Plasmodiophora brassicae는 십자화과 작물에 뿌리혹병을 일으키는 주요 병원균이다. 본 연구에서는 뿌리혹병균의 신속 정확한 검출을 위해서 뿌리혹병균에 대한 새로운 종 특이적 프라이머를 개발하고자 하였다. 새롭게 개발된 프라이머들은 10종의 주요 토양병원균을 비롯하여 기주인 배추 DNA와는 반응하지 않고 P. brassicae와만 반응하는 특이성을 갖고 있었다. 그 가운데 Primer ITS1-1/1-2는 민감도 검정 결과, 10 spores/ml의 DNA까지 검출이 가능함으로써, first round PCR용임에도 불구하고 이전의 검출법 보다 감도가 높고 정확한 결과를 얻었다. Quantitative real-time PCR로 분석할 경우에는 더 적은 수의 포자까지 안정적으로 검출해 낼 수 있어 새로운 P. brassicae 종 특이적 프라이머로서의 유용성을 확인할 수 있었다.
Cylindrocarpon destructans는 인삼 및 수목에 뿌리썩음병을 일으키는 토양 전염병 식물병원균이다. 신속 정확한 검출 가능성을 알아보기 위하여 종 특이적인 primer와 nested PCR 기법을 활용하여 인삼 유묘로부터 뿌리썩음 병균 C. destructans로 2차 PCR증폭을 실시한 결과 병원성이 확인된 C.destructans에서만 400bp의 종특이적 증폭산물을 얻을 수 있었다. 종 특이성 primer 와 nested PCR 기법을 이용한 인삼뿌리썩음병균 DNA에 대한 반응 민감도는 최저 약 1fg으로 나타나 단 몇 개의 포자만 존재해도 검출이 가능하였다. 또한, nested PCR 기법은 실제 이병토양에 심었을 경우에도 C.destructans 에 감염된 인삼 유묘로부터만 정확하게 병원균을 검출해 내었다. 종특이적 primer 와 nested PCR 기법을 이용한 본 연구 결과는 실제 재배농가에서 인삼 경작시 뿌리썩음병 진단에 매우 유용하게 활용될 수 있을 것으로 판단된다.
작약검은뿌리썩음병은 연작을 할 경우 현저히 발생이 증가하였으며, 태백작약 품종에 비해 의성작약 품종에서 좀 더 심한 발병을 보였다. 종구로 사용하는 뇌두를 약제에 침지시 병원균은 검출되지 않았으나 물에만 침지한 경우 병원균이 검출되었다. 연작지의 토양개량시 검은뿌리썩음병의 방제는 효과가 없었으나 다조메입제로 토양을 훈증소독할 경우 토양훈증처리구에서 주근중과 근장이 단순연작구와 비교하여 50% 정도 증가하였으며 검은뿌리썩음병의 발병율은 무처리구의 경우 40.6% 정도 발병되었으나 토양훈증처리구는 4.7% 정도로 발병되어 아주 높은 방제효과를 보였으며 종구소독과 훈증처리를 병행시 발병율은 더욱 낮아졌다.
In this study, we propose a novel approach for rapid and accurate pathogen detection by integrating Polydiacetylene (PDA) hydrogel sensors with advanced deep learning algorithms and visualization techniques. PDA hydrogel sensors exhibit a color transition in the presence of pathogens, enabling straightforward and quick pathogen detection. We developed a reliable pathogen detection system that combines deep neural network algorithms with color quantification technology for image-based analysis. This image-based system retains the ease of pathogen detection offered by PDA sensors while deriving quantified color standards to overcome the limitations of human visual assessment, enhancing reliability. This advancement contributes to public health and the development and application of pathogen detection technology.
