• 한국초지학회:학술대회논문집
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• 한국초지조사료학회 2003년도 제28회 정기총회, 제41회 학술발표회.심포지엄
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• pp.175.1-175
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• 2003

• 한국콘텐츠학회논문지
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• 제21권4호
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• pp.825-832
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• 2021

본 연구는 치주질환의 주 원인균인 P. gingivalis에 선택적으로 작용하는 특이적 앱타머를 선별하고 선별된 앱타머와 결합하는 단백질 분자를 정제 및 동정함으로써 P. gingivalis에 관한 작용기전을 규명하고자 하였다. 이를 위하여 39개의 random sequence를 갖는 DNA library를 제조하여 SELEX 방법을 이용하여 P. gingivalis에 특이성을 가진 앱타머를 선별하였으며 PCR2.1 cloning vector를 활용한 cloning을 시행하여 염기서열을 분석했다. 8종의 각기 다른 염기서열을 가진 앱타머를 선별하였고 직접적으로 작용하는 단백질을 밝혀내고자 선별된 앱타머 중 APG-3를 이용하여 modified weston blot을 시행하고 단백질을 분석한 결과 P. gingivalis에 선택적으로 결합하는 11종의 단백질을 분리, 동정하였다. 이와 같은 결과로 앱타머가 치주질환의 원인균인 P. gingivalis의 당 대사 및 세포활성억제와 관련된 단백질에 선택적으로 결합하여 부착함으로써 치주질환의 진단을 위한 센서로 가능성을 제시했다.

• Bioinformatics and Biosystems
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• 제1권2호
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• pp.109-114
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• 2006

프로테오믹스에서 얻는 탄뎀 질량 스펙트럼은 효소로 가수분해된 펩타이드의 전구이온(precursor ion) 분자량과 펩타이드에 에너지를 가하여 생성된 이온조각(fragment ion)들의 분자량값들로 구성된다. 탄뎀 질량스펙트럼의 전구이온 분자량은 단백질 서열 데이터베이스에서의 검객 과정에서 가장 먼저 고려하는 값이다. 단백질 검색 프로그램은 단백질 서열 중에 스펙트럼의 전구이온으로부터 계산된 분자량과 일치하는 펩타이드 서열들을 찾아내고, 이들 중의 하나를 이온조각들의 분자량 정보를 이용해서 선택한다. 이 때에 전구이온의 분자량은 사용자가 지정한 오차범위 내에서 일치하는 감을 검색하는데, 이때의 오차범위는 질량분석기의 정확도에 따라 결정된다. 본 논문에서는 인간 혈액의 혈장시료로부터 FT LTQ 질량분석기를 통해 얻어진 탄뎀 질량 스펙트럼에서 전구이온 분자량의 분포를 역순서열을 이용하여 분석하였다. 전구이온 분자량의 분포를 재해석하여 실험값의 정확도를 보정하고 단백질 동정의 성능을 향상시키는 방법을 모색하였다.

• Journal of Plant Biotechnology
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• 제32권4호
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• pp.269-273
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• 2005

Methylotrophic 효모 Pichia pastoris 발현시스템을 사용하여 인간 TLR9 단백질의 세포내 TIR 도메인을 발현하였다. TIR 단백질이 P. pastoris에서 발현되어 배지 속으로 분비되는 것을 SDS-PAGE로 확인하였고, 발현된 단백질을 western-blot, MALDI-TOF 질량분석으로 동정하였다. 이를 통하여 TIR 딘백질이 P. pastoris에서 안정적으로 발현됨을 알 수 있었다. 그리고 발현된 단백질을 니켈 친화, 양이온교환수지, 겔 투과 크로마토그라피를 사용하여 순수 분리 정제하였다. P. pastoris를 이용한 단백질의 발현과 정제방법은 대장균에서 잘 발현되지 않는 단백질의 발현에 응용될 수 있을 것이다.

• 한국동물번식학회:학술대회논문집
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• 한국동물번식학회 2003년도 학술발표대회 발표논문초록집
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• pp.32-32
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• 2003

