• 한국균학회지
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• 제26권2호통권85호
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• pp.256-264
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• 1998

한국에서 자생하고 소나무와 외생균근을 갖는 송이에 대한 18S ribosmal DNA의 DNA 서열을 조사하였다. 4개의 지역에서 채집된 송이의 514 bp 분석결과 18S rDNA의 서열는 모두 동일하였고, 경북대학교 미생물연구실의 연구 결과와는 4 bp가 차이가 나타났다. NCBI의 BLAST search결과, T. matstake와 제일 유사한 것으로 나타났다. 분석된 514 bp의 서열비교에서는 다른 버섯균과 차이가 있는 서얼 부분을 파악하였다. 또한, 이러한 자료를 이용하여 유사도 분석에서 각각의 속에 속하는 균들은 같은 묶음을 나타내고 있으나, 과 혹은 그 이상의 단위에서의 비교는 좋은 결과가 나오지 않았다. 본 연구를 통해 외생균근의 확인 작업에 필요한 primer 제작을 위한 사전 자료를 얻었으며, 또한 조사된 염기서열도 분석할 수 있었다.

• 한국균학회지
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• 제24권2호통권77호
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• pp.155-165
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• 1996

느타리 버섯속 6종 23균주에 대한 rDNA의 ITS II 부위의 DNA 염기서 열을 비교 분석함으로서 종간 및 종내의 근연관계를 조사하였다. rDNA의 ITS II 부위를 증폭하고자 5.8S rDNA의 3'말단 부위와 285 rDNA의 5'말단 부위에 두개 프라이머를 이용하여 PCR증폭을 행하였다. 느타리버섯 6종의 게놈 DNA로 부터 ITS II 부위를 증폭한 결과 종에 따라 밴드 길이에 차이가 있었으며 ITS II 부위의 길이 차이로 느타리 버섯 6종을 구분할 수 있었다. 같은 종내 개체간 구분을 위하여 느타리 버섯 6종 23균주의 PCR 증폭 결과는 느타리버섯(P. ostreatus) ASI 2096, ASI 2025와 노랑 느타리 버섯(P. cornucopiae) ASI 2038 균주외에 동일 종내 균주의 ITS II 길이는 동일한 양상을 보였다. 느타리 버섯 6종 및 ASI 2095, ASI 2025 그리고 ASI 2038에 대한 ITS II 부위의 염기서열을 비교해 보면 염기서열의 변이가 ITS II 부위가 시작되는 부분과 말단 부분에서 주로 존재하였다. ASI 2095와 ASI 2025 균주들은 동일 종내 느타리 버섯(P. ostreatus, ASI 2001) 균주와 ASI 2038와 ITS II 부위의 DNA 염기서열에 차이를 보였다. 이들 염기서열을 기초로 하여 Neighbor program을 이용한 균주간 유연관계는 느타리 버섯(P. ostreatus), 사철 느타리 버섯(P. florida), 여름 느타리 버섯(P. cornucopiae) 그리고 맛 느타리 버섯(P. eryngii)들이, 노랑 느타리 버섯(P. cornucopiae)과 호고 느타리 버섯(P. cystidious)이 각각 서로 가까운 유연관계를 나타내었으나 ASI 2025와 ASI 2038 균주 들은 특이한 계통분지를 나타내었다.

• 한국정보처리학회:학술대회논문집
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• 한국정보처리학회 2017년도 춘계학술발표대회
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• pp.442-444
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• 2017

유전체는 생명체의 구성에 관련된 모든 정보를 포함하고 있다. 특정 종을 하나의 유전체로 표현하지만, 해당 종에 속하는 개체의 염색체는 조금씩 차이가 있어 개체별로 고유의 특성이 나타난다. 바이러스와 같이 개체 변이가 많이 일어나는 종에서는 종내에서 변이가 심할 수 있다. 종내에서 변이에 따른 특성을 파악하기 위해, 각 염기 위치별로 염기분포를 관찰하는 연구들이 진행되고 있다. 이 논문에서는 염기분포의 변화를 쉽게 분석할 수 있도록, 각 염기 위치에서의 분포변화를 시각화하는 방법을 제안하고 구현 결과를 소개한다.

