• 한국해양학회지:바다
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• 제4권4호
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• pp.363-370
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• 1999

1997년 8월 27일 전남 고흥군 외나로도 연안에 그 해 최초로 Cochlodinium polykrikoides에 의한 적조경보 발령시, 동 해역에는 형태상으로 유사하지만 크기가 다른 연쇄상의 무각 와편모조류가 공존하고 있었다. 이들의 24S rRNA 유전자 엽기서열을 분석한 경과, 염기서열의 상동성은 74.9%에 불과하여 두 총은 상이한 종인 것으로 드러났다. 또한 각 종을 분리, 배양하여 형태상의 특성을 비교 관찰한 결과, 20~35 ${\mu}m$ 내외의 큰 종은 국내에 잘 알려진 Cochlodinium polykrikoides이었으며, 12~25 ${\mu}m$ 내외의 작은 종은 아직까지 국내에 보고된 적이 없었던 Gymdinium impudicum인 것으로 밝혀졌다. 각 종의 24S rRNA 유전자 염기서열은 아직 밝혀진 적이 없어 Gcnbank에 보고하였다. 조사 당시 적조는 최고 개체수 30,000 cells $ml^{-1}$의 G. impudicum 적조였다. 본 연구에서는 광학현미경과 해부현미경으로 관찰할 수 있는 두 종의 형태상의 특성과 행동양식을 기술하였으며, Lugol용액으로 고정하여 원형이 변형된 후의 특정도 비교하여 고정시료를 통해서도 종을 구별할 수 있도록 하였다.

• 식물병연구
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• 제26권3호
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• pp.144-158
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• 2020

정량적역전사중합효소연쇄반응(quantitative reverse transcription PCR)은 정확하고 민감한 방법으로 유전자 발현분석에 사용된다. 사과 식물에서 유전자 발현 변화의 정량적 변화를 분석하기 위해, 사과 잎검은점 바이러스(Apple stem grooving virus, ASGV)에 의한 감염 동안 발현의 안정성에 대해 10개 참조유전자들(ACT, CKL, EF-1α, GAPDH, MDH, PDI, THF, UBC, UBC10 및 WD40)을 평가하였다. AGSV 감염 또는 저온 처리된 사과 식물에서의 10개 참조유전자 발현의 안정은 5가지 프로그램을 사용하여 분석하였다. ASGV 감염 사과식물의 잎 조직에서는 CKL>THFs>GAPDH>ACT 순서로 가장 안정한 유전자로 분석되었으며 WD40CKL>UBC10이고 가장 안정하지 않은 유전자는 ACT

• Pediatric Infection and Vaccine
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• 제23권2호
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• pp.149-154
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• 2016

그 동안 다양한 병원체와 가와사끼병의 관련성이 제기되어 왔으나 아직 확실한 원인으로 증명된 것은 없다. 본 증례는 가와사끼병과 폐렴미코플라스마, 인플루엔자 감염이 동시에 병발한 환자를 소개한다. 27개월 남아가 발열과 기침, 콧물 등의 증상으로 내원하였다. 외래에서 인플루엔자 A 감염을 확인하고 oseltamivir를 복용하였으나 발열이 지속되고 경부 림프절 비대, 양측성 결막 충혈, 입술의 발적과 갈라짐, 딸기혀, BCG 접종 부위의 발진을 보였다. 이에 가와사끼병으로 진단하고 면역글로불린을 정맥주사 하였다. 환아는 혈청 항미코플라스마 IgM 항체가 양성이었고 비인두 도말 중합효소 연쇄반응 검사에서 폐렴미코플라스마 양성으로 나타났다. 본 증례와 더불어 가와사끼병과의 연관성이 거론되었던 병원체들을 살펴보고 가와사끼병의 병인에 대한 가설들을 고찰하여 가와사끼병의 증상이나 관상동맥 병변이 폐렴미코플라스마와 인플루엔자 뿐 아니라 다양한 감염에서 발생할 수 있을 것으로 예상하였다.

