• Proceedings of the KSEEG Conference
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• 2001.04a
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• pp.303-307
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• 2001

• Proceedings of the Korea Information Processing Society Conference
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• 2013.05a
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• pp.894-897
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• 2013

서열 정렬(sequence alignment)은 유전학(genomic)에서 널리 사용되는 도구 중 하나이다. 최근에는 차세대 시퀀싱 기술(NGS)이 발달함에 따라 데이터의 생산량이 크게 증가했고, 이에 따라 높은 처리량(throughput)을 가진 서열 정렬 알고리즘의 필요성이 증가하였다. 본 논문에서 제안하는 염기 서열 정렬 알고리즘은 시퀀스(sequence)데이터를 그래프 형태로 변형시킨 다음, 마이크로소프트사의 그래프 기반인 메모리(in-memory) 분산시스템(distributed system) 트리니티(Trinity)를 이용해 서열 정렬을 수행한다. 본 논문의 알고리즘은 트리니티 시스템에서 시뮬레이션 염기 데이터를 성공적으로 정렬하였으며, 슬레이브의 개수가 늘어날수록 빠른 속도를 나타내어 확장성(scalability)을 입증했다.

• Korean Chemical Engineering Research
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• v.43 no.6
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• pp.756-760
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• 2005

In this study, the effect of $N_2$-plasma treatment on carbon blacks (CBs) was investigated by analyzing acid-base surface values and surface functional groups of CBs. The surface characteristics of the CBs were determined by fourier transformed-infrared (FT-IR) spectrometer, X-ray photoelectron spectroscopy (XPS), and Boehm's titration method. Electrochemical properties of the plasma-treated CBs-supported Pt (Pt/CBs) catalysts were analyzed by cyclic voltammetry (CV) experiments. From the results of FT-IR and acid-base values, $N_2$-plasma treatment at 300 W intensity on the CBs led to the formation of the free radical. The peak intensity was increased with increasing the treatment time due to the formation of new basic functional groups(such as C-N, C=N, $-NH_3{^+}$, -NH, and =NH) by the free radical. Accordingly, the basic values were increased by the basic functional groups. However, after a specific reaction time, $N_2$-plasma treatment could hardly influence change of surface functional groups of CBs, due to the disappearance of free radical. Consequently, it was found that optimal treatment time was 30 second for electro activity of Pt/CBs catalysts.

• Polymer(Korea)
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• v.36 no.5
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• pp.612-616
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• 2012

In this work, the effect of chemical treatments of multi-walled carbon nanotubes (MWNTs) on the mechanical interfacial properties of carbon fiber fabric-reinforced composites was investigated. The surface properties of the MWNTs were determined by acid and base values, Fourier transform infrared spectroscopy (FTIR), and X-ray photoelectron spectroscopy (XPS) analyses. The mechanical interfacial properties of the composites were assessed by interlaminar shear stress (ILSS) and critical stress intensity factor ($K_{IC}$). The chemical treatments based on acid and base reactions led to a significant change of surface characteristics of the MWNTs, especially A-MWNTs/carbon fibers/epoxy composites had higher mechanical properties than those of B-MWNTs and non-treated MWNTs/carbon fibers/epoxy composites. These results were probably due to the improvement of interfacial bonding strength, resulting from the acid-base interaction and hydrogen bonding between the epoxy resins and the MWNT fillers.

• The Korean Journal of Zoology
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• v.36 no.1
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• pp.14-20
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• 1993

한국산 도룡농, Hvnobius leechii의 7개 집단에서 mitochondrial DNA(mtDNA)의 변이가 조사되었다. MtDNA의 크기에서의 차이는 관찰되지 않았으나 제한효소 인식 부위에서의 차이가 조사되었다. MtDNA의 절편 양상은 각 집단에서 동일하게 나타났다. 제한 효소로 처리하여 얻어진 절편의 비교에서 종내 변이는 염기 치환에 의하여 발생한 것임이 분석되어졌다. 특히 하동과 제주 집단은 몇개의 제한 효소 인식 위치에서 나머지 5개 집단과 뚜렷한 차이를 보였다. 염기치환율(p값)은 공통 절편 비율(p값)을 토대로 하여 얻어졌으며 그 값은 0.004에서 0.064의 범위 내의 값으로 측정되었다. 하동과 제주 집단을 제외한 5개 집단의 비교에서는 비교적 낮은 침의 염기 치환율을 보였으나 제주와 나머지 집단들과의 비교에서는 염기치환율이 높게 측정되었다. 염기 치환율과 관련지어 염기 분화 연대를 측정한 결과 도룡뇽 7개 집단은 3개의 group으로 나뉘어 졌으며 이들은 약 188만년전에 분화된 것으로 사료되어 진다.

