• 한국수산과학회지
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• 제16권3호
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• pp.190-196
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• 1983

1년생과 3년생의 이스라엘잉어를 시료로 택하여 단백질의 조성과 육의 구성 및 유리아미노산조성의 차이를 비교 검토하였으며, 분획한 근형질단백질과 근원섬유단백질 및 세포내잔사단백질은 SDS-polya-crylamide gel 전기영동분석에 의하여 그 구성 subunit의 차이에 관하여도 검토하였다. 근육단백질의 조성을 분석한 결과, 1년생은 5년생에 비하여 근원섬유단백질의 양이 $6\%$정도 많았고, 근형질단백질과 세포내잔사단백질 및 기질단백질은 3년생이 1년생보다 조금 많았다. 그리고 전기영동상을 해석한 결과, 1년생과 3년생의 근형질단백질은 각각 11개와 10개의 subunit로 구성되어 있었고, 1년생의 분자량 210,000에 해당하는 subunit가 3년생에서는 검출되지 않는 점을 보였다. 근원섬유단백질에 있어서는 1년생과 3년생이 모두 $7.5\%$와 $10\%$ gel 전기영동가교를 사용했을 때의 분리된 subunit를 합하면 23개의 subunit로 구성되고 있었으며, 연령별에 따른 subunit 조성차이는 거의 없었다. 세포내잔사단백질에 있어서도 1년생과 3년생간에는 차이가 없음을 알았다. 한편, 육의 단백질구성아미노산을 분석한 결과, 두 연령별 시료간에 구성아미노산의 양적인 비율은 비슷하였다. 그리고 두 연령별의 시료가 모두 글루탐산, 아스팔트산 및 라이신을 어느 정도 많이 함유하고 있었다. 유리아미노산의 조성에 있어서도 3년생은 아스팔트산, 이소류신 및 페닐알라닌 등이 조금 많았고, 라이신, 히스티닌, 알기닌, 글루탐산등의 양은 조금 적었으며, 유리아미노산의 총양은 1년생이 3년생보다 많았다.

• 한국식품과학회지
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• 제32권6호
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• pp.1221-1226
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• 2000

대두단백질의 분석을 위한 효소면역측정법을 개발하고자 특이항체를 생산하고 그 항체의 특성을 비교하였다. 분리대두단백(ISP), ISP를 SDS와 urea의 첨가하에 열처리한 것(ISP(SU)), 11S 글로불린의 acidic subunit(AS)를 각기 면역하여 다클론 항체를 생산하였다. 간접 경합 효소면역측정법(ciELISA)을 실시하여 처리를 달리한 대두단백질에 대한 이들 항체의 반응성을 조사하였여 $IC_{50}$으로 나타내었다. 항AS 항체의 경우 $IC_{50}$값이 ISP, ISP(SU), ISP를 2-ME로 처리한 ISP(ME), crude 11S에 대하여 각각 20, 2, 2.5, $200\;{\mu}g/mL$로 나타났다. 또한, 항ISP(SU) 항체의 경우 같은 항원에 대해서 100, 5, 4, $220\;{\mu}g/mL$였으며 항ISP 항체의 경우는 각각 20, 30, 36, $1000\;{\mu}g/mL$로 나타났다. 이로서 생산된 3가지 항체 중에서 항AS 항체가 대두단백질에 대한 반응성이 가장 우수하여 ELISA분석법 개발에 적합하였다.

• 한국미생물·생명공학회지
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• 제20권5호
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• pp.519-526
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• 1992

