Kim, Myung-Kyum;Jigden, Baigalmaa;Sun, Hua;Noh, Jong-Hun;Kim, Se-Young;Yang, Deok-Chun
Korean Journal of Medicinal Crop Science
/
v.16
no.1
/
pp.20-26
/
2008
Anemarrhena asphodeloides (Korean name "Ji-Mo") has been used for oriental medicinal purposes in Korea, China and Japan. In this study, 29 A. asphodeloides samples were collected including 3 certified A. asphodeloides plants and many commercially marketed A. asphodeloides products. Chloroplast trnL-F regions of the "Ji-Mo" samples were sequenced and used to identify whether the samples were genuine A. asphodeloides or not. As the result, the trnL-F sequences of all the "Ji-Mo" samples were shown to be identical and it was proven that commercially available medicinal products "Ji-Mo" are genuine A. asphodeloides. Phylogenetic tree of. A. asphodeloides using the trnL-F sequences was constructed and compared with phylogenetic tree using rubisco large subunit (rbcL) gene sequences. In these tree, A. asphodeloides was affiliated in the family Agavaceae in the order Asparagales. It is proven that trnL-F phylogenetic tree is useful to study taxonomic position of A. asphodeloides.
Animal phyla in the traditional animal phylogeny were organized into an order of increasing body plan complexity, which was based on the similarities in early embryonic stages. Molecular phylogeny mainly by 18S rRNA data provides recently re-evaluation of the traditional evolutionary scenario. The current molecular-based view of animal relationships strongly suggest the burst of two groups regraded as intermediate grades of body complexity in the traditional concept and displacement of them into higher positions in the tree. The new animal tree provides a framework within new picture of bilaterian ancestor could be drawn, and comparative developmental and genomic data to be interpreted.
To investigate molecular phylogenetic relationships and to test hypothesis of hybrid origin of Ranunculus cantoniensis (Ranunculaceae), the sequences of nrDNA and chloroplast DNA were analyzed for 8 taxa and 25 accessions including 5 accessions of outgroup. In the phylogenetic trees by analyses of maximum parsimony and maximum likelihood for ITS nrDNA sequences and combined data of psbA-trnH, rps16 and trnL sequences of cpDNA, R. cantoniensis was most closely related to R. chinensis, and then to R. taciroi and R. silerifolius. The molecular phylogenetic relationships were not congruent with the previous report that R. cantoniensis was most closely related to R. silerifolius. In the sequence analysis of ITS and psbA-trnH, rps16, trnL for R. cantoniensis and the related taxa, R. cantoniensis showed polymorphism. It supported that the polymorphism also was reported in chromosome number and karyotype of R. cantoniensis. Ranunculus cantoniensis shared the marker gene of R. chinensis and R. silerifolius in ITS, and one of R. silerifolius in cpDNA. These results supported the hypothesis that R. cantoniensis was caused by hybridization between R. chinensis and R. silerifolius based on chromosome number and karyotype, and also estimated that R. silerifolius might be of maternal origin and R. chinensis be paternal.
Several isolates were collected from apple, pepper, strawberry, cucumber and tomato having typical gray mold symptoms. All the isolates were identified as Botrytis cinerea by using morphological characteristics and PCR-RFLP method. It was difficult to analyze the phylogenetic relationship of these isolates by using ITS region, HSP60 and G3PDH because these genes were highly homologous in their nucleotide in inter-species of B. cinerea and intra-species of genus Botrytis. However, phylogenetic analysis using combined sequences (RPB2, HSP60 and G3PDH genes) clearly showed that all isolate of B. cinerea were different from Botrytis spp. Furthermore, it was also confirmed that strawberry isolate was distantly related to apple, pepper, cucumber and tomato isolates that were closely related to each other in nucleotide level.
