• 한국미생물·생명공학회지
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• 제31권2호
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• pp.191-196
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• 2003

본 연구는 김치로부터 분리한 젖산균의 다양성과 항균성을 조사하기 위하여 수행되었다. 희석한 김치 국물을 CaCO$_3$가 첨가된 MRS 고체 배지에 도말 한 후, $25^{\circ}C$에서 2일 동안 배양하여 여러 가지 김치로부터 27가지의 젖산균을 분리하였다. 이렇게 분리한 젖산균들을 Bergey 분류법과 BPB 배지를 통한 생화학적인 방법과 16S rDNA PCR을 이용한 분자 생물학적인 방법으로써 분석하였다. 그러나 이들 방법으로 분석한 결과가 일치하지 않은 경우가 많았다. 이들 분리 젖산균은 16S rDNA 부분 염기서열을 결정한 결과 Leuconostoc mesenteriodes(11균주), Leu. carnosum(3균주), Lactobacillus curvatus(8균주), Lac. pentosus(2균주), Weisselia kimchi(1균주), W. cibaria(1균주), Pediococcus pentosaceus(1균주) 등의 것과 각각 매우 유사한 것으로 분석되었다. 이들중 Leu. carnosum은 이전에 김치에서 분리되었다고 보고된 바가 없다. 그리고 이들 김치에서 분리 동정한 균들의 항균작용 활성을 검사 해 본 결과 균주에 따라서 활성의 정도는 다르게 나타났으나 Bacillus subtilis, Escherichia coli, Salmonella enteritidis, S. paratyphica, S. typhi, Staphylococcus aureus, Shigella boydii, S. sonnei 등에 대해 뚜렷한 항균효과를 나타내었다.

• 대한의생명과학회지
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• 제5권2호
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• pp.213-217
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• 1999

임상검체에서 분리되는 병원균을 주기적으로 분석하고 이에 대한 항균제 감수성의 변화 양상을 파악하는 것은 임상에서의 적절한 항균제의 선택이나 내성균의 감독과 조절을 위해 필수 적이라 할 수 있다. 저자들은 충북대학병원에 1996년 1년간 내원 환자의 미생물 배양 검사에서 분리, 동정된 1,689균주중 Gram양성인 542균주의 분리 빈도 및 주요 균종에 대하여 항생제 감수성 양상을 조사하였다. Gram 양성 균종은 S. aureus, S. pneumoniae, S. epidermidis, S. hemolyticus, coagulase negative Staphylococcus (CNS), Enterococcus faecalis 순으로 분리되었다. 한편, 항생제 감수성 시험 결과 S. aureus의 항생제 감수성은 penicillin과 gentamicin에 대한 저항성이 현저히 높았으며, teicoplanin 과 vancomycin (MIC$_{50}$ $\mu\textrm{g}$/ml)에 감수성이 높은 것으로 나타났다. CNS의 경우도 S. aureus와 대동소이 한 결과를 보였으나, S. epidermidis의 경우에는 ciprofloxacin과 clindamycin에 감수성 이 높은 것으로 나타났다. Enterococcus spp.는 vancomycin, penicillin, tetracycline 등에 저항성이 매우 높았으며, 검사한 모든 항생제에 대하여 대부분의 감수성이 zig-zag pattern을 보였다.

• 미생물학회지
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• 제41권3호
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• pp.201-207
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• 2005

유류에 의해 오염된 토양으로부터 난분해성 물질인 phenanthrene을 유일한 탄소원과 에너지원으로 이용하며 성장하는 균주들을 분리한 후, 그중에서 분해능이 가장 우수한 균주를 선별하여 HS362라고 명명하였다. HS362는 생화학적 검사로는 Sphingomonas paucimobilis와, 16S rDNA 염기서열 분석으로는 Sphingomonas CF06과 가장 유사한 것으로 나타났고, 지방산분석 결과도 그람음성 간균인 Sphingomonas 속으로 판명되었으므로 Sphingomonas sp. HS362라고 명명하였다. 이 균은 500 ppm의 phenanthrene을 단일 탄소원으로 첨가한 경우, 10일 만에 $98{\%}$ 이상을 분해하였고,3000 ppm의 phenanthrene이 첨가된 경우에도 10일 만에 약$30{\%}$ 이상을 분해하는우수한 균임이 확인되었다. 또한 이 균은PAH들(Polycyclic aromatic hydrocarbons) 중에서 phenanthrene 이외에도 분자량이 적은 indole, naphthalene은 분해할 수 있는 반면에, 분자량이 큰 pyrene, fluoranthene은 분해하지 못하였다. Spitingomonas sp. HS362에 의한 phenanthrene 분해는$30^{\circ}C$, pH $4{\~}8$, NaCl $1{\%}$ 이하의 농도인 조건하에서 배양했을 때 가장 우수했으며, 특히 전분과 SDS, Tween 85, Triton X-100와 같은 계면활성제를 첨가해 주었을 때 분해가 증진되었다. 또한, 전배양을 통해서 phenanthrene의 분해가 증진되는 것을 볼 때에 분해효소가 유도되는 것으로 추측할 수 있었다. Spltingomonas sp. HS362는 5개의 plasmid를 가지고 있는데, 그중에서 plasmid p4를 잃었을 때에는phenanthrene을 분해하지 못하는 것으로 보아plasmid p4가 phenanthrene분해와 밀접한 관련이 있는 것으로 보인다.

• 미생물학회지
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• 제52권4호
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• pp.444-454
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• 2016

전국에서 채취한 사일리지 및 우분 시료로부터 사일리지 첨가제로 사용하기 위한 유산균을 순수 분리하고 그 특성을 조사하였다. MRS 배지에서 성장 속도를 기반으로 16개의 유산균 균주를 순수 분리하였으며 이들은 16S rRNA, RNA polymerase alpha subunit, 60-kDa heat shock protein, phenylalanyl-tRNA synthase alpha subunit 유전자 염기서열에 기반하여 Lactobacillus, Enterococcus, Weissella 속으로 동정되었다. 16균주 중 L. plantarum과 유전적으로 높은 유사도를 보인 균주들은 MRS 배지와 쌀보리 추출배지에서 가장 빠른 성장 및 pH 저하를 나타냈으며 이용 가능한 당 종류 및 생장 가능한 pH, 온도, 염분범위가 상대적으로 넓었다. 또한 이 균주들은 PCR 검사 결과 바이오제닉 아민 생성을 위한 유전자가 없었으며 그 MRS 배지 배양액은 사일리지 부패균에 대한 저해 효과가 상대적으로 큰 것으로 나타나 이 균주들이 우수한 사일리지 첨가제로 사용될 수 있을 것으로 판단된다. 그러나 분리된 모든 유산균들의 쌀보리 추출배지 배양액은 사일리지 부패균의 성장에 큰 영향을 미치지 않거나 오히려 촉진시켰으며 선발된 유산균들을 사일리지 제조에 사용하기 위하여 그 원인 구명과 대책마련이 필요할 것으로 판단된다.

• 미생물학회지
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• 제45권4호
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• pp.306-311
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• 2009

Pectobacterium carotovorum은 배추를 비롯한 광범위한 식물체에 무름병을 일으키는 병원성 세균으로, 무름병의 효율적인 방제를 위하여 신속한 병원체의 진단이 요구되고 있다. 따라서 본 연구에서는 높은 특이성으로 다양한 진단에 적용되고 있는 PCR법을 이용하여 Pectobacterium carotovorum을 높은 정확성과 민감성으로 검출할 수 있는 진단법을 개발하고자 하였다. 먼저 P. carotovorum에 특이성이 있다고 보고된 다양한 특이 primer들을 비교하여 가장 특이성이 높은 primer쌍들을 선별하였으며, 최종 선발된 특이 primer쌍은 ERB_3F (5'-TGCGACACCTCCTCATCACG-3'), ERB_3R (5'-CTTATCACGCTGTAACCAGC-3')로 나타났다. 이들을 사용한 PCR 검출법은 $58^{\circ}C$의 annealing 온도, 15 mM $MgCl_2$ 농도 등으로 최적화되었으며, 최적조건에서 P. carotovorum 특이 PCR 진단법은 10 pg, 즉 $2\times10^3$ copies의 병원균 유전자를 검출할 수 있는 우수한 민감성을 보였다. 또한 배양된 균주가 아닌 현장 시료에서 본 P. carotovorum 검출법을 시험해 본 결과 이 검사법은 병원균 배양없이 현장에도 직접 적용할 수 있음을 입증하였다. 따라서 본 연구를 통해 확립된 P. carotovorum 특이 PCR 진단법은 해당 병원균을 신속하게 진단하는데 유용하게 사용될 수 있을 것이라 기대한다.

• Tuberculosis and Respiratory Diseases
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• 제48권3호
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• pp.315-323
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• 2000

연구배경 : 현행 도말 및 배양등의 미생물학적 검사법의 제한점을 보완 또는 보조할 수 있는 신속한 결핵진단 방법의 하나로서 가장 많이 연구 되어온 분야가 혈청학적인 방법이다. 이 중 현재까지 결핵의 혈청학적 진단에 유용성이 높은 것으로 평가되는 항원의 하나가 38KDa으로 대표되는 결핵균 분비항원이다. 마침, 이 38KDa 항원을 주항원 성분으로 하여, 간편하게 실험할 수 있도록 kit화된 제품이 국내외에서 널리 시판되고 있기에(ICT-TB, 호주 ICT Diagnostics사) 이를 이용, 결핵의 혈청학적 진단이 얼마나 유용할 것인지를 평가하고자 하였다. 방 법 : 결핵이 없는 7세 이하 아동 21명과 건강 성인 47명 등 총 68명의 대조군과, 치료 개시 전에는 균양성이었으나 ICT 검사 당시는 균이 나오지는 않았던 치료 중인 폐결핵환자 82명 (결핵성 흉막염 환자 3명 포함) 및 균양성으로 당시 치료 중이던 폐결핵환자 40명 등, 총 122명의 결핵환자를 대상으로 하여 결핵의 혈청학적 진단용 kit인 ICT를 이용하여 시험하였다. 결 과 : 1. 결핵환자가 아닌 대조용 대상자 68명(7세 이하 아동 21명 포함)에 대한 ICT의 양성반응률 (위양성률)은 13.2%였고, 음성반응률 (결핵환자가 아닌 것으로 판정되는 율, true negative)은 86.8%였다. 2. 시험된 대상 결핵환자 122명에 대한 ICT에 의한 양성반응률은 86.9%, 음성반응률은 13.1%였다. 3. 균양성 폐결핵 환자 40명에 대한 ICT 양성률은 95.0% (38명), 음성률은 5.0% (2명)였다. 4. 폐외결핵환자 3명을 포함한, 현재 치료 중에 있는 균음성 결핵환자에 82명에 대한 ICT의 양성반응률은 82.9%(68 명), 음성반응률은 17.1%(14명)였다. 그러나, 균양성 결핵환자와 균음성인 결핵환자간 ICT 양성률에는 통계적으로 유의한 차이가 없었다(P>0.05). 5.ICT의 민강도와 특이도는 모두 87%였으며, 위양성률과 위음성률도 같은 13%였다. 또 유병율이 64% 수준일 때의 양성예측률은 92.2%, 음성예측률은 78.7%였다. 결 론 : ICT의 높은 위양성률과 진단능률(diagnosability) 등을 고려할 때, 결핵이 의심되지만 기존의 도말 및 배양검사 결과를 얻기 어려운 대상자에게만 필요에 따라 제한적으로 활용해볼 수 있는 검사인 것으로 판단되었다.

• 미생물학회지
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• 제41권3호
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• pp.177-182
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• 2005

본 연구를 수행하기 전에 H. pylori에 대한 어떠한 치료도 받지 않은 114명의 소화기 궤양 환자들을 내시경 검사를 하는 동안, 114개의 H. pylori 균주를 위 전정부로부터 분리하였다. H. pylori를 검출하기 위하여 rapid urease test, SSA와 cagA 유전자의 PCR증폭을 수행하였고, CagA 발현 검출을 위하여 Western blot을 수행하였다. H. pylori에 감염된 환자들은 omeprazole. clarithromycin (a macrolide), amoxicillin을 모두 사용하는데 3제 요법(triple therapy)으로 치료하였다. 치료가 중단되고 6주 후에 내시경 검사에서 세균 박멸률을 측정하였다. 내성률은 각각 clarithromycin이 $20.2\%$. amoxicillin이 $0.0\%$였다. Clarithromycin 내성은 H. pylori의 23S rRNA 유전자에 있는 A2142G돌연변이에 의한 것이 $87\%$이었다. A2142G돌연변이의 clarithromycin의 MIC값($32\~>256\;{\mu}g\ml$)은 A2143G돌연변이의 MIC값($4\~128\;{\mu}g/ml$)보다 더 높았다. Clarithromycin에 감수성을 가진 H. pylori는 박멸되었으나 clarithromycin내성을 가진 H. pylori는 박멸되지 않았다(P = 0.0001). 이러한 결과들은 CagA 발현에는 어떠한 영향도 받지 않았으며 H. pylori의 clarithromycin 내성은 치료 실패의 가장 중요한 이유임을 제시하였다. 우선적으로 실시되는 생검 배양에 대한 H. pylori의 항생제 감수성 시험은 감염된 환자들에 대한 3제 요법을 선택하기 이전에 필히 실시되어야 하며 국내에서 clarithromycin에 대한 1차 내성의 높은 빈도는 H. pylori의 감염증 치료에 심각한 문제점을 야기시켰다.