Bacillus pasteurii의 urease gene이 Escherichia coli HB101에서 발현된 Bacillus성 recombinant urease를 단일단백질으로 정제하고 그 효소학적 특성을, 별도로 정제한 B.pasteurii urease의 그것과 비교검토하였다. B.pasteurii urease gene이 cloning 된 E.coli HB101(pBU11)의 균체파쇄액으로 부터 TEAE-cellulose, DEAE-Sephadex A-50, Sephadex G-150, sephadex G-200 등의 이온교환 크로마토그래피와 gel filtration을 이용하여 E.coli내에서 발현된 B. pasteurii성제하였으며, 또한 B.pasteurii로부타 비활성도 185.2배의 urease를 정제하여 disc gel electrophoresis로 단일 단백으로 정제되었음을 확인하였다. 정제된 두 urease 들의 native 상태의 분자량은 공히 280,000$pm$10,000 정도로 확인되었고, SDS-electrophoresis에의 해 subunit 유무와 분자량을 확인한 결과도 67,000정도의 subunit 4개와 20,000의 subunit 1개로 된 $\alpha$$\beta$ 구조의 동일한 효소단백으로 추정할 수 있었다. Gene donor인 B. pasteurii와 cloning 된 균주 E. coli(pBU11)이 생산한 두 urease의 효소학적 특성을 비교 조사해본 결과 두 urease의 최적반응 pH는 공히 7.5로 나타났으며, pH에 대한 안정성도 두 ureaserk 공히 pH 5.5에서 10.5 사이에서 50% 이하로 활성이 떨어지지 않는 강한 pH 안정성을 보였다. 두 urese의 최적반응의 온도는 $60^{\circ}C$였으며, 비교적 온도에 대한 저항이 강한 효소임을 알았다. 두 urease의 활성에 미치는 금속이온의 영향은 $Ag^{2+}$, $Hg^{2+}$ 등에서 양효소가 모두 강한 저해현상을 받는 반면, $Mn^{2+}$, $Mg^{2+}$ 에서는 다소 촉진되는 현상을 보였다. 효소반응 저해제들의 영향을 조사해 본 결과 p-CMB, acetohydroxamic acid에 두 urease가 모두 강한 저해를 받았다. 두 urease의 $K_m$ 값과 $V_{max}$ 값은 E. coli(pBU11)의 urease는 $4.21{\times}10^{-2}mol/\ell$, $86.96\ell$mol/min 이었고, B. pasteurii urease는 $4.04{\times}10^{-2}mol/\ell$, $160\ell$mol/min이었다. 따라서 B. pasteurii의 urease나 그 urease gene으로 cloning되어 E. coliso에서 발현된 recombinant urease는 분자량이나 효소학적 특서에서 거의 동일한 효소단백임을 알 수 있었다.

• The Korean Journal of Physiology and Pharmacology
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• 제11권4호
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• pp.149-154
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• 2007

Kainic acid (KA) causes neurodegeneration, but no consensus has been reached concerning its mechanism. Nitric oxide may be a regulator of the mechanism. We identified differentially expressed genes in the hippocampus of mice treated with kainic acid, together with or without L-NAME, a nonselective nitric oxide synthase inhibitor, using a new differential display PCR method based on annealing control primers. Eight genes were identified, including clathrin light polypeptide, TATA element modulatory factor 1, neurexin III, ND4, ATPase, $H^+$ transporting, V1 subunit E isoform 1, and N-myc downstream regulated gene 2. Although the functions of these genes and their products remain to be determined, their identification provides insight into the molecular mechanism(s) involved in KA-induced neuronal cell death in the hippocampal CA3 area.

• Journal of Veterinary Science
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• 제24권4호
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• pp.51.1-51.17
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• 2023

