• 대한화학회지
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• 제46권2호
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• pp.157-163
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• 2002

$tRNA^{Val}$에 결합하는 RNA 요소들을 확인하기 위해 SELEX 방법을 수행하였다. 양끝에 보존된 primer 서열을 가지고 가운데 무작위의 48-mer 올리고 누클레오티드 영역을 가진 DNA 문고를 T7 RNA 중합효소를 이용하여 전사시켜 얻은 RNA pool을 가지고 $tRNA^{Val}$이 고정된 affinity column을 이용하여 14번의 선별 과정을 거쳐 FNA aptamer들을 선별하였다. 몇몇 aptamer들은 세 가지 rRNA들의 고리 영역에 있는 서열과 유사한 서열을 가졌다: 5S rRNA의 C43GAAC47 서열, 16S rRNA의 G1491AAGU1495와 G1379UUCC1383 서열 그리고 23S rRNA의 C1064UUAG1068, G2110UGUA2114, C2480GACGG2485와 A2600CAGU2604 서열. 이 결과들은 $tRNA^{Val}$가 리보솜에서 5S rRNA, 16S rRNA 및 23S rRNA와 다양하게 상호작용 할 수 있다는 것을 암시한다.

• 한국동물학회지
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• 제35권1호
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• pp.80-86
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• 1992

The nucleotide sequences of 185 rRNAs of the five Korean decapods were partially determined by the direct sequencing method using the reverse transcriptase. ne average GC content of five species was 51.1% which is higher than that of yeast(45.0%) and lower than those of frog (53.0%) and rat (55.6%). This result follows the general patterns of the GC content in the nucleotides of the nucleic acid shown among the various phylogenetic groups. The average ratio of transrional/transversional nucleotide substitution of pairwise comparison among six species (including Anemia salina) was 1.200 $\pm$ 0.310 when whole region alas examined. However, the ratio showed some differences when the conservative regions and variable regions frere separatelv examined. The molecular phylogenies of the five species were constructed by using two different tree making methods. In general the results support the previously reported molecular phylogeny of the decapod crustaceans. However, our results indicate thats in the analysis of the sequence dat3, the UPGMA clustering method of the distance matrix method should be carefully employed after considering the rate of nucneotide substitution in the different regions of the molecule.

• 미생물학회지
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• 제55권2호
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• pp.171-173
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• 2019

Paenibacillaceae계의 Cohnella 속은 다양한 환경 속에서 서식한다. 여기에 우리는 한국 한라산 꼭대기의 구상나무(Abies koreana) 근권 토양으로부터 분리된 Cohnella sp. HS21의 전체 게놈 서열을 보고한다. 균주 HS21은 원형 염색체 7,059,027 bp와 44.8%의 GC 함량을 가지고 있다. 5,939개의 단백질 코딩 유전자와 78개의 트랜스퍼 (tRNA) 유전자, 27개의 리보솜 RNA (rRNA) 유전자, 4개의 비 코딩 RNA 유전자(ncRNA), 90개의 위 유전자가 존재했다. 박테리아는 항생제 관련 유전자 클러스터와 식물 세포벽 분해 효소를 코딩하는 유전자를 포함하고 있다.

• 미생물학회지
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• 제54권4호
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• pp.442-444
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• 2018

저자들은 최근 급성골수성백혈병 환자로부터 다제내성대장균 균주 KBN10P04869를 분리했다. 균주는 4,457개의 단백질 코딩 유전자, 88개의 운반 RNA, 22개의 리보솜 RNA를 포함하는 5,104,264 염기쌍으로 구성되고, $^{bla}CMY-2$, $^{bla}TEM-1$, $^{bla}CTX-M-15$, $^{bla}NDM-5$, $^{bla}OXA-18$를 포함한 다제내성유전자를 가지고 있다. 저자들은 이 균주의 총유전체를 보고하는 바이다.

• 생명과학회지
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• 제21권6호
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• pp.788-795
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• 2011

병원균에 대한 정확한 동정은 임상 연구실에서 필수적인 요소의 하나이다. Chyseobacterium indologenes에 대한 동정을 포함한 분자생물학적 분석과 리보솜의 16S rRNA 유전자로 한국에서 추출한 17검체와 GenBank에서 Chyseobacterium속 검색을 통해 이들과 계통관계를 평가하였다. C. indologenes의 배당 서열은 1,176 nucleotides였다. C. indologenes 내의 서열 변이는 주로 염기 치환이었다. 한국의 C. indologenes 검체는 다른 나라의 동 종과 크게 다르지 않았다. 그런데 한국의 C. indologenes의 치환율은 GenBank에 있는 동종보다 높았다. C. indologenes는 C. isbiliense, C. hominis, C. hispanicum, C. molle, C. hungaricum, and C. pallidum과 자매종을 형성하였다.

