• Title/Summary/Keyword: 단백질 구조 비교

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Rice Production, Distribution, and Utilization in China (중국의 쌀 생산, 유통 및 이용현황)

  • Liao, Xiyuan
    • Proceedings of the Korean Society of Postharvest Science and Technology of Agricultural Products Conference
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    • 2002.08a
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    • pp.13-31
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    • 2002
  • 쌀은 중국에서 중요한 식량작물로 제9차 5개년 계획(1966-2000년) 동안 재배면적 31.4백만 ha이며 생산량은 단위 ha당 6,303kg으로 198백만톤에 이르며 이는 재배면적으로는 식량작물의 27.7%, 그리고 생산량으로는 전체식량작물의 40%를 각각 점하고 있다. 이러한 재배면적과 생산량은 각각 세계전체면적과 생산량의 20.7%와 33.7%를 차지하는 많은 량이다. 중국의 남부지역은 전지역의 73.5%가 이모작으로 재배되며 주품종은 Indica이다. 중국의 중부지역은 이모작과 일모작의 재배형태가 2:3으로 공존하고 있으며 양쯔강 이북은 주로 일모작의 형태이다. 중국의 쌀 재배면적은 1960년대 이후 점차 증가하다가 1980년대 후반으로 정체되었다가 최근 90년대 말에 이르러서는 재배면적의 감소가 가속화되고 있으나 단보당 생산량은 꾸준히 증가하고 있다. 2001년 중국의 쌀소비량은 138백만톤으로 이의 85.2%는 식량용으로, 5.8%는 사료용으로, 1.3%는 가공용, 1.5-2.0%는 수출용으로 그리고 1.2%는 종자용으로 소비되었다. WTO체제에 들어서도 중국의 쌀 생산에는 크게 영향을 받지않을 것으로 여겨지는데 그 이유로는 충분한 생산능려과 자급률, 쌀의 낮은(4%) 국제교역비율, 총생산량에 대한 낮은 쿼터비율 등을 들 수 있다. 그러나 WTO체제 가입에 따른 압력 또한 존재하는 것이 사실인데 그것은 낮은 품질, 국제가격보다 높은 국내가격 등을 들 수 있다. 향후 중국 쌀의 발전적 전략들로는 쌀의 안정적 발전을 지속하는 일, 쌀 재배구조 조정과 함께 높은 미질을 가지는 품종육종, 기계화를 비롯한 경작기술의 발달, 쌀과 부산물 가공기술의 개발연구, 특징 기능을 함유하는 유전공학적 기술의 적용, 토지와 도시화 그리고 식량순환에 시스템의 개혁 등 과학기술을 고양하는 일 등을 들 수 있다.TEX>$\times$10cm의 소식일수록 짧아서 재식주수와 경장은 정의상관이 인정되었다. 9 경직경은 30$\times$10cm, 40$\times$10cm의 소식일수록 크고 20$\times$10cm의 밀식일수록 작았다 10. 수량구성요소인 주근장과 수량인 건근중은 30$\times$10cm, 40$\times$10cm의 재식주수가 적을수록 높아서 재식주수와는 부의 상관이 인정되었다. 11 이상과 같은 결과로 보아 경직경이 크고 주근장이 길어서 10a당 건근중이 많은 30$\times$10cm(33주/$m^2$)가 알맞은 재식거리였다.에 대한 인식을 새롭게 하고 농약취급시의 건강장해예방행동을 촉구하는 등의 효과도 높은 것으로 예방의학적인 유용성이 크다고 볼 수 있다. 미침을 알 수 있었다. 대두 단백질로 코팅된 golden delicious는 상온에서60일 동안 보관하였을 경우, 사과표피의 색도 변화를 현저히 지연시킴을 확인하였다. 또한 control과 비교하여 성공적으로 사과에 코팅하였으며, 상온에서 보관하여을 때 사과의 품질을 30일 이상 연장하는 효과를 관찰하였다. 이들 결과로부터 대두단백질 필름이 과일 등의 포장제로서 이용할 가능성을 확인하였다.로 [-wh] 겹의문사는 복수 의미를 지닐 수 없 다. 그러면 단수 의미는 어떻게 생성되는가\ulcorner 본 논문에서는 표면적 형태에도 불구하고 [-wh]의미의 겹의문사는 병렬적 관계의 합성어가 아니라 내부구조를 지니지 않은 단순한 단어(minimal $X^{0}$ elements)로 가정한다. 즉, [+wh] 의미의 겹의문사는 동일한 구성요 소를 지닌 병렬적 합성어([$

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Purification and Chemical Characterisation of Laminaran from Eisenia bicyclis in Korea (대황(Eisenia bicyclis)으로부터 Laminaran의 정제 및 화학적 특성)

  • Kim, Young-Myoung;Choi, Yong-Seok;Park, Jong-Hyuk
    • Journal of the Korean Society of Food Science and Nutrition
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    • v.35 no.1
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    • pp.78-86
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    • 2006
  • Laminarans with different purity were prepared from Eisenia bicyclis and their structures were characterized. Crude laminaran was successively extracted two times at room temperature for 2 hr with 0.09 N HCl, and partially purified laminaran was isolated using cetylpyridinium chloride (CPC). Crude laminaran accounted for $14.5\%$ of the dry seaweed weight and contained $8.4\%$ protein, $7.6\%$ sulfate and $68.2\%$ polysaccharide. Partially purified laminaran accounted for $6.5\%$ of the dry algal weight and composed of $3.8\%$ protein, $3.2\%$ sulfate and $74.7\%$ total sugar, which is mainly composed of glucose $(83.3\%)$, indicating that partially purified laminaran was more purified polysaccharide than crude laminaran. Purified laminaran was fractionated into one fractions by Sephacryl S-300 HR column chromatography and this fraction was analysed by FT-IR, $^{13}C$ NMR, methylation and gel filtration chromatography. Purified laminaran showed $\beta-configuration$ $(^{13}C:103.0ppm,\;FT-IR:888cm^{-1})$ in the anomerization of the glycosidic linkages and was $(1\rightarrow3),\;(1\rightarrow6)$ linked $\beta-glucan$. The average molecular weight of purified laminaran was 12,600 dalton.

Structural Characteristics of Expression Module of Unidentified Genes from Metagenome (메타게놈 유래 미규명 유전자의 발현에 관련된 특성분석)

  • Park, Seung-Hye;Jeong, Young-Su;Kim, Won-Ho;Kim, Geun-Joong;Hur, Byung-Ki
    • KSBB Journal
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    • v.21 no.2
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    • pp.144-150
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    • 2006
  • The exploitation of metagenome, the access to the natural extant of enormous potential resources, is the way for elucidating the functions of organism in environmental communities, for genomic analyses of uncultured microorganism, and also for the recovery of entirely novel natural products from microbial communities. The major breakthrough in metagenomics is opened by the construction of libraries with total DNAs directly isolated from environmental samples and screening of these libraries by activity and sequence-based approaches. Screening with activity-based approach is presumed as a plausible route for finding new catabolic genes under designed conditions without any prior sequence information. The main limitation of these approaches, however, is the very low positive hits in a single round of screening because transcription, translation and appropriate folding are not always possible in E. coli, a typical surrogate host. Thus, to obtain information about these obstacles, we studied the genetic organization of individual URF's(unidentified open reading frame from metagenome sequenced and deposited in GenBank), especially on the expression factors such as codon usage, promoter region and ribosome binding site(rbs), based on DNA sequence analyses using bioinformatics tools. And then we also investigated the above-mentioned properties for 4100 ORFs(Open Reading Frames) of E. coli K-12 generally used as a host cell for the screening of noble genes from metagenome. Finally, we analyzed the differences between the properties of URFs of metagenome and ORFs of E. coli. Information derived from these comparative metagenomic analyses can provide some specific features or environmental blueprint available to screen a novel biocatalyst efficiently.

Replication origin (ori) of R-plasmid pSBK203 Isolated from Staphylococcus aureus DHI (Staphylococcus aureus DH1에서 분리한 R-plasmid pSBK203상의 복제개시 부위 ori에 관한 연구)

  • Min, Kyung-Il;Byeon, Woo-Hyeon
    • Korean Journal of Microbiology
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    • v.32 no.3
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    • pp.186-191
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    • 1994
  • The origin of the leading strand replication (ori) and of lagging strand replication (M-O) of R-plasmid pSBK203 was identified and its base sequence was determined. About 50 bp of ori sequence residues overlapped with the structural gene of rep. Sequence comparison reveals that pSBK-ori shares obvious identities with those of pT181 family and consists of two regions, one is conserved and the other is variable region. Of two palindrome sequence located one after another in upstream region of rep gene, palA' instead of palA which shares sequence homology with diverse family of plasmids such as pOX6, pC194, and pE194 seems to act as a signal for conversion of primarily replicated ssDNA to dsDNA (minus origin (M-O)).

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A Study on Construction of Integrated Prokaryotes Gene Prediction System (통합형 미생물 유전자 예측 시스템의 구축에 관한 연구)

  • Chang Jong-won;Ryoo Yoon-kyu;Ku Ja-hyo;Yoon Young-woo
    • Journal of the Institute of Convergence Signal Processing
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    • v.6 no.1
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    • pp.27-32
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    • 2005
  • As a large quantity of Genome sequencing has happened to be done a very much a surprising speed in short period, an automatic genome annotation process has become prerequisite. The most difficult process among with this kind of genome annotation works is to finding out the protein-coding genes within a genome. The main 2 subjects of gene prediction are Eukaryotes and Prokaryotes ; their genes have different structures, therefore, their gene prediction methods will also obviously varies. Until now, it is found that among of the 231 genome sequenced species, 200 have been found to be prokaryotes, therefore, for study of biotechnology studies, through comparative genomics, prokaryotes, rather than eukaryotes could may be more appropriate than eukaryotes. Even more, prokaryotes does not have the gene structure called an intron, so it makes the gene prediction easier. Former prokaryotes gene predictions have been shown to be 80%~ to 90% of accuracy. A recent study is aiming at 100% of gene prediction accuracy. In this paper, especially in the case of the E. coli K-12 and S. typhi genomes, gene prediction accuracy which showed 98.5% and 98.7% was more efficient than previous GLIMMER.

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Ultrastructure and Dehydrogenase Activity on the Differentiation of the Cerebral Nerve Cell in the Chick Embryo (II) (계배 대뇌의 신경세포 분화에 따른 탈수소효소 활성 및 미세구조(II))

  • Kim, Saeng-Gon
    • Applied Microscopy
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    • v.29 no.4
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    • pp.459-470
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    • 1999
  • To investigate the changes during the differentiation of the cerebral neurons of the embryogenic day (ED) 9 and 10, investigated the ultrastructural changes in the cerebral neurons by Electromicroscope, also cerebral protein, the activity of dehydronases (LDH, MDH and SDH) and changes of adenosine triphosphate concentration were analyzed, the result obtained are as follows. In the ultrastructural changes in the cerebral neurons, chromatin in 9 day-old chick embryos are comparatively distributed to even in neucleoplasm and could investigate very prominently that nuclear membrane is double-layer. Esperially, Rough endoplasmic reticulum (RER) and Golgi complex are developed well, also polysome is investigated and synaptic vesicles were scattered. In 10 day-old chick embryos, chromatin evenly spread and nuclear membrane could be differentiated prominently. Rough endoplasmic reticulum (RER) contain cytoplasm, mitochondria and Golgi complex are comparatively developed well. In 9 day-old cultural group of chick embryo cerebrum were separated 37 polypeptide bands and In 10 day-old cultural group of chick embryo cerebrum were separated 38 poly -peptide bands. The more culture time increase, the more the activity of dehydronases (LDH, MDH and SDH) increase. LDH activity was 11.07 (9th day) and 12.12 (10th day), MDH activity was 11.89 (9th day) and 13.44 (10th day) and SDH activity was 8.45 (9th day) and 10.52 (10th day) respectively. The ATP concentration degreesed 10 day-old cultural group than 9 day-old cultural group.

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Study on Anti-biofouling Properties of the Surfaces Treated with Perfluoropolyether (PFPE) (Perfluoropolyether (PFPE)로 처리된 표면의 생물오손 방지 특성 연구)

  • Park, Sooin;Kwon, Sunil;Lee, Yeongmin;Koh, Won-Gun;Ha, Jong Wook;Lee, Sang-Yup
    • Applied Chemistry for Engineering
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    • v.23 no.1
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    • pp.71-76
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    • 2012
  • Biofouling by marine organisms such as algae and barnacles causes lots of significant problems in marine systems such as a rise of the maintenance-repair cost for the ship and the marine structures. In this work, a fluoropolymer, perfluoropolyether (PFPE), was applied as an anti-biofouling coating material that prevents the adhesion of marine organisms and facilitates the removal of them. Water contact angles of various surfaces were tested to examine the hydrophobicity of the PFPE-modified surface. The PFPE-modified surface showed the water contact angle of $64.5^{\circ}$ which is a remarkable rise from $46.7^{\circ}$ of amine-treated surface. When the substrate was treated with PFPE, the adhesion on the of the barnacle and other marine organisms were repressed around 15% by the enhanced hydrophobicity. In addition, the removal the of the adhered marine organisms were better comparing to that of the surface prepared by PDMS. Surfaces of the substrate treated by PFPE were characterized through physical and chemical methods to analyze the biofouling results. Degree of biomolecular adhesion to the substrate was quantified by the measurement the fluorescence intensity of marine organisms dyed with green fluorescence. PFPE is expected to be applicable not only to anti-biofouling systems but also to medical devices where the prevention of protein adhesion is required.

Calretinin-Containing Neurons in the Deeper Layers of the Hamster Superior Colliculus (햄스터 상구의 deeper layers에서 calretinin이 함유 신경세포)

  • Kim, Ye-Eun;Choi, Jae-Sik;Kim, Hye-Hyun;Yeo, Jin-Yeon;Jeon, Chang-Jin
    • Journal of Life Science
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    • v.16 no.5
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    • pp.750-758
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    • 2006
  • Calcium-binding protein calretinin is thought to play important roles in calcium buffering. Recently, we reported on the distribution, morphology of calretinin-immunoreactive (IR) neurons and the effects of eye enucleation on the immunoreactivity of calretinin in the superficial layers of the hamster superior colliculus (SC). In the present study, we describe the distributions and types of labeled cells and effects of enucleation in the deeper layers by immunocytochemistry. We also compare this labeling to that of GABA, the major inhibitory neurotransmitter in the central nervous system. In contrast to the superficial layers, the deeper layers contained many calretinin-IR neurons which formed two tiers. The first tier, which was very distinctive, was found within the intermediate gray layer. The second tier was found in the deep gray layer. Labeled neurons varied dramatically in morphology and included vertical fusiform, stellate, round/oval, and horizontal neurons. In contrast to the superficial layers, enucleation appeared to have no effect on the distribution of calretinin immunoreactivity in the deeper layers. Two-color immunofluorescence revealed that none of calretinin-IR neurons were labeled with an antibody to GABA. The present results demonstrate that calretinin identifies unique neuronal sublaminar organizations in the hamster SC. The present results also demonstrate that none of the calretinin-IR neurons in the hamster SC is GABAergic interneurons. As many calretinin-IR cells are GABAergic interneurons in most other brain areas, this phenomenon in hamster SC is exceptional.

Inhibitory Effort of the N-terminal GST on the Tautomerase Activity of Macrophage Migration Inhibitory Factor (GