• Korean Journal of Microbiology
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• v.53 no.2
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• pp.137-140
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• 2017

Caballeronia sordidicola strain PAMC 26510 was isolated from Psoroma sp., a lichen material, collected from Barton Peninsula of King George Island in Antarctica. The draft genome sequence of PAMC 26510 consisted of 224 contigs and they was 7,872,143 base pairs with 59.7% G+C content. The genome included 7,580 protein coding sequences and 6 ribosomal RNA genes and 46 tRNA genes. The strain PAMC 26510 is also a metabolic generalist as we have observed in previous genomic studies in the arctic strain of Caballeronia sordidicola. The draft genomic sequences of PAMC 26510 had six CRISPR arrays on six contigs, and there were two clusters of CRISPR-associated genes that were linked with respective CRISPR arrays.

• Korean Journal of Microbiology
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• v.53 no.4
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• pp.329-331
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• 2017

Bacillus velezensis YC7010 is an endophytic bacterium isolated from the rice rhizosphere in Jinju, Republic of Korea, with properties conductive to growth promotion, antibiosis and induced systemic resistance to significant, soil-borne rice fungal and bacterial pathogens. The genome of B. velezensis YC7010 comprises a 3,975,683 bp circular chromosome which consists of 3,790 protein-coding genes (86tRNA and 27rRNA genes). Based on genomic analysis, we identified genes involved in colonization and establishment inside the plant, biosynthesis of antibiotic compounds such as surfactin, plipapastatin, bacillibactin, and bacillaene, as well as the production of the phytohormones and volatile compounds which serve to promote the plants growth and development.

• Korean Journal of Microbiology
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• v.54 no.4
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• pp.471-473
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• 2018

Variovorax sp. PMC12 is a rhizobacterium isolated from tomato rhizosphere and enhanced the plant resistance to abiotic and biotic stresses. Here we present the complete genome sequence of strain PMC12. The genome is comprised of two circular chromosomes harboring 5,873,297 bp and 1,141,940 bp, respectively. A total of 6,436 protein-coding genes, 9 rRNAs, 64 tRNAs, 3 ncRNAs, and 80 pseudogenes were identified. We found genes involved in 1-aminocyclopropane-1-carboxylate (ACC) deaminase, antioxidant activity, phosphate solubilization, and biosynthesis of proline and siderophore. Those genes may be related to capability of improving plant resistance to various stresses including salinity, cold temperature, and phytopathogen.

• Composites Research
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• v.36 no.5
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• pp.377-382
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• 2023

To enhance the performance of graphene-based devices, it is of great importance to better understand the interfacial interaction of graphene with its underlying substrates. In this study, the adhesion energy of monolayer graphene placed on dielectric substrates was characterized using mode I fracture tests. Large-area monolayer graphene was synthesized on copper foil using chemical vapor deposition (CVD) with methane and hydrogen. The synthesized graphene was placed on target dielectric substrates using polymer-assisted wet transfer technique. The monolayer graphene placed on a substrate was mechanically delaminated from the dielectric substrate by mode I fracture tests using double cantilever beam configuration. The obtained force-displacement curves were analyzed to estimate the adhesion energies, showing 1.13 ± 0.12 J/m² for silicon dioxide and 2.90 ± 0.08 J/m² for silicon nitride. This work provides the quantitative measurement of the interfacial interactions of CVD-grown graphene with dielectric substrates.

• Horticultural Science & Technology
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• v.32 no.3
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• pp.366-374
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• 2014

The study was conducted to investigate the possibility that epigenetic DNA methylation causes tree phenotypic variation in autotetraploids through evaluating the phenotypic variation and DNA methylation in autotetraploids occurred spontaneously from diploid trifoliate orange. Chromosome analysis confirmed that fourteen trifoliate orange trees of selected by flow cytometry were tetraploids (2n = 4X = 36) without any aneuploids. Chromomycin A3 staining determined that these trees were all autotetraploid with doubled chromosome set. Tree phenotypes, such as tree height and width, branching number, length, and angle, internode length, and leaf characteristics, varied in the autotetraploids. Chlorophyll indices were diverse in the autotetraploids, but photosynthetic rates were not significantly different. In addition, a wide range of variation was observed in stomatal density and guard cell length. Analysis of global cytosine DNA methylation showed that there was a variation of the methylation level in autotetraploids. More than half of 14 autotetraploids had at least 2 times higher methylation level than diploid trifoliate orange. The results indicate that tree phenotypic variation in autotetraploids might be related to global DNA methylation for reducing gene redundancy.