Proceedings of the Plant Resources Society of Korea Conference
/
2018.04a
/
pp.35-35
/
2018
터리풀속(Filipendula)은 장미과(Rosaceae), 장미아과(Rosoideae)에 속하는 다년생 초본이며, 북반구 온대지역의 산지지역에 서식하며 15-20여 종이 보고되어 있고, 이 중 10여종이 한국, 중국, 일본, 타이완 등의 동아시아 지역에 분포한다. 본 연구의 목적은 DNA 염기서열 자료를 이용하여 터리풀속(Filipendula)내 종들간의 계통관계를 규명하기 위하여 본 연구를 수행하였다. 이를 위해서 11종 29개체의 터리풀속(Filipendula)샘플과 외군인 산딸기나무속(Rubus)에 속하는 3종 5개체의 샘플을 이용하였다. 추가로 Genbank에서 3속 10종 18개의 염기서열을 다운받아 비교분석에 이용하였다. 계통연구를 위하여 엽록체에 존재하는 atpF-atpH, psbK-psbI, psbA-trnH, matK, rbcL, 5개 마커와 핵에 존재하는 ITS, 총 6개 마커의 염기서열을 생산하였다. 총 52개의 샘플에 대하여 엽록체유전체 5개 마커지역은 염기서열 길이가 3,485bp였고 핵 ITS지역은 631bp였으며, 이들을 합한 염기서열 길이는 4,116bp였다. 계통분석결과, 터리풀속(Filipendula)은 단계통군을 이루었다. F. occidentalis와 F. vulgaris가 기저분류군을 이루었고 이들은 각각의 아속에 해당한다. 그리고 나머지 종들은 모두 하나의 단계통군을 이루었다. 위의 결과들은 1961년 시미즈가 본 속을 Hypogyna아속, Filipendula아속, Ulmaria아속으로 나눈 분류시스템과 일치한다. 나아가 분자계통수에서 Ulmaria아속은 크게 4개의 subclade로 구분되었다. 먼저 subclade I에는 F. vestita, F. kiraishiensis, F. tsuguwoi, F. multijiuga, F. purpurea 등 5개 종으로 구성되었다. Subclade II는 F. ulmaria 한 종으로만 구성되었다. Subclade III에는 F. glaberrima, F. koreana, F. formosa, F.camtschatica 로 구성되었으며 subclade III에는 한국에 서식하는 3종이 포함되었다. Subclade IV에는 F. rubra, F. angustiloba, F. palmata, F. intermedia 4종으로 구성되었다. 이번연구에서는 Ulmaria아속내에 4개의 subclade가 존재함이 처음으로 확인되었다.
In this study, we determined the cause of a disease outbreak in small yellow croaker(Larimichthys polyactis) in Jeju island. The major external signs in the dead fish were hemorrhage of the skin. Vibrio harveyi were isolated from a few fishes and viruses were not detected from the diseased fish. However, flukes were confirmed on the skin and we conducted molecular identification and phylogenetic analysis of the isolated parasites. The obtained 28S rRNA sequence of our specimen(Accession No. OM333244) showed the highest homology with Neobenedenia girellae, while the COI sequence of our specimen showed the highest homology with N. melleni. Further sequence analysis with other genes and morphological observation are necessary for accurate identification.
Chung, Kyong-Sook;Hoang, Nguyet;Elisens, Wayne;Oh, Byoung Un
Korean Journal of Plant Taxonomy
/
v.42
no.4
/
pp.247-252
/
2012
Seed morphology in the subtribe Agrimoniinae (Rosaceae) was examined using scanning electron microscopy to identify distinct characters and evaluate their evolution in a phylogenetic framework for five genera in the subtribe: Agrimonia L., Aremonia Neck. ex Nestl., Hagenia J.F. Gmel., Leucosidea Eckl. & Zeyh., and Spenceria Trimen. All genera have one or two mature achenes in a fruiting hypanthium. In the seed coats, the cell shape, size, wall features, and sculpturing vary across genera. Of most significance is the presence of papillae structures in both Agrimonia and Aremonia. Through the mapping of papillae features onto phylogenetic trees, either one or two changes in seed coats are hypothesized. The phylogenetic tree inferred from four nuclear and six chloroplast regions of sequence data suggests that at least two steps of papillae sculpturing on seed coats are required. On the other hand, in the phylogenetic tree of a low-copy nuclear gene, one independent evolutionary step is postulated to explain the current character states. In the latter hypothesis, the seed coat sculpturing also supports a monophyletic relationship for cosmopolitan Agrimonia and European endemic Aremonia. The seed coat sculpturing provides valuable information for inferring phylogenetic relationships at the generic level in the subtribe Agrimoniinae.