소 난자의 체외성숙 과정에서 세포질 내 단백질의 생산과 축적의 변화는 핵 및 세포질 성숙과 밀접한 관계가 있다는 보고가 있지만, 난자의 성숙과 관련된 특정 단백질의 종류에 대한 보고는 없었다. 따라서 본 연구는 한우 난자의 체외성숙과 관련된 단백질의 생산 및 축적의 변화와 그 종류에 대해서 검토하였다. 체외성숙 시간(4.5, 9, 13.5, 18 및 24시간)에 따른 배양액 내의 단백질 합성의 변화는 2D gel electrophoresis를 이용하였고, 단백질 spot에 대해서는 peptide mass fingerprinting(PMF) 방법을 이용하였다. 또한 단백질 측정 시간에 신선 체외성숙 배양액으로 교환 후 난포란의 핵성숙과 배발달율을 검토하였다. 그 결과 한우 난포란의 체외성숙 시간에 따라 배양액에서 단백질의 양 및 질적인 변화를 확인하였다. 그리고 총 296개 단백질 spot들을 확인하였고, 그 중 30개 spot에서 유의적인 변화가 인정되었다. 또한 유의적인 변화를 보인 spot에 대한 PMF 분석을 통하여 Apolipoprotein A-1 precursor, Alpha enolase, Aldose reductase, 43kDa collectin precursor, Heat shock 27kDa protein, Plasminogen activator inhibitor-1 precursor, Thrombospondin 1 및 Transitional endoplasmic reticulum ATPase가 동정되었다 그리고 총 단백질 합성 경향은 0∼4.5 시간에는 감소하였고, 13.5∼18시간에 증가 한 후 다시 감소하는 경향을 나타내었으며, 단백질의 종류도 시간대별로 현저한 변화가 있었다. 한편 단백질을 측정하는 시기에 신선 체외성숙 배양액으로 교환한 후 난포란의 핵성숙 및 배발달율을 검토한 결과 18시간 체외성숙군에서 9시간째의 교환이 유의적으로 높은 핵성숙을 나타내었으나, 배발달율에서는 유의성이 인정되지 않았다. 그러나 24시간 체외성숙군에서 18시간째의 배양액 교환은 8세포기 및 배반포 발달율이 유의적(P<0.05)으로 높았다. 연구 결과로부터 소 난자의 체외성숙 시간에 따른 단백질 합성 경향의 차이를 확인하였고, 유의적인 변화를 나타낸 8가지의 단백질을 분리할 수 있었으며, 향후 이들 작용기전에 대한 연구가 필요하다고 사료된다.

• 정보처리학회논문지D
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• 제10D권2호
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• pp.261-266
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• 2003

단백질은 아미노산의 선형 중합체(linear polymer)로서 생체의 조직을 구성하고 각종 생화학 반응을 조절하는 역할을 하는 가장 중요한 생체 분자에 속한다. 이러한 단백질의 특성과 기능은 해당 단백질을 구성하는 아미노산의 서열에 의해 결정되기 때문에, 주어진 단백질의 서열을 알아내는 것은 단백질 기능 연구의 출발점이다. 본 논문은 기존의 생화학적 단백질 서열 결정 방법의 단점을 극복할 수 있는 데이터 마이닝 기반 단백질 서열 예측 기법을 제안한다. 복수개의 단백질 절단효소(protease)를 적용함으로써, 서로 중첩된 단백질 조각을 얻어내고, 각 조각의 질량 정보와 단백질 데이타베이스를 이용하여 후보 서열을 식별한다. 얻어진 후보 서열의 조립을 통해 전체 서열을 결정하기 위한, 다중 분할 그래프(multi-partite graph) 구축 및 경로 탐색 기법을 제안한다. 아울러, 대표적인 단백질 서열 데이타베이스인 SWISS-PROT을 이용한 실험을 통해 제안한 방법의 성능을 평가한다.

• Applied Biological Chemistry
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• 제42권1호
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• pp.39-44
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• 1999

각각 다른 성장기의 한우 등심에서 추출한 단백질을 이차원 전기영동법으로 분리하여 젤 상의 단백질 전개 양상을 비교하였다. 성장 0, 6, 12, 24 개월령의 한우 등심 단백질들을 길이 16 cm 튜브젤에서 등전점에 따라 분리하고, 이차원적으로 $18{\times}20$ cm, 12% SDS-polyacrylamide gel 전기영동 하여 단백질을 분리하였다. 등전점 3.0에서 9.0 그리고 분자량 15,000에서 100,000 Da 사이의 단백질들이 분리되어 Silver 염색법으로 명확히 구분할 수 있었다. 흥미롭게, 성장과정에서 단백질 발현이 증가했거나 감소한 단백질들은 저분자 단백질들 이었다. 성장 과정 중 증가된 단백질들을 분리하기 위해 수용성 단백질들을 조직으로부터 1% Triton X-100 으로 추출하였다. 그리고 이를 30%와 50% 황산암모니아로 분획하였다. 이와 같이하여 각 단백질들의 분리조건을 결정하였다. 이들 조건을 이용하여 발현이 증가된 단백질들을 분리하고 PVDF membrane에 옮겨서 아미노산 서열을 결정하여 단백질을 규명하였다.

