Proceedings of the Korea Information Processing Society Conference (한국정보처리학회:학술대회논문집)
- 2013.05a
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- Pages.894-897
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- 2013
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- 2005-0011(pISSN)
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- 2671-7298(eISSN)
DOI QR Code
DNA Sequence Alignment Using a Graph-based Distributed System
그래프 기반 분산 시스템을 이용한 염기 서열 정렬
- Lee, Jun-Su (Dept. of Computer Science, Yonsei University) ;
- Ahn, Jae-Gyoon (Dept. of Computer Science, Yonsei University) ;
-
Yeu, Yun-Ku
(Dept. of Computer Science, Yonsei University)
;
- Roh, Hong-Chan (Dept. of Computer Science, Yonsei University) ;
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Park, Sang-Hyun
(Dept. of Computer Science, Yonsei University)
- 이준수 (연세대학교 컴퓨터과학과) ;
- 안재균 (연세대학교 컴퓨터과학과) ;
-
여윤구
(연세대학교 컴퓨터과학과)
;
- 노홍찬 (연세대학교 컴퓨터과학과) ;
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박상현
(연세대학교 컴퓨터과학과)
- Published : 2013.05.10
Abstract
서열 정렬(sequence alignment)은 유전학(genomic)에서 널리 사용되는 도구 중 하나이다. 최근에는 차세대 시퀀싱 기술(NGS)이 발달함에 따라 데이터의 생산량이 크게 증가했고, 이에 따라 높은 처리량(throughput)을 가진 서열 정렬 알고리즘의 필요성이 증가하였다. 본 논문에서 제안하는 염기 서열 정렬 알고리즘은 시퀀스(sequence)데이터를 그래프 형태로 변형시킨 다음, 마이크로소프트사의 그래프 기반인 메모리(in-memory) 분산시스템(distributed system) 트리니티(Trinity)를 이용해 서열 정렬을 수행한다. 본 논문의 알고리즘은 트리니티 시스템에서 시뮬레이션 염기 데이터를 성공적으로 정렬하였으며, 슬레이브의 개수가 늘어날수록 빠른 속도를 나타내어 확장성(scalability)을 입증했다.
Keywords