• Korean Journal of Microbiology
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• v.53 no.1
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• pp.58-60
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• 2017

Halioglobus sp. RR3-57 was isolated from a biofilter of a seawater recirculating aquaculture system and its complete genome sequence was obtained using the PacBio RS II platform. Two circular contigs were assembled and considered as a chromosome and a plasmid (size of 4,847,776 bp and 155,799 bp, and G+C content of 57.5% and 53.2%, respectively). Genomic analysis showed RR3-57 had 18 denitrification-related genes and an incomplete prophage.

• Proceedings of the Korean Society of Developmental Biology Conference
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• 2003.10a
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• pp.65-65
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• 2003

Serotonin(5-hydroxytriptamine, 5-HT)은 biogenic amlne류 신경전달물질로써, 다양한 생리조절활성을 갖고있다. 생식과 관련된 5-HT 기능으로 최근 사정 기능의 조절 가능성이 제시되었는데, 항우울제로 흔히 사용되는 selective serotonin reuptake inhibitor(SSRI) 계 약물을 장기 투여할 때 Premature ejaculation이 개선된다는 임상적인 증거들이 보고되었다. 본 연구는 수컷 흰쥐를 사용하여 생식기관, 특히 사정과 관계되는 기관들에서의 5-HT 수용체 아형들의 유전자 발현 여부와 그 조절 기작을 조사하였다. 흰쥐 수컷의 생식장기들인 고환, 부정소, 정관, 정낭에서 사정현상에 관여하리라 추정되는 세로토닌 수용체 아형들(type 1A, 1B, 2C)의 유전자 발현을 RT-PCR과 Southern blot으로 확인하였다. SSRI(sertraline)을 흰쥐에 매일 투여하는 모델(25mg/개체, 2주간)에서 1A 아형의 발현의 경우 정낭에서는 감소하였으나 정관에서는 증가하였고, 1B 아형의 발현은 두 장기에서 공히 증가하였다. 고환 제거후 testosterone(T) 보충 실험 모델을 사용한 실험에서, 정낭에서의 1A와 1B 발현은 T 보충에 의해 감소하였고, 정관에서는 큰 변화가 없었다. 한편 고환, 정낭과 정관에서의 세로토닌 수용체 아형 1A와 1B의 발현은 사춘기의 개시와 함께 증가하였다가 이후 점차 감소하는 경향을 보였다. 본 연구 결과는 사정 현상에 있어서 말초성 세로토닌 시스템이 중요한 역할을 담당할 가능성을 시사하는 것으로써, (i) 고등 포유동물에서의 사정 기작의 조절에 대한 과학적인 이해를 증진시키고, (ⅱ) 세로토닌 수용체 아형간의 특이한 발현과 작용에 대한 이해를 통해 보다 효과적인 사정 부전 치료법 개발을 시도할 수있고, (ⅲ) ontogeny와 sex steroid 의존성에 관련된 연구 시도는 노화와 관련된 사정능력의 변화와 같은 남성과학 분야로의 접목을 기할 수 있다고 사료된다.

• Korean Journal of Microbiology
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• v.55 no.2
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• pp.174-176
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• 2019

A novel bacterium, designated strain RR4-38 (= KCTC 52651 = DSM 108068), belonging to the family Flavobacteriaceae was isolated from a biofilter in the seawater recirculating aquaculture system in South Korea. A single complete genome contig which is 3,182,272 bp with 41.9% G+C content was generated using PacBio RS II platform. The genome includes 2,829 protein-coding genes, 6 rRNA genes, 38 tRNA genes, 4 non-coding RNA genes, and 9 pseudogenes. The results will provide insights for understanding microbial activity in the seawater recirculating aquaculture system.

