• 한국컴퓨터정보학회논문지
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• 제13권3호
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• pp.35-44
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• 2008

본 논문에서는 SOA 기반의 EST 서열 주해 시스템인 SeqWeB을 제안한다. SeqWeB은 EST 서열 주해에 사용되는 8개의 분석 프로그램 (Phrap, cross_match, RepeatMasker, ICAtools, TGICL, CAP 3, Phrap, BLAST)을 웹 서비스로 제작하고, BPEL (Business Process Execution Language)을 통해 8개의 서비스를 다양한 형태로 조합한다. BPEL로 조합한 서비스들은 표준 데이터 형식으로 통신하여 통합 시 상호 운용성을 보장한다. SeqWeB은 웹 서비스와 BPEL을 통한 약 결합 방식으로 통합하여, 기존의 애플리케이션 통합 방식보다 시스템의 확장과 수정이 쉬우며 유지보수 비용이 저렴하다. 또한, SeqWeB은 다른 서비스의 컴포넌트로 사용될 수도 있다. SeqWeB을 통해 SOA가 지향하는 재사용성(Reusability)과 유연성 (Flexible)을 기반으로 기존과 다른 방식의 생물학 분야의 애플리케이션 통합방법론을 제시한다.

• Applied Biological Chemistry
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• 제45권3호
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• pp.129-133
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• 2002

키토산 분해물을 시금치와 상추에 살포하였을 때, nitrate 함량이 감소되었으며, 이러한 감소는 nitrate reductase 활성의 증가에 기인한 것으로 나타났다. 이에 따라 채소 중 질산염을 가장 많이 축적하는 채소 중 하나인 시금치의 nitrate reductase를 식물체내에 과량 발현시켜 질산염 축적을 줄이기 위한 연구를 수행하였다. 첫 단계로 시금치 mRNA로부터 RT-PCR을 이용하여 cDNA를 분리, 증폭하고 벡터에 클로닝하여 염기서열을 결정하였다. 시금치 nitrate reductase cDNA의 염기서열은 다른 식물체에서 분리된 nitrate reductase 유전자들과 상당히 높은 상동성($71{\sim}82%$)을 보였고, 이미 발표된 시금치 nitrate reductase cDNA의 염기서열과 비교하였을 때 단지 두 염기만이 달랐다.

• 미생물학회지
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• 제53권1호
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• pp.58-60
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• 2017

Halioglobus sp. RR3-57는 해수순환여과양식시스템의 생물여과조에서 순수분리되었으며, PacBio RS II 서열분석법을 이용하여 전체 유전체 서열이 해독되었다. 그 결과 길이 4,847,776 bp, G+C함량 57.5%인 염색체와 155,799 bp, 53.2%인 플라스미드로 구성된 유전체 서열을 획득하였다. 유전체 분석결과 탈질작용에 관련된 18개의 유전자와 불완전한 프로파지(prophage)로 추정되는 유전자서열이 확인되었다.

• 한국정보통신학회논문지
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• 제4권4호
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• pp.739-744
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• 2000

최근 지놈(Genome) 프로젝트를 통해 DNA 염기서열에 대한 정보가 밝혀짐에 따라 분자 수준의 유전자 정보를 다루는 기법이 활발히 연구되고 있다. 그리고 밝혀진 서열정보들의 방대함으로 미루어볼 때 이들 정보를 데이터베이스화하고 효과적인 분석을 행하기 위한 새로운 컴퓨터의 알고리즘의 개발 또한 시급한 일이다. 이러한 측면에서 본 논문에서는 분자생물학에서 매우 중요한 연구 대상으로 삼고있는 프로모터 서열과 유전자간의 연관성으로 발현되는 특징을 알아내기 위한 연관 규칙 탐사 알고리즘을 연구한다. 기존의 탐사 알고리즘은 트랜잭션 데이터를 대상으로 하지만 본 논문에서는 생물학적 데이터를 대상으로 하였기때문에 데이터의형태와 생물학적인 특성을 수용하는 변형된 연관규칙 알고리즘을 설계한다. 본 연구를 통하여 얻어진 결과는 실제 생물학적 실험대상의 후보조합을 최소화 하므로써 많은 시간과 노력 비용을 절감할 수 있다.

