• 제목/요약/키워드: 변이분석

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BERT Mask-Filling과 단백질-단백질 상호작용 모델을 이용한 SARS-CoV-2 변이 예측 알고리즘 (SARS-CoV-2 Variant Prediction Algorithm Using the Protein-Protein Interaction Model with BERT Mask-Filling)

  • 공현승
    • 한국컴퓨터정보학회:학술대회논문집
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    • 한국컴퓨터정보학회 2021년도 제64차 하계학술대회논문집 29권2호
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    • pp.283-284
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    • 2021
  • 최근 SARS-CoV-2 백신들의 예방접종이 진행됨에 따라 코로나 19 팬데믹의 종결이 예상되고 있다. 하지만 계속해서 출현 중인 변종 바이러스들은 팬데믹 종결의 위험요소로 남아있다. 본 논문에서는 사전학습된 단백질 BERT와 단백질-단백질 상호작용 모델을 활용한 SARS-CoV-2 스파이크 단백질의 변이 예측 분석 알고리즘을 제안한다. 제안하는 기술은 변이 단백질 서열의 예측과 변이 단백질과 human ACE2 수용체의 친화도에 따른 자연선택으로 이루어진다. 이를 통해 시간이 지나며 나타날 수 있는 변종 바이러스들을 시뮬레이션 할 수 있어 변종 바이러스들의 해결에 기여할 것으로 기대된다.

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한국 음나무(두릅과) 집단의 형태적 분석 (Morphological Analysis on the Kalopanax pictus (Araliaceae) of Korean Populations)

  • Jung, Sang-Duk;Hong, Jung-Hee;Bang, Kyung-Hwan;Huh, Man-Kyu
    • 생명과학회지
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    • 제14권3호
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    • pp.400-405
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    • 2004
  • 한국내 분포하는 음나무(Kalopanox pictus Nakai)의 집단간 분화를 연구하기 위해 형태적 특성을 조사하였다. 23개 형태 형질에 근거하여 지역간 분화는 현저하였다. 아홉 집단에서 138표본으로 유효한 분류학적 단위(OTU)를 표현형 유사도와 형태적 변이를 조사하였으며 주성분 분석을 실시하였다. 첫 세 주성분 요소가 전체 변이의 77.0%에 관련이 있었다. 이 중 첫 번째 주성분 요소가 전체 변이의 52%에 기여하였는데 이에 해당되는 형질은 장상복엽의 장상렬의 수, 그리고 장상렬의 폭이다. 형태적 변이에 근거한 군집분석에서 우리나라 남부와 중부지방의 두 그룹으로 나누어졌다.

운전자 특성에 따른 친환경 자동차에 대한 선호도 분석 (Eco-friendly vehicle preferences by consumer characteristics)

  • 원두환
    • 자원ㆍ환경경제연구
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    • 제23권2호
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    • pp.281-304
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    • 2014
  • 친환경 자동차의 보급을 활성화시키기 위해서는 자동차 소비자들을 분석하는 것이 필수적이다. 본 연구는 자동차 소비자들의 특성과 친환경 자동차 선호의 관계를 성별 연령 연료비 중심으로 분석하였다. 설문조사를 이용한 컨조인트법을 이용하여 응답자를 성별 연령 연료비의 기준으로 구분하여 친환경 자동차의 속성이 효용에 미치는 영향을 분석한 결과, 응답자의 특성에 따라 자동차의 속성에 대한 한계효용에 유의한 차이가 있는 것을 발견할 수 있었다. 또한 자동차의 속성이 응답자의 효용수준에 미치는 영향이 같을 지라도 보상변이로 표출될 때는 다르게 나타날 수 있고, 반대로 효용수준에 미치는 영향이 다를지라도 보상변이는 같은 수준으로 나타날 수 있다는 것을 알 수 있었다. 한계효용은 주관적인 기준이기 때문에 응답자마다 다를 수 있는 반면, 보상변이는 상충관계를 이용한 객관적인 기준이 될 수 있기 때문에 응답자 특성에 따른 실질적인 선호의 차이를 나타낼 수 있다. 보상변이에 의하면 남성과 장년이 연비가 높은 차량을 더욱 선호하는 것으로 나타났다. 고유류비 소비자는 저유류비 소비자보다 주유시간에 더욱 민감하에 반응하고, 휘발유 차량은 청년층에서 더욱 선호된다.

고도에 따른 지역별 복숭아혹진딧물 집단 변이 마커 개발 (Development of Variation Marker of Myzus persicae by Altitude)

  • 김주일;권민
    • 한국응용곤충학회지
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    • 제50권4호
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    • pp.325-333
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    • 2011
  • 기후변화에 따른 고도별 곤충의 유전 변이를 분석하고자 배추에서 복숭아혹진딧물(Myzus persicae)을 지표해충으로 변이 분석이 가능한 마커를 개발하고자 하였다. 즉, 지역의 기후가 변하면 유전자가 변동할 것이라는 가설 하에 실내에서 누대 사육된 계통을 비교집단으로 가정하고 횡성, 평창과 강릉 지역에서 고도별 5개 지역(157 m, 296 m, 560 m, 756 m, 932 m)에서 채집된 지역 집단간의 변이를 찾고자 하였다. 생태적 변이는 모든 집단에서 찾을 수가 없었고, 에스터레이즈 동위효소 분석 및 inter-simple sequence repeat (ISSR) PCR 결과에서 실내 사육 계통과 지역 집단간의 차이는 보였으나 지역 집단간의 큰 차이는 찾을 수가 없었다. 그러나 rRNA와 mtCO I 부분 염기서열을 분석하여 5개의 지역집단 내에서 internal transcribed spacer-2 (ITS-2) 와 mtCO I에 각각 한 개씩의 단일염기다형성(SNP)를 발견하였다. 이 SNP는 유전 변동 추적이 가능한 매우 유용한 마커로 사용 될 수 있다.

경계-보존 방향성 평활화를 이용한 양안 영상의 변이 추정과 중간 시점 영상의 재구성 (Edge-Preserving Directional Regularization Technique for Disparity Estimation and Intermediate View Reconstruction of Stereoscopic Images)

  • 김미현;강문기;이철희;최윤식;손광훈
    • 방송공학회논문지
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    • 제4권1호
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    • pp.59-67
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    • 1999
  • 본 논문에서는 입체 영상 시스템 중 전송단에서의 영상의 입체감 분석을 위한 변이추정 과정과 수신단에서의 중간시점영상 재구성 방식에 대해 중점적으로 연구하였다. 변이추정은 기본적으로 MAE(mean absolute error)를 최소가 되도록 하는 동시에, 블록의 변이를 각 방향에서의 영상의 벼화량에 반비례하게 평활화하는 반복적 블록 정합 방식을 제안하여 적용하였다. 수신단에서는 복원된 영상과 변이 정보를 이용하여 중간시점 영상을 재구성하였으며, 보간법(interpolation)을 사용하는 동시에 좌 또는 우영상의 가려진 영역(occlusion)에서는 좌우 영상 중 한 영상에서의 외삽법(extrapolation)을 사용하여 변이-보상 변이 전달방식으로 이를 합성하였다. 이 변이 추정 방식으로영상의 평활 영역에서 일정하게 평활화된 변이를 추정하여 변이 정보에 대한 정보량을 줄이고, 경계부분에서는 평활화 방식에서 흔히 발생하는 과평활화 문제를 해결하였다. 또한 IVR 에서는 다른 방식에 비해 영상의 경계 부분을 보존하며, occlusion 영역을 잘 살리는 특성을 보였다.

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재조합 단백질 과발현을 위한 Bacillus snbtilis 포자형성 변이주의 개발 및 특성 분석 (Development and Characterization of Sporulation Mutants for Overexpression of Recombinant Protein of Bacillus subtilis)

  • 오민규;박승환김병기
    • KSBB Journal
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    • 제9권1호
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    • pp.16-25
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    • 1994
  • Bacillus subtilis를 재조합 이종 단백질 생산 균주로 만들기 위하여 포자형성 변이주를 만들었다. 균주는 두 개의 프로테아제가 제거된 균주인 DB104로부터 spoOJ와 spoIIG 변이주를 유전자 조작법에 의해 만들고 두 개의 유전자가 모두 제거된 균주도 만들었다. 이에 목적 aprE 유전자를 삽입 벡터 형태로 만들어 integration시킨 뒤 변이주 각각의 형태적인 변화를 투과성 전자현미경으로 살펴 보았다. 각각 변이주의 모습은 이전에 보고된 것과 거의 일치하였으며 spoOJ spoIIG 이중포자변이주의 경우는 spoIIG 변이주와 더욱 닮은 것을 알 수 있었으며, 훨씬 주름진 것과 같은 투박한 세포벽 및 막을 가지고 있음을 관찰하였다. spoOJ 변이는 포자형성 빈도를 낮추고 aprE 활성을 감소시키는 반면, spoIIG 변이는 포자형성을 거의 하지 않으면서 aprE 활성에 상승효과를 가져왔다. spoOJ와 spoIIG 이중포자변이주는 spoOJ 변이의 효과는 거의 나타나지 않은채, spoIIG와 비슷한 aprE 활성을 보였다.

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코로나19에서 고혈압 치료율의 지역 간 변이요인 분석 (Interregional Variant Factor Analysis of Hypertension Treatment Rate in COVID-19)

  • 박종호;김지혜
    • 디지털융복합연구
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    • 제20권4호
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    • pp.469-482
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    • 2022
  • 본 연구의 목적은 코로나19에서 고혈압 치료율의 지역 간 변이요인을 분석하는 것이다. 이를 위해 생태학적 분석에 적합한 데이터를 2020년 질병관리청 지역건강통계, 각 지자체 코로나19 확진자 현황 자료, 국민건강보험공단, 건강보험심사평가원의 건강보험통계, 한국사회보장정보원의 복지통계, 한국교통연구원의 교통접근성 지표 자료를 수집하였다. 고혈압 치료율의 지역 간 변이와 관련 요인을 SPSS Statistics 23을 활용하여 기술통계, 상관분석을 실시하였으며, 지역 간 변이 요인을 Arc GIS를 이용하여 지리적 가중회귀분석을 실시하였다. 연구결과로 지리적 가중회귀모형의 전반적인 설명력은 27.6%였으며, 지역별로는 23.1%에서 33.4%까지 분포하는 것으로 나타났고, 고혈압 치료율에 영향을 미치는 요인으로 기초생활보장 의료급여 수급자 비율, 당뇨병 치료율, 인구10만 명당 보건기관 수가 높을수록 고혈압 치료율이 높았으며, 코로나19 확진자수, 코로나19 유행으로 감소된 신체활동 비율, 코로나19 유행으로 감소된 음주 비율이 낮을수록 고혈압 치료율이 높은 것으로 분석되었다. 이러한 결과를 기반으로 코로나19에서 고혈압 치료율의 지역 간 변이요인 분석은 효과적인 고혈압 치료율 관리 사업을 기대할 수 있을 것이며, 더 나아가 지역사회 중심의 건강증진 정책 수립에 활용될 것으로 기대된다.

우리나라 컨테이너항만의 집중도와 변이효과 분석 (An Analysis of the Concentration Ratios and the Shift Effect of Korean Container Ports)

  • 김은수;이수영
    • 한국항만경제학회지
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    • 제32권1호
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    • pp.135-149
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    • 2016
  • 우리나라 수출입 컨테이너물동량은 1995년 3,942천 TEU에서 2014년 14,601천 TEU로 증가했고, 부산항의 처리 비중은 92.4%에서 63.4%로 상당 수준 낮아졌다. 현재 우리나라 33개 무역항 중 11개 항만에서 컨테이너 전용부두가 운영되는 있으며, 2014년 항만별 컨테이너부두 시설 확보율은 심한 편차를 보이고 있다. 즉 부산항, 인천항은 각 83.3%, 48.0%로 시설 부족현상을 보이나, 광양항 196.7%, 울산항 188.8%, 군산항 583.3%, 마산항 1,666.7% 등 시설 과잉이 심각한 항만도 적지 않다. 본 연구는 허쉬만-허핀달지수(HHI)와 변이할당법을 활용하여 기존 연구와 차별적으로 5대 해외 기종점 권역별로 수출입 컨테이너화물의 항만 집중도와 변이효과를 분석하고, 우리나라 컨테이너항만의 경쟁 구도 및 항만정책 방향에 관한 시사점을 도출하였다. 분석 결과, 우리나라 컨테이너항만의 집중도는 지난 20년간 0.86에서 0.44로 완화되었으나 최근 5년간은 큰 변화가 없었다. 5대 수출입 해외 권역, 즉 극동아시아, 동남아시아, 일본, 북미 및 유럽 지역 컨테이너화물의 세부적인 항만 집중도 분석 결과, 2014년 극동아시아 0.290, 동남아시아 0.375로 가장 낮았고, 이는 전체 항만 집중도를 0.44로 낮춘 주요 원인이 되었다. 즉 아시아 수출입 물동량이 과거에 비해 국내 여러 항만에서 분산 처리되면서 우리나라 전체 컨테이너항만의 집중도를 낮추게 된 것이다. 또한 2010년 이후 컨테이너항만의 집중도는 거의 변함이 없고 북미 및 유럽항로에서는 오히려 집중도가 증가하고 있다는 것도 확인했다. 이에 정부는 컨테이너 부두시설의 효율적인 개발 및 운영 정책 수립을 위해 항만의 집중도 및 변이효과 추이를 지속적으로 모니터링할 필요가 있다. 특히 컨테이너 물동량 대비 하역능력에 충분한 여유가 있는 항만임에도 불구하고 양(+)의 변이효과가 충분히 나타나지 않을 경우, 그 원인을 정확히 규명하고 대응 방안을 모색해야 할 것이다. 향후 수출입 컨테이너 화물의 내륙 기종점별 항만 집중도나 동북아시아 항만에 대한 환적화물의 집중도 등에 관한 후속적인 연구도 진행되어야 할 것이다.

여뀌속 Tovara절 식물의 분류학적 연구 : 형태변이 분석 (A Systematic Study on Polygonum sect. Tovara (Polgonaceae) : Analysis of Morphological Variation)

  • 박종욱
    • Journal of Plant Biology
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    • 제35권4호
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    • pp.385-392
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    • 1992
  • 여뀌속 Tovara절 식물은 매우 복잡한 양상의 형태변이를 나타내기 때문에 각 분류군의 한계 및 위치 성정, 계통적 유연관계 해석에 있어 많은 혼란이 나타나고 있다. 따라서 본 연구에서는 본 절 분류군에서 나타나는 형태 변이의 양상을 수리분류학적으로 분석하여, 각 분류군의 한계를 명확히 설정하고 그 분류학적 타당성을 검토하고자 하였다. 본 절 분류군의 주요 식별형질에 대한 주성분 분석을 수행한 결과, 본 절은 형태적으로 크게 P. virginianum, P. filiforme, P. neofiliforme의 3분류군으로 구분되며, 이들은 주로 잎의 형태에 의해 식별되는 것으로 밝혀졌다. 또한 P. virginianum var. glaberrimum은 그 분류학적 타당성이 없는 것으로 나타났으며, Tovara (=Polygonum) virginiana var. kachina는 형태적으로 볼 때 P. neofiliforme의 변종으로 취급하는 것이 타당한 것으로 판명되었다. Polygonum virginianum, P. filiforme, P. neofiliforme는 그 flavonoid 조성에 있어서도 명확한 차이를 나타내며, 이러한 결과를 종합해 볼 때 이들은 각각 독립된 종으로 인식하는 것이 타당한 것으로 판단된다.

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공간통계분석에서 이상점 수정을 위한 방법비교

  • 이진희;신기일
    • 한국통계학회:학술대회논문집
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    • 한국통계학회 2003년도 춘계 학술발표회 논문집
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    • pp.275-280
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    • 2003
  • 공간 자료에서 이상점이 존재할 경우 변이도(Variogram)를 추정함에 있어 그 효과를 줄이기 위한 방법으로 로버스트(robust) 변이도를 이용한다. 그러나 이상점이 존재하는 자료분석에서 로버스트 변이도를 사용하기에 앞서 이상점을 수정한 자료를 사용하였을 경우 그 효율성 또한 좋다고 알려져 있다. 본 논문에서는 이상점이 존재하는 자료를 분석함에 있어 기존의 이상점 수정법 및 새로운 이상점 수정법의 효율성을 비교하였다.

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