneumoniae. The purpose of this study was to discriminate between 37 strains of MGS isolated from Korean oral cavities using phylogenetic analysis of the DNA-dependant RNA polymerase beta-subunit gene (rpoB). 16S rDNA and rpoB from clinical strains of MGS were sequenced using the dideoxy chain termination method and analyzed using MEGA version 5 software. The resulting phylogenetic data showed that the rpoB sequences could delineate clinical strains of MGS at the species level. Phylogenetic analysis of rpoB is therefore a useful approach for identifying MGS at the species level.

• International Journal of Oral Biology
• /
• 제38권1호
• /
• pp.21-27
• /
• 2013

Anginosus group streptococci (AGS) were classified based on the nucleotide sequences of the 16S rRNA gene (16S rDNA) and comprised Streptococcus anginosus, Streptococcus intermedius, and Streptococcus constellatus. It is known that AGS is a causative factor of oral and systematic diseases. The purpose of this study was to discriminate the 56 clinical strains of AGS isolated from Korean oral cavities using phylogenetic analysis of 16S rDNA and species-specific PCR at the species-level. The 16S rDNA of clinical strains of AGS was sequenced using the dideoxy chain termination method and analyzed using MEGA version 5 software. PCR was performed to identify the clinical strains using species-specific primers described in previous studies and S. intermedius-specific PCR primers developed in our laboratory. The resulting phylogenetic data showed that the 16S rDNA sequences can delineate the S. anginosus, S. intermedius, and S. constellatus strains even though the 16S rDNA sequence similarity between S. intermedius and S. constellatus is above 98%. The PCR data showed that each species-specific PCR primer pair could discriminate between clinical strains at the species-level through phylogenetic analysis of 16S rDNA nucleotide sequences. These results suggest that phylogenetic analysis of 16S rDNA and PCR are useful tools for discriminating between AGS strains at the species-level.

• 한국응용곤충학회지
• /
• 제37권1호
• /
• pp.23-30
• /
• 1998

DNA의 제한요소단편 다형현상(RFLP)이 유전변이 연구에 널리 이용되고 있다. 본 연구는 파밤나방(Spodoptera exigua(H bner)) 미토콘드리아 DNA(mtDNA)의 RFLP방법을 개발하기 위해 게놈 크기 측정 및 PCR primer들을 선발하였다. 파밤나방의 mtDNA 전체크기는 약 16kb였다. 대부분 곤충 mtDNA에 적합하게 구성된 (Simon et al., 1994)29개 promer들중 21개가 파밤나방의 mtDNA증폭에 적합했다. 이들 primer들을 이용하여 여러 유전자 영역(CO-I, CO-II, Cyt-B, ND-1, 12S rRNA, 16S rRNA 및 일부 tRNA)의 일분 또는 전체를 포함하는 유전자 절편을 증폭시켰다. 일반적으로 다형을 보이는 primer조합을 중심으로 4염기 제한부위를 인식하는 8종의 제한 효소를 통해 분석된 PCR-RFLP는 서로 다은 지역(안동, 경산, 순천) 집단들간에 제한부위에 있어서 차이가 없었으나 일부 영역에서는 길이 차이를 보여 유용한 유전지표로서의 가능성을 제시했다.

• 한국미생물·생명공학회지
• /
• 제39권1호
• /
• pp.93-96
• /
• 2011

대장균의 16S rRNA 염기 중 진화적으로 매우 보존되어 있는 B2c 인터브리지의 구성요소 중 하나인 C770염기에 치환을 일으키면 단백질 합성이 저하되는 것으로 알려져 있다. 이 연구에서는 770 위치에 C에서 G로 염기치환(C770G)된 16S rRNA의 기능을 회복시키는 이차복귀돌연변이(secondsite revertant)를 얻기 위해 16S rRNA를 암호화하는 DNA 부분에 무작위로 염기치환을 유발시켜, 재조합 리보솜이 번역하는 CAT mRNA로부터의 단백질 합성능력이 향상된 클론을 선별하였다. 이 실험으로 C770G 염기치환을 가진 변이체 리보솜의 단백질 합성능력을 일부 회복시키는 하나의 이차복귀돌연변이체를 획득하였으며, DNA 염기분석을 통하여 C569G와 U904C 염기치환을 가진 것을 확인하였다. 이러한 연구결과를 이용하여 770 염기가 단백질 합성 과정에서 16S rRNA의 어떤 다른 부분과 결합을 하는지, 또한 그러한 결합으로 이루어지는 구조가 가지게 되는 기능은 무엇인지 등에 대한 리보솜의 구체적인 단백질 합성기작 연구에 도움이 될 것으로 기대한다.