• 미생물학회지
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• 제36권3호
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• pp.192-195
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• 2000

백색부후균류 laccase의 아미노 말단과 카복시 말단에 잘 보존된 구리결합부위를 암 호화하는 DNA 염기서열과 상보적인 primer를 이용하여 백색부후균의 일종인 영지버섯 Gandoderma lucidum에서 laccase 유전자 단편을 분리하였다. PCR 로 증폭하여 클로닝한 1.6 Kb DNA 절편의 염기 서열을 결정하여 분석하였다. 이 DNA에는 7개의 인트론이 존재 하였으며 엑손의 염기서열과 이로부터 추정된 아미노산 서열은 Tranmetes villosa laccase(lccl)와 각각 47%, 79% 동일하였다. 기타 다른 백색부후균류의 laccase 아미노산 서 열과는 66~78% 동일하였다.

• 대한화장품학회지
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• 제31권1호
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• pp.13-16
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• 2005

미백 물질 탐색 방법으로, MC1R 발현 인자인 Mitf (microrhthalmia transcription factor)를 이용한 protein chip을 적용하였다. MC1R promoter와 Mitf 결합의 저해 인자로써, DNA 상의 결합 부위인 E-box (CATGTG)와 유사한 서열을 가진 oligomer를 사용하였고, E-box 내외부의 서열 변화에 따른 저해율 또한 측정하였다. 그 결과 DNA-Mitf 결합 저해율에 있어서, E-box 서열 내 변화를 준 oligonucleotide 경쟁자는, E-box 이외의 서열 변화를 준 경쟁자보다 낮은 수치를 보였다.

• 한국정보처리학회:학술대회논문집
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• 한국정보처리학회 2010년도 추계학술발표대회
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• pp.95-98
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• 2010

최근 차세대 시퀀싱 기술의 급속한 발전에 따라 서열 정보의 해독이 비교적 쉬워지면서 개인별 맞춤의학의 실현에 대한 기대와 관심이 높아지고 있다. 각 개인의 서열 정보 사이에는 SNP (single nucleotide polymorphism), Indel, CNV (copy number variation) 등의 다양한 유전적 구조 변이가 존재하며, 이러한 서열 정보의 부분적 차이는 각 개인의 유전적 특성 및 질병 감수성 등과 밀접한 관련을 갖는다. 본 연구에서는 차세대 시퀀싱 결과로 산출되는 수많은 짧은 DNA 서열 조각인 리드 데이터를 이용한 SNP 추출 알고리즘을 제안한다. 제안된 알고리즘에서는 레퍼런스 시퀀스의 각 위치에 대한 리드 시퀀스의 매핑 정보를 기반으로 SNP 후보 영역을 추출하며, 품질 정보 등을 활용하여 에러 발생률을 최소화한다. 또한 대규모 시퀀싱 데이터와 SNP 구조 변이 데이터의 효율적인 저장/검색을 지원하는 시각적 분석 도구를 구현하여 제안된 방식의 유용성을 검증한다.

