• Journal of Yeungnam Medical Science
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• 제12권2호
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• pp.237-245
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• 1995

Klebsiella pneumoniae 의 phoA 유전자를 함유하는 DNA를 plasmid pACYC184에 클로닝 하였다. 클로닝된 DNA의 크기는 4.0 kb이었으며 제한효소지도를 작성한 결과 3개의 PstI 절단부위와 4개의 PvuII 절단부위가 발견되었다. Klebsiella pneumoniae 의 phoA 유전자의 염기서열은 Escherichia coli와 매우 유사하여 80%의 유사성을 보였으며 이는 이 두 균종이 서로 유전적으로 매우 가까운 관계에 있음을 시사하였다.

• 미생물학회지
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• 제42권1호
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• pp.77-81
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• 2006

구름버섯균 KN9522로부터 분리한 Mn-peroxidase 동위효소 CVMP1, CVMP2, CVMP3 및 CVMP5를 코딩하는 게놈유전자를 분리하기 위해 4개의 동위효소 N-말단아미노산서열을 기준으로 제작한degenerate primer들이 사용되었다. 하나를 제외한 3개의 동위효소들은 그에 대응되는 염기서열 900정도 되는 PCR산물 (cmp1, cmp2 및 cmp5)을 얻었다. NCBI의 BLAST 프로그램을 사용하여 PCR산물들의 염기서열을 분석한 결과, cmp1, cmp2 및 cmp5는 구름버섯균 PRL572로부터 분리한 유전자 MPG-I (등록번호 Z30668) 및 PGV-II(등록번호 Z54279)와 유사하였다. cmp1과 cmp2는 MPG-I유전자의 염기서열과 각각 77%및 95%의 상동성을 보였고 cmp5는 PGV-II 염기서열과 88%의 상동성을 보였다. 본 실험을 통하여 저자들은 Mn-peroxidase 동위효소계의 아미노산 서열을 기준으로 제작된 degenerate primer들을 사용하여 게놈 DNA조각을 분리할 수 있었다.

• 한국가금학회지
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• 제33권4호
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• pp.249-254
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• 2006

본 연구는 재래닭의 성장 관련 유용 유전자를 검색하기 위하여, 재래닭에서 발현되는 유전자와 코니쉬에서 발현되는 유전자를 subtraction하여 cDNA library를 구축하고, 염기서열을 밝혀서 재래닭 특이 유용 유전자를 검증하고자 하였다. cDNA library에서 얻은 clone들의 염기서열을 분석하여 나타난 결과를 5개의 clone을 비교 분석하였다. Clone NDS-1(618nt)은 비록 타 종과의 상동성은 낮으나(10%) 해당 과정에서 중요한 역할을 담당하는 triosephosphate isomerase이며, Clone NDS-6(651nt)는 자에서 해당 과정에 관여하는 glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase로 여겨진다. 그러나 3가지 유전자(clone NDS-2, NDS-10, NDS-12)는 다른 유전자들과 비교하여 5.0%내외의 낮은 상동성을 보이고 고등 동물과 거의 유사성이 없으므로 재래닭 특이 성장 관련 유용 유전자일 가능성이 있다.

• 정보과학회 논문지
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• 제43권10호
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• pp.1067-1072
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• 2016

실행코드만으로 소프트웨어 간의 유사성을 비교하거나 표절을 검사하기 위해 소프트웨어만의 고유한 특징인 소프트웨어 버스마크를 이용한다. 일반적으로 소프트웨어 버스마크는 추출 방법에 따라 정적 버스마크와 동적 버스마크로 구분되고, 추출된 방법에 따라 장단점이 뚜렷하게 나타난다. 본 논문에서는 동적 분석을 이용하여 API 시퀀스 버스마크를 추출하고 실행코드 간의 유사성 검사에 이용하는 방법을 제안한다. 제안하는 동적 시퀀스 버스마크는 프로그램이 실행되는 과정에서 호출되는 모든 API 함수 및 시스템 호출을 포함하는 기존의 방법과는 다르게 실행코드 내에 정의되어 있는 API 함수만으로 구성된 API 시퀀스를 이용한다. 추출된 동적 버스마크는 프로그램의 시작에서 종료까지 호출되는 API 시퀀스이며 이를 효율적으로 비교하기 위해 서열정렬 알고리즘을 활용한 유사성 척도를 사용한다. 여러 오픈소스 소프트웨어를 비교하여 버스마크의 신뢰성과 강인성을 검증하였다. 제안하는 동적 API 시퀀스 버스마크는 실행코드의 유사성 검사에 용이하게 활용될 수 있을 것으로 기대된다.

