• 생명과학회지
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• 제21권6호
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• pp.819-828
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• 2011

본 연구에서는 2009년부터 2010년까지 부산, 경남 및 울산 지역의 145 개 지하수 시료들을 대상으로 norovirus의 오염실태를 조사하였다. 먼저 norovirus의 검출을 위한 두 세트의 primer를 제작하였으며 이를 이용하여 최적 nested reverse transcription (RT)-PCR 조건을 확립하였다. 지하수의 norovirus 오염실태 조사에 의하면, 건기(4월~6월)와 우기(7월~8월)에 각각 21개(25.9%)와 15개(23.4%)의 시료에서 norovirus가 검출되었다. 부산, 울산 및 경상남도의 시료에서 각각 15%, 7% 및 32%의 norovirus가 검출되어 지역적인 차이를 나타내었다. norovirus 양성시료에서 GI과 GII가 각각 5개와 31개가 검출되어GI에 비하여 GII가 우세함을 알 수 있었다. norovirus 분리주들의 계통분류학적 분석 결과에 의하면, GI 분리주들은 모두 GI.5 유전자형으로 분류되었으며, GII 분리주들은 GII.3과 GII.4로 양분되었다. norovirus의 검출은 pH, 온도, 산화-환원전위 및 용존산소 등의 이화학적 인자들과 일반세균, 총대장균군 및 대장균과 같은 미생물 수질지표들과 통계적인 유의성이 있는 상관관계를 나타내지 않았다. 반면에 norovirus의 검출과 저탁도(<0.50 NTU) 사이에는 밀접한 상관성이 있음이 밝혀졌다. 본 연구를 통하여 지하수 중 norovirus의 분포실태를 어느 정도 파악할 수 있었으며 수인성 질병의 예방과 국민 보건위생을 위해서는 지하수의 주기적인 norovirus 모니터링이 필요함을 제시하였다.

• 생명과학회지
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• 제30권11호
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• pp.947-955
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• 2020

구제역바이러스(FMDV)는 피코나바이러스 과에 속하는 바이러스로서 야생과 가축화된 소와 돼지에 감염된다. FMDV는 제어되기 어려워서 가축의 생산과 국제통상에 큰 장애가 되고 있다. FMDV RNA 게놈의 복제 과정에서 3D 중합효소가 특이적인 복제 기능을 담당하는데 게놈에 결합하는 부위가 매우 중요하다. 이 사실은 FMDV 게놈의 비코딩영역 내에서 3D 중합효소에 의해 인지되는 특이 RNA 구조가 관여함을 제시한다. 이 과정에서 cis-acting replication element (CRE)는 RNA 복제를 위한 개시에 필요하다. FMDV CRE는 15-17 뉴클레오티드의 고리와 이를 지지하는 이중가닥으로 형성된 줄기-고리 모양을 가지며 이들을 구성하는 RNA 뉴클레오티드 서열의 차이가 다른 RNA 이차구조를 생성한다. CRE 이외에 FMDV 복제를 위해서 많은 바이러스와 세포 인자들이 단백질-단백질 결합과 단백질-RNA 결합을 통해 협조적인 네트워크를 만들어낸다. 이 연구에서 국내에서 2010년부터 2017년 까지 구제역이 발생한 소와 돼지에서 FMDV를 분리하여 CRE 서열을 분석하였으며 이들 FMDV들은 A형과 O형의 유전자형을 가졌다. 흥미롭게 국내 FMDV들의 CRE RNA 이차구조의 변이들은 바이러스 간의 계통유전학적 상관관련성과 일치하며 특정 숙주 동물종의 FMDV 감염의 특이성을 밝혀주었다. 이를 토대로 국내 FMDV의 각 유전군의 분류는 독특한 기능적 CRE에 의해 특징지을 수 있으며 새로운 유전적 계통의 진화학적 연속성은 특징있는 CRE 모티프의 구분과 연관지을 수 있다. 그러므로 CRE의 특이적 RNA 구조는 숙주 동물종 의존적인 FMDV 부류의 부가적인 단서로 활용할 수 있음을 제안한다. 이들 연구 결과들은 향후 FMDV 대량감염이 발생할 때 숙주동물종의 특이성을 CRE 서열로 조기에 정확히 분석하는데 도움이 될 것이다.