Background: To date, various genotypes of infectious bronchitis virus (IBV) have co-circulated and in Korea, GI-15 and GI-19 lineages were prevailing. The spike protein, particularly S1 subunit, is responsible for receptor binding, contains hypervariable regions and is also responsible for the emerging of novel variants. Objective: This study aims to investigate the putative major amino acid substitutions for the variants in GI-19. Methods: The S1 sequence data of IBV isolated from 1986 to 2021 in Korea (n = 188) were analyzed. Sequence alignments were carried out using Multiple alignment using Fast Fourier Transform of Geneious prime. The phylogenetic tree was generated using MEGA-11 (ver. 11.0.10) and Bayesian analysis was performed by BEAST v1.10.4. Selective pressure was analyzed via online server Datamonkey. Highlights and visualization of putative critical amino acid were conducted by using PyMol software (version 2.3). Results: Most (93.5%) belonged to the GI-19 lineage in Korea, and the GI-19 lineage was further divided into seven subgroups: KM91-like (Clade A and B), K40/09-like, QX-like (I-IV). Positive selection was identified at nine and six residues in S1 for KM91-like and QX-like IBVs, respectively. In addition, several positive selection sites of S1-NTD were indicated to have mutations at common locations even when new clades were generated. They were all located on the lateral surface of the quaternary structure of the S1 subunits in close proximity to the receptor-binding motif (RBM), putative RBM motif and neutralizing antigenic sites in S1. Conclusions: Our results suggest RBM surrounding sites in the S1 subunit of IBV are highly susceptible to mutation by selective pressure during evolution.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제17권7호
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• pp.897-902
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• 2004

PSMC5 subunit, which belongs to the 26S proteasomal subunit family, plays an important role in the antigen presentation mediated by MHC class I molecular. Full-length cDNA of porcine PSMC5 was isolated using the in silico cloning and rapid amplification of cDNA ends (RACE). Amino acid was deduced and the primary structure was analyzed. Results revealed that the porcine PSMC5 gene shares the high degree of sequence similarity with its mammalian counterparts at both the nucleotide level and the amino acid level. The RT-PCR was performed to detect the porcine PSMC5 expression pattern in seven tissues and the result showed that high express level was observed in spleen, lung, marrow and liver while the low express level was in muscle. The full-length genomic DNA sequence of porcine PSMC5 gene was amplified by PCR and the genomic structure revealed that this gene was comprised by 12 exons and 11 introns. Best alignment of the cDNA and genomic exon DNA sequence presents 4 mismatches and this information potentially bears further study in gene polymorphisms.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제11권2호
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• pp.251-258
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• 2001

In Gram(+) bacteria and organelles in higher eukarotes, $Gln-tRNA^{Gln}$ utilized for protein biosynthesis is formed by a tRNA-dependent amino acid transformation using mischarged $Gln-tRNA^{Gln}$ as the intermediate. In this study, the gatCAB gene encoding $Gln-tRNA^{Gln}$ amidotransferase (Glu-AdT) of Staphylococcus aureus was cloned and its nucleotide sequence wa determined. The S. aureus gatCAB gene was organized in an operon structure consisting of three open reading frames (gatC, gatA, and gatB), similar to that of Bacillus subtilis. The gene sequences for the A and B subunits of$Gln-tRNA^{Gln}$ amidotransferase showed significant homology (77 and 87% homology with amino acid sequence) with the gatA and gatB genes of B. subtilis, yet the C subunit (gatC) showed a relatively lowe homology with the B. subtilis gatC gene and other orthologues. The cloned S. aureus <$Gln-tRNA^{Gln}$ amidotransferase gene was highly expressed in Escherichia coli, and the resulting crude enzyme could convert misacylated <$Gln-tRNA^{Gln}$ into $Gln-tRNA^{Gln}$ in vitro.

• 한국육종학회지
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• 제42권5호
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• pp.547-554
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• 2010