• Applied Biological Chemistry
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• 제36권6호
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• pp.517-524
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• 1993

글루텔린은 쌀 종자단백질의 80% 수준에 이르는 산 또는 알칼리에 용해되는 가장 중요한 저장 단백질로, 분자량은 54 kDa 내외이며 22 kDa의 산성사슬과 32kd의 염기성사슬로 구성되어 있다. 지금까지 보고된 13개의 글루텔린 유전자의 염기서열로부터 유추된 단백질 서열의 다중분석에 의하여 계통발생적으로 1군에서 5군까지 5개군으로 나눌 수 있다. 각 군 상호유전자간의 염기서열과 아미노산서열의 유사성은 60%에서 90%에 이르어 이들 각 군은 매우 유사한 아미노산 조성을 보여주고 있다. 그러나 lysine 함량에 있어서는 2.5%에서 3.6%로 약간의 변화를 보여주고 있는데, 이는 argnine이 point mutation에 의하여 lysine으로 변화된 결과임을 알 수 있었다. 각 군에서의 성숙단백질과 염기성 사슬의 등전점은 각각 9.0, 10.0 내외로 매우 유사한 반면, 산성사슬은 각각 6.6, 6.7, 7.2, 8.4, 7.9의 독특한 값을 가지고 있다. 아울러 유전자 암호에서 세번째 염기가 G와 C로 끝나는 암호의 비율(fraction of G+C at synonimous site in codons: GC3s)과 유효 암호수(effective codon number, Nc), 우선 암호수(Preferred codon number)의 분석과 상관그래프는 글루텔린 유전자들의 전이효율의 차이는 거의 없어 유사한 수준으로 발현될 가능성을 제시하고 있다.

• KSBB Journal
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• 제19권1호
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• pp.42-49
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• 2004

Racemic epoxide에 대한 입체선택적 가수분해능을 가지고 있는 곰팡이, Aspergillus niger LK로부터 epoxide hydrolase (EH, EC 3.3.2.3) 유전자의 진화적 유연관계 분석을 행하였다. A. niger LK의 EH 염기서열로부터 유추한 EH 단백질 아미노산 서열은 여러 박테리아의 EH들 및 포유동물의 microsomal EH들과 유의적인 유사성을 가지고 있었으며 a/$\beta$ hydrolase fold family에 속하였다. A. niger LK의 EH 단백질의 입체구조예측은 Protein Data Bank에 수록된 lqo7의 3D 결정구조와 90.6% identity를 가지는 것으로 나타났으며 다른 EH들의 아미노산 서열비교를 행한 결과 Asp$^{192}$ , Asp$^{348}$ 및 His$^{374}$ 이 catalytic triad를 구성하고 있는 것으로 추정되었다. 여러 생물종의 EH서열을 기능적 및 구조적 domain 서열을 기초로 하여 multiple sequence alignment를 행하고 Neighbor-Joining/UPGMA method를 이용하여 계통수를 복원한 결과 다른 생물종들의 EH와의 진화거리는 서로 1.841∼2.682로 멀었으나 EH의 기능을 가지기 위한 oxyanion hole 및 a/$\beta$ hydrolase fold family의 catalytic triad는 잘 보존되고 있어 공통조상으로부터 진화되어 왔음을 알 수 있었다.

• 한국미생물·생명공학회지
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• 제38권2호
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• pp.136-143
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• 2010

국내에서 분리한 9균주의 Sorangium cellulosum로부터 중합효소연쇄반응(PCR)을 통해 polyketide synthase(PKS)의 ketosynthase(KS) domain을 암호화하는 DNA를 증폭하고, 플라스미드 벡터에 클로닝한 후, 염기서열을 결정하였다. 전체 83개의 클로닝된 DNA 조각을 분석하여 유사한 조각을 배제한 결과, 43조각이 KS domain을 암호화하는 독립된 DNA 조각으로 판명되었다. 43조각 중 32조각의 아미노산 서열이 이미 클로닝된 PKS 유전자의 아미노산 서열과 70%-100% 유사하였으며, 나머지 11 조각은 알려진 서열과 67% 이하의 상동성을 가져 새로운 PKS 유전자일 가능성이 매우 높음을 보여주었다.

