• 제목/요약/키워드: 유전체 분석

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Genetic Variation of nSSR Markers in Natural Populations of Abies koreana and Abies nephrolepis in South Korea (남한지역 구상나무와 분비나무 집단에서의 nSSR 표지 유전 변이)

  • Hong, Yong-Pyo;Ahn, Ji-Young;Kim, Young-Mi;Yang, Byeong-Hoon;Song, Jeong-Ho
    • Journal of Korean Society of Forest Science
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    • 제100권4호
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    • pp.577-584
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    • 2011
  • To estimate level of genetic variation and genetic differentiation among populations of 3 populations in Abies koreana and 5 populations in Abies nephrolepis, 5 nSSR markers were analyzed. Except 1 locus where too many alleles were observed excessively, population genetic parameters were recalculated with 4 loci. Mean expected heterozygosities ($H_e$) were 0.292 in A. koreana and 0.220 in A. nephrolepis, respectively. In both species, positive fixation coefficient was estimated (F=0.065 for A. koreana and F=0.095 for A. nephrolepis), which suggests that there is an excess of homozygotes relative to Hardy-Weinberg expectations within populations. Relatively high degree of population differentiation was observed in A. koreana ($F_{ST}=0.063$). compared to that of A. nephrolepis ($F_{ST}=0.039$). From 3-level Hierarchical estimation of F-staticstics, only 4.9% of the genetic variation was allocated between species ($F_{PT}$), which suggested that most of genetic variation was shared between two species. On the basis of results from analysis of genetic relationships among populations, 2 populations of A. koreana (Mt. Halla and Mt. Deogyu) were genetically distinct from the populations of A. nephrolepis but a population of Mt. Jiri was allocated within a group of populations of A. nephrolepis. Populations of both species seemed to have undergone genetic drift due to gradual decrease in population size induced by global warming after the last glacier, which resulted in increase of homozygotes by inbreeding. It could be also postulated that these species might be diverged recently and It is likely that the two species have not fully speciated yet.

A Study on Carbon Nano Materials as Conductive Oilers for Microwave Absorbers (전자파 흡수체를 위한 전도성 소재로서의 탄소나노소재의 특성에 대한 연구)

  • Lee, Sang-Kwan;Kim, Chun-Gon;Kim, Jin-Bong
    • Composites Research
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    • 제19권5호
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    • pp.28-33
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    • 2006
  • In this paper, we have studied the complex permittivities and their influence on the design of microwave absorbers of E-glass fabric/epoxy composite laminates containing three different types of carbon-based nano conductive fillers such as carbon black (CB), carbon nano fiber (CNF) and multi-wall nano tube (MWNT). The measurements were performed fur permittivities at the frequency band of 0.5 GHz$\sim$18.0 GHz using a vector network analyzer with a 7 mm coaxial air line. The experimental results show that the complex permittivities of the composites depend strongly on the natures and concentrations of the conductive fillers. The real and imaginary parts of the complex permittivities of the composites were proportional to the filler concentrations. But, depending on the types of fillers and frequency band, the increasing rates of the real and imaginary parts with respect to the filler concentrations were all different. These different rates can have an effect on the thickness in designing the single layer microwave absorbers. The effect of the different rates at 10 GHz was examined by using Cole-Cole plot; the plot is composed of a single layer absorber solution line and measured permittivities from these three types of composites. Single layer absorbers of 3 different thicknesses using carbon nano materials were fabricated and the -10 dB band of absorbing performances were all about 3 GHz.

The Association of Long Noncoding RNA LOC105372577 with Endoplasmic Reticulum Protein 29 Expression: A Genome-wide Association Study (ERp29 유전자 발현과 관련된 long noncoding RNA LOC105372577의 전장 유전체 연관성 분석)

  • Lee, Soyeon;Kwon, Kiang;Ko, Younghwa;Kwon, O-Yu
    • Journal of Life Science
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    • 제31권6호
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    • pp.568-573
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    • 2021
  • This study identified genomic factors associated with endoplasmic reticulum protein (ERp)29 gene expression in a genome-wide association study (GWAS) of genetic variants, including single-nucleotide polymorphisms (SNPs). In total, 373 European genes from the 1000 Genomes Project were analyzed. SNPs with an allelic frequency of less than or more than 5% were removed, resulting in 5,913,563 SNPs including in the analysis. The following expression quantitative trait loci (eQTL) from the long noncoding RNA LOC105372577 were strongly associated with ERp29 expression: rs6138266 (p<4.172e10), rs62193420 (p<1.173e10), and rs6138267 (p<2.041e10). These were strongly expressed in the testis and in the brain. The three eQTL were identified through a transcriptome-wide association study (TWAS) and showed a significant association with ERp29 and osteosarcoma amplified 9 (OS9) expression. Upstream sequences of rs6138266 were recognized by ChIP-seq data, while HaploReg was used to demonstrate how its regulatory DNA binds upstream of transcription factor 1 (USF1). There were no changes in the expression of OS9 or USF1 following ER stress.