• 분석과학
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• 제30권6호
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• pp.348-354
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• 2017

이 연구는 출산 후 1, 3, 6주가 경과한 산모에서 얻은 모유의 단백체 발현 양상과 과 발현 단백질을 검출하는 것을 목적으로 하였다. 샷 건 정량 단백체 분석법을 이용하여 모유 중의 단백질을 동정하였고, 각 수유단계 간에 정량적 비교를 하였다. 각 주의 모유 샘플은 두 명의 산모로부터 얻어진 모유를 혼합하였고, 각 샘플 마다 3회 반복 실험을 하였다. Casein은 모유 내에 가장 많이 존재하는 단백질로서 실험의 정확성을 위하여 제거하였고, 트립신을 이용한 절편 화로 모유 단백질들을 펩타이드로 변환하였다. 처리된 펩타이드들은 역상 C18 미세관 크로마토그래피 및 이온-트랩 질량분석기를 이용하여 분석하였으며, Spectra Counting으로 단백질의 정량적 비교를 하였다. 각 샘플 당, 80-109 개의 단백질을 중복 제거한 후 동정하였다. 당화 단백질, metabolic enzyme, 및 lactoferrin, Carboxylic ester hydrolase, Clusterin을 포함하는 chaperon 효소들이 주로 검출되었다. 각 반복실험에서 재현성 있게 검출되는 63개의 단백질에 대한 정량적 비교분석 결과 25개의 단백질이 통계적으로 유의하게 수유단계에 따라 변화하는 것을 확인할 수 있었고, 특히 Ig lambda-7 chain C region과 Tenascin은 시간에 따라 현저하게 감소하였다. 향후 이와 같은 수유 단계에 따른 모유 내 단백의 변화가 생리적으로 가지는 의미에 관하여 추가적인 연구가 필요하다 생각된다.

• 미생물학회지
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• 제37권1호
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• pp.1-8
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• 2001

거미는 육식동물로 구강의 소화라는 독특한 방법을 통하여 곤충을 비롯한 작은 동물을 먹이자원으로 이용한다. 거미의 독샘에 함유되어 있는 단백질 분해 효소 환만 아니라 소화관에 존재하는 미생물도 거미의 소화에 중요한 역할을 할 것으로 추정된다. 본 연구에서는 한국산 무당거미(Nephila clavata)의 소화관내 미생물 군집의 분포와 단백질 및 지질 분해능을 확인하고, 거미의 장내 미생물을 분리 .동정하고자 하였다. 한국산 무당거미의 소화관에 존재하는 총 개체수는 거미 18개체를 통합하여 처리하였을 때와 개체별로 처리하였을 때 모두 거미 한 마리당 $10^3-10^5$CFUs 로 매우 유사하였다. 계수된 미생물 중에서 90% 이상이 단백질 또는 지질 분해능을 나타내었다. 그리고 계수된 미생물 중에서 군종별로 1균주씩 순수 분리하였고, 분리된 미생물 중 63.3%가 각각 단백질 또는 지질 분해능을 나타내었고, 이중 50%의 균주는 단백질과 지질 분해능을 동시에 함유하는 것으로 나타났다. 형태적, 생리 .생화학적 방법을 통하여 동정한 결과, 11종류의 그람음성균(Acinetobacter calcoaceticus, A. haemolyticus, Aicaligenes faecalis, Cedecea davisae, C. neteri, Klebsiella pneumoniae, Proteus vulgaris, Pseudomonas fluorescens, Serratia marcescens, Stenotraphamonas maltophilia, Suttonella indologenes)과 11종류의 그람양성균(Bacillus cereus, B. coagulans, B. pasteurii, B. thuringiensis, Cellulomonas flavigena, Corynebacterium martruchotii, Enterococcus durans, E. faecalis, Micrococcus luteus, Staphylococcus huminis, S. sciuri)으로 분류되었다.

• 생명과학회지
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• 제14권2호
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• pp.229-234
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• 2004

케라틴으로 구성되어 있는 우모는 도계 공장에서 부산물로 대량 배출되는 단백질 폐기물이다. 현재, 물리화학적 처리를 통하여 우모를 가축의 사료로 재활용하기 위한 방법이 시행되고 있으나 이러한 방법은 많은 단점을 가지고 있으며, 결과적으로 keratinolytic protease의 이용은 우모의 생물 공학적 처리를 위해 반드시 필요한 과정임을 알 수 있다. 본 연구에서는 우모의 생물학적 처리를 위하여 keratinolytic protease를 생성함으로서 우모를 분해할 수 있는 세균을 자연계로부터 분리한 후, 그 분류학적 위치를 검토하였다. 퇴비화중인 볏짚, 닭 가공공장 주변의 토양 및 붕괴중인 우모로부터 keratinolytic protease생성능이 우수한 5균주를 최종 선정하였다. 그중 효소 생성능과 우모 분해능이 가장 우수한 F7-1을 실험 균주로 선정하여 형태학적, 배양적 및 생화학적 특성을 조사한 결과, Bacillus sp.로 동정되었으며, Biolog system을 이용한 동정에서도 Bacillus sp.로 조사되었다. 보다 정확한 균주 동정을 위하여 16S rDNA 염기서열 분석을 수행하였으며, 그 결과 F7-1 균주는 B. megaterium과 계통진화학적으로 가장 유연 관계가 높았다.