국내 살균제 저항성 연구는 아직 초보적 수준으로 대부분의 연구가 실내에서의 살균제 저항성 균주의 검출보고에 국한하고 있다. 향후 살균제 저항성연구는 포장에서 대상 병원균 집단의 살균제에 대한 감수성 분포를 근거로 하여 그 살균제에 대한 저항성을 판별하는 기준 농도를 설정한 후 병원균주의 저항성 여부가 판정되어야 한다. 국내의 대부분의 연구가 이점을 간과하고 있기 때문에 연구자간에 저항성 기준에 차이가 있어 병원균 집단의 약제에 대한 감수성 변화를 추적하거나 해석하는데 많은 문제점이 있었다. 실내시험에서 검출된 살균제 저항성은 포장에서 감수성 및 저항성 균을 대상으로 방제효과를 조사한 후 그 저항성을 실증할 수 있어야 한다. 살균제 저항성은 실제로 농가포장에서의 약재 방제효율의 저하와 연관되어야 비로서 실용적인 의미를 갖기 때문이다. 저항성 균주에 대한 기생적 적응력의 조사는 병원균집단내의 저항성 균주들의 생존력이나 안정성을 검정하기 위하여 반드시 필요하다. 또한 살균제 저항성에 대한 장.단기적 대책을 강구하기 위하여 병원균 집단의 특정 살균제에 대한 감수성의 변화가 그 살균제를 사용하고 있거나 사용한 적이 없는 포장에서 주의 깊게 조사되어야만 한다. 이러한 연구들은 국내 살균제 저항성 문제를 해결하기 위한 기본적인 정보를 제공한다는 면에서 매우 시급한 연구과제가 되고 있다.
식품에 존재하는 병원균을 신속검출하기 위한 방법으로 LAMP와 real-time PCR 방법을 비교 평가 하였다. S. Typhimurium, L. monocytogenes, C. sakazakii의 3종에 대해 식품공전에서 권고하는 식품 종류를 선별하여 민감도를 분석하였다. S. Typhimurium에서는 11종의 식품(햄, 닭가슴살, 계란, 돼지고기, 소고기, 오리고기, 액상음료, 샐러드, 콘프레이크, 초콜릿, 사료)중 4종(햄, 돼지고기, 시리얼, 사료)에서 LAMP보다 real-time PCR에서 검출 민감도가 10배 이상 더 높았고, 6종(닭가슴살, 계란, 소고기, 오리고기, 음료, 샐러드)에서는 real-time PCR과 비슷한 수준을 그리고 초콜릿에서는 real-time PCR로는 검출되지 않았으며 LAMP로만 검출되는 결과가 나타났다. L. monocytogenes와 C. sakazakii에서는 9종 모두에서 LAMP보다 real-time PCR에서 검출 민감도가 더 높았다. 또한 L. monocytogenes에서 LAMP의 검출 민감도가 S. Typhimurium과 C. sakazakii 보다 10배 이상 낮았다. 3M MDS의 검출한계 향상을 위해 변형된 3M MDS의 민감도는 기존대비 10배 이상 증가되었다. 따라서 식품에 존재하는 병원균의 검출을 위해 식품의 구성성분에 따라 LAMP와 real-time PCR를 적절히 선택하는 것이 바람직할 것으로 생각되었다. 한편, 농축 방법을 이용해 LAMP방법의 민감도를 향상시킬 수 있음을 알 수 있었다.
갈색퍼짐병은 한국잔디(Korean lawngrass)에 발병하는 병으로 골프장이나 재배지에서 심각하게 발생하는 것으로 알려져 있다. 갈색퍼짐병 방제를 위하여 주로 화학적 방제에 의존하고 있으며 이는 토양, 수질, 생물다양성에 문제를 일으킬 수 있다. 이에 따라 본 연구는 갈색퍼짐병 방제를 위하여 선발된 균주를 이용하여 균주의 근권정착 능력, 갈색퍼짐병 병원균 억제효과와 실제 골프장에 적용하여 병원균 밀도변화를 조사하였다. 실험실 내부에서 근권 정착력 평가를 통하여 선발된 S2, 5, 8과 12 균주의 근권정착 능력을 조사한 결과 4주차까지 $6log\;cfu\;g^{-1}$ 이상으로 생물적 방제 인자의 필수조건이라 할 수 있는 근권정착 능력이 우수한 것으로 나타났다. S2, 5, 8과 12 균주를 처리하여 병원균 밀도를 조사한 결과 S8 균주의 경우 1주차에 평균 0.7에서 4주차에는 1.2로 병원균 밀도 억제효과가 가장 좋은 것으로 나타났으며 갈색퍼짐병 방제효과 또한 S8 균주가 가장 우수한 것으로 나타났다. 갈색퍼짐병 방제효과가 가장 뛰어난 S8 균주를 이용하여 실제 골프장에서 갈색퍼짐병 병원균의 밀도 억제효과를 조사한 결과 S8 균주 처리구는 무처리구에 비하여 병원균의 밀도가 이쑤시개당 1.6 이상 낮게 검출되었으며 S8 균주 처리에 의하여 병원균 밀도 감소한 것으로 판단할 수 있다.
Colletotrichum spp.는 광범위한 기주 범위를 갖는 다범성 균으로 각종 작물에 피해를 야기시키는 중요한 식물병원 진균이다. 최근 국내에서 널리 재배되고 있는 단감, 사과, 복숭아, 포도 등에 탄저병이 발생하여 많은 경제적 손실을 초래하고 있다. 탄저병 병원균의 경우 기존에는 주로 형태적 특성이나 배지상에서의 특성, 기주에 대한 병원성의 차이에 의존하여 분류를 해 왔다. 그러나 최근에는 병원균의 분류에 있어 문제점을 해결하기 위하여 분자생물학적 방법을 이용하고 있다. 최근에는 RAPD(ramdomly amplified polymorphic DNAs)와 RFLP(restriction fragment length polymorphism)의 장점만을 살린 AFLP(amplified fragment length polymorphism)기법이 유연관계 분석에 있어서 각광을 받고 있고 rDNA부위를 증폭하여 제한효소를 이용하여 다양성을 보는 방법이 많이 이용되고 있다. 이에 본 실험에서는 AFLP 기법 이용하여 단감나무에 탄저병을 일으키는 균들간에 유연관계를 밝혔다. AFLP결과에서 variation이 심하여 각각의 특징적인 band를 검출할 수 있었다. 특히 단감나무에 병해를 일으키는 탄저병 병원균 2개의 종이 복합적으로 관여하는 사실을 알 수 있었다.
Cronobacter muytjensii는 유아용 조제분유(IFP)의 잠재적 위험요인으로 중요한 식품 기인성 병원균이다. 이 연구에서는 C. muytjensii 검지를 위한 특이적 면역글로불린 G(IgG)를 개발하고, 이 anti-C. muytjensii IgG를 이용하여 간접 비경쟁 효소면역측정법(INC-ELISA)을 개발하였다. 그 결과, 새롭게 개발한 INC-ELISA 방법은 C. muytjensii에 매우 민감하고, 순수배양 시 $6.5{\times}10^3CFU/ml$의 검출한계와 유아용 조제분유에서 1 cell/25 g의 검출한계를 나타내었다. INC-ELISA 방법은 또한 C. muytjensii에 탁월한 특이성을 보이고, Cronobacter 속 외 11종의 다른 식품 기인성 병원균 계통과의 교차반응을 보이지 않았다. 이러한 결과는, 개발된 INC-ELISA 방법이 C. muytjensii에 매우 민감하고 효율적이며, 신속하고 용이한 검출을 위한 진단 키트 개발에 적용할 수 있음을 시사한다.
수입된 참외종자외 30종에서 Alternaria spp. 등 25종의 진균이 검출되었으며 박종자에서 Fusarium moniliforme 등 8종이 검출되어 공시종자중 가장 많은 종류의 진균이 분리되었다. 낙엽송종자외 5종에 약제처리한 결과 Vitathiram으로 처리된 수박종자에서 Rhynchosporium이 검출되었고 Benlate-T와 Captan을 처리한 종자에서 Alternaria spp.가 검출되었으며 무처리에서는 Alternaria spp. 등 6종의 진균이 검출되었다. 종자소독제처리에 대한 발아시험에서는 종자소독제를 사용하였을 경우 무처리나 약제처리가 거의 비슷한 발아율을 나타내고 있어 종자소독제가 종자의 발아에 미치는 영향은 없을 것으로 생각된다.
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[게시일 2004년 10월 1일]
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