• Proceedings of the Korea Contents Association Conference
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• 2015.05a
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• pp.231-232
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• 2015

최근 유전체학, NGS(Next Generation Sequencing) 기술, IT/NT 장비의 발전 등에 따라 방대한 양의 바이오-메디컬 데이터가 생산되고, 이에 따라 빅데이터를 활용한 헬스케어 산업이 급속히 발달하고 있으며, 이와 관련된 빅데이터 기술은 국민의 건강 증대와 건강한 고령 삶을 제공하는 핵심 기술로 급부상하고 있다. 패스웨이는 단백질, 유전자, 세포 등의 생체적 요소 간의 역학관계 혹은 상호작용 등을 네트워크 형식으로 표현한 생물학적 심층지식으로, 바이오-메디컬 빅데이터 분석에 있어서 널리 활용되고 있다. 하지만 패스웨이는 매우 다양한 형태를 갖고 용량이 매우 큰 빅데이터로 이를 분석하는데 많은 시간이 소요된다. 그래서 본 논문에서는 세계적으로 가장 우수하고 방대한 양의 패스웨이를 제공하는 KEGG 패스웨이 데이터베이스로부터 사용자가 관심 갖는 패스웨이만을 자동 수집하고 패스웨이 간 계층구조를 기반으로 네트워크를 구성 후, 해당 패스웨이 네트워크에 대한 클러스터링과 핵심 패스웨이 선정을 통해 패스웨이 간의 역학관계 또는 상호작용을 직관적으로 분석할 수 시스템을 제안했다.

• Proceedings of the Korean Information Science Society Conference
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• 2008.06c
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• pp.217-221
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• 2008

생명공학 기술의 발달로 지놈 프로젝트를 통해 인간 초파리 등 여러 종의 유전체 정보가 밝혀 졌다. 그러나 Post-Genome 연구에 있어서 매우 중요한 생물체인 멍게(Ciona intestinalis)와 성게(Strongylocentrotus purpuratus)의 유전체 서열은 현재 공개되어 있으나 염기서열의 연속성(continuity)에는 심각한 문제점이 존재하고 있다. 이들은 염기서열에 변이가 많은 다염기변이 유전체(polymorphic genomes)로 그 특성이 반영되지 않은 전통적인 Whole Genome Shotgun Sequencing(WGSS)방법을 사용였기 때문이다. 이와 같은 다염기변이 유전체 서열 분석은 시스템 생물학이나 비교 유전체학 등의 후발 연구에 기초가 되므로 매우 중요하다. 본 논문에서는 다염기변이 유전체에 대해 알아보고 서열 조립 알고리즘의 기본이 되는 서열 정렬 툴들 중 가장 많이 사용되는 FASTA, BLAST, BLAT에 대해 분석하여 봄으로써 다염기변이 유전체에 적합한 서열 조립 전략 수립을 위해 고려해야 하는 사항들을 논의해 본다.

• Journal of the Korean Society for Marine Environment & Energy
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• v.5 no.3
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• pp.10-15
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• 2002

The assessment of PIV to measure the mean velocity and turbulence was carried out over a train of fixed two-dimensional dunes. The agreement between the PIV and LDV is good enough even in regions of flow reversals and high shear. Though limited in the wall normal direction field-of-view, PIV provides instantaneous flow fields, which reveal the complex nature of flow over dunes, as well as more sophisticated analyses such as two-point space correlation and quadrant analysis with a reasonable accuracy The present study is expected to be directly applied to more complex flow such as sediment transport.

• Proceedings of the Korean Society for Bioinformatics Conference
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• 2006.02a
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• pp.11-18
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• 2006

