• Proceedings of the Korean Information Science Society Conference
• /
• 2004.10b
• /
• pp.253-255
• /
• 2004

인간(human)에게 나타나는 다양성(variation)은 인체의 유전체(genome) 안에서 발생된 SNP(Single Nucleotide Polymorphism)에 의해 나타난다고 알려져 있다. 유전체내의 SNP과 다양성에 대한 연관 연구(Associate study)를 할 때에 약 30여 억 개로 추정되는 염기서열(DNA sequence)물 모두 분석한다면 많은 비용과 시간을 필요로 할 것이다. 이런 비용과 시간을 줄이기 위친 적은 수의 대표 SNP(=tagSNP)을 찾는 연구가 현재 진행 중이다. 우리는 LD계수｜D;｜을 block 분할에 이용하여 생물학적인 의미를 부여한 후, 전산적인 최적해를 찾는 접근을 이용했다. 또한, 기존 연구에서는 large-scale data에 대한 처리가 불가능해서 chromosome의 일부분의 데이터에 대해서안 분석이 시도되었다. 더욱 광범위한 분석을 위해서 chromosome 단위의 처리가 필요하다. 우리는 chromosome단위의 SNP data를 한 번에 처리가 가능한 시스템인 MarSel를 구현하였다

• Proceedings of the Korea Information Processing Society Conference
• /
• 2005.05a
• /
• pp.27-30
• /
• 2005

3개 이상의 DNA 혹은 단백질의 염기서열을 정렬하는 다중 서열 정렬(multiple sequence alignment, MSA)은 서열들 사이의 진화관계, 단백질의 구조와 기능에 관한 연구에 필수적인 도구이다. 최적화된 다중서열 정렬을 얻기 위해 사용되는 가장 유용한 방법은 동적 프로그래밍이다. 그러나 동적프로그래밍은 정렬하고자 하는 서열의 수가 증가함에 따라 시간도 지수함수($O(n^k)$)로 증가하기 때문에 다중 서열 정렬에는 효율적이지 못하다. 따라서, 본 논문에서는 최적의 MSA 문제를 해결하기 위해 클러스터링 기반의 새로운 다중 서열 정렬 (Clustering-based Multiple Sequence Alignment, CMSA) 알고리즘을 제안한다. 결과적으로 제안한 CMSA 알고리즘의 기여도는 다중 서열 정렬의 질적 향상과 처리 시간 단축($O(n^3L^2)$)이 기대된다.

• Composites Research
• /
• v.16 no.3
• /
• pp.25-31
• /
• 2003

In this work the effect of surface treated SiC on thermal stability and mechanical interfacial properties of carbon fiber/epoxy resin composites. The surface properties of the SiC were determined by acid/base values and contact angles. The thermal stabilities of carbon fiber/epoxy resin composites were investigated by TGA. The mechanical interfacial properties of the composites were studied in ILSS, critical stress intensity factor ($\textrm{K}_{IC}$), and critical strain energy release rate($\textrm{G}_{IC}$) measurements. As a result, the acidically treated SiC(A-SiC) had higher acid value than untreated SiC(V-SiC) or basically treated SiC(B-SiC). According to the contact angle measurements, it was observed that chemical treatments led to an increase of surface free energy of the SiC surfaces, mainly due to the increase of the specific(polar) component. The mechanical interfacial properties of the composites including ILSS, $\textrm{K}_{IC}$, and $\textrm{G}_{IC}$ had been improved in the specimens treated by chemical solutions. These results were explained that good wetting played an important role in improving the degree of adhesion at interfaces between SiC and epoxy resin matrix.