• Journal of Life Science
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• v.34 no.2
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• pp.128-137
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• 2024

This review discusses the pivotal role of vascular endothelial growth factors (VEGF) in angiogenesis and lymphangiogenesis, vital processes influencing vascular permeability, endothelial cell recruitment, and the maintenance of tumor-associated blood and lymphatic vessels. VEGF exerts its effects through tyrosine-kinase receptors, VEGFR-1, VEGFR-2, and VEGFR-3. This VEGF-VEGFR system is central not only to cancer but also to diseases arising from abnormal blood vessel and lymphatic vessel formation. In the context of cancer, VEGF and its receptors are essential for the development of tumor-associated vessels, making them attractive targets for therapeutic intervention. Various approaches, such as anti-VEGF antibodies, receptor antagonists, and VEGF receptor function inhibitors, are being explored to interfere with tumor growth. However, the clinical efficacy of anti-angiogenic agents remains uncertain and necessitates further refinement. The article also highlights the physiological role of VEGFs, emphasizing their involvement in endothelial cell functions, survival, and vascular permeability. The identification of five distinct VEGFs in humans (VEGF-A, VEGF-B, VEGF-C, VEGF-D, and PLGF) is discussed, along with the classification of VEGFRs as typical receptor tyrosine kinases with distinct signaling systems. The family includes VEGFR-1 and VEGFR-2, crucial in tumor biology and angiogenesis, and VEGFR-3, specifically involved in lymphangiogenesis. Overall, this review has provided a comprehensive overview of VEGF and VEGFR, detailing their roles in various diseases, including cancer. This is expected to further facilitate the utilization of VEGF and VEGFR as therapeutic targets.

• Journal of Life Science
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• v.18 no.4
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• pp.565-571
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• 2008

Due to rapid development of bioinformatics technologies, various biological data have been produced in silico. So now days complicated and large scale biodata are used to accomplish requirement of researcher. Developing visualization and annotation tool using them is still hot issues although those have been studied for a decade. However, diversity and various requirements of users make us hard to develop general purpose tool. In this paper, I propose a novel system, Genome Viewer and Annotation tool (GenoVA), to annotate and visualize among genomes using known information and multiple relation graph. There are several multiple alignment tools but they lose conserved area for complexity of its constrains. The GenoVA extracts all associated information between all pair genomes by extending pairwise alignment. High frequency conserved area and high BLAST score make a block node of relation graph. To represent multiple relation graph, the system connects among associated block nodes. Also the system shows the known information, COG, gene and hierarchical path of block node. In this case, the system can annotates missed area and unknown gene by navigating the special block node's clustering. I experimented ten bacteria genomes for extracting the feature to visualize and annotate among them. GenoVA also supports simple and rough computational annotation of new genome.

• Journal of Science and Technology Studies
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• v.14 no.2
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• pp.85-125
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• 2014

This paper explores what we call 'the problem of undone social science' by examining the lack of interests in the social, ethical, and legal issues of synthetic biology among social scientists in Korea. This new field of science, which has emerged in the twenty-first century with the promise of solving future problems of energy, food, and disease in the world, has also created a considerable degree of anxiety over the issues of bioethics, biosafety, and biosecurity. From its beginning, therefore, researchers of synthetic biology in Europe and the U.S. have sought to engage social scientists in their projects. Yet scientists and social scientists in Korea have shown no sign of working together to deal with both potential benefits and risks of synthetic biology. Why this silence? What strategic moves would be needed to overcome the structural barrier for their collaboration? Surveying the diverse methodologies developed during and after ELSI (ethical, legal, social implications) experiments, this paper aims to provide three suggestions that might make possible mutually profitable and continuously stimulating dialogues between the two worlds of science and social science: first, institutionalize the ELSI studies on any newly emerging science and technology of concern; second, explore diverse post-ELSI methodologies experimented elsewhere and develop ones that might be applicable best to the Korean situation; and third and perhaps most important, create an intellectual space and a lawful protection for social scientists to exercise their research freedom at the reasonable level and receive a fair review by their peers, not solely by funding agencies and scientific organizations.

