• Title/Summary/Keyword: 바이오 데이터베이스 통합

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Knowledge Modeling and Database Construction for Human Biomonitoring Data (인체 바이오모니터링 지식 모델링 및 데이터베이스 구축)

  • Lee, Jangwoo;Yang, Sehee;Lee, Hunjoo
    • Journal of Food Hygiene and Safety
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    • v.35 no.6
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    • pp.607-617
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    • 2020
  • Human bio-monitoring (HBM) data is a very important resource for tracking total exposure and concentrations of a parent chemical or its metabolites in human biomarkers. However, until now, it was difficult to execute the integration of different types of HBM data due to incompatibility problems caused by gaps in study design, chemical description and coding system between different sources in Korea. In this study, we presented a standardized code system and HBM knowledge model (KM) based on relational database modeling methodology. For this purpose, we used 11 raw datasets collected from the Ministry of Food and Drug Safety (MFDS) between 2006 and 2018. We then constructed the HBM database (DB) using a total of 205,491 concentration-related data points for 18,870 participants and 86 chemicals. In addition, we developed a summary report-type statistical analysis program to verify the inputted HBM datasets. This study will contribute to promoting the sustainable creation and versatile utilization of big-data for HBM results at the MFDS.

Integrated Object Modeling for SMIL, RDF, WIDL Documents (SMIL, RDF, WIDL 문서의 통합 객체 모델링)

  • Kim, Sang-Eun;Ha, Yan;Kim, Yong-Sung
    • Journal of KIISE:Software and Applications
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    • v.28 no.1
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    • pp.14-25
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    • 2001
  • For having various applications, XML is widely used in various fields. But, there have not been proposed a system to integrate and manage XML and its applications together. In this paper, we propose methods to integrate web-based XML applications(SMIL, RDF, WIDL) and for object-oriented modeling of each DTD and document instance. We prppose and system to merge object modeling of XML applications. With the proposed integrating algorithm, we can not only easily analysis various web-based XML applications which is represented by complex tags but also generate object-oriented schema for each document and store it to OODBMS.

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Minimization of Security Policies in Database Security System applying Role-Based Access Control (역할기반 접근 제어를 적용한 데이터베이스 보안 시스템에서의 보안 정책 최소화)

  • Jung Min-A;Lee Kwang-Ho
    • Journal of the Korea Institute of Information and Communication Engineering
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    • v.9 no.6
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    • pp.1364-1370
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    • 2005
  • There are many security models for database systems using policy-based access control. RBAC (Role-based Access Control) is used for complementing MAC (Mandatory Access Control) and DAC (Discretionary Access Control) and is for performing flexibly security policies meet applied environment. We implemented the database security system that applies DAC, MAC, and RBAC to meet security requirements of users. However, security policies are constructed redundantly whenever security policies are needed to each user in this system. Even though the proposed security system can flexibly control more complicated 'read' access to various data sizes for individual users, it is obvious that there is a possibility that a new policy can be a duplication of existing policies. In this paper, we introduce the problem of policy duplication and propose the policy management module. With this proposed module, constructed policies are checked for duplication and deleted or merged with existing policies.

Evaluation of Usefulness of the Protein Drug Feature Information Filed (단백질 의약품 특성정보필드 유용성 평가)

  • Byeon, Jaehee;Choi, Yoo-Joo;Lee, Ju-Hwan;Suh, Jung-Keun
    • Journal of Internet Computing and Services
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    • v.15 no.4
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    • pp.21-31
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    • 2014
  • As the protein drug industry is growing, protein informations are indispensable for the protein drug development. NCBI and PDB in the U.S., the EMBL in Europe and the DDBJ in Japan are the representative centers for bio information and each center provides specific data for protein information. To obtain specific protein information, users are to be collect them from the service sites of each center and then combine or analyze for their purpose. To facilitate the accessibility to bio data, various R&D activities are running for development of diverse web services relevant to bio data in major data centers or small-scale projects. With the recognition of protein information as pivotal for the protein drug development, DrugBank in Canada, GDSC in the U.S. start to provide integrated informations between drugs and proteins. However, those service does not meet users' demands due to lack of diversity. In Korea, infra structures for bioinformatics are limited and the current services for protein drug information are providing only basic information of the drug including distribution data. This is a pilot study to construct a specialized service for protein drug information in Korean style breaking through the limitations of current services. This study proposed new fields for protein characterization information which had not been provided by current services and evaluated their effectiveness and usability by comparing them to the existing fields with expert survey. As a result, the newly proposed fields for protein characterization have been proven to be useful data fields for the service of protein drug information.

Development and Evaluation of an hourly SWAT-MODFLOW-PADDY Model Considering Characteristics of Submerged Paddy Fields in a Watershed (유역 내 담수 논 특성을 고려한 시단위 SWAT-MODFLOW-PADDY 모델 개발 및 평가)

  • Seoro Lee;Youn Shik Park;Jonggun Kim;Kyoung Jae Lim
    • Proceedings of the Korea Water Resources Association Conference
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    • 2023.05a
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    • pp.281-281
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    • 2023
  • 최근 급격한 기후변화와 하천수 사용량의 증가로 수문학적 변동성이 증가하면서 지표수와 지하수의 통합 관리 필요성이 증대되고 있다. 이에 따라 SWAT-MODFLOW 모델은 지표수와 지하수 간의 수문학적 상호작용을 고려한 시공간적 지하수함양량의 분포와 하천과 대수층 간의 물 교환량, 장기 유출 및 수질 거동 해석 등에 널리 사용되고 있다. 그러나 이 모델은 국내 농업 유역 내 담수 논에서의 영농활동을 고려한 시단위 유출 및 수질 예측과 지표수-지하수 통합 해석에 어려움이 있다. 우리나라의 경우 전국 농지 면적 중 논이 약 50%를 차지하고 있음에도 불구하고 아직까지 국내 담수 논 특성을 고려하여 지표수-지하수 통합 해석이 가능한 수문 모델이 개발 된 바 없다. 이에 본 연구에서는 고해상도 시강우량에 따른 담수 논에서의 증발, 침투, 관개, 배수 등 모의가 가능한 Hourly SWAT-PADDY 모듈을 개발하고, SWAT-MODFLOW 모델의 수문 프로세스와의 연계를 통해 지표수-지하수 통합 해석이 가능한 Hourly SWAT-MODFLOW-PADDY 모델을 개발하였다. Hourly SWAT-MODFLOW-PADDY 모델은 사용자가 구축한 담수 논의 입력자료(담수, 관개, 낙수 일정 등)를 기준으로 논의 담수 및 비담수 시기에 따른 시단위 물수지 해석과 이를 고려한 유출량, 수질, 지하수함양량, 하천과 대수층 간의 물 교환량 산정이 가능하다. 본 연구에서 개발 된 Hourly SWAT-MODFLOW-PADDY 모델은 국내 농업 유역에서의 지표수-지하수 통합 관리 대책 수립 방향을 제시하기 위한 도구로 활용될 수 있을 것이다. 또한, 향후 논의 관개 용수 공급원 연계를 통한 모델의 고도화 방안과 최적의 논 영농 데이터베이스가 마련된다면 보다 정량적인 물수지 해석 기반의 지표수-지하수 통합 모델링이 가능할 것으로 보인다.

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Bio Grid Computing and Biosciences Research Application (바이오그리드 컴퓨팅과 생명과학 연구에의 활용)

  • Kim, Tae-Ho;Kim, Eui-Yong;Youm, Jae-Boum;Kho, Weon-Gyu;Gwak, Heui-Chul;Joo, Hyun
    • Bioinformatics and Biosystems
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    • v.2 no.2
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    • pp.37-45
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    • 2007
  • 생물정보학은 컴퓨터를 이용하여 방대한 양의 생물학적 데이터를 처리하고 그 결과를 분석하는 학문으로서 IT의 고속성장과 맞물려 점차 그 활용도를 넓혀가고 있다. 특히 의학, 생명과학 연구에 사용되는 데이터는 그 종류도 다양하고 크기가 매우 큰 것이 일반적인데, 이의 처리를 위해서는 고속 네트워크가 바탕이 된 그리드-컴퓨팅(Grid-Computing) 기술 접목이 필연적이다. 고속 네트워크 기술의 발전은 슈퍼컴퓨터를 대체해 컴퓨터 풀 내에 분산된 시스템들을 하나로 묶을 수 있는 그리드-컴퓨팅 분야를 선도하고 있다. 최근 생물정보학 분야에서도 이처럼 발전된 고성능 분산 컴퓨팅 기술을 이용하여 데이터의 신속한 처리와 관리의 효율성을 증대시키고 있는 추세이다. 그리드-컴퓨팅 기술은 크게 데이터 가공을 위한 응용 프로그램 개발과 데이터 관리를 위한 데이터베이스 구축으로 구분 지을 수 있다. 전자에 해당하는 생물정보 연구용 프로그램들은 mpiBLAST, ClustalW-MPI와 같은 MSA서열정렬 프로그램들을 꼽을 수 있으며, BioSimGrid, Taverna와 같은 프로젝트는 그리드-데이터베이스 (Grid-Database)기술을 바탕으로 개발되었다. 본 고에서는 미지의 생명현상을 탐구하고 연구하기 위하여 현재까지 개발된 그리드-컴퓨팅 환경과 의생명과학 연구를 위한 응용 프로그램들, 그리고 그리드-데이터베이스 기술 등을 소개한다.

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Applying Intelligent Agent and Petri Net Modeling Technology to ERT Maintenance (지능형 에이전트와 페트리네트 모형화 기술을 활용한 ERP 유지보수 방법론)

  • 권오병;이재준
    • Journal of Information Technology Application
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    • v.2 no.1
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    • pp.113-137
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    • 2000
  • Even though there is no doubt that ERP(Enterprise Resource Planing) system is a prevailing solution for integrating corporate information, many companies still hesitate adopting ERP system because of a great deal of cost including maintenance cost. In special, unless consulting knowledge that is infused into process reengineering phase or adequately embedded in customized ERP system is upgraded on time, then we cannot guarantee the optimality of system performance. Hence, this paper aims to construct an ERP system that adapts itself to environmental changes that are issued by database and users. To do so, we adopt intelligent agent technology and Petri net theory. The agents autonomously cooperate each other to investigate databases and to find any exceptional changes and analyze how the changes will affect ERP performance. The dynamics of the agents are represented as Petri nets. The newly proposed ERP system is to make corresponding BPR processes maintain optimality. To show the feasibility of the proposed ERP maintenance system, logistics component is described as an illustrative example.

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Developing a B2B Integration System based on XML Database System (XML 데이터베이스 시스템을 기반으로 한 B2B 통합 시스템 개발)

  • 이정수;정상혁;주경수
    • Journal of Korea Multimedia Society
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    • v.6 no.1
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    • pp.1-14
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    • 2003
  • E-commerce requires many different types of communications and an unprecedented amount of data changes hands. The many different Platforms and systems interacting require a platform neutral standard for data exchange. One of the technologies that can fill this niche is XML, the extensible markup language established as a standard by the W3C. By being standardized and platform neutral, XML to be factor in e-commerce application and using many systems In this paper, we designed XML document that is used in transaction between corporations, and implement the B2B integration system based on XML database system. Also we use XSLT that make efficient transformation XML documents for exchanging heterogeneous XML data between corporations. So, he or she can more easily and efficiently exchange XML documents between corporations using this system.

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Application Scheme of PostgreSQL-PostGIS Server Engine based on Open Source for GIS Portal Building (GIS 포털 구축을 위한 공개 소스 기반 PostgreSQL-PostGIS 서버 엔진의 응용 설계)

  • Han, Sun-Mook;Lee, Ki-Won
    • Proceedings of the KSRS Conference
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    • 2009.03a
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    • pp.134-138
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    • 2009
  • 최근 GIS 포털에 대한 수요자 요구 사항이 증가하고 있고 기존의 웹 GIS 응용 프로그램 개발 기법과의 연계와 통합이 중요한 연구 주제로 부각되고 있다. 본 연구에서는 공개 소스인 PostgreSQL - PostGIS를 이용하여 GIS 포털 구축을 위한 응용 설계 연구를 수행하였다. PostgreSQL를 데이터베이스 시스템으로 하여 공간 질의 및 분석 기능 등 GIS 기능을 연동시키는 PostGIS는 서버 GIS 엔진으로 점점 활용 가치가 증가하고 있으나 GIS 포털에서 이를 적용한 사례는 현재까지 보고된 바가 거의 없다. 본 응용 설계는 전체 시스템 설계 보다는 주로 포털에서의 인터페이스 부분을 주로 다루고자 하며 시험 구현 프로그램의 라이브러리는 PostGIS의 C Language Interface(LIBPQ)와 OGC library를 이용하여 공간 데이터에 대한 기본 기능을 구현하였다. 본 연구를 통하여 구글, 다음, 네이버 등과 같은 일반 검색 엔진에서 경쟁적으로 제공하는 웹 맵핑 수준에서 위성영상정보와 지도정보 서비스가 보다 체계적으로 웹 GIS 기술과 연계될 수 있는 기반을 마련하고자 한다.

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Development of Multidimensional Analysis System for Bio-pathways (바이오 패스웨이 다차원 분석 시스템 개발)

  • Seo, Dongmin;Choi, Yunsoo;Jeon, Sun-Hee;Lee, Min-Ho
    • The Journal of the Korea Contents Association
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    • v.14 no.11
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    • pp.467-475
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    • 2014
  • With the development of genomics, wearable device and IT/NT, a vast amount of bio-medical data are generated recently. Also, healthcare industries based on big-data are booming and big-data technology based on bio-medical data is rising rapidly as a core technology for improving the national health and aged society. A pathway is the biological deep knowledge that represents the relations of dynamics and interaction among proteins, genes and cells by a network. A pathway is wildly being used as an important part of a bio-medical big-data analysis. However, a pathway analysis requires a lot of time and effort because a pathway is very diverse and high volume. Also, multidimensional analysis systems for various pathways are nonexistent even now. In this paper, we proposed a pathway analysis system that collects user interest pathways from KEGG pathway database that supports the most widely used pathways, constructs a network based on a hierarchy structure of pathways and analyzes the relations of dynamics and interaction among pathways by clustering and selecting core pathways from the network. Finally, to verify the superiority of our pathway analysis system, we evaluate the performance of our system in various experiments.