• 한국국제농업개발학회지
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• 제23권5호
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• pp.546-551
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• 2011

국화과(Compositae)는 현화식물 중 세계에서 가장 넓게 분포하고, 쌍자엽식물 중 가장 진화된 식물분류군이며, 우리나라에는 약 300여종이 존재하는 것으로 알려져 있다. 구절초, 감국, 쑥, 쑥갓, 개미취, 참취, 곰취 등 국화과 식물들은 예로부터 민간에서 약용 및 식용 소재로써 다양하게 사용되어왔다. 본 연구는 국화 및 국화근연종 유용유전자원 선발을 통하여 육종 소재를 확대하고, 중간모본 및 신품종 육성기반을 구축하고자 DNA 마커시스템의 개발을 위해 수행되었다. 1. 화단국인 Smileball(Dendranthema grandiflorum) 품종을 사용하여 SSR-enriched library를 작성하였고, GS FLX 분석을 통해 18.83Mbp의 염기서열 결과를 얻었으며, read의 평균 길이는 280.06bp로 나타났다. 2. 단순반복염기서열(SSR) 부위를 포함하는 26,780개 clones 중 di-nucleotide motifs가 16,375개(61.5%)로 우세하였고, tri-nucleotide motifs(6,616개, 24.8%), tetra-nucleotide motifs(1,674개, 6.3%), penta-nucleotide motifs(1,283개, 4.8%), hexa-nucleotide motifs(693개, 2.6%) 순으로 나타났다. 3. 얻어진 di-nucleotide motifs들 중에서는, AC/CA class가 93.5%로 대부분이었고, tri-nucleotide motifs에서는 AAC class가 50.5%, tetra-nucleotide motifs는 ACGT class가 43.6%이고, penta-nucleotide motif에서는 AACGT class 27.2%이며, hexa-nucleotide motif에서는 ACGATG class 21.8%였다. 4. 얻어진 염기서열 결과를 토대로 다양한 motif를 갖는 100개의 SSR 마커를 제작하였고, 차후 이를 활용하여 국화 유전자원의 다형성 및 유전자형 분석을 통해 분자유전학적 다양성 및 집단의 구조분석이 가능하고, 국화의 분자육종기반 구축을 위한 유용한 도구가 될 것 이다.

• 한국가금학회지
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• 제45권3호
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• pp.155-165
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• 2018

닭의 깃털은 날개깃과 꼬리깃의 발달과 형태에 따라 조우성과 만우성으로 분류할 수 있다. 현재, 병아리 성 감별법 중 조우성과 만우성을 이용하여 부화 시 깃털 발생양상의 차이에 따른 깃털감별법이 산업적으로 가장 널리 이용되고 있다. 본 연구는 한국재래닭에 있어 자가성감별 계통 조성을 위하여 조우성 병아리와 만우성 병아리의 분류 방법을 제시하고자 한 것으로 한국재래닭 856수를 대상으로 발생 시부터 55일령까지 병아리의 날개깃과 꼬리깃의 발달 양상과 형태를 분석하였다. 또한 K-특이 유전자 프라이머를 이용한 PCR로서 조우성과 만우성 닭의 표현형과 유전자형 간의 일치도를 확인하였다. 분석 결과, 조우성 병아리는 긴 주익우와 부익우를 가지며, 주익우와 부익우 간 확실한 길이의 차이를 보였다. 반면, 만우성 병아리는 조우성 병아리보다 짧은 주익우와 부익우를 보였으며, 주익우와 부익우 간 길이의 차이는 거의 없는 것으로 나타났다. 만우성 병아리는 날개깃 모양에 따라 LF-Less, LF-Scant, LF-Equal 및 LF-Reverse와 같은 4가지 유형으로 분류할 수 있었다. 조우성 병아리의 주익우는 만우성 병아리에 비해 15일령까지 1.5배 정도 더 길다가 50일령에 거의 비슷하게 나타났다. 꼬리깃의 경우, 조우성 병아리는 5일령 때 명확하게 보이지만, 동일시기에 만우성 병아리는 짧고 불명확하였다. 발생 시 주익우 길이 9 mm를 기준하여 조우성과 만우성 개체로 구분하였을 때 조우성은 96.2%, 만우성은 85.4%의 분류의 정확도를 나타내었다. 결론적으로 한국재래닭에 있어 조우성 병아리와 만우성 병아리의 깃털 형태 및 발달 양상의 차이가 뚜렷하기 때문에 발생 시점에서 조우성과 만우성을 쉽게 구분할 수 있을 것으로 판단된다.