• Annual Conference on Human and Language Technology
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• 2017.10a
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• pp.175-178
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• 2017

본 연구는 거시적 빅데이터 인문학과 미시적 언어 텍스트 검색 시스템을 구축하고, 이를 통해서 언어를 통한 문화의 역동적 변화를 시간적 순서에 따라 살펴보고자 한다. 연구의 최종적인 목표는 문화도 생물체처럼 변화하는 존재라 여기고 그 구성요소들을 연구한다는 뜻인 '문화체학(文化體學; Culturomics)'과 같은 '인문학 + 정보과학 + 사회과학' 등등의 다학문간의 융합적 연구에 있다. 이 시스템을 통해서 인류 역사의 기록인 텍스트 빅데이터를 통한 인문학적 성찰을 시각화하고 있다. 이러한 구글의 업적은 인문학과 정보기술의 융합을 통해서 인문학 자체의 지평을 넓히고, 사회과학을 변형시키고, 산업과 상아탑 사이의 관계를 재조정하는데 있다.

• 한국어정보학회:학술대회논문집
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• 2017.10a
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• pp.175-178
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• 2017

본 연구는 거시적 빅데이터 인문학과 미시적 언어 텍스트 검색 시스템을 구축하고, 이를 통해서 언어를 통한 문화의 역동적 변화를 시간적 순서에 따라 살펴보고자 한다. 연구의 최종적인 목표는 문화도 생물체처럼 변화하는 존재라 여기고 그 구성요소들을 연구한다는 뜻인 '문화체학(文化體學; Culturomics)'과 같은 '인문학 + 정보과학 + 사회과학' 등등의 다학문간의 융합적 연구에 있다. 이 시스템을 통해서 인류 역사의 기록인 텍스트 빅데이터를 통한 인문학적 성찰을 시각화하고 있다. 이러한 구글의 업적은 인문학과 정보기술의 융합을 통해서 인문학 자체의 지평을 넓히고, 사회과학을 변형시키고, 산업과 상아탑 사이의 관계를 재조정하는데 있다[1].

• Proceedings of the Korea Society of Information Technology Applications Conference
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• 2001.05a
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• pp.101-103
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• 2001

최근 셍물정보 분야에서 웹상에서 단백질과 유전자의 서열정보 및 이와 관련된 실험과 참조정보를 다른 유전체 데이터베이스 시스템과 상호교환을 위한 표준 형식으로 XML을 이용하기 시작하였다. 더불어 웹에서 데이터전송을 위한 표준 형식인 XML을 생물정보응용 분야에서 이용하기 위한 BioML을 정의하였다. 그러나 BioML에서는 서열의 소스 및 참조정보, 갱신정보와 XML문서사이의 참조정보를 포함하지 않고 있다. 따라서 이 논문에서는 BioML에서 포함하지 않는 이러한 정보를 XLink와 XPointer를 이용하여 나타낼 수 있도록 BioML을 확장하고 BioML에 포함된 서열 정보에 대한 메타정보를 RDF를 적용하여 제시하였다. 이렇게 함으로써 이질적인 생명정보데이터베이스 시스템에서 서열에 대한 복잡한 링크 정보와 서열의 변경정보를 효율적으로 교환이 가능하다.

• Proceedings of the Korean Society for Bio-Environment Control Conference
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• 1999.11a
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• pp.91-94
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• 1999

1. 가열과정과 냉각과정의 열매체 입출구 온도차는 초기에 6$^{\circ}C$이상이었으나 후기의 온도차는 3$^{\circ}C$정도로 나타났으며, 가열과정 중 상변화가 이루어지는 시간은 약 2시간, 3$0^{\circ}C$에서 상변화과정이 이루어지며, 냉각과정은 3$0^{\circ}C$에서 1차 28$^{\circ}C$에서 2차 상변화과정이 진행되는 것으로 나타났으나 30-28$^{\circ}C$에서 계속적인 상변화과정이 나타났으며 진행시간은 약 3시간으로 나타났다. 2. 축열재를 700kg 주입하여 축열성능과 방열성능을 측정한 결과 축열재의 축열량은 37,818㎉, 방열량은 36,228㎉로 나타났다. 이상의 결과로 볼 때 축열시스템의 효율은 95.8%로 나타났다.