• 생명과학회지
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• 제20권4호
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• pp.578-583
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• 2010

세균 및 진균류의 증식을 억제하는 능력이 있는 것으로 보고된 누로와 대계의 추출물을 사용하여 Mycobacterium smegmatis 및 Mycobacterium fortuitum의 증식을 억제하는 능력이 있는지를 시험하였다. 그 결과, 누로의 추출물에서는 증식억제능을 발견할 수 없었으나, 대계의 추출물에서는 뚜렷한 증식억제능이 관찰되었다. 따라서 본 연구에 사용된 대계(엉겅퀴)에 대한 분류학적 또는 진화적 분석을 수행하기 위하여 genomic DNA를 추출한 후, ITS1, 5.8S rRNA 유전자 및 ITS2를 포함하는 부분을 PCR로 증폭시켰다. PCR 산물의 염기서열을 분석한 결과, 733-bp의 염기서열이 얻어졌고, 이것을 GenBank에 등록하였다(accession number GU188570). 이렇게 얻어진 염기서열을 사용하여 BLAST analysis를 수행한 결과, 염기서열이 일치하는 생물체는 아직까지 GenBank에 보고된 적이 없고, 가장 가까운 식물들로는 귀화식물로서 전국적으로 분포하는 Carduus crispus (지느러미엉겅퀴) 및 현재까지 국내에 자생하는 것으로 보고된 적이 없는 Carduus defloratus로서 각각 3개씩의 염기가 다른 것으로 나타났다.

• 미생물학회지
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• 제49권2호
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• pp.211-214
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• 2013

비스페놀 A (BPA)는 내분비계 장애물질의 하나로서 인간에게 큰 위협이 되고 있는 물질이다. 따라서 BPA의 분석 및 제거를 위해 BPA에 대해 선택적 친화성을 보이는 특정 리간드 탐색이 요구되고 있다. 본 연구에서는 초음파 처리를 동반한 바이오패닝 기법을 이용하여 파지 표면 디스플레이 라이브러리로부터 BPA에 친화성이 높은 펩타이드 서열을 탐색하였다. BPA 입자에 대한 6라운드의 positive 스크리닝과 에펜도르프 튜브 표면 재질에 대한 negative 스크리닝 과정을 실시하였고, 이를 통해 BPA에 선택적 친화성이 높은 CysLysSerLeuGluAsnSerTyrCys (CKSLENSYC) 서열을 스크리닝하였다. 또한 확보된 서열의 선택적 친화성을 검증하기 위해 BPA와 구조가 유사한 비스페놀 F (BPF), 비스페놀 S (BPS)에 대해서 교차 친화성이 있는지 평가하였고, 앞에서 선택된 서열이 BPS, BPF에 비하여 상대적으로 BPA에 대한 친화성이 높다는 것을 확인하였다.

• 전자공학회논문지SC
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• 제43권5호
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• pp.44-59
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• 2006

DNA 컴퓨터의 계산 수준을 분자 수준으로 끌어내려 막대한 병렬성을 확보하고, 보다 효율적인 정보 처리를 가능케 해 차세대 컴퓨팅 기법으로서의 위치를 확고히 하고 있다. 그러나 DNA 컴퓨팅은 실제 실험을 통해 계산 모델 및 알고리즘을 검증하기 때문에 많은 연산 시간을 필요로 한다. 따라서 빠른 계산 모델 및 알고리즘의 검증을 위해 시뮬레이터인 NACST가 개발되었다. 그러나 NACST에 포함된 서열생성 시스템의 반복적인 연산 특징 때문에 이 또한 많은 연산시간을 필요로 하게 되었다. 따라서 시뮬레이션 시간 단축을 위한 서열생성 시스템의 효율적인 하드웨어 구조가 요구된다. 이에 본 논문은 DNA 코드 최적화 부분의 연산시간이 NACST 연산시간의 약 95% 이상을 차지한다는 점을 착안하여 DNA 서열 생성 시스템에 병렬 기법과 Pipeline 기법을 적용하였고 적합도 함수 간 연산을 공유시켜 연산의 양을 대폭 줄이고 분배해 시뮬레이션 시간을 크게 줄일 수 있는 하드웨어 구조를 제안하고 검증하였다. 실험 결과 제안된 하드웨어는 기존 소프트웨어에 비해 약 467배 이상의 연산시간 감소를 보였으며 DNA 서열 생성 성능은 기존과 동일함을 보였다.