Time Dependent Interaction between Electromagnetic Wave and Dielectric Barrier Discharge Plasma Using Fluid Model (유체 모델을 이용한 유전체 장벽 방전 플라즈마와 전자기파 간의 시간 의존적 상호 작용 분석)

  • Kim, Yuna;Oh, Il-Young;Jung, Inkyun;Hong, Yongjun;Yook, Jong-Gwan
    • The Journal of Korean Institute of Electromagnetic Engineering and Science
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    • 제25권8호
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    • pp.857-863
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    • 2014
  • In determining interaction between plasma and electromagnetic wave, plasma frequency and collision frequency are two key parameters. They are derived from electron density and temperature, which vary in an extremely wide range, depending on a plasma generator. Because the parameters are usually unknown, traditional researches have utilized simplified electron density model and constant electron temperature approximation. Introduction of plasma fluid model to electromagnetics is suggested to utilize relatively precise time dependent variables for given generator. Dielectric barrier discharge(DBD) generator is selected due to its simple geometry which allows us to use one dimensional analysis. Time dependent property is analyzed when microwave is launched toward parallel plate DBD plasma. Afterwards, attenuation tendency with the change of electron density and temperature is demonstrated.

Analysis of Intraspecific Protoplast Fusion Products in Trichoderma koningii (Trichoderma koningii의 종내 원형질 융합체의 분석)

  • 박희문;홍순우
    • Korean Journal of Microbiology
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    • 제27권2호
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    • pp.98-107
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    • 1989
  • Intraspecific fusants, produced by protoplast fusion of auxotrophic mutants from Trichoderma koningii ATCC 26113, were segregated into various strains including parental types, non-parental auxotrophic hybrids, and prototrophic hybrids on complete plate. Interestingly, some of non-parental prototrophic hybrids revealed to have enhanced cellulolytic activity incomparison with other strains of parents or hybrids derived thereafter. It was also evident that prototrophic hybrids of aneuploid could be constructed after the spontaneous segregation of complementing fusants produced through the protoplast fusion.

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펄스 레이저 방식으로 증착된 $MgTiO_3$ 박막의 전기적 특성 분석

  • 안순홍;노용한;강신충;이재찬
    • Proceedings of the Korean Vacuum Society Conference
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    • 한국진공학회 2000년도 제18회 학술발표회 논문개요집
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    • pp.71-71
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    • 2000
  • 본 연구에서는 차세대 마이크로파 유전체 소자로서의 응용을 목적으로 펄스 레이저 방식에 의하여 증착된 MgTiO3 박막의 전기적 특성을 종합적으로 연구 분석하였다. 이를 바탕으로 MgTiO3 박막의 유전손실 등과 같은 열화를 야기시키는 박막 내부 또는 박막과 기판간의 결함의 특성을 파악하여 열화 메카니즘을 분석하였다. MgTiO3는 마이크로파 영역에서의 우수한 유전특성과 같은 낮은 유전손실을 가지며, 온도 안정성 또한 우수하다. 현재까지 벌크 세라믹 MgTiO3 의 응용 광범위하게 연구되어 왔으나 박막의 제조공정 및 전기적 특성 분석은 미흡한 형편이다. 따라서 벌크 세라믹과는 특성이 상이한 박막의 전기적 특성분석 및 연구가 필요하다. 분석을 위한 소자의 기본 구조로서 Metal-Insulator-Semiconductor(MIS) 구조를 채택하였다. MgTiO3 박막을 증착하기 위한 기판으로는 n형 Si(100)기판과 p형 Si(100)기판을 사용하였고, Si 기판 위에 급속 열처리기 (RTP)를 이용하여 SiO2를 ~100 두께로 성장시킨 것과 성장시키지 않은 것으로 구분하여 제작하였다. MgTiO3 박막은 펄스 레이저 증착 방식(PLD)에 의하여 약 2500 두께로 증착되었으며, 200mTorr 압력의 산소 분위기 하에서 기판의 온도를 40$0^{\circ}C$~55$0^{\circ}C$까지 5$0^{\circ}C$간격으로 변화시키며 제작하였다. 상하부의 전극 금속으로는 Al을 이용하였으며, 열증발 증착기로 증착하였다. 증착된 MgTiO3 박막의 결정구조를 확인하기 위하여 XRD 분석을 수행하였으며, 박막의 전기적 특성을 분석하기 위해 Boonton7200 C-V 측정기와 HP4140P를 이용한 경우에는 C-V 곡선에 이력현상이 나타났으나, MgTiO3/SiO2를 이용한 경우에는 이력현상이 나타나지 않았고, 유전율은 감소하는 것으로 나타났다. I-V 측정 결과, 절연층으로 MgTiO3/SiO2를 이용한 경우에는 MgTiO3만을 절연층으로 사용한 경우에 비해 동일한 전계에서 낮은 누설전류 값을 가짐을 알 수 있었다. 또한 박막의 증착온도가 증가함에 따라서 C-V 곡선의 위치가 양의 방향으로 이동함을 확인하였다. 위의 현상은 기판의 종류에 관계없이 발생하는 것으로 보아 벌크 또는 계면에 존재하는 결함에 의한 것으로 추정된다. 현재 C-V 곡선의 이동 원인과 I-V 곡선의 누설전류 메카니즘을 분석 중에 있으며 그 결과를 학회에서 발표할 예정이다.