미성숙 종자로부터 추출된 전체 RNA를 이용하여 합성한 cDNA와 LMW-GS 특이 프라이머세트를 이용하여 43개의 LMW-GS 유전자를 분리하였다. 각각의 유추 아미노산은 상동성이 높은 20개의 시그널 펩타이드, N-말단 영역, 반복서열영역 그리고 C-말단 영역을 가지며 C-말단 영역에 분자내 혹은 분자간 이황화 결합을 형성하는 전형적인 8개의 시스테인을 가지고 있었다. 이들 시스테인의 위치는 첫번째, 일곱번째를 제외하고는 보존되어 있었다. Ikeda 분류법과 비교할 경우, 이들은 각각 그룹 1, 2, 3 또는 4, 5, 7, 10(이중 그룹 2와 5가 가장 많음) 그리고 11에 속하며 그룹 6, 8, 9 그리고 12에 속한 단백질은 탐지되지 않았다. 이들 43개 LMW-GS 유전자들을 Lasergene Version 7.0을 이용하여 DNA 염기서열 수준에서 계통도를 분석한 결과 Ikeda 그룹의 분류법과 일치하였다. 단백질 수준에서 LMW-GS들을 확인하기 위해 2DE로 이들 단백질을 분리하여 이들의 N-말단 아미노산 서열을 분석하였다. 7개 스팟의 N-말단 아미노산 서열을 확인할 수 있었고 이중 2개는 N-말단 아미노산 서열이 세린으로 시작하는 LMW-s 타입이었고 5개는 N-말단 아미노산 서열이 메티오닌으로 시작하는 LMW-m 타입이었다. 이들 서열은 Ikeda 그룹의 분류법에 따르면 그룹 1, 2, 3, 3/4, 5 그리고 10이었다. 이들 LMW-GS 단백질 중 2개는 Glu-D3 그리고 3개는 Glu-B3에 의해 encoding 되었고 나머지는 확인이 불가능 하였다. 그룹 6, 7, 8, 9, 11, 그리고 12의 스팟은 확인할 수 없었다. N-말단 아미노산 서열들과 클로닝된 LMW-GS 유전자군을 비교해 보면 그룹 1, 2, 3/4, 5 그리고 10이 모두 유전자와 단백질 수준에서 존재하고 있음을 확인하였다. 본 연구는 다양한 LMW-GS 유전자들을 분리, 동정하였고 이들의 해당 단백질을 확인할 수 있었다. 이러한 결과는 밀가루 품질 향상을 위한 육종 프로그램에 도움이 될 것이다.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제20권10호
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• pp.1440-1445
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• 2010

Rhodococcus sp. JDC-11, capable of utilizing di-n-butyl phthalate (DBP) as the sole source of carbon and energy, was isolated from sewage sludge and confirmed mainly based on 16S rRNA gene sequence analysis. The optimum pH, temperature, and agitation rate for DBP degradation by Rhodococcus sp. JDC-11 were 8.0, $30^{\circ}C$, and 175 rpm, respectively. In addition, low concentrations of glucose were found to inhibit the degradation of DBP, whereas high concentrations of glucose increased its degradation. Meanwhile, a substrate utilization test showed that JDC-11 was also able to utilize other phthalates. The major metabolites of DBP degradation were identified as monobutyl phthalate and phthalic acid by gas chromatography-mass spectrometry, allowing speculation on the tentative metabolic pathway of DBP degradation by Rhodococcus sp. JDC-11. Using a set of new degenerate primers, a partial sequence of the 3,4-phthalate dioxygenase gene was obtained from JDC-11. Moreover, a sequence analysis revealed that the phthalate dioxygenase gene of JDC-11 was highly homologous to the large subunit of the phthalate dioxygenase from Rhodococcus coprophilus strain G9.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제22권4호
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• pp.516-525
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• 2012

LAB were isolated from makgeolli locally produced around Jinju, Gyeongnam, S. Korea during spring of 2011. Randomly selected 11 isolates from MRS agar plates were identified first by API CHL 50 kits and then 16S rRNA gene sequencing. All 11 isolates were identified as Lactobacillus plantarum. Among them, ST4 grew in MRS broth with ethanol up to 10%, showing the highest alcohol resistance. L. plantarum ST4 was moderately resistant against acid and bile salts. When cellular proteins of L. plantarum ST4 under ethanol stress were analyzed by two-dimensional gel electrophoresis (2DE), the intensities of 6 spots increased, whereas 22 spots decreased at least 2-fold. Those 28 spots were identified by peptide mass fingerprinting (PMF). FusA2 (elongation factor G) increased 18.8-fold (6% ethanol) compared with control. Other proteins were AtpD (ATP synthase subunit beta), DnaK, GroEL, Tuf (elongation factor Tu), and Npr2 (NADH peroxidase), respectively. Among the 22 proteins decreased in intensities, lactate dehydrogenases (LdhD and LdhL1) were included.