• 식물분류학회지
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• 제37권2호
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• pp.115-129
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• 2007

제주도에 자생하는 희귀식물종인 황근(아욱과) 3개 집단을 대상으로 ITS 염기서열 변이와 ISSR 변이를 분석하는 방법으로 유전적 다양성을 조사하였다. 집단 1(북제주군 하도리 집단)에 포함된 18개체의 ITS 염기서열을 분석한 결과 총 14개 지점(다형 뉴클레오티드까지 포함하면 17개 지점)에서 뉴클레오티드 변이가 관측되었으며, 각 개체들은 최소 1개에서 최대 13개 뉴클레오티드 지점에서 염기서열의 차이를 보였다. 그러나 집단 2(남제주군 오조리 집단) 17개체와 집단 3(남제주군 세화리 집단) 17개체의 ITS 염기서열은 모두 동일한 것으로 확인되었다. ISSR 변이분석 방법에 의해 생산된 자료를 분석한 결과 역시, 집단 1이 집단 2와 3에 비해 상대적으로 더 높은 유전적 다양성 지표들을 나타내었다. 이와 같은 결과는 집단 2와 3의 형성 과정에서 극심한 유전적부동이 존재했었으며, 이후 인접 집단으로부터 이들 집단으로의 유전자 유입이 매우 제한적이었던 반면, 집단 1은 오랫동안 개체군이 안정적으로 유지되어왔기 때문으로 해석되었다. 우리나라에 자생하는 황근을 보존하기 위해서는 유전적 다양성이 월등히 더 높은 하도리 집단을 우선적으로 보존하는 것이 매우 중요하며, 만일 현지외 보존이 필요할 경우 하도리 집단에 포함된 개체를 집중적으로 활용하는 것이 더 효율적일 것으로 판단된다.

• 식물분류학회지
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• 제43권1호
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• pp.34-45
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• 2013

마디풀과의 물여뀌 종집단(Polygonum amphibium L. complex)은 육상 및 수중 환경 모두에 서식할 수 있는 분류군으로, 서식 환경에 따라 다양한 형태 변이를 나타내어 현재까지 많은 분류군들이 기재되어 왔다. 아시아 및 북미산 107개체로부터 측정한 11개 형태형질을 사용하여 주성분분석을 수행한 결과, 본 종집단에서 존재하는 수생형 및 육생형 개체들은 모든 지역집단에서 잎의 형태 및 크기, 엽병의 길이 등에 의해 서로 구분되는 것으로 나타났다. 그러나, 동일 개체군 또는 동일 지역내에서 채집된 수생형과 육생형 개체들은 엽록체 DNA 4개 구간(matK, psbA-trnH IGS, rbcL-accD IGS, trnL-trnF)에서 완전히 동일한 염기서열을 공유하는 것으로 밝혀져 유전적으로는 분기되지 않은 것으로 추정되며, 따라서 본 종집단에서 나타나는 생육형간의 형태적 차이는 서식지 환경에 따른 개체 변이인 것으로 판단된다. 형태분석 및 엽록체 4구간 염기서열 유합자료의 계통분석 결과, 한국, 일본, 중국, 몽골, 극동 러시아 지역 등에 분포하는 아시아산 개체들은 북미지역집단 개체들 및 유럽의 영국산 개체와 형태적, 유전적으로 뚜렷이 구분되는 것으로 밝혀졌으며, 따라서 한반도산 개체들을 포함하는 아시아 지역집단 개체들은 P. amphibium의 하나의 변종(P. amphibium var. amurense Korsh.)으로 인식하는 것이 타당한 것으로 판단된다.

• 미생물학회지
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• 제51권4호
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• pp.398-406
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• 2015

제주도에서 채집한 해양 해면 Halichondria panicea의 공생세균 군집구조를 배양에 의한 ARDRA와 비배양에 의한 DGGE 분석 방법에 의하여 조사하였다. 16S rRNA gene-ARDRA 분석을 위해 변형된 Zobell 배지와 Marine agar를 이용하여 120균주를 선별하고 제한효소, HaeIII와 MspI을 사용하여 ARDRA type을 구분하였다. ARDRA type으로부터 유래한 16S rRNA gene 염기서열 분석 결과, 알려진 세균 종과 96% 이상의 유사도를 나타내었으며 Alphaproteobacteria, Gammaproteobacteria, Bacteroidetes, Firmicutes 등 3문 4강이 관찰되었다. 그 중 Alphaproteobacteria가 우점하였다. 같은 해면, H. panicea의 DGGE 분석을 위해 total genomic DNA로부터 16S rRNA gene를 증폭하여 DGGE fingerprinting을 수행한 결과 14개의 밴드가 관찰되었다. 각 밴드의 16S rRNA gene 염기서열은 알려진 세균의 염기서열과 100%의 유사성을 나타내었으며 대부분의 염기서열은 uncultured bacteria에 속하였다. DGGE 분석으로부터 미생물의 군집은 Alphaproteobacteria, Gammaproteobacteria, Acidobacteria, Actinobacteira, Bacteroidetes, Cyanobacteria, Chloroflexi 등 6문 7강으로 나타났다. ARDRA와 DGGE 방법에 의해 Alphaproteobacteria, Gammaproteobacteria, Bacteroidetes가 공통적으로 발견되었으나 전체적인 공생세균의 군집구조는 분석방법에 따라 차이를 나타내었다. 배양에 의한 방법보다 비배양 방법에서 더 다양한 세균군집구조를 나타내었다.

• 미생물학회지
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• 제48권4호
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• pp.275-283
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• 2012

해양 해면 Asteropus simplex를 제주도에서 채집하여 배양에 의한 RFLP와 비배양에 의한 DGGE 분석 방법에 의해 세균군집 구조를 조사하였다. 16S rDNA-RFLP 분석을 위해 변형된 Zobell 배지와 MA를 이용하여 120균주를 선별하고 제한효소, HaeIII와 MspI을 사용하여 각각의 다른 RFLP 패턴으로 구분하였다. RFLP 패턴으로부터 유래한 16S rDNA 염기서열 분석결과, 알려진 세균 종과 94% 이상의 유사도를 나타내었으며 Alphaproteobacteria, Gammaproteobacteria, Actinobacteria, Bacteroidetes, Firmicutes, 5개의 문이 관찰되었다. 그 중 Gammaproteobacteria가 우점하였다. 같은 해면, A. simplex의 DGGE 분석을 위해 total genomic DNA로부터 16S rDNA를 증폭하여 DGGE fingerprinting을 수행한 결과 12개의 서로 다른 밴드가 관찰되었다. 각 밴드의 16S rDNA 염기서열은 알려진 세균의 염기서열과 90% 이상의 유사성을 나타내었으며 대부분의 염기서열은 uncultured bacteria에 속하였다. DGGE 분석으로부터 미생물의 군집은 Alphaproteobacteria, Betaproteobacteria, Gammaproteobacteria, Deltaproteobacteria, Actinobacteria, Chloroflexi, Nitrospira, 7개의 문으로 나타났다. RFLP와 DGGE 방법에 의해 Alphaproteobacteria, Gammaproteobacteria, Actinobacteria가 공통적으로 발견되었으나 전체적인 공생세균의 군집구조는 분석방법에 따른 차이를 나타내었다. 배양에 의한 방법보다 비배양 방법에서 더 다양한 세균군집구조를 나타내었다.

• 한국약용작물학회지
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• 제12권1호
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• pp.60-66
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• 2004

한국산 옻나무속 6종에 대하여 분자식물학적 방법으로 계통유연관계를 확인하기 위하여, nrDNA의 ITS 구간과 cpDNA rbcL 염기서열을 사용하여 계통분석한 결과 ITS 1의 길이는 $246{\sim}253\;bp$이었고, ITS 2는 $234{\sim}244\;bp$이었다. ITS 1의 길이는 Rhus sylvestris와 R. succedanea에서 246 bp로 가장 작았으며, R. verniciflua에서 253 bp로 가장 긴 것으로 나타났다. ITS 2의 길이는 R. verniciflua가 234 bp로 가장 짧았으며, R. trichocarpr가 244 bp로 가장 길게 나타났다. 이들 분류군의 G+C Content는 ITS 1에서는 $58.0{\sim}68.13%$의 범위를 나타냈고, ITS 2에서는 $59.75{\sim}68.46%$로 나타나 두 구간이 비슷한 비율을 보이고 있었다. ITS 1에서의 G+C content는 R. sylvestris가 58.0%로 가장 낮았으며, 가장 높은 값은 R. ambigua가 68.13%로 확인되었다. ITS 2에서는 외군인 Cotinus coggygria가 59.75%로 가장 낮았으며, R. ambigua가 68.46%로 가장 높게 나타났다. 한국산 옻나무 속에서 ITS 염기서열은 일반적으로 피자식물이 갖는 G+C content 범위 안에 포함되는 것으로 확인되었다. 한편, rbcL의 길이는 1,428 bp로 모든 종에서 동일하였다. 또한 rbcL의 G+C content는 $43.56%{\sim}43.77%$로 나타나 종간에 거의 차이가 없음을 확인하였다. 연구결과 rbcL gene은 옻나무속의 종간 계통유연관계를 해석하는데 유용하지 않았으며, ITS 1 구간의 염기서열 변이는 향후 옻나무속을 분류할 때 신속하게 분류할 수 있는 분류 marker로 이용할 수 있다고 판단되었다.

• The Korean Journal of Ecology
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• 제28권6호
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• pp.375-382
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• 2005

1970년 대 식용을 위한 양식을 목적으로 일본에서 도입된 황소개구리는 1990년대 초반까지 국내 하천과 호소 생태계에 큰 피해를 주었으나 최근 급속히 그 개체수가 줄어든 것으로 추정된다. 이번 연구에서는 황소개구리의 개체군 동태에 미치는 유전적 요인을 조사하기 위하여 국내에 서식하는 황소개구리의 유전자 분석을 실시하였다. 황소개구리 출현이 많은 전라남도 5개 지역에서 지역별로 채집한 개체의 미토콘드리아 ND1/tRNA 유전자 1,215 bp의 염기 서열을 결정하고 이를 기존에 발표된 황소개구리의 염기서열과 비교, 분석한 결과 모든 개체의 1개 위치에서 염기 변화가 발견되었다. 또한 조사한 개체 일부에서 유전자 염기 서열의 6개 위치에서의 변이가 발견되었으나 이는 1,215bp에서 극히 일부분이 변화된 것으로 유전적 변이가 일어 났다고 판단하기 어렵다. Kimura-2-parameter distance 분석에서 국내 서식 황소개구리는 $98.7%\sim100%$의 높은 유사도를 보여 종내 유전적 거리의 차이가 거의 없었으며 유전적으로 유사한 개체들이 cluster를 형성하는 Neighbor-Joining 분석 결과에서 원산지 황소개구리가 국내 서식 황소개구리의 일부와 함께 같은 cluster에 속하므로 원산지와 국내 서식 황소개구리는 유전적 차이가 적은 것을 알 수 있었다. 이러한 결과들로부터 국내에 서식하는 황소개구리는 종내 유전적 유사도가 매우 높으며 국내에 도입된 후 지역 특이적으로 유전적 분화가 거의 일어나지 않은 것을 알 수 있다.

• 농약과학회지
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• 제7권4호
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• pp.239-247
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• 2003

본 실험은 한국 논에서 발생하고 있는 물옥잠의 SU계 제초제에 대한 저항성 메카니즘을 구명하기 위하여 ALS 활성, $[^{14C}]$bensulfuron의 홉수이행 및 ALS 유전자의 DNA 염기서열을 분석하였다. 한국 논에서 광범위하게 사용 중인 6 종류의 SU 계 제초제들에 대하여 저항성이 확인되었는데, 저항성 생태형에 대한 생체중 50% 저해 제초제 농도 $(GR_{50})$는 감수성 생태형에 비하여 약 4배에서 64배까지 높았다. SU계 제초제들 에 대한 저항성 생태형의 ALS 활성은 감수성 생태형 보다 훨씬 덜 민감하게 반응하였으며, 저항성 생태형에 대한 SU계 제초제들의 $I_{50}$값은 감수성 생태형 보다 14배에서 76배까지 높게 나타났다. 생태형간 ALS 활성 차이의 원인을 구명하기 위하여 $[^{14C}]$bensulfuron의 홉수이행 차이를 조사한 결과 생태형간 뚜렷한 차이가 없는 것으로 나타났다. 그러나 저항성 및 감수성 생태형의 ALS 유전자 염기서열을 분석한 결과 저항성 생태형의 ALS 유전자 아미노산 서열 중 각각 하나의 염기치환에 의하여 168번째 threonine이 serine으로, 189번째 histidine이 arginine로, 247번째 aspartic acid가 glutamic acid로 변이 된 것이 확인되었다.