The trnL-F region islocated in the large single-copy region of the chloroplast genome. It consists of the trnL gene, the trnL intron, and the trnL-F IGS. Molecular evolution and phylogenetic relationships in Korean Thalictrum L. were investigated using data from the cpDNA trnL-F region. Bayesian and parsimony analyses of the data set with the gap characteristics recovered well-resolved trees that are topologically similar, with clades supported by some indels evolution. Indel events of cpDNA trnL-F in Korean Thalictrum were interpreted as phylogenetically informative characteristics. Sect. Physocarpum (excluding T. osmorhizoides) was an early-diverging group with in the genus and the remaining section formed strongly supported clades. Korean Thalictrum has various evolutionary patterns, such as the spatial distribution of the nucleotide diversity and transversion-type base substitutions in the trnL-F region.
Copper,zinc superoxide dismutase (Cu,Zn-SOD) plays a key role to the first antioxidant defense system against oxidative stress in diverse aerobic organisms. Due to the housekeeping action of Cu,Zn-SOD, it was reported that the structure and function have been conserved during evolution. In this study Cu,Zn-SOD from cloudy catshark Scyliorhinus torazame was subjected to phylogenetic analyses to know its evolutionary relationship in the vertebrate lineage. Molecular phylogenetic trees inferred by NJ, MP, ML and/or Bayesian analyses showed two shark species, Prionace glauca and S. torazame grouped together with high statistical supports. In general, they placed at the separated position from bony vertebrates. Thereafter, bony vertebrates composed of teleosts and birds/mammals (amniotes) formed a monophyletic group. Each teleost and amniote clade was also supported by relatively high statistical values. These phylogenetic relationships are well congruent with the phylogenetic hypothesis of the ancestral position of cartilaginous fishes to bony vertebrates.
A systematic review for Korean Liliopsida was carried out with rbcL and atpB sequence data. Congruent phylogenetic trees were obtained from two different data sets. Korean Liliopsida consists of the three orders, Asparagales, Liliales, and Dioscoreales sensu Dahlgren et al. Members of Dioscoreales were used as an outgroup for inferring relationships among Asparagales and Liliales in the molecular studies. Iridaceae showed close relationship to Asparagales both in the rbcL and atpB sequence trees rather than to Liliales. Family Nartheciaceae (previously included within Melanthiaceae s. lat.) appeared as a paraphyletic assemblage basal within Liliales, but did not show relationships to other orders. Genera of Ruscaceae (previously Convallariaceae) like Disporum, Clintonia, and Streptopus had to be transferred to Colchicaceae, Liliaceae, and Calochortaceae, respectively. A revised list of families for Korean members of Liliopsida is suggested.
본 웹사이트에 게시된 이메일 주소가 전자우편 수집 프로그램이나
그 밖의 기술적 장치를 이용하여 무단으로 수집되는 것을 거부하며,
이를 위반시 정보통신망법에 의해 형사 처벌됨을 유념하시기 바랍니다.
[게시일 2004년 10월 1일]
이용약관
제 1 장 총칙
제 1 조 (목적)
이 이용약관은 KoreaScience 홈페이지(이하 “당 사이트”)에서 제공하는 인터넷 서비스(이하 '서비스')의 가입조건 및 이용에 관한 제반 사항과 기타 필요한 사항을 구체적으로 규정함을 목적으로 합니다.
제 2 조 (용어의 정의)
① "이용자"라 함은 당 사이트에 접속하여 이 약관에 따라 당 사이트가 제공하는 서비스를 받는 회원 및 비회원을
말합니다.
② "회원"이라 함은 서비스를 이용하기 위하여 당 사이트에 개인정보를 제공하여 아이디(ID)와 비밀번호를 부여
받은 자를 말합니다.
③ "회원 아이디(ID)"라 함은 회원의 식별 및 서비스 이용을 위하여 자신이 선정한 문자 및 숫자의 조합을
말합니다.