• Proceedings of the Korean Vacuum Society Conference
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• 2000.02a
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• pp.75-75
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• 2000

플라즈마 화학증착법(Plasma Enhanced Chemical Vapor Deposition, PECVD)을 이용하여 양질의 Si3N4 금속-유전막-금속(Metal-Insulator-Metal, MIM) 커페시터를 구현하였다. Fig.1에 나타낸 바와 같이 p형 실리콘 웨이퍼의 열 산화막 위에 1%의 실리콘을 함유하는 알루미늄을 스퍼터링으로 증착하여 전극을 형성하고 두 전극사이에 Si3N4 박막을 증착하여 MIM구조의 박막 커패시터를 제조하였다. Si3N4 유전막은 150Watt의 RF 출력하에서 반응 가스 N2/SiH4/NH3를 각각 300/10/80 sccm로 흘려주어 전체 압력을 1Torr로 유지하면서 40$0^{\circ}C$에서 플라즈마 화학증착법을 이용하여 증착하였으며, Al과 Si3N4 층의 계면에는 Ti과 TiN을 스퍼터링으로 증착하여 확산 장벽으로 이용하였다. 각 시편의 커패시턴스 및 바이어스 전압에 따른 누설 전류의 변화는 LCR 미터를 이용하여 측정하였고 각 시편의 커패시턴스 및 바이어스 전압에 따른 누설 전류의 변화는 LCR 미터를 이용하여 측정하였고 각 시편의 유전 특성의 차이점을 미세구조 측면에서 이해하기 이해 극판과 유전막의 단면 미세구조를 투과전자현미경(Transmission Electron Microscope, TEM)을 이용하여 분석하였다. 유전체인 Si3N4 와 전극인 Al의 계면반응을 억제시키기 위해 TiN을 확산 장벽으로 사용한 결과 MIM커패시터의 전극과 유전체 사이의 계면에서는 어떠한 hillock이나 석출물도 관찰되지 않았다. Fig.2와 같은 커패시턴스의 전류-전압 특성분석으로부터 양질의 MIM커패시터 특성을 f보이는 Si3N4 의 최소 두께는 500 이며, 그 두께 미만에서는 대부분의 커패시터가 전기적으로 단락되어 웨이퍼 수율이 낮아진다는 사실을 알 수 있었다. TEM을 이용한 단면 미세구조 관찰을 통해 Si3N4 층의 두께가 500 미만인 커패시터의 경우에 TiN과 Si3N4 의 계면에서 형성되는 슬릿형 공동(slit-like void)에 의해 커패시터의 유전특성이 파괴된다는 사실을 알게 되었으며, 이러한 슬릿형 공동은 제조 공정 중 재료에 따른 열팽창 계수와 탄성 계수 등의 차이에 의해 형성된 잔류응력 상태가 유전막을 기준으로 압축응력에서 인장 응력으로 바뀌는 분포에 기인하였다는 사실을 확인하였다.

• Korean Journal of Microbiology
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• v.55 no.3
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• pp.306-308
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• 2019

A number of Bacillus strains are known to have antimicrobial activity useful in various fields. In order to prevent Propionibacterium acnes, which is one of the factors of acne, we selected Bacillus halotolerans F41-3 which have high antimicrobial activities against P. acnes. We conducted complete genome sequencing of B. halotolerans F41-3 and analyzed genomic characteristics. This genome size is 4,144,458 bp with a G + C content of 43.76%, 4,145 total genes and 3,686 protein coding genes. Among the genes, we found that gene clulster of subtilosin, a kind of bacteriocin, synthesis and gene cluster of nickel transportation. Both of them may influence inhibition of P. acnes.

• KOGO NEWS
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• v.6 no.1
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• pp.24-28
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• 2006

프로테오믹스는 생물체 안에 포함되어 있는 단백질을 통합적으로 연구한다. 단백질을 동정(Protein identification)하고, 단백질의 상태를 분석(Protein characterization)하며, 단백질의 양적 변화를 관찰(Protein quantitation)한다. 단백질에 대한 분석, 특히 질량분석기에 의해 초고속으로 대량의 단백질 데이터를 생산하는 프테테오믹스의 연구는 정량적인 단백질 발현양상분석의 정확도를 높이고 분석시간을 단축하기 위해 다양한 실험기법과 데이터 분석기법을 동원하고 있다. 1) 단백질의 양적 차이나 양적 변화의 관찰은 바이오마커를 발굴하고 생명현상의 메카니즘을 규명하여 그 결과를 신약개발에 활용하기 위한 기초 연구이다. 이 글에서는 프로테오믹스 연구의 초창기부터 사용되어온 2차원 전기영동법에 의해 생성되는 2D-gel image에서의 스팟(spot)분석법과 함께, 탄뎀 질량분석기를 사용하는 ICAT, SILAC 등의 동위 원소를 사용한 라벨링(labeling) 방법, 라벨링을 하지 않는 label-free 방법 등 프로테오믹스에서의 정량분석법에 대한 기본 개념을 살펴보고, 이들에서의 데이터 분석 기술의 적용에 대해 간략히 소개하였다.

• Proceedings of the Korean Society for Bioinformatics Conference
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• 2006.02a
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• pp.11-18
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• 2006

바이오칩의 대표 주자인 DNA 칩은 점차 분자생물학의 주요 도구로 인식되고 있다. 쓰임새 또한 다양해져 기초 생물학, 기능 유전체학 연구뿐만 아니라 임상 현장에서의 적용을 위한 연구가 활발히 진행되고 있다. 임상분야에서 최근 주목 받고 있는 분야가 DNA 칩을. 이용한 질병진단 및 예후 측정이다. 개별 환자 세포의 분자유전학적 상태는 DNA 칩의 유전체 프로파일링(genome-wide profiling)으로 상세히 파악될 수 있으므로, DNA 칩은 질병의 세부아형 진단, 약물에 대한 개인 민감도 측정, 정확한 예후 측정을 통한 환자의 세심한 관리 등 미래 의료의 핵심이라 할 수 있는 개인별 맞춤 치료(personalized medicare)를 가능하게 하는데 지대한 역할을 할 것으로 기대되고 있다. 특히 수많은 질병 중에서 현대인의 난치병으로 손꼽히는 암은 DNA 칩 분석의 주요 적용 대상이다. 암에 연관된 복잡한 메커니즘을 기존의 단일 표지자로 진단하는 데는 한계가 있기 때문에, DNA 칩을 이용해 질병의 특정 phenotype과 관련 있는 암의 특이 패턴을 전사체 수준에서 분석하여 새로운 형태의 분자유전학적 표지자(transcriptional molecular signature)를 발굴하는 것이다 본 발표에서는 이러한 연구에 쓰이는 DNA 칩 분석 방법들과 실제 위암 데이터에 적용한 사례에 대해 논의하고자 한다. 연세의대 암전이 연구센터의 17K cDNA 칩을 이용하였으며, 진단 및 예후 측정을 위한 여러 분석 방법을 수행하였다.

• Korean Journal of Microbiology
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• v.55 no.2
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• pp.160-163
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• 2019

Senegalimassilia sp. KGMB 04484 was isolated from fecal samples obtained from a healthy Korean. The whole-genome sequence of Senegalimassilia sp. KGMB 04484 was analyzed using the PacBio Sequel platform. The genome comprises a 2,748,041 bp chromosome with a G+C content of 61.18%, 2,300 total genes, 2,139 protein-coding gene, 21 rRNA genes, and 51 tRNA genes. Also, we found that strain KGMB 04484 had some genes for hydrolysis enzyme, fatty acid biosynthesis and metabolism in its genome based on the result of genome analysis. Those genes of KGMB 04484 may be related to regulation of human health and digest.