• 응용통계연구
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• 제21권1호
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• pp.81-94
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• 2008

전달불균형 검정법(transmission and disequilibrium test)과 같은 가계중심(family-based) 검정법들은 질병 관련 유전자를 찾는 데 매우 유용한 방법으로 알려져 있다. 사례-대조군 연구와 달리 가계중심 검정법들은 집단혼합(population admixture)으로 인한 영향을 받지 않기 때문에 질병 관련 유전자와 표지자(marker) 사이의 집단 혼합으로 인한 가짜 연관성(spurious association)에 노출될 위험이 없다. 가계중심 검정법들은 대체로 표지자에 대한 부모의 유전자형(genotype) 정보를 필요로 한다. 그러나 고령층에서 발병하는 질병의 경우에는 발단자(proband) 부모의 유전자형을 구할 수 없는 상황에 종종 마주치게 된다. 본 논문에서는 이런 어려움을 극복하기 위해 부모의 유전자형 대신 질병에 노출되지 않은 발단자 형제나 자매의 유전자형을 이용한 검정법을 제안하고자 한다. 이를 위해 먼저 가능한 모든 일배체형(haplotype)에 대해 Mantel-Haenszel 형태의 통계량을 정의하고 그것에 기초한두 가지 검정통계량을 제안하였다. 모의실험 결과, 제안한 검정법은 집단 혼합으로부터 로버스트하고 유전 양식(mode of inheritance)에 관계 없이 상대위험(relative risk)이 증가함에 따라 단조적으로 증가하는 검정력을 갖는 것으로 나타났다. 제안한 검정법을 연세대학교 심혈관계질환 유전체연구센터로부터 수집한 자료에 적용하고 그 결과를 고찰하였다.

• 한국재료학회지
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• 제4권1호
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• pp.9-23
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• 1994

Multitarget bias cosputter deposition(MBCD)에 의해 저온($200^{\circ}C$)에서 NaCI(100)상에 정합$CoSi_2$를 성장시켰다. X-선회절과 투과전자현미경에 의해 증착온도와 기판 bias전압에 따른 각각 silicide의 상전이와 결정성을 관찰하였다. Metal induced crystallization(MIC) 과 self bias 효과에 의해 $200^{\circ}C$에서 기판전압을 인가하지 않은 경우에도 결정질 Si이 성장하였다. MIC현상을 이론 및 실험적으로 고찰하였다. 관찰된 상전이는 $Co_2Si \to CoSi \to Cosi_2$로서 유효생성열법칙에 의해 예측된 상전이와 일치하였다. 기판 bias전압 인가시 발생한 이온충돌에 의한 충돌연쇄혼합(collisional cascade mixing), 성장박막 표면의 in situ cleaning, 핵생성처(nucleation site)이 증가로 인하여 상전이, CoSi(111)우선방위, 결정성은 증착온도에 비해 기판bias전압에 더 큰 영향을 받았다. $200^{\circ}C$에서 기판 bias전압을 증가시킴에 따라 이온충돌에 의한 결정입성장이 관찰되었으며, 이를 이온충독파괴(ion bombardment dissociation)모델에 의해 해석하였다. $200^{\circ}C$에서의 기판 bias전압증가에 따른 결정성변화를 정량적으로 고찰하기 위해 Langmuir탐침을 이용하여 $E_{Ar},\; \alpha(V_s)$를 계산하였다.

• 미생물학회지
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• 제47권1호
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• pp.14-21
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• 2011

리보플라빈 생성효소(riboflavin synthase)는 기질인 두 분자의 6,7-dimetyl-8-ribityllumazine과 결합 후, 4-탄소 단위(4-carbon unit)의 자리 옮김 반응을 거쳐 한 분자의 리보플라빈과 한 분자의 pyrimidine 유도체를 형성하는 반응을 촉매한다. 대장균(Escherichia coli) 리보플라빈 생성효소의 아미노-말단 도메인 절반(N-terminal domain half)과 카복시-말단 도메인 절반(C-terminal domain half)은 매우 유사한 내부 자체 아미노산 서열(intra-molecular amino acid sequence)을 갖는다. 아미노-말단 영역 리보플라빈 생성효소(N-RS) 단백질의 구조와 형광 특성을 알아보기 위하여 중합효소 연쇄 반응과 위치지정 돌연변이를 통하여 10개 이상의 돌연변이 아미노-말단 리보플라빈 생성효소 단백질을 코드 하는 유전자를 증폭시켜 pQE30 벡터에 삽입한 재조합 플라스미드를 제조하여, 과발현시킨 후 분리 정제하였다. 대부분의 아미노-말단 도메인 리보플라빈 생성효소의 돌연변이 단백질들은 야생형과 같이 형광성 리간드인 6,7-dimetyl-8-ribityllumazine 혹은 리보플라빈과 결합할 수 있는 능력을 지니고 있었으나, N-RS C47D, N-RS ET66,67DQ 돌연변이 단백질의 경우는 리간드와의 결합능력이 현저히 떨어져 형광을 띠지 않았다. 대부분의 돌연변이 단백질들의 형광 세기는 야생형 단백질(N-RS wt)보다 낮았으나, N-RS C48S는 예외적으로 야생형 단백질에 비해 2배 이상의 형광세기를 가졌다. 이와 같은 결과를 바탕으로 리보플라빈 생성효소와 형광성 리간드 사이의 상호작용을 예측 할 수 있으며, N-RS C48S 돌연변이 단백질의 형광성을 활용하여 효과적으로 효소 저해제를 발굴할 수 있는 고속다중 스크리닝 법(high-throughput screening system)으로써 활용될 수 있을 것이다.