④ "비밀번호(패스워드)"라 함은 회원이 자신의 비밀보호를 위하여 선정한 문자 및 숫자의 조합을 말합니다.
제 3 조 (이용약관의 효력 및 변경)
① 이 약관은 당 사이트에 게시하거나 기타의 방법으로 회원에게 공지함으로써 효력이 발생합니다.
② 당 사이트는 이 약관을 개정할 경우에 적용일자 및 개정사유를 명시하여 현행 약관과 함께 당 사이트의
초기화면에 그 적용일자 7일 이전부터 적용일자 전일까지 공지합니다. 다만, 회원에게 불리하게 약관내용을
변경하는 경우에는 최소한 30일 이상의 사전 유예기간을 두고 공지합니다. 이 경우 당 사이트는 개정 전
내용과 개정 후 내용을 명확하게 비교하여 이용자가 알기 쉽도록 표시합니다.
제 4 조(약관 외 준칙)
① 이 약관은 당 사이트가 제공하는 서비스에 관한 이용안내와 함께 적용됩니다.
② 이 약관에 명시되지 아니한 사항은 관계법령의 규정이 적용됩니다.
제 2 장 이용계약의 체결
제 5 조 (이용계약의 성립 등)
① 이용계약은 이용고객이 당 사이트가 정한 약관에 「동의합니다」를 선택하고, 당 사이트가 정한
온라인신청양식을 작성하여 서비스 이용을 신청한 후, 당 사이트가 이를 승낙함으로써 성립합니다.
② 제1항의 승낙은 당 사이트가 제공하는 과학기술정보검색, 맞춤정보, 서지정보 등 다른 서비스의 이용승낙을
포함합니다.
제 6 조 (회원가입)
서비스를 이용하고자 하는 고객은 당 사이트에서 정한 회원가입양식에 개인정보를 기재하여 가입을 하여야 합니다.
제 7 조 (개인정보의 보호 및 사용)
당 사이트는 관계법령이 정하는 바에 따라 회원 등록정보를 포함한 회원의 개인정보를 보호하기 위해 노력합니다. 회원 개인정보의 보호 및 사용에 대해서는 관련법령 및 당 사이트의 개인정보 보호정책이 적용됩니다.
제 8 조 (이용 신청의 승낙과 제한)
① 당 사이트는 제6조의 규정에 의한 이용신청고객에 대하여 서비스 이용을 승낙합니다.
② 당 사이트는 아래사항에 해당하는 경우에 대해서 승낙하지 아니 합니다.
- 이용계약 신청서의 내용을 허위로 기재한 경우
- 기타 규정한 제반사항을 위반하며 신청하는 경우
제 9 조 (회원 ID 부여 및 변경 등)
① 당 사이트는 이용고객에 대하여 약관에 정하는 바에 따라 자신이 선정한 회원 ID를 부여합니다.
② 회원 ID는 원칙적으로 변경이 불가하며 부득이한 사유로 인하여 변경 하고자 하는 경우에는 해당 ID를
해지하고 재가입해야 합니다.
③ 기타 회원 개인정보 관리 및 변경 등에 관한 사항은 서비스별 안내에 정하는 바에 의합니다.
제 3 장 계약 당사자의 의무
제 10 조 (KISTI의 의무)
① 당 사이트는 이용고객이 희망한 서비스 제공 개시일에 특별한 사정이 없는 한 서비스를 이용할 수 있도록
하여야 합니다.
② 당 사이트는 개인정보 보호를 위해 보안시스템을 구축하며 개인정보 보호정책을 공시하고 준수합니다.
③ 당 사이트는 회원으로부터 제기되는 의견이나 불만이 정당하다고 객관적으로 인정될 경우에는 적절한 절차를
거쳐 즉시 처리하여야 합니다. 다만, 즉시 처리가 곤란한 경우는 회원에게 그 사유와 처리일정을 통보하여야
합니다.
제 11 조 (회원의 의무)
① 이용자는 회원가입 신청 또는 회원정보 변경 시 실명으로 모든 사항을 사실에 근거하여 작성하여야 하며,
허위 또는 타인의 정보를 등록할 경우 일체의 권리를 주장할 수 없습니다.