• 한국어병학회지
• /
• 제30권2호
• /
• pp.79-88
• /
• 2017

현재 양식장에서는 Aeromonad를 비롯한 다양한 병원균에 의한 전염병으로 인해 많은 경제적 손실을 겪고 있다. 연어과 어류뿐만 아니라 담수 및 해수어류에도 치명적인 감염을 야기하는 Aeromonas 종은 적어도 26종 이상이 보고되어왔으며, 전염병을 유발하는 유비쿼터스 세균이다. Aeromonas 종을 확인하기 위해 16S rDNA 및 하우스 키핑 유전자의 핵산 서열을 기반으로 한 분자생물학적 기술이 사용될 수 있다. 본 연구에서 Aeromonas 종은 강원도 16개 양식장의 연어과 어류로부터 분리되었으며 Aeromonad의 16S rDNA와 하우스 키핑 유전자의 서열, 즉 RNA polymerase sigma factor ${\sigma}^{70}$ (rpoD) 또는 DNA gyrase subunit B (gyrB)를 기반으로 계통 발생 학적으로 동정했다. 그 결과 대서양 연어 (Salmo salar), 은연어 (Oncorhynchus keta), 산천어 (Oncorhynchus masou masou), 무지개송어 (Oncorhynchus mykiss)에서 96 개의 균주가 수집되었으며, 36개의 균주가 16S rDNA 분석에 의해 Aeromonas 속으로 확인되었다. 확인된 Aeromonas 속 균주는 rpoD 또는 gyrB 유전자 서열을 기반으로 추가 분석되어 Aeromonas salmonicida (24 균주), A. sobria (10 균주), A. media (1 균주) 및 A. popoffii (1 균주)로 검출되었으며, 이 것은 Aeromonas salmonicida가 강원도의 연어과 어류에서 주요 감염균임을 나타낸다. 또 하우스 키핑 유전자의 서열에 기초한 Aeromonas 종의 계통발생학적 동정은 16S rDNA 서열보다 더 정확하다는 것이 또한 증명되었다.

• Ocean Science Journal
• /
• 제41권4호
• /
• pp.315-318
• /
• 2006

Three Synechococcus strains were isolated from seawater near the Ieodo Ocean Research Station (IORS), and their 16S rDNA genes and the internal transcribed spacer (ITS) between the 16S and 23S rRNA genes were sequenced to investigate their phylogenetic relationships. Phylogenetic trees based on the 16S rDNA and ITS sequences showed that they clustered in the main MC-A Synechococcus group (subcluster 5.1), but formed branches differentiating them from the described clades. As the IORS is located in an area affected by diverse water masses, high Synechococcus diversity is expected in the area. Therefore, the IORS might be a good site to study the diversity, physiology, and distribution of the Synechococcus group.

• 한국동물위생학회지
• /
• 제35권4호
• /
• pp.289-294
• /
• 2012

Mycoplasmas are highly fastidious bacteria, difficult to culture and slow growing. Infections with Mycoplasma species can cause a variety of problems in living organisms and in vitro cell cultures. In this study, we investigated the usefulness of a genus-specific consensus PCR analysis method to detect Mycoplasma species. The developed consensus primer pairs MycoF and MycoR were designed specifically to amplify the 16S ribosomal RNA gene (rRNA) of Mycoplasma species by the optimized PCR system. The developed consensus PCR system effectively amplified 215 bp of Mycoplasma genus-specific region of 16S rRNA. In conclusion, we recommend this consensus PCR for monitoring Mycoplasma species in animals, human and cell culture system.