• 식물조직배양학회지
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• 제24권2호
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• pp.93-97
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• 1997

Linoleic acid를 linolenic acid로 전환시키는 지방산불포화효소의 유전자(fad3)를 유채의 fad3 DNA probe를 이용한 plaque hybridization방법으로 $\lambda$ZAPII Arabidopsis thaliana cDNA expression library로부터 분리하였으며 1.8 kb-EcoRI DNA조각을 지니는 lambda clone을 pGEM7으로 subcloning하여 염기서열을 분석하였다. 그 결과로부터의 아미노산서열분석에 의하면 fad3 유전자는 open reading frame이 386개의 아미노산으로 이루어졌으며 44,075 Da의 분자량이 예측되고 있다. 엽록체의 $\omega$-3 지방산불포화효소(fad7)와 endoplasmic reticulum의 지방산불포화효소(fad2)와의 비교시 각각 70%와 58%의 유사성이 나타났다. 특히 82-151의 아미노산서열과 276-333의 아미노산지역은 보존성이 높았으며 이는 불포화지방산효소의 기능에 필수적인 지역으로 보여진다. 한편 대장균을 이용한 IPTG에 의한 Fad3단백질의 유도생성은 대장균의 생육에 독성효과를 나타내는 것으로 나타났다.

• 환경생물
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• 제21권1호
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• pp.45-51
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• 2003

지리적으로 격리되어 있는 아무르산개구리 (Rana amurensis)의 유전적인 변이를 알아보기 위하여 미토콘드리아 165 rDNA 유전자 중 401 bp 염기서열을 분석하여 비교하였다. 아무르산개구리(4개 지역집단; 한국, 중국, 몽골 및 러시아), 참개구리(2개 지역집단: 한국, 일본) 및 다른 종류의 산개구리류 미토콘드리아 165 rDNA 유전자도 함께 비교하였다. 아무르산개구리의 형태적 유사성에도 불구하고, 한국 집단은 다른 지역의 집단들과 비교하여 염기서열상의 상당한 차이를 나타났다. 본 연구에서 염기서열 분석(401 bp 분석)으로 한국산 아무르산개구리가 아종인가 아니면 독립종인지에 대하여 설명할 수는 없으나, 본 연구의 결과와 Lee et at. (1999)에 의해 연구된 한국산 아무르산개구리의 미토콘드리아 cytochrome b유전자 분석 결과가 서로 일치하는 것을 알 수 있었다. 따라서, 한국산 아무르산개구리에 대한 분류학적 위치를 종 수준에서 다시 재검토해야 할 것으로 판단되나, 보다 명확한 결과를 위해서 더 많은 지역의 개체군을 포함하여 형태학적, 생태학적 연구가 진행될 필요가 있으며, 한국산 아무르산개구리의 유전적 차이도 함께 고려해 야 할 것으로 판단된다.

• 미생물학회지
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• 제41권2호
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• pp.117-124
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• 2005

Rotifer와 병든 넙치 자어로부터 분리된 2개의 균주는 표현형적인 특성 확인 결과 Vibrio ichthyoenteri로 확인이 되었다. V. ichthyoenteri를 검출하기 위래 고감도 PCR 방법 개발을 하기 위래 V. ichthyoenteri 16S-23S rRNA intergenic spacer region(ISR)을 분석하였고, V. ichthyoenteri중 특이적 primer를 개발하였다. V. ichthyoenteri 의 ISR를 분석한 결과 1개의 다형성 ISR type서열을 포함하고 있었다. ISR서열은 길이는 348bp이며 tRNA gene을 가지고 있지 않았다. 이 서열을 가지고 이미 알려진 다른 Vibrio 종의 ISR 서열과 mutiple alignment를 수행한 결과 여러 영역에서 높은 가변성을 나타내어 가변 부위를 표적으로 하여 V. ichthyoenteri를 검출하기 위한 종 특이적 primer를 제작하였다. 제작된 primer의 특이성을 확인하기 위해 Vibrio 표준균주 19종의 genomic DNA와 분리균주 18 group에 genomic DNA 그리고 V. ichthyoenteri와 가장 유사한 서열을 가지고 있다고 알려진 Vibrio 종의 genomic DNA를 가지고 시험하였다. 그 결과 본 연구에서 제작된 종 특이적 primer를가지고 PCR 반응을 하면 V. ichthyoenteri를 검출 할 수가 있다.