• The Microorganisms and Industry
• /
• v.20 no.2
• /
• pp.15-19
• /
• 1994

전기투석은 전하를 갖는 막과 전위차가 존재하는 장치에서 전해질을 분리하는 공정이다(fig. 1). 전기투석은 1980년대 이전까지는 주로 담수제조, 소금제조와 같은 무기이온제거에 사용되었으나 1980년대 들어 식품제조, 의약제조, 생물공정, 폐수처리 공정 등 다양한 방면으로 응용범위를 넓혀가고 있다. 전통적인 전기투석은 염, 산, 염기들을 수용액상에서 분리하거나 농축하는데 사용되었지만 근래에는 아미노산, 단백질을 분리하는데 전기투석의 활용연구가 시도되고 있다. 본 논문에서는 전기투석의 새로운 응용분야인 전기투석생물반응기에 대해 간단한 설명과 1980년대 후반부터의 연구논문의 소개, 그리고 전기투석에서의 간단한 물질전달이론 설명을 시도하고자 한다.

• Proceedings of the Korean Society of Coastal and Ocean Engineers Conference
• /
• 2003.08a
• /
• pp.71-75
• /
• 2003

최근 특별한 연약지반 처리공법을 적용하지 않고 자중을 감소시키고 구조적인 특성을 이용하여 연약지반 위에 설치하는 방파제가 제안ㆍ개발되고 있다. 일본에서는 자중을 가볍게 하고 파랑 하중을 역T형 구조와 말뚝을 이용하여 지지하는 구조를 시공한 사례도 있으며(문사강지 등, 1989), 국내에서는 Fig. 1과 같이 역T형 콘크리트 방파제의 자중만으로도 과도한 압밀침하가 발생되는 아주 연약한 지반에서 방파제의 자중을 줄이기 위해 부력통을 설치하고 설계 하중은 지중에 벽체를 설치하여 지지하는 구조를 제안하고 그 성능을 평가한 바 있다(권오순 등,2001 ; 권오순 등, 2002). (중략)

• Proceedings of the Korean Information Science Society Conference
• /
• 2003.10b
• /
• pp.766-768
• /
• 2003

인간 및 다른 생물들의 DNA 서열이 밝혀짐에 따라 DNA 서열 정보를 이용할 수 있는 계산적 처리방식에 대한 요구가 늘어나고 있다. 본 논문에서는 DNA의 패턴을 분류할 수 있는 면역계 부정 선택에 기반한 알고리즘을 제안한다. 부정 선택은 면역세포 생성시 자신을 인식하지 않는 항원 인식부를 생성하기 위한 과정이다. 이 항원 인식부를 통해 자기와 비자기를 구별한다. 이것을 n개의 자기 또는 비자기 집단으로 확장하고 n개의 항원 집단을 구성하면 n개의 패턴 분류가 가능하다. 본 논문에서는 부정 선택에 기반한 DNA 염기 레벨에서의 패턴 분류방법과 아미노산 레벨에서의 패턴분류 방법을 제안한다.

• Korean Journal of Plant Taxonomy
• /
• v.42 no.3
• /
• pp.185-196
• /
• 2012

Morphological and geographical examinations as well as phylogenetic analyses using ITS sequences were performed for Asparagus L. in Korea. A total of five species of Asparagus were confirmed to be distributed in South Korea. The shape of cladophylls, length of pedicels, and shape of perianth were considered to be important characteristics for the identification of Koran Asparagus species. A monophyly of each species was evident in the ITS phylogenetic trees in which multiple accessions (5 to 24, depending on species) represented each of the five Korean species. A. rigidulus Nakai, once considered conspecific to A. schoberioides Kunth, formed a distinct lineage in the ITS trees. Pedicels of A. rigidulus, which is distributed mainly in coastal areas, were about two times longer than those of A. schoberioides occurring in inland areas, suggesting that they should be treated as distinct taxa.