• Journal of Gastric Cancer
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• 제4권2호
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• pp.109-120
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• 2004

Purpose: Individual gastric cancers demonstrate complicated genetic alterations. The PCR-based analysis of polymorphic microsatellite sequences on cancer-related chromosomes has been used to detect chromosomal loss and microsatellite instability. For the purpose of preoperative usage, we analyzed the correspondance rate of the microsatellite genotype between endoscopic biopsy and surgical specimens. Materials and Methods: Seventy-three pairs of biopsy and surgical specimens were examined for loss of heterozygosity and microsatellite instability by using 40 microsatellite markers on eight chromosomes. Microsatellite alterations in tumor DNAs were classified into a high-risk group (baselinelevel loss of heterozygosity: 1 chromosomal loss in diffuse type and high-level loss of heterozygosity: 4 or more chromosomal losses) and a low-risk group (microsatellite instability and low-level loss of heterozygosity: 2 or 3 chromosomal losses in diffuse type or $1\∼3$ chromosomal losses in intestinal type) based on the extent of chromosomal loss and microsatellite instability. Results: The chromosomal losses of the biopsy and the surgical specimens were found to be different in 21 of the 73 cases, 19 cases of which were categorized into a genotype group of similar extent. In 100 surgical specimens, the high-risk genotype group showed a high incidence of nodal involvement (19 of 23 cases: $\leq$5 cm; 23 of 24 cases: >5 cm) irrespective of tumor size while the incidence of nodal involvement for the low-risk genotype group depended on tumor size (5 of 26 cases: $\leq$5 cm; 18 of 27 cases: >5 cm). Extraserosal invasion was more frequent in large-sized tumor in both the high-risk genotype group ($\leq$5 cm: 12 of 23 cases; >5 cm: 23 of 24 cases) and the low-risk genotype group ($\leq$5 cm: 7 of 26 cases; >5 cm: 16 of 27 cases). The preoperative prediction of tumor invasion and nodal involvement based on tumor size and genotype corresponded closely to the pathologic tumor stage (ROC area >0.7). Conclusion: An endoscopic biopsy specimen of gastric cancer can be used to make a preoperative genetic diagnosis that accurately reflect the genotype of the corresponding surgical specimen.

• Childhood Kidney Diseases
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• 제5권1호
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• pp.43-50
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• 2001

목 적 : 소아기 요로 감염은 신손상을 유발하여 신반흔, 고혈압, 단백뇨, 말기신부전증등을 일으키며 특히 방광 요관 역류는 신반흔과 밀접한 관련이 있는 것으로 알려져 있다. 본 연구의 목적은 방광 요관 역류가 있으면서 신반흔을 형성한 환아군과 형성하지 않은 환아군의 연령, 성별, 역류 등급, ACE 유전자 다형성, 그리고 신체적 성장의 소견을 비교 분석하여 신반흔에 관련된 인자들을 평가하기 위한 것이다. 대상 및 방법 : 1992년 7월부터 2000년 6월까지 요로 감염으로 전북대병원 소아과에 내원한 환아 545명중에 방광 요관 역류로 진단된 15세 미만의 환아 93명을 대상으로 후향적으로 조사하였다. 환아들은 신반흔의 유무에 따라 두 군으로 분류하여 진단시 연령과 성별, 키, 체중등을 조사하였고 방광 요관 역류와 그 정도는 배뇨중 방광 요도 조영술을 시행하였으며 신반흔은 99mTc-DMSA 신스캔으로 추적 검사를 시행하여 확진하였다. ACE 유전형은 말초 혈액의 genomic DNA에서 PCR법으로 결정하였고, 신장과 체중은 HSDS와 WHI로 나타내어 비교 분석하였다. 결 과 : 신반흔이 있는 환아 54명 중에 방광 요관 역류 환아는 47명(87$\%$)으로 방광 요관 역류가 신반흔의 중요한 인자이었다. 신반흔 형성군과 무형성군 사이의 남녀별 차이는 없었으며 신반흔 형성군의 진단시 평균 연령은 2.48${\pm}$2.65세로 무형성군의 1.26${\pm}$1.83세에 비해 유의하게 높았다(P<0.05). 방광 요관 역류의 정도는 역류 등급이 높을수록 신반흔이 생기는 비율이 높았다(P<0.05). 1세 미만의 역류가 있는 환아들은 비교적 신반흔을 잘 형성하였고 모든 연령분포에서 역류의 정도가 심할수록 신반흔이 잘 발생하였다(P<0.05) 전체 요로감염이 있었던 환아의 17.5$\%$에서 방광 요관 역류가 있었고, 이 때 동반된 요로 감염의 대부분의 원인균은 E. coli였으며(75.3$\%$, E. coli가 차지하는 비율은 양 군($76.6\%/73.9\%$)사이에 유의한 차이는 없었다(P>0.05). ACE 유전자 다형성에 따른 신반흔 형성과의 관계를 보기 위해 양 군사이를 비교하였으나 유의한 차이는 없었다(P>0.05). 신반흔의 정도와 신체적 성장과의 관계를 보기 위해 진단시의 키와 체중을 매개변수인 HSDS와 WHI로 환산하여 양 군사이를 비교하였을 때 유의한 차이는 없었다(P>0.05). 결 론 : 본 연구에서 신반흔에 관련된 인자로서는 진단시의 연령, 방광 요관 역류의 유무, 또한 역류의 정도와 관계가 있고 성별, 원인균, ACE유전자형과는 무관하였으며, 앞으로 세균의 독성요소로 작용하는 E. coli의 특성에 대한 자세한 연구와 신반흔의 정도에 따른 신체적 성장의 추적 관찰에 대한 연구가 필요할 것으로 생각된다.