• 한국균학회지
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• 제29권1호
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• pp.34-40
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• 2001

Entomogenous fungi의 수집된 14균주를 대상으로 종내 그룹의 상호 유연관계를 분석하고자 자실체 및 불완전세대의 형태적, 배양적 특징 관찰과 RAPD 검정을 실시하였다. Paecilomyces tenuipes는 수 없이 많은 흰색 분생포자가 자실체에 불어 눈꽃모양을 나타냈으며, 곤봉형 phialides위에 구형 또는 타원형의 분생포자가 연쇄상을 이루었다. Cordyceps militaris는 담황색 자실체가 방망이 모양으로 번데기에서 형성되었으며, 불완전세대는 Verticillium으로 단생의 phialides에 구형의 분생포자가 Acremonium-type으로 부착되어 있었다. Beauveria bassiana는 자루에서 여러마디가 이어지며, 각 마디에서 1개씩 분생포자가 붙어있는 zigzag type이었다. 또한 이들의 배양에 적합한 배지는 PDA, SDAY이며, 평면과 단면구조로 Paecilomyces는 벨벳과 평탄, Cordyceps는 양모상과 중앙융기로 생육하였고, Beauveria는 벨벳에 밀가루를 뿌린 모양이었다. URP primer를 이용한 rDNA의 RAPD분석 결과 증폭된 산물의 크기는 100bp에서 2.0kb사이로 genomic DNA fragment는 $10{\sim}14$개이었다. UPGMA 분석에 의한 dendrogram 작성 결과 다양한 유전적 분화를 나타내었으며, 2개의 군으로 그룹화 하였다. P. tenuipes 그룹의 $94.8{\sim}100%$, C. militaris와 C. scarabaeicola, B. bassiana 그룹은 $54.3{\sim}$100%의 상동성을 보였다. 또한 완전세대의 자실체를 형성하는 C. militaris 그룹은 불완전세대인 P. tenuipes와 B. bassiana보다 종내의 변화의 폭이 컸으며, 종내의 세분화가 이루어졌다.

• Restorative Dentistry and Endodontics
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• 제24권1호
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• pp.13-25
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• 1999

P. endodontalis which was known to be associated with the infected root canals and periapical lesions is very difficult to detect by culture methods or traditional methods. Detection of bacteria using polymerase chain reaction(PCR) for 16S ribosomal DNA(rDNA) is fast, simple, and accurate with relatively small amount of target cells. 16S rDNA consist of conserved regions those are same to all species, and variable regions which represent species specificity. The 16S rDNA sequences of P. endodontalis and P. gingivalis were aligned and two highly variable regions were selected as a pair of species specific oligonucleotide primers for P. endodontalis. And then the pair of primers for PCR amplification was synthesized to identify P. endodontalis. The sequences of the species specific primers for the 16S rDNA of P. endodontalis were as follows ; sense primer[endo1]: 5'-CTATATTCTTCTTTCTCCGCATGGAGGAGG-3' antisense primer[endo2]: 5'-GCATACCTTCGGTCTCCTCTAGCATAT-3' In this study, for the identification of P. endodontalis without culture from the mixed clinical samples, PCR was done with species specific primers for the 16S rDNA sequences of P. endodontalis. The results were as follows : 1. The species specificity of the primers for the 16S rDNA of P. endodntalis was determined by the PCR methods. About 490bp amplicon which was specific only for P. endodntalis was produced with P. endodontalis. No amplicon was produced by PCR with other strains similar to P. endodontalis. 2. The synthesized species specific primers reacted with conventionally identified P. endodontalis which we have in conservative dentistry laboratory. 3. The identification of P. endodontalis using PCR technique with samples collected from infected root canals or periapical lesions was more sensitive than that of culture methods. 4. Seven samples revealed including P. endodontalis by PCR technique. Five of them were related with pains, two of them with sinus tract, three of them with foul odor, and three of them with purulent drainage. P. endodontalis was shown to have great relation with pains.