• Korean Journal of Plant Taxonomy
• /
• v.43 no.1
• /
• pp.12-21
• /
• 2013

To clarify the taxonomic position for Astragalus nakaianus and provide correct scientific name for A. mongholicus cultivar in South Korea, we examined external morphological characters and sequence variations from ITS and five cp non-coding DNA regions. Genetic structure was also analyzed for 61 individuals from three populations using nine microsatellite loci. We found no significant difference between the South Korean cultivar and A. mongholicus var. dahuricus when morphology and ITS sequences were considered. Morphologically, A. nakaianus specimens varied somewhat from A. mongholicus var. mongholicus and var. dahuricus in habit, plant height, and lengths of leaf axis and leaflet. Although sequence data from ITS and cp noncoding DNA regions could not distinguished A. nakaianus from A. mongholicus, microsatellite analysis revealed strong structuring between the cultivar and A. nakaianus. Therefore, we conclude that the South Korean A. mongholicus cultivar should be treated as A. mongholicus var. dahuricus and that A. nakaianus should be merged into A. mongholicus as a variety, i.e., A. mongholicus var. nakaianus.

• Korean Journal Plant Pathology
• /
• v.12 no.1
• /
• pp.1-10
• /
• 1996

Xanthomonas campestris pv. vesicatoria의 감염으로 토마토 잎조직에 $\beta$-1, 3-Glucanases와 chitinases가 합성, 축적되었다. 그러나 접종되지 않은 건전한 잎에서는 위의 두 가지 가수분해 효소는 매우 낮은 수준으로 유지되었고, 이 두 가지 효소는 친화적 상호작용에서보다는 불친화적 상호작용에서 더욱 높은 수준으로 존재하였다. 이것은 $\beta$-1, 3-glucanases와 chitinases가 X. c. pv. vesicatoria의 생육에 대한 방어기작으로서 중요한 역할을 한다는 것을 시사해 주고 있다. Native PAGE 젤 상에서 $\beta$-1, 3-glucanases를 분리한 결과, 병징 발현이나 저항성 발현에 중요한 역할을 하는 것으로 생각되는 산성 isoform Ga 1과 염기성 isoform Gb 1의 isoform bands만 확인되었다. Isoelectric focusing을 이용하였을 때, 적어도 pI 6.4와 pI 8.6을 지닌 두 개의 $\beta$-1, 3-glucanases의 isoform을 확인할 수 있었고, 특히 불친화적 상호작용에서 더욱 뚜렷하게 유도되었다. 이것은 병 진전과정에서 X. c. pv. vesicatoria에 대해 저항성 발현에 관여한다는 것을 나타내고 있다. 산성 chitinase isoform인 Ca 1의 활성은 병원균의 감염이 진전되는 동안 감소하였다. 또한 다섯 개의 염기성 chitinase isoform이 감염된 토마토 잎 조직에서 발견되었는데, 특히 토마토의 방어기작에 관여하여 병원화적 균주 Bv5-4a에 감염된 잎에서만 유도, 축적되었다. Isoelectric focusing(IEF)을 이용한 후 적어도 2개의 산성과 4개의 염기성 chitinase isoform이 감염된 토마토 잎 추출액에서 확인되었다. Native PAGE 젤에서 isoform Cb 1에 해당되는 pI 9.5를 지닌 chitinase isoform은 오직 불친화적 상호작용에서만 확인되었다. 이온이 제거된 Triton X-100을 처리하여 renaturation 시킨 후에 SDS-PAGE 젤 상태에서 23 kDa과 26 kDa을 지닌 2개의 chitinase isoform을 확인하였다.

• Clean Technology
• /
• v.20 no.2
• /
• pp.116-122
• /
• 2014

Various types of MOFs (metal-organic frameworks) were prepared via hydrothermal and post-grafting methods and applied as catalysts for the synthesis of jasminaldehyde, one of the representative perfume intermediates, by Aldol condensation of benzaldehyde with heptanal. Although both acid and base sites could catalyze the reaction, the catalytic performance was strongly dependent on the physical properties as well as the nature of functionalization on MOFs. While the use of sulfonated MOF catalysts led to decrease of jasminaldehyde selectivity regardless of MOFs used, the selectivity change was found to rely on the MOF types in the case of the amine-functionalization. Among the catalysts tested, MIL-101 shows the best catalytic performance, which may suggest that MIL-101 has suitable acid properties to promote the Aldol condensation and the large pore of MIL-101 is also advantageous to alleviate the diffusion problem of bulky products.