• Applied Biological Chemistry
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• v.37 no.1
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• pp.56-63
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• 1994

Oligonucleotides for a conserved region of the coat protein gene of cucumber mosaic virus (CMV) and a hammerhead structure ribozyme against CMV RNA were synthesized using a DNA synthesizer. Both strands of oligonucleotides were annealed and restricted with BamHI/SacI, then cloned into a plasmid pBS SK (+). The cloned CMV substrate and ribozyme were sequenced to verify correct constructions. In vitro transcriptions were carried out by using T7 RNA polymerase with BssHII or SspI digests of $1\;{\mu}g$ of substrate and ribozyme clones. The size of substrate RNA was 176 nucleotides (nt) containing 50 nt of CMV RNA sequence, 6 nt of XbaI restriction site and 120 nt of vector-derived sequence in the case of BssHII digest. The size of ribozyme RNA was 164 nt containing 40 nt of ribozyme RNA sequence and same sequences of substrate. Substrate RNA was efficiently cleaved into two fragments (96 nt and 80 nt) by ribozyme RNA. This endonucleolytic cleavage occurred more efficiently at $55^{\circ}C$ than $37^{\circ}C$. SspI digest-derived substrate RNA (2234 nt) was also cleaved into two fragments by the same ribozyme. SspI digest-derived ribozyme RNA (2222 nt) cleaved the above substrate to two fragments. In vitro-tested ribozyme construct is being cloned into a plant transformation vector to develop virus-resistant plants.

• Proceedings of the Korean Institute of Industrial Safety Conference
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• 1998.05a
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• pp.125-128
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• 1998

최근 많은 문제가 되고 있는 피혁공장, 유지공장, 슬러지처리장 등에서 발생하는 악취물질은 크게 산성 악취와 염기성 악취로 나눌 수 있으며, 대표적인 산성악취에는 메틸머켑탄, 황화수소가 있고, 염기성 악취는 암모니아, 트리메틸아민이 있다. 이들 악취물질들은 ACF의 표면을 화학약품으로 처리, 표면을 개질하여 관능기를 부여하고, 또한 화학물질을 첨착시켜 특정악취물질에 대한 제거효율을 증가시킬 수 있다. (중략)

• Proceedings of the Korea Information Processing Society Conference
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• 2003.05b
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• pp.1027-1030
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• 2003

유전체 서열결정이 폭발적으로 증가해 가고 있다. 인간 유전체사업(Human genome project)의 궁극적인 목적은 인간 염색체에 있는 30억개의 뉴클레오티드와 10만개의 유전자를 밝혀내는 것이고 생의학에서 새로운 발견이나 옹용을 위한 정보로 이용하는 것이다. 이 사업은 1980년대 후반에 시작되었고 현재 서열의 결정이 완료된 상태이다. 본 논문에서는 인간 유전체 사업에서 파생된 가장 중요한 문제 중의 하나인 복수 염기서열 정렬 문제와 복수 염기서열 정렬 시스템의 구현에 대하여 논한다.

• Proceedings of the Korea Information Processing Society Conference
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• 2007.05a
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• pp.605-608
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• 2007

천식(Asthma)과 같은 복합질환(Complex Disease)의 원인과 작용 모델을 찾기 위해서 여러가지 통계적인 방법들과 기계 학습(Machine Learning)의 방법 등이 사용되고 있다. 본 연구에서는 유전 알고리즘을 이용하여 천식 환자와 대조군들을 분류할 수 있는 단일염기 다형성(SNP, Single Nucleotide Polymorphism)의 조합에 대하여 조사한다.

• Korean Chemical Engineering Research
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• v.43 no.3
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• pp.401-406
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• 2005

In this work, the effect of chemical treatment of multiwalled carbon nanotubes (MWNTs) on glass transition temperature (Tg), thermal stability, and dynamic viscoelastic behaviors of MWNTs-reinforced epoxy matrix composites has been studied by differencial scanning calorimeter (DSC), thermogravimetric analysis (TGA), and dynamic mechanical analysis (DMA) measurements. The MWNTs were chemically treated with 35 wt％ $H_3PO_4$ (A-MWNTs) or 35 wt％ KOH (B-MWNTs) solutions and the changes of surface properties of chemically treated MWNTs were examined by pH, acid and base values, Fourier transfer-infrared spectroscopy (FT-IR), and x-ray photoelectron spectroscopy (XPS) analyses. The chemical treatments based on acid and base reactions led to a significant change of surface characteristics and chemical compositions of the MWNTs, especially A-MWNTs/epoxy composites had higher thermal stability and dynamic viscoelastic properties than those of B-MWNTs and non-treated MWNTs/epoxy composites. These results were probably due to the improvement of interfacial bonding strength, resulting from the acid-base interaction and hydrogen bonding between the epoxy resins and the MWNT fillers.