• Restorative Dentistry and Endodontics
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• 제24권1호
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• pp.40-48
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• 1999

This study was designed to examine the specificities of the designed primers for F. nucleatum and F. necrophorum and to compare the PCR results using clinical samples with those of the anaerobic culture method. F. nucleatum and F. necrophorum spp. are frequently isolated in infected root canals, and they are related to periapical diseases. F. nucleatum(VPI 10197) and F. necrophorum(ATCC 25286) were used as references for PCR reaction, and thirty five teeth with one canal and periapical lesion were used. The samples were cultured anaerobically and identified using Rapid ID 32A(BioMerieux Vitek, Inc., France) as biochemical battery. In the GenBank database, species-specific PCR primers(nuc1/nuc2 primers for F. nucleatum and nec1/nec2 primers for F. necrophorum) were designed from the 16S ribosomal DNA(rDNA) sequences of F. nucleatum(accession number M58683) and F. necrophorum(accession number AF044948). PCR procedures of F. nucleatum(VPI 10197) and F. necrophorum (ATCC 25286) were simulated on a computer software. Amplify(v.1.2${\beta}$ for Macintosh). 820 bps and 817 bps of nucleotides were expected, respectively. Using extracted DNAs with QiaAmp tissue kit(Qiagen co., Germany), PCR was done. The results were as follows : 1. The nuc1/nuc2 primers produced an amplicon of 820 bps and the nec1/nec2 primers produced an amplicon of 817 bps. 2. The nuc1/nuc2 primers and the nec1/nec2 primers were specific and did not react with species other than the designated ones(i.e. nuc1/nuc2 primers did not produce amplicons for F. necrophorum, and vice versa.). And the PCR products of Porphyromonas endodontalis(ATCC 35406), Porphyromonas gingivalis(ATCC 33277), Prevotella intermedia(ATCC 25611), and Prevotella nigrescens(ATCC 33563), frequently isolated in infected root canals and periapical lesions, were not amplified by the primers specific for Fusobacterium nucleatum and Fusobacterium necrophorum. 3. This method utilizing PCR could detect F. nucleatum and F. necrophorum in clinical samples, while anaerobic culture method could detect neither.

• 한국균학회지
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• 제27권6호
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• pp.415-419
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• 1999

팽이버섯 톱밥 병재배시 자실체에 발생하는 Cladobotryum varium 병원균을 재배농가에서 수집하여 관찰하였다. Cladobotryum varium 병원균은 주로 팽이버섯 재배사내에서 어린 버섯 발생 후에 버섯을 기주로 감염되는 병원균으로 초기에는 칠 균사가 부분적으로 발생되면서 자실체 전체를 피복시키고 또한 분생포자에 의해 계속 감염되는 현상으로 어린 버섯 발생시에 63%의 높은 발병율을 보였다. 이들 병정으로부터 균을 분리하여 배양적 특성을 조사한 결과 균사생육은 $25^{\circ}C$에서 17.8 mm/일로 빨랐으며, 균사의 색택은 흰색이었다. 그리고 대치 배양시 팽이버섯 균은 생육이 정지되면서 병원균이 전체적으로 피복되었다. 병원균에 대한 형태적 특징은 균사의 폭이 $3.0{\sim}4.0\;{\mu}m$로 $2{\sim}4$개의 분생자경을 형성하며 크기는 $8.5{\sim}10.0{\times}16.1{\sim}17.0\;{\mu}m$로 직립형이다. 분생포자는 사슬처럼 연쇄상으로 형성되고 1개의 격벽이 있으며 크기는 $32.8{\sim}50.4\;{\mu}m$로 타원형 또는 난형이었다. 후벽포자는 $1{\sim}4$개의 격벽이 있으며 크기는 $12.7{\sim}18.0{\times}17.7{\sim}48.1\;{\mu}m$로 팽이버섯에 발생하는 흰곰팡이병의 불완전세대를 Cladobotryum varium으로 동정하였다.