• Korean Journal of Microbiology
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• v.51 no.4
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• pp.329-337
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• 2015

All known genomes (N=10) in the order Nitrosomonadales were analyzed to contain 9,808 and 908 gene clusters in their pan-genome and core genome, respectively. Analyses with reference genomes belonging to other orders in Betaproteobacteria revealed that sizes of pan-genome and core genome were dependent on the number of genomes compared and the differences of genomes within a group. The sizes of pan-genomes of the genera Nitrosomonas and Nitrosospira were 7,180 and 4,586 and core genomes, 1,092 and 1,600, respectively, which implied that similarity of genomes in Nitrosospira were higher than Nitrosomonas. The genomes of Nitrosomonas contributed mostly to the size of the pan-genome and core genomes of Nitrosomonadales. COG analysis of gene clusters showed that the J (translation, ribosomal structure and biogenesis) category occupied the biggest proportions (9.7-21.0%) among COG categories in core genomes and its proportion increased in the group which genetic distances among members were high. The unclassified category (-) occupied very high proportions (34-51%) in pan-genomes. Ninety seven gene clusters existed only in Nitrosomonadales and not in reference genomes. The gene clusters contained ammonia monooxygenase (amoA and amoB) and -related genes (amoE and amoD) which were typical genes characterizing the order Nitrosomonadales while they contained significant amount (16-45%) of unclassified genes. Thus, these exclusively-conserved gene clusters might play an important role to reveal genetic specificity of the order Nitrosomonadales.

• Proceedings of the Korean Information Science Society Conference
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• 2001.04a
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• pp.757-759
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• 2001

생물체가 생명을 영위하기 위해 수행하는 모든 기능들에 대한 정보는 각 개체가 가지고 있는 유전체가 들어있다. 그런데 각 생물체마다, 심지어는 한 생물체의 서로 다른 염색체마다 그 전체 염기서열에서의 base-composition은 같지 않고, 또한 이 구성비에는 일정한 특징이 있다. 따라서 이 논문에서는 각 생물체들의 전체 염기서열을 구성하는 염기의 구성비에 대해 조사하고 비교해 보고자 한다.

• Journal of Scientific & Technological Knowledge Infrastructure
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• s.5
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• pp.51-61
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• 2001

국내의 유전체 연구도 2000년을 시작으로 본격화되었으며, 미생물의유전체 서열 결정을 수주 이내에 완료할 수 있는 시설을 갖추고 있는 벤처기업도 이미 등장하였다. 한편, 이들 과제의 산물인유전체정보로부터 유용한 학문적 결과와 산업적 결과를 얻기 위해 유전체후속(post-genome) 프로젝트들이 최근에 진행되고 있다.

• Journal of Science and Technology Studies
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• v.19 no.2
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• pp.117-167
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• 2019

Since a working draft sequence mapping of the human genome was published in 2001, the variety of the national genome projects has been initiated in South Korea. One of the rationales for such projects is that "the Korean genome database" will be used for "the personalized medicine for Asians." By focusing on the development of human genomics in this country, this paper examines how the discourse has emerged as a strategy for commercializing the national genome. The paper argues that Korean genomicists developed this strategy under the influences of the global "genome sovereignty" policy and local "Asian regionalist" science policy. It will contribute to the literature of the "Asian" race and genomics by shedding new light on the historical formation of the Pan-Asian Single Nucleotide Polymorphism(PASNP) consortium beyond the Singaporean experience.

• Proceedings of the Korean Society for Emotion and Sensibility Conference
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• 2009.05a
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• pp.23-26
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• 2009

한국인 최초 전체 유전체 서열(KOREF; Koreanindividualgenomesequence) 은 한국인을 위한 참조 서열로써 사용될 수 있다. 2009년 1월에 남성 한국인 유전체를 솔렉사(Solexa)를 통해 전장서열을 결정하였다. 이는 NCBI의 인간게놈프로젝트에서 생산한 게놈의 99.83%를 커버하며, 또한 NCBI게름서열의 약 20배를 커버할 정도의 유전체 서열을 결정하여 매우 높은 정확도를 가진 한국인 고유유전체이다. 한국인 유전체 서열의 분석결과 현재까지 밝혀지지 않았던 한국인 특이적인 3백만 개의 SNP를 밝혀냈다. 먼저 보고된 중국인 게놈은 한국인 게놈과 매우 가까운 민족 그룹임에도 불구하고 38%(3,186,352 SNP중에 1,217,362 SNP) 의 특이적인 차이를 나타내었으며, 또한 미토콘드리아 서열 비교를 통해서도 특이적인 다양성을 보여주는 SNP데이터를 확인 할 수 있었다. 차세대 게놈서열결정의 기술은 적은 노력과 비용으로 인간 유전체 데이터를 얻을 수 있게 되었으며, 이러한 개인유전체 데이터는 개인유전체 의학으로 가는 초석이 될 것이다.

• Proceedings of the Korea Information Processing Society Conference
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• 2007.11a
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• pp.272-273
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• 2007

현대 유전체학 기술의 진보는 생물학적으로 중요한 의미를 갖는 생물들의 유전체 서열의 규명 genome sequencing)에 힘입은 바 크다. 기존의 유전체 서열결정법은 주로 염기변이율이 낮은 생물들에 초점을 맞추어 왔다. 하지만 염기변이율이 높은 생물들의 유전체 염기서열을 결정할 필요가 높아짐에 따라 이를 위한 방법론에 대한 연구가 활발히 진행되고 있다. 염기변이율이 높은 생물들의 이배체 (diploid) 유전체 서열이 효과적으로 결정될 수 있을 경우 기존의 유전체 서열비교의 방법론에도 변화가 요청되고 있는 실정이다. 기존의 유전체 서열비교 (whole-genome alignment) 방법론은 반수체 (haploid) 유전체들의 서열비교을 위해 개발되었지만, 염기변이율이 높은 생물들의 유전체 서열비교에는 반수체 유전체들 비교에 특화된 도구들이 필요하다. 또한 현재 서열비교를 시각화하는 소프트웨어들도 반수체 유전체 비교를 위해 개발된 실정이다. 본 논문의 목표는 이배체 유전체 서열을 비교하는 방법론을 개발을 용이하기위해 이배체 유전체의 서열을 생성하는 도구를 개발하는 것이다. 개발된 도구는 실제 일어날 수 있는 염기변이와 genomic rearrangement를 사용자의 입력을 받아 다수의 생물들의 유전체 서열을 생성해 낸다. 이를 통해 이배체 유전체 서열을 비교하는 도구의 개발을 용이하게 하는데 초첨을 맞추고 있다.

• Journal of Scientific & Technological Knowledge Infrastructure
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• s.3
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• pp.48-61
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• 2000

유전체(genome)란 용어는 H.Winker가 1970년에 반수성 염색체구조를 표현하기 위하여 처음으로 사용하였다. 이것은 배우자에 들어 있는 유전자 전체를 의미하며 Gene + Chromosome의 합성어다. Gee는 유전자를 의미하고 Chromosome은 유전자의 형체를 의미하기 때문에 유전체(Genome)라고 한다.

• Korean journal of applied entomology
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• v.61 no.3
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• pp.449-460
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• 2022

The morphology and whole genome sequence of Spodoptera exigua nucleopolyhedrovirus K1 (SeNPV-K1) isolated in Korea were analyzed for the use as an eco-friendly control source against S. exigua. The polyhedra of SeNPV-K1 was amorphous with a size of 0.6-1.8 ㎛, and there was no external difference with the previously reported SeNPV. As a result of analyzing the nucleotide sequence of the whole genome, it was composed of 135,756 bp, which is 145 bp more than that of the previously reported SeNPV. The G+CG+C content was 44% and there were 6 homologous repeated sequences, so there was no significant difference from the previous report. As a result of ORF analysis, SeNPV-K1 had 137, two fewer than those previously reported, and 4 ORFs present only in SeNPV-K1 were confirmed. These 4 ORFs are non-essential genes and were not considered to have a significant influence on the characteristics of the SeNPV. The genome vista analysis showed that the overall sequence similarity between SeNPV-K1 and the previously reported SeNPV was very high. The whole genome of SeNPV-K1 analyzed for the first time in Korea was found to be similar to the previously reported SeNPV, but it was confirmed that it was a novel resource in Korea with different isolate.

• Korean Journal of Plant Taxonomy
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• v.47 no.2
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• pp.161-169
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• 2017

The genome size is one of the basic characters of an organism, and it is widely applied in various fields of biology, such as systematics, breeding biology, population biology, and evolutionary biology. This factor was recently highlighted in genome studies because choosing a representative of a plant group having the smallest genome size is important for the efficiency of a genome project. For the estimation of the genome size, flow cytometry has recently been highlighted because it is a convenient, fast, and reliable method. In this study, we report the genome sizes of 15 taxa of Lamiaceae from nine genera distributed in Korea using flow cytometry. Data pertaining to the genome size for all of our species have not been reported thus far, and the data from Agastache, Clinopodium, Elsholtzia, and Isodon are the first reported for each genus. The genome sizes of 15 genera and 39 species were reported to the Plant DNA C-values Database (http://data.kew.org/cvalues/). Scutellaria indica L. has a genome size of 0.37 pg (1C). This is the fourth smallest value among the 98 Lamiaceae taxa in the Angiosperm DNA C-value Database, indicating that this taxon can be used as a reference species in the genome studies in Lamiaceae as a native Korean species. The largest genome size observed in this study is in Phlomis umbrosa Turcz. (1C=2.60 pg), representing the possible polyploidy origin of this species in the family.

• The Journal of Korean Institute of Electromagnetic Engineering and Science
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• v.11 no.6
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• pp.996-1005
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• 2000

This paper proposed a novel broadband ceramic dielectric antenna by improving the conventional broadband technique that very high permittivity material is attaching to one side of low permittivity material. The broadband ceramic dielectric antenna can be designed by using our proposed method, and it overcomes the disadvantage of narrow bandwidth problem. For the proposed ceramic dielectric antenna, a 10 dB return-loss bandwidth of 33.9% has been achieved. The measurement and numerical results(Finite Element Method) are performed and confirmed to a good agreement with each other. The proposed ceramic dielectric antenna is designed and implemented to extend enough the coverage of dual band (PCS+IMT-2000).