• Journal of the Korea Institute of Information and Communication Engineering
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• v.9 no.8
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• pp.1828-1833
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• 2005

The Integration of biological databases is critically important because of the interconnectedness of biological research. But it's not easy to integrate these databases for the different formats and designers in heterogeneous environments. So initial design is indispensable to integrate heterogeneous databases. In this paper, after we performed conceptual modeling on a popular nucleotide database, GenBank and a protein database, Swiss-Prot and integrated them by considering cross-reference. we also propose the integration system architecture called Bio-Gateway System, which can help users query closely linked information between two biological databases within one system differently from existing systems as well as query easily on condition that user knows fine condition for less effort.

• Proceedings of the Korean Information Science Society Conference
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• 2003.10b
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• pp.745-747
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• 2003

다양한 바이오 정보 데이터베이스와 분석 도구들을 효율적으로 검색하고, 개별 데이터베이스에서는 얻을 수 없는 새로운 지식을 생성하기 위해서는 통합된 형태의 정보 검색 시스템이 필수적으로 요청된다. 여기서 우리는 바이오 정보 시스템 통합을 어렵게 하는 요소들을 살펴보고, 다중 질의 수행과 확장성 등을 기준으로, 현재 서비스되고 있는 바이오 정보 통합 시스템들의 특성을 분석 비교하였다. 또한 이를 기반으로 바이오 정보 통합 시스템의 구조를 제시하였다.

• Proceedings of the Korea Contents Association Conference
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• 2014.11a
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• pp.301-302
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• 2014

질병의 발병기작과 같이 생명현상을 이해하기 위해서는 질병관점에서 생명현상을 분석하는 연구가 필요하며, 이를 지원하기 위한 질병과 관련된 임상 및 바이오 정보의 통합된 데이터베이스가 필요하다. 통합된 데이터베이스를 구축하기 위해서는 다양한 출처로부터 수집되는 다양한 임상 및 바이오 정보를 하나로 통합하여 저장 및 관리하는 기법이 필요하다. 따라서 본 논문에서는 임상 및 바이오 정보 통합 데이터베이스를 위한 범용적 임포팅 시스템을 설계하고 구현한다. 제안하는 시스템을 통해 사용자는 다양한 출처로부터 수집되는 임상 및 바이오 정보를 데이터 형태에 상관없이 하나의 통합 데이터베이스에 입력할 수 있다.

• Proceedings of the Korea Information Processing Society Conference
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• 2001.10a
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• pp.69-72
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• 2001

유전체 연구를 위해 구축된 바이오 데이터베이스는 해당 프로젝트의 목적에 따라 서로 다른 주체에 의해 독립적으로 구축되어 왔다. 그러나 바이오 데이터의 효과적인 판용을 위해서는 그러한 이질적인 바이오 데이터베이스의 정보를 상호 연계하여 분석한 필요성이 높아지고 있다. 본 논문에서는 대표적인 핵산 데이터베이스인 GenBank와 단백질 데이터베이스인 SWISS-PROT, 문헌 데이터베이스인 PubMed의 데이터 구조를 개체-관련성 도표로 각각 모델링한 후 합병하여, 핵산-단백질-문헌자료로 연계되는 정보를 통합 서비스할 수 있는 모델과 시스템 구조를 제시한다.

• The KIPS Transactions:PartD
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• v.11D no.4
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• pp.755-764
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• 2004

Recently, the rapid development of biotechnology brings the explosion of biological data and biological data host. Moreover, these data are highly distributed and heterogeneous, reflecting the distribution and heterogeneity of the Molecular Biology research community. As a consequence, the integration and interoperability of molecular biology databases are issue of considerable importance. But, up to now, most of the integrated systems such as link based system, data warehouse based system have many problems which are keeping the data up to date when the schema and data of the data source are changed. For this reason, the integrated system using web service technology that allow biological data to be fully exploited have been proposed. In this paper, we built the integrated system if the bio sequence information bated on the web service technology. The developed system allows users to get data with many format such as BSML, GenBank, Fasta to traverse disparate data resources. Also, it has better retrieval performance because the retrieval modules of the external database proceed in parallel.

• Proceedings of the Korea Contents Association Conference
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• 2014.11a
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• pp.299-300
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• 2014

생명과학분야에서는 생명현상을 이해하기 위해 신호 전달 네트워크에 대한 연구가 진행되고 있다. 하지만 신호전달 네트워크와 임상 정보를 결합하여 질병관점에서 신호 전달 네트워크를 통합하고 결합하는 관점의 연구가 부족하다. 따라서 본 논문에서는 빅데이터 기술을 활용하여 임상 및 신호전달 정보를 연계 분석할 수 있는 시스템을 구축하고자 빅데이터 분석을 위한 임상 및 바이오 정보 통합 데이터베이스를 설계한다. 설계한 임상 및 바이오 정보 통합 데이터베이스는 빅데이터 분석 기술을 적용한 확장 분석 기법 및 통합 분석 시스템 개발에 활용할 수 있다.