• Annals of Clinical Microbiology
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• 제18권2호
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• pp.37-43
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• 2015

배경: 결핵은 전세계적으로 단일 원인균으로는 가장 높은 치사율을 가진 질병이다. 결핵의 치료에 있어서 마이코박테리아를 빠르고 정확하게 확인하는 것이 필수적이다. 본 연구에서는 임상 객담 검체의 도말 슬라이드에서 결핵균과 비결핵 항산균의 감별을 위해 Peptide Nucleic Acid (PNA) Probe를 이용한 FISH assay를 평가하고자 한다. 방법: 결핵균과 비결핵 항산균의 16s rRNA를 타겟으로 한 PNA probe를 합성하였다. 각 probe의 특이도는 표준 균주인 Mycobacterium tuberculosis ATCC 13950, M. kansasii ATCC 12479, 임상 검체에서 분리된 마이코박테리아 3종(M. abscessus, M. avium, and M. intracellulare) 그리고 호흡기계에서 흔히 분리되는 10종류의 박테리아를 이용하였다. Centers for Disease Control and Prevention (CDC)의 Acid fast bacili (AFB) 염색 기준상 trace 이상인 128개의 임상 객담 검체를 이용하여 Probe의 성능을 평가하였다. PNA FISH와 항산균 염색결과는 CDC 기준에 따라 단계를 분류하고 서로 비교하였다. 결과: 결핵균과 비결핵 항산균 특이 PNA probe는 결핵균과 M. kansasii 표준 균주 그리고 임상검체에서 분리된 3종의 마이코박테리아에 대해 특이적인 반응을 보였고 다른 박테리아와 교차반응을 보이지 않았다. 또한 89개의 결핵균 배양 양성 객담 검체와 29개의 비결핵 항산균 배양 양성 객담 검체에 각각 특이적인 반응을 보였고 CDC 기준에 따라 분류한 PNA FISH와 AFB염색 결과는 2+ 이상의 검체에서 서로 잘 일치하였다. 결론: PNA FISH 방법은 임상 객담 검체에서 결핵을 진단하고, 항산균과 비결핵 항산균을 구분하는데 있어서 민감하고 정확한 결과를 보였다.

• Tuberculosis and Respiratory Diseases
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• 제49권5호
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• pp.558-567
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• 2000

배경 : 현행 도말 및 배양 등의 미생물학적 검사법의 제한점을 보완할 수 있는 신속하고 간편한 결핵진단 방법의 하나로서 가장 많이 연구되어 온 분야가 혈청학적인 방법이다. 이 중 현재까지 결핵의 혈청학적 진단에 유용성이 높은 것을 평가되는 항원의 하나가 38-kDa으로 대표되는 결핵균 분비항원이다. 이 38-kDa을 주항원 성분으로 하여, 간편하게 실험할 수 있도록 kit화된 수입제품이 국내에서 널리 시판되고 있는 실정에서 국내의 회사에서 개발한 ELISA kit(Erum Biotech Co.)를 이용하여 폐결핵의 혈청학적 진단이 얼마나 유용한 지를 평가하고자 하였다. 방법 : 도말 및 배양검사장 균양성으로 진단된 후 항결핵치료를 받고 있는 폐결핵환자 333명(검사당시 균양성 환자 212명, 균음전된 환자 121명), 건강 성인 80명, 그리고 국립마산결핵병원에서 1년 이상 근무하며 환자와 접촉을 자주 하게되는 접촉군 61명 등 총 474명을 대상으로 하여 결핵의 혈청학적 진단용 ELISA kit를 이용하여 시험하였다. 결과 : 1) 균양성 활동성 폐결핵환자 212명에 대한 ELISA kit의 양성반응률은 82.1%, 균음성 활동성 폐결핵환자 121명에 대한 양성반응률은 73.6%로 이 두 군 사이에는 통계학적으로 유의한 차이가 없었다(p>0.05). 2) 접촉 대조군 61명에 대한 양성반응률은 14.8%, 건강 대조군 80명에 대한 양성반응률은 2.5%로 이 두 군 사이에는 통계적으로 유의한 차이가 있었다(plt;0.001). 3) 활동성 폐결핵환자 333명 모두에 대한 양성반응률은 78.90%, 대조군 141명 모두에 대한 양성반응률은 7.8%로 이 두 군 사이에는 통계적으로 유의한 차이가 있었다(p<0.001). 4) ELISA kit의 민감도는 78.9%, 특이도는 97.5%였으며, 유병율이 60.1% 수준일 때의 양성예측율은 96.1%, 음성예측율은 65.0%였다. 결론 : ELISA kit는 민감도나 특이도 면에서 수입시판되고 있는 ICT와 비교할 때 비슷한 결과를 보이며, 전통적으로 결핵을 진단하는 데 사용하던 흉부 X-선 사진, 항산균 염색 및 배양 등과 함께 보조적인 도구로 사용 할 수 있을 것으로 생각된다.