바이오칩의 대표 주자인 DNA 칩은 점차 분자생물학의 주요 도구로 인식되고 있다. 쓰임새 또한 다양해져 기초 생물학, 기능 유전체학 연구뿐만 아니라 임상 현장에서의 적용을 위한 연구가 활발히 진행되고 있다. 임상분야에서 최근 주목 받고 있는 분야가 DNA 칩을. 이용한 질병진단 및 예후 측정이다. 개별 환자 세포의 분자유전학적 상태는 DNA 칩의 유전체 프로파일링(genome-wide profiling)으로 상세히 파악될 수 있으므로, DNA 칩은 질병의 세부아형 진단, 약물에 대한 개인 민감도 측정, 정확한 예후 측정을 통한 환자의 세심한 관리 등 미래 의료의 핵심이라 할 수 있는 개인별 맞춤 치료(personalized medicare)를 가능하게 하는데 지대한 역할을 할 것으로 기대되고 있다. 특히 수많은 질병 중에서 현대인의 난치병으로 손꼽히는 암은 DNA 칩 분석의 주요 적용 대상이다. 암에 연관된 복잡한 메커니즘을 기존의 단일 표지자로 진단하는 데는 한계가 있기 때문에, DNA 칩을 이용해 질병의 특정 phenotype과 관련 있는 암의 특이 패턴을 전사체 수준에서 분석하여 새로운 형태의 분자유전학적 표지자(transcriptional molecular signature)를 발굴하는 것이다 본 발표에서는 이러한 연구에 쓰이는 DNA 칩 분석 방법들과 실제 위암 데이터에 적용한 사례에 대해 논의하고자 한다. 연세의대 암전이 연구센터의 17K cDNA 칩을 이용하였으며, 진단 및 예후 측정을 위한 여러 분석 방법을 수행하였다.

• Proceedings of the Korea Information Processing Society Conference
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• 2007.11a
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• pp.272-273
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• 2007

현대 유전체학 기술의 진보는 생물학적으로 중요한 의미를 갖는 생물들의 유전체 서열의 규명 genome sequencing)에 힘입은 바 크다. 기존의 유전체 서열결정법은 주로 염기변이율이 낮은 생물들에 초점을 맞추어 왔다. 하지만 염기변이율이 높은 생물들의 유전체 염기서열을 결정할 필요가 높아짐에 따라 이를 위한 방법론에 대한 연구가 활발히 진행되고 있다. 염기변이율이 높은 생물들의 이배체 (diploid) 유전체 서열이 효과적으로 결정될 수 있을 경우 기존의 유전체 서열비교의 방법론에도 변화가 요청되고 있는 실정이다. 기존의 유전체 서열비교 (whole-genome alignment) 방법론은 반수체 (haploid) 유전체들의 서열비교을 위해 개발되었지만, 염기변이율이 높은 생물들의 유전체 서열비교에는 반수체 유전체들 비교에 특화된 도구들이 필요하다. 또한 현재 서열비교를 시각화하는 소프트웨어들도 반수체 유전체 비교를 위해 개발된 실정이다. 본 논문의 목표는 이배체 유전체 서열을 비교하는 방법론을 개발을 용이하기위해 이배체 유전체의 서열을 생성하는 도구를 개발하는 것이다. 개발된 도구는 실제 일어날 수 있는 염기변이와 genomic rearrangement를 사용자의 입력을 받아 다수의 생물들의 유전체 서열을 생성해 낸다. 이를 통해 이배체 유전체 서열을 비교하는 도구의 개발을 용이하게 하는데 초첨을 맞추고 있다.

• Korean Journal of Plant Taxonomy
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• v.34 no.3
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• pp.189-203
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• 2004

Numerical analysis based on 33 morphological characters from 25 populations of 8 species of tribe Forsythieae in Korea was conducted to investigate the taxonomic delimitation and discuss the systematic relationships. In this study, Fontanesia phyllyreoides Labill was adopted as comparing outgroup to discuss the taxonomic status of Abeliophyllum distichum and elucidate the taxonomic relationships between tribe Forsythieae and tribe Fontanesiae. Based on the results of PCA, the sum of contributions for the total variance of three major principal components was 79.6% (PC1 54.2%, PC2 15.4% and PC3 10.0%, repectively). Two dimensional plotting from PCA results recognized three distinct generic clusters. Among the populations of Forsythia, two distinct groups were clustered as I. koreana-saxatilis-viridissima and II. ovata-nakaii. However, 15 populations of Abeliophyllum distichum were arranged randomly without any tendency, and the infraspecies of Abeliophyllum distichum could be recognized as individual variations. Fontanesia phyllyreoides Labill was clustered independently and intertribal limitation was clearly distinguished.

• Journal of the Korean Society for Nondestructive Testing
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• v.25 no.5
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• pp.391-399
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• 2005

Laser-generated ultrasonic inspection system is a non-contact scanning inspection device with high spatial resolution and wide bandwidth. The amplitude of laser-generated ultrasound is varied according to the energy of pulse laser and the surface conditions of an object where the CW measuring laser beam is pointing. In this paper, we correct the generating errors by measuring the energy of pulse laser beam and correct the measuring errors by extracting the gain information of laser interferometer at each time. h dynamic stabilizer is developed to stably scan on the surface of an object for an laser-generated ultrasonic inspection system. The developed system generates ultrasound after adaptively finding the maximum gain time of an laser interferometer and processes the signal in real time after digitization with high speed. In this paper, we describe hardware configuration and control algorithm to build a stable laser-generated ultrasonic inspection system. Also, we confirmed through experiments that the proposed correction method for the generating errors and measuring errors is effective to improve the performance of a system.

• Food Science of Animal Resources
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• v.27 no.3
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• pp.345-350
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• 2007

This study was carried out to establish the optimal preparation conditions of yoghurt made from goat milk with reduced goaty flavor by adding citrus concentrate and flavor. A central composite design was applied to investigate the effects of citrus concentrate ratio (0.5, 1.0, 1.5, 2.0, 2.5%), citrus flavor ratio (0.01, 0.02, 0.03, 0.04, 0.05%) and fructose ratio (3, 4, 5, 6, 7%). The physico-chemical and sensory characteristics of the sixteen yoghurt samples were compared. The addition of citrus concentrate had a significant (p<0.01) effect on the pH, $a^*,\;and\;b^*$ values. Regarding organoleptic properties, the addition of citrus concentrate had a significant (p<0.01) effect on color, and fructose had an effect on overall palatability. The maximum value of organoleptic goaty flavor was 2.35, more than double the minimum value. The optimum conditions predicted for minimizing goaty flavor of the yoghurt were 1.44% citrus concentrate, 0.0357% citrus flavor, and 6.91% fructose.

• Food Science and Preservation
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• v.20 no.5
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• pp.712-719
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• 2013

This study was conducted to investigate the antibacterial activity of lactic acid bacteria isolated from traditional fermented foods and to develop a new starter for fermented milk. The isolates were identified using 16S rDNA sequencing and named Lactobacillus plantarum A, Leuconostoc lactis B and L. acidophilus C. The activity of these strains to inhibit the growth of food-borne human pathogens (Escherichia coli NCTC 12923, Salmonella Typhimurium NCTC 12023, Listeria monocytogenes NCTC 11994) was measured using the paper disc method. All these strains showed strong antibacterial activity against Li. monocytogenes NCTC 11994. The experiment groups were the fermented milks with these strains, and the control group was the fermented milk with the commercial starter (ABT 5). The change of pH, acidity and viable cell counts were measured during their aging time. All the experiment groups showed a significant difference in their aging times compared to the control group. However, the sensory test showed that the experiment groups can be used as useful starters for fermented milk. This result suggests that L. plantarum A, Leu. lactis B and L. acidophilus C have the potential to be developed as new starters for fermented milk.

• The Proceeding of the Korean Institute of Electromagnetic Engineering and Science
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• v.2 no.3
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• pp.26-31
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• 1991

The scattering property of TMz illuminated a elliptic dielectric cylinders with arbitrary cross section are analyzed by the boundary element techniques. The boundary element equations are for- mulated via Maxwell's equations, weighted residual of Green's theorem, and the boundary conditions. The unknown surface fields on the boundaries are then calculated by the boundary element integral equations. Once the surface fields are found, the scattered fields in far-zone and scattering widths (SW) are readily determined. To show the validity and usefulness of this formulation, computations are compared with those obtained using analytical method and one layer circular cylinder. As exten- sion to arbitrary cross-sectioned cylinders, plane wave scattering from a elliptic dielectric cylinders are numerically analyzed. A general computer program has been developed using the quadratic ele- ments(Higher order borndary elements) and the Gaussian quadrature.