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MarSel : The LD-based Marker Selection System for the Large-scale Datasets (MarSel : Large-scale Dataset에 대한 LD기반의 Marker 선택 시스템)

  • 김상준;여상수;김성권
    • Proceedings of the Korean Information Science Society Conference
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    • 한국정보과학회 2004년도 가을 학술발표논문집 Vol.31 No.2 (2)
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    • pp.253-255
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    • 2004
  • 인간(human)에게 나타나는 다양성(variation)은 인체의 유전체(genome) 안에서 발생된 SNP(Single Nucleotide Polymorphism)에 의해 나타난다고 알려져 있다. 유전체내의 SNP과 다양성에 대한 연관 연구(Associate study)를 할 때에 약 30여 억 개로 추정되는 염기서열(DNA sequence)물 모두 분석한다면 많은 비용과 시간을 필요로 할 것이다. 이런 비용과 시간을 줄이기 위친 적은 수의 대표 SNP(=tagSNP)을 찾는 연구가 현재 진행 중이다. 우리는 LD계수|D;|을 block 분할에 이용하여 생물학적인 의미를 부여한 후, 전산적인 최적해를 찾는 접근을 이용했다. 또한, 기존 연구에서는 large-scale data에 대한 처리가 불가능해서 chromosome의 일부분의 데이터에 대해서안 분석이 시도되었다. 더욱 광범위한 분석을 위해서 chromosome 단위의 처리가 필요하다. 우리는 chromosome단위의 SNP data를 한 번에 처리가 가능한 시스템인 MarSel를 구현하였다

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Good to Great Microarray Research

  • Kim Seong-Han
    • Proceedings of the Korean Society for Bioinformatics Conference
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    • 한국생물정보시스템생물학회 2006년도 Principles and Practice of Microarray for Biomedical Researchers
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    • pp.57-61
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    • 2006
  • Microarray란 유리, 실리콘, 플라스틱 등의 매체위에 생체분자를 집적하여 만든 플랫폼을 의미한다. 현재 이러한 플랫폼에 DNA, 화학물질, 유기물질 등 바이오소재를 집적하여 다양한 연구용 제품들이 출시되어 있으며, 수년간 Microarray를 이용한 연구가 진행되어 최근에는 질병진단/예후예측 등의 포괄적인 정보를 포함하는 임상용 microarray제품도 등장하고 있다. 디지탈지노믹스(주)는 2000년 이후로 6년의 기간동안 연구자에게 다양한 종류의microarray를 공급하여 왔으며, 현재 국내에서 가장 많은 종류의 microanay 분석 시스템을 확보하고 있다. 따라서 다양한 연구자들에게 가장 적합한 microarray를 소개할 수 있음은 물론, 그 결과분석 데이터를 제공함으로써 양질의 데이터와 서비스를 제공하고 있다. 특히 디지탈지노믹스(주)에서는 최근에 Combimatrix사의 microarray 시스템을 도입하여, 연구자가 원하는 맞춤형 microarray를 제작할 수 있는 새로운 형태의 차세대 플랫폼을 제공할 수 있게 되었다. 이 기술은 연구자의 목적에 맞게 microarray 제작이 가능하도록 가변적인 특성을 가지고 있으며 높은 민감도 및 재현성을 보여주는 우수한 기술력을 보여준다. Microarray 분야는 그 플랫폼과 분석기술이 나날이 발전하고 있으며, 그 응용범위도 날로 넓어 지고 있다. 그 활용범위의 예를 보면, 1) 유전체 수준에서 발현양상 분석, 2) 약물에 대한 반응성 분석, 3) 질환에 대한 원인 유전자 규명 및 진단제 개발, 4) 독성유전체에서의 약효 및 유효성 분석, 5) 대량의 SNP 분석, 6) 대량의 단백질 수준에서의 발현분석 등이 있으며, 일일이 다 언급하기 힘들 정도로 그 응용범위가 넓어지고 있다. 이러한 microarray기술은 관심 있는 대상에 대한 검색(screening)의 기능과 더불어 분석된 데이터를 기초로 제품화 플랫폼으로써 다시 활용될 수 있는 장점을 가지고 있다. 디지탈지노믹스(주)에서는 구축되어 있는 microarray 분석 시스템을 이용하여 질병 진단, 약물반응성 진단 및 플랫폼 개발에 대한 내부연구도 심도 있게 수행하고 있으며, microarray 기술을 응용하여 산업화, 제품화 할 수 있는 구체적인 사례와 모범답안을 만들기 위해 노력하고 있다.

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