• Tuberculosis and Respiratory Diseases
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• 제58권3호
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• pp.248-256
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• 2005

목 적 : NTM질환이 과거에는 공중 건강에 치명적인 것으로 생각하지 않았다. 최근에 NTM이 높은 빈도로 발견되고 있고, 분리균의 임상적인 중요성도 커지고 있다. 본 연구는 부산의 한 삼차 의료기관에서 의뢰한 임상 검체에서 분리된 NTM의 균종 분포와 폐질환을 일으킨 균주의 임상적 특징에 대해 알아보고자 하였다. 대상 및 방법 : 2003년 3월부터 2003년 12월까지 10개월간 진단검사의학과 임상미생물검사실에 항산균 도말 및 배양검사가 의뢰되어 도말 및 배양 양성을 보인 검체를 DNA-probe hybridization을 이용한 DNA chip을 통해 항산균종(Genotyping)을 확인했다. 비결핵항산균 동정이 이루어진 환자를 대상으로 미국흉부학회(ATS)의 진단 기준에 합당한 환자를 NTM 폐질환군으로 정의하였으며, 이 환자들에게 발견된 균종, 나이, 성별, 기저 질환, 흉부 방사선 소견 등을 조사하였다. 결 과 : 항산균 배양(AFB culture)양성 균주 중 99개 검체에서 NTM동정이 의뢰되었고, 이중 23명의 환자에게서 24개 균주(24.2%)의 NTM이 확인되었다. 확인된 검체는 객담에서 19균주, 기관지세척액에서 4균주, 대장액(colon fluid)에서 1균주가 분리되었다. 24개의 검체에서 MAC이 13균주(54.2%)로 가장 많은 비율을 차지 하였고 M. szulgai가 3균주(12.5%), M. kansasii, M. malmoense가 2균주(8.3%), M. abscessus, M. chelonae, M. scrofulaceum도 각각 1균주(4%)씩 분리되었고 1균주는 분류되지 않은 균주였다. 23명의 환자 중 ATS 폐감염 기준에 부합되는 NTM 감염 환자는 총 11명(45.8%)이었으며, 평균 연령은 61세(38-76세)였다. MAC이 6균주(54.5%)로 가장 많고, M. szugai가 2균주(18.2%), M. abscessus, M. kansasii 등이 1균주(9.1%)였다. MAC이 분리된 환자 13명 중 6명(46.1%) 그리고 M. szulgai가 분리된 환자 3명 중 2명(67%), M. chelonea complex가 2명 중 1명(50%)이 임상적 의의가 있는 NTM 폐질환을 가지고 있었다. 환자들의 기저질환은 악성종양이 6명이며 그 중 5명이 폐암 환자였고 폐결핵의 과거력을 가진 사람은 4명 이었다. 흉부 방사선 촬영으로 분류한 결과 파괴성 폐형태(destructed lung pattern)은 3명, 공동성 종괴 형태(cavitary mass pattern)은 3명, 결절형(nodular pattern)이 2명(흉수동반 포함), 망상결절형(reticulonodular pattern), 경화형(consolidation pattern), 기관지확장형(bronchiectasis pattern)이 각각 1명 관찰되었다. 결 론 : 부산소재 한 대학병원에서도 다양한 형태의 NTM 폐질환이 발생하였고, 균종의 빈도는 MAC이 가장 많은 비율을 차지 하였고 M. szulgai, M. kansasii, M. malmoense M. abscessus, M. chelonae, M. scrofulaceum순이었다.