② 당 사이트가 관계법령 및 개인정보 보호정책에 의거하여 그 책임을 지는 경우를 제외하고 회원에게 부여된
ID의 비밀번호 관리소홀, 부정사용에 의하여 발생하는 모든 결과에 대한 책임은 회원에게 있습니다.
③ 회원은 당 사이트 및 제 3자의 지적 재산권을 침해해서는 안 됩니다.
제 4 장 서비스의 이용
제 12 조 (서비스 이용 시간)
① 서비스 이용은 당 사이트의 업무상 또는 기술상 특별한 지장이 없는 한 연중무휴, 1일 24시간 운영을
원칙으로 합니다. 단, 당 사이트는 시스템 정기점검, 증설 및 교체를 위해 당 사이트가 정한 날이나 시간에
서비스를 일시 중단할 수 있으며, 예정되어 있는 작업으로 인한 서비스 일시중단은 당 사이트 홈페이지를
통해 사전에 공지합니다.
② 당 사이트는 서비스를 특정범위로 분할하여 각 범위별로 이용가능시간을 별도로 지정할 수 있습니다. 다만
이 경우 그 내용을 공지합니다.
제 13 조 (홈페이지 저작권)
① NDSL에서 제공하는 모든 저작물의 저작권은 원저작자에게 있으며, KISTI는 복제/배포/전송권을 확보하고
있습니다.
② NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 상업적 및 기타 영리목적으로 복제/배포/전송할 경우 사전에 KISTI의 허락을
받아야 합니다.
③ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 보도, 비평, 교육, 연구 등을 위하여 정당한 범위 안에서 공정한 관행에
합치되게 인용할 수 있습니다.
④ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 무단 복제, 전송, 배포 기타 저작권법에 위반되는 방법으로 이용할 경우
저작권법 제136조에 따라 5년 이하의 징역 또는 5천만 원 이하의 벌금에 처해질 수 있습니다.
제 14 조 (유료서비스)
① 당 사이트 및 협력기관이 정한 유료서비스(원문복사 등)는 별도로 정해진 바에 따르며, 변경사항은 시행 전에
당 사이트 홈페이지를 통하여 회원에게 공지합니다.
② 유료서비스를 이용하려는 회원은 정해진 요금체계에 따라 요금을 납부해야 합니다.
제 5 장 계약 해지 및 이용 제한
제 15 조 (계약 해지)
회원이 이용계약을 해지하고자 하는 때에는 [가입해지] 메뉴를 이용해 직접 해지해야 합니다.
제 16 조 (서비스 이용제한)
① 당 사이트는 회원이 서비스 이용내용에 있어서 본 약관 제 11조 내용을 위반하거나, 다음 각 호에 해당하는
경우 서비스 이용을 제한할 수 있습니다.
- 2년 이상 서비스를 이용한 적이 없는 경우
- 기타 정상적인 서비스 운영에 방해가 될 경우
② 상기 이용제한 규정에 따라 서비스를 이용하는 회원에게 서비스 이용에 대하여 별도 공지 없이 서비스 이용의
일시정지, 이용계약 해지 할 수 있습니다.
제 17 조 (전자우편주소 수집 금지)
회원은 전자우편주소 추출기 등을 이용하여 전자우편주소를 수집 또는 제3자에게 제공할 수 없습니다.
제 6 장 손해배상 및 기타사항
제 18 조 (손해배상)
당 사이트는 무료로 제공되는 서비스와 관련하여 회원에게 어떠한 손해가 발생하더라도 당 사이트가 고의 또는 과실로 인한 손해발생을 제외하고는 이에 대하여 책임을 부담하지 아니합니다.
제 19 조 (관할 법원)
서비스 이용으로 발생한 분쟁에 대해 소송이 제기되는 경우 민사 소송법상의 관할 법원에 제기합니다.
[부 칙]
1. (시행일) 이 약관은 2016년 9월 5일부터 적용되며, 종전 약관은 본 약관으로 대체되며, 개정된 약관의 적용일 이전 가입자도 개정된 약관의 적용을 받습니다.