• 한국응용곤충학회지
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• 제39권1호
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• pp.5-12
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• 2000

임의증폭 다형 DNA(RAPD)와 미토콘드리아 12S, 16S rRNA 유전자의 제한단편 DNA 표식자에 의해 한국에서 발생하는 담배가루이 개체군들의 biotype을 판별하였다. 진천의 장미 온실과 서울 내곡동의 포인세티아 온실에서 발생한 담배가루이는 일본, 이스라엘, 호주의 B biotype 과 동일한 DNA 단편들을 보유하였다. 여러 지역의 노지 콩 (Glycine max), 고구마 (Ipomea batatas), 들깨 (Perilla frutescens)에서 채집된 담배가루이 개체군들은 일본 시코쿠의 인동덩굴(Lonicera japonica)에서 채집된 담배가루이와 같은 DNA로 표식되었다. 이들 non-B biotype은 한국, 일본 등 극동아시아 지역에 고유한 계통으로 보인다. 최근 한국에서 발견된 담배가루이 Bemisia tabaci(Gennadius)의 주사전자현미경 관찰에 의한 형태적 특정을 온실 원예작물의 주요해충인 온실가루이 Trialeurodes vaporariorum (Westwood)와 비교하여 기재하였다.

• 미생물학회지
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• 제54권2호
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• pp.155-157
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• 2018

Salmonella enterica subsp. enterica serovar Thompson strain MFDS1004024 는 2014 년 한국에서 발생한 식중독 사고의 게맛살에서 분리되었다. 본 연구에서는 4,742,942 bp 의 크기와 약 52%의 G + C 함량을 가진 MFDS1004024 균주의 완전한 유전체 염기서열을 분석하였다. 이 유전체에는 4,373 개의 코딩 서열, 22 개의 리보솜 RNA 유전자 및 84 개의 전사 RNA 유전자가 존재한다. 또한 유전체 분석 결과를 통해 살모넬라 감염과 베타락탐계 항생제 내성에 관련이 있는 유전자를 발견하였다.

• 생명과학회지
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• 제16권1호
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• pp.71-75
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• 2006

We analyzed the phylogenic relationships of 23 partial 18S rDNA sequences of 22 species (1 species has 2 strains) belonging to Sarcorptiforms include 4 new sequences, using several tools. Although geographic distributions are quite far from, sequence similarity of two strains of Dermatophygoides pteronyssinus isolated from Japan and New Zealand were very high. This result suggests that mite migration by animals including human occurred in the two continents. We investigated the Endeostigmata taxonomic relationship between the Prostigmata and Oribatida subgroups using small fragments (340-400 bp) of their 185 rDNA sequences. But Endeostigmata was not grouped with Oribatida or Prostigmata. In conclusion, it is first reported phylogenic relationship for classified mites included in Sarcoptiformes using 185 rDNA sequence analysis and its system is a very powerful tool for classification of mites.

• 미생물학회지
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• 제40권1호
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• pp.7-11
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• 2004

eIF5B는 단백질합성의 개시 인자로서 Met-$tRNA^{Met}$을 AUG 개시코돈에 전달하고, 리보솜의 두 소단위체 결합을 유도한다. 이 인자의 기능을 연구할 목적으로 eIF5B를 코딩하는 FUN12 유전자의 5'말단 부위를 삭제하는 연구를 수행하였다. 프로모터의 대부분을 삭제한 FUN12를 함유한 pRS효모벡터를 FUN12가 삭제되어 천천히 자라는 돌연변이주 ($fun12{\Delta}g$)에 전달하였을 때 그 표현형을 부분적으로 상보하였다. 위와 같이 제조된 벡터에서 N-말단이 상실된 eIF5B 단백질이 발현되었고, 그 양이 정상 균주에서 발현되는 eIF5B 양의 약 5%에 불과하였다. 이와 같이 부분적으로 성장을 상보한 균주에서 발현된 적은 양의 단백질합성개시 인자 eIF5B는 직접적으로 그 성장을 제한하는 요소로 작용한다. 이러한 균주에서 성장의 제한인자인 eIF5B는 in vitro 에서도 역시 전체 단백질 합성의 활성을 조절하였다.

• 인터넷정보학회논문지
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• 제20권4호
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• pp.21-27
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• 2019

RNA 시퀀싱 데이터 (RNA-seq)에서 수집된 많은 양의 데이터에 변별력이 확실한 특징 패턴 선택이 유용하며, 차별성 있는 특징을 정의하는 것이 쉽지 않다. 이러한 이유는 빅데이터 자체의 특징으로써, 많은 양의 데이터에 중복이 포함되어 있기 때문이다. 해당이슈 때문에, 컴퓨터를 사용하여 처리하는 분야에서 특징 선택은 랜덤 포레스트, K-Nearest, 및 서포트-벡터-머신 (SVM)과 같은 다양한 머신러닝 기법을 도입하여 해결하려고 노력한다. 해당 분야에서도 SVM-기반 제약을 사용하는 서포트-벡터-머신-재귀-특징-제거(SVM-RFE) 알고리즘은 많은 연구자들에 의해 꾸준히 연구 되어 왔다. 본 논문의 제안 방법은 RNA 시퀀싱 데이터에서 빅-데이터처리를 위해 SVM-RFE에 강화학습의 Q-learning을 접목하여, 중요도가 추가되는 벡터를 세밀하게 추출함으로써, 변별력이 확실한 특징선택 방법을 제안한다. NCBI-GEO와 같은 빅-데이터에서 공개된 일부의 리보솜 단백질 클러스터 데이터에 본 논문에서 제안된 알고리즘을 적용하고, 해당 알고리즘에 의해 나온 결과와 이전 공개된 SVM의 Welch' T를 적용한 알고리즘의 결과를 비교 평가하였다. 해당결과의 비교가 본 논문에서 제안하는 알고리즘이 좀 더 나은 성능을 보여줌을 알 수 있다.