• Proceedings of the Korea Information Processing Society Conference
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• 2005.05a
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• pp.31-34
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• 2005

최근 국, 내외에서 생물정보학 데이터베이스 구축이 활발히 진행되어 왔고, 각 바이오 정보 시스템의 데이터 통합 연구가 진행 중이다. 대표적인 바이오 데이터베이스 시스템인 GenBank, DDBJ, EBML 등은 같은 의미의 데이터라 하더라도 각 시스템의 내부 데이터 구조 및 데이터 표현 형식이 상이하여 통합에 어려움이 따른다. 이를 해결하기 위해 통합 데이터 형식을 지원하는 웹 서비스 기반 데이터 통합 방식이 제안되고 있다. 현재 국내 웹 서비스 기반의 바이오 정보 제공 사이트들은 SOAP을 이용한 단순 메시지 전달 기법으로 초보적인 단계라 할 수 있다. 본 논문에서는 SOAP을 이용한 단순한 메시지 전달 기법만이 아닌 레지스트리 서버 검색을 통해 서비스 제공자를 찾고, WSDL문서를 분석한 후 사용자에게 검색 메소드를 제공함으로써 빠르고 정확한 서비스를 제공하여 기존에 구축된 시스템의 단점을 보완한다. 또한 상이한 스키마로 이루어진 데이터들을 효과적으로 통합하기 위해 온톨로지를 이용한 웹 서비스 기반 바이오 정보 시스템을 제안하고 구현한다.

• Proceedings of the Korea Information Processing Society Conference
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• 2010.11a
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• pp.189-192
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• 2010

분자 생물학을 통한 연구가 심화되면서, 생물학 정보는 기하급수적으로 늘어나고 있다. 그에 따라 바이오메디컬(생물학, 의학) 관련 논문들의 출판 및 등록 건수도 해마다 증가하고 있다. 그러나 바이오메디컬 문서들에서 유용한 정보를 추출하는 기술은 이러한 분야의 전문가 큐레이터(curator)에 의존한 경우가 많아서, 그 작업의 속도와 양적인 면에서 한계를 가지고 있다. 이러한 이유 때문에 바이오메디컬 문서를 기계학습을 통하여 분석하는 기법이 도입되기 시작하였다. 아직까지는 기계학습을 이용하여 구축된 데이터베이스가 소수에 불과하지만, 점차 증가하는 추세에 있다. 이러한 현 추이를 분석하고 향후의 추세를 예측하고자 텍스트마이닝 기술이 생물학과 의학 분야에서 어떻게 사용되며, 그 정보들이 어떻게 관리되는지 연구, 조사 하게 되었다. 현재 바이오메디컬 관련 데이터베이스들이 여러 기관 및 단체에 의해 구축 및 관리되고 있으며, 국가적인 프로젝트로서 이러한 데이터베이스들을 통합하는 과정을 진행하고 있다. 이처럼 국가기관의 주도하에 데이터베이스를 통합하여 관리하고자 하는 노력들이 계속되고 있어, 앞으로는 바이오메디컬 자료들을 검색하기가 보다 용이해질 것으로 생각된다. 텍스트마이닝을 이용하여 바이오메디컬 정보들을 추출하는 기술은 초기에는 공동 발생(co-occurence)과 같이 단순한 통계적 방법을 이용하였지만, 최근에는 다른 문서에서 추출된 정보와 기존의 정보들을 연계하여 새로운 정보를 추출해 내는 기법이 확산되고 있음을 알 수 있었다.

• Proceedings of the Korean Information Science Society Conference
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• 2004.10b
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• pp.262-264
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• 2004

OMIM이나 MedLine과 같은 바이오 정보를 포함한 대규모의 데이터베이스에서의 바이오 정보검색이나 추출은 단계별 처리가 상호적인 운용에 의한 것이 아니라 수동 또는 Perl script에 의한 것이 대부분이다. 바이오정보(bio-information)의 효과적 추출과 유추를 위해서는 현재 상이한 스키마로 이루어진 다양한 데이터베이스들 간의 이질적 데이터(heterogeneous data)를 체계적이고 효율적으로 통합하는 표준 방안이 필요하다. 이를 위해서는 서로 다르게 표현된 다양한 개념간의 관계를 표현하는 지식체계가 필요하다. 본 연구에서는 이러한 지식체계인 온톨로지(ontology)와 자원 메타정보(metadata)를 표현하기 위한 국제적 표준안으로 대두되고 있는 시맨틱 웹(semantic web)에서 제공하는 온톨로지, 메타정보, 스키마 통합 안을 발전적으로 적용하여 이질적 바이오 정보의 효율적 통합처리 방안을 제시하고자 하였다.

• Digital Contents
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• no.3 s.82
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• pp.30-35
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• 2000

데이터를 보다 효과적으로 운영하기 위해 다양한 시도가 계속되고 있다. 그 핵심은 바로 일관되고 통합된 데이터베이스를 확보하는 것이다. 이는 영업이나 마케팅을 비롯해, 일반적인 관리에 이르기까지 모든 조직의 업무를 보다 능률적이고 효과적으로 수행하기 위한 것이다. 특히 회사간 M&A가 빈번하게 이뤄지고, 유사한 프로그램들이 지속적으로 설치되고 있으며, 관련 업체들끼리 다양한 협력관계를 체결하게 되면서 이러한 요구사항은 더욱 중요시되고 있다. 데이터에 진정한 가치를 부여하기 위한 하나의 요건으로 받아들여지고 있는 통합 데이터베이스 구축의 필요성과 방법을 검토해보자.