• Clinical and Experimental Pediatrics
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• 제48권8호
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• pp.871-876
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• 2005

목 적 : 한국 소아 1형 당뇨병에서 TNF promoter -857T/C와 -1031C/T 및 $LT-{\alpha}$ 유전자 다형성과 질병감수성과의 관련성을 평가하고자 하였다. 방 법 : 1형 당뇨병으로 진단 받은 소아 49명(여아 29명, 남아 20명)과 정상 대조군 94명의 혈액을 채취하여 DNA를 추출하였다. 추출한 DNA에 대하여 allele-specific PCR법을 이용하여 TNF promotor -1031C/T 다형성을, PCR-RFLP법을 이용하여 TNF promotor -857T/C, $LT-{\alpha}$ 유전자 다형성을 분석하였다. 결 과 : 환자군과 대조군 사이에서 TNF promoter -857T/C, -1031C/T 다형성의 분포는 차이가 없었다. 환자들의 임상적 특징에 따라 아군(subgroup)으로 분류하였을 때, 진단 시 당뇨병성 케톤산혈증으로 발현한 환자들에서 TNF promoter -1031C/T 다형성의 TT 유전자형의 빈도가 당뇨병성 케톤산혈증으로 발현하지 않은 환자들과 비교하여 유의하게 낮았다(P<0.05). 다른 임상적 특성들과 이들 유전자 다형성 사이에는 관련성이 없었다. 또 환자와 대조군 사이에 $LT-{\alpha}$ 유전자 다형성의 분포는 차이가 없었으며, 임상적 특성과의 관련성도 없었다. 결 론 : 이 연구를 통하여 TNF promoter -857T/C, $LT-{\alpha}$ 유전자 다형성이 한국 소아에서 1형 당뇨병의 질병감수성과 관련이 없음을 알 수 있었다. 그러나 TNF promoter -1031C/T 다형성은 당뇨병성 케톤산혈증과 같은 1형 당뇨병의 특정 임상양상에 영향을 미칠 수 있는 유전적 인자로 생각된다.

• 생명과학회지
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• 제26권8호
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• pp.904-910
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• 2016

가축의 경제형질은 대부분 복합형질 상태이며, 많은 유전자와 생물대사회로에 의해 조절된다. 시스템 생물학은 생명현상을 하나의 복합체로 가정하고, 형질에 관여하는 유전자들에 대한 기능적 관계를 분석하는 학문이다. 유전자 네트워크는 시스템 생물학의 하나의 연구분야로써, 유전자 기능의 상관관계를 지도화하여 오믹스 데이터를 통합 분석하여 해석한다. 유전자 네트워크는 단백질-단백질 상호작용, 공발현, 조절인자, 유전자형 기반으로 다양한 유전자의 기능적 상호작용을 표현할 수 있다. 또한, 네트워크를 구성하기 위해서는 유전자 간 연결 정도에 가중치를 두거나, 인접한 유전자 수 계산 등의 네트워크 토폴로지 알고리즘이 적용된다. 가축에서는 이러한 연구가 단형질에 대한 유전자 발현, 단백질 상호작용 등에 국한되어 있는 실정이다. 본 논문에서는 유전자 공발현 네트워크와 단백질-단백질 상호작용 네트워크 분석법을 확립하고 소의 102개 경제형질에 대하여 유전자 네트워크 분석 결과에 대한 데이터베이스를 구축하였다. 102개의 경제형질은 Animal Trait Ontology (ATO) 명명법에 의하여 분류하여 제공하였다. 각 형질에 포함된 유전자 리스트는 Animal QTL database에서 제공하는 양적유전형질좌위의 물리적 위치에 존재하는 유전자군을 추출하였다. 유전자 공발현 네트워크는 R의 WGCNA 패키지를 활용하였으며, 단백질-단백질 상호작용 네트워크는 Human Protein Reference Database에서 사람과 소의 orthologous group에 포함된 유전자를 대상으로 단백질 상호작용 관계를 규명하였다. 네트워크 분석 결과는 관계형 테이블로 구축하였으며, 구축한 데이터베이스를 관련 연구진에게 공유하기 위하여 웹 기반의 유전자 네트워크 가시화 시스템을 구현하였다(http://www.nabc.go.kr/cg). 웹 데이터베이스 구현을 위하여 Ontle 프로그램을 활용하여 다양한 방식으로 유전자 네트워크 가시화 작업을 수행하였다. 이 시스템을 통하여 사용자는 관련 형질의 후보 유전자군 탐색, 유전자 네트워크 분석 결과, 유전자 사이의 기능적 연결관계를 손쉽게 살펴볼 수 있게 될 것이다.

• 미생물학회지
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• 제50권4호
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• pp.285-295
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• 2014

병원성 대장균은 최근 3년간 경기도에서 발생한 학교급식식 중독의 주된 원인균으로서 그 역학적 특성을 정리하고 PFGE typing과 항생제 감수성 시험으로 분리균주의 특성을 알아보고자 하였다. 2010년부터 2012년까지 19건의 학교급식 식중독에 대한 역학조사보고서를 분석한 결과, 급식의 주된 운영방식은 직영(18건, 95%)이며, 고등학교에서 주로 발생하였다. 계절적 요인으로는 13건(65%)이 6월부터 9월에, 특히 여름방학 후 학기 초인 8월말부터 9월에 더 많이 발생하였다. 수요일(7건, 37%)과 목요일(7건, 37%)에 최초환자가 발생되어, 목요일 7건(37%) 금요일 5건(26%)에 주로 신고가 이루어 졌다. 추정위험에는 월요일(4건, 21%), 화요일(7건, 37%), 수요일(4건, 21%)에 노출되었고, 추정원인체로서 가능성이 높은 식품은 김치류가 50%(5건)를 차지하였다. 분리된 98균주는 EPEC, ETEC, EAEC, EHEC가 각각 50%, 34%, 15%, 1%이며, 항생제 감수성 시험 결과 ampicillin, nalidixic acid, sulfamethoxazole/trimethoprim, tetracycline에 대하여 각각 40%, 37%, 24%, 19%의 내성을 나타내었고, 2, 3세대 cephalosporins계, cabarpenem계, aminoglycosides계, 2세대 quinolones계 항생제에는 감수성이 있었으며, cefalotin, ampicillin/sulbactam, chloramphenicol에는 각각 29%, 25%, 6%가 중간내성을, 그리고 70%에서 한 가지 이상의 항생제에 내성이 관찰되었다. PFGE 분석결과, 57.6%의 similarity로 8개의 group과 32개의 profiles로 분류되었다. 개별적인 소규모 식중독에서 항생제 감수성과 유전자형의 연관성을 찾기가 어려웠으며, 동시에 발생한 대규모 식중독의 경우, 항생제 내성과 PFGE 유형이 매우 유사하여 동일 기원으로부터 유래한 병원성대장균에 의해 식중독 사고가 발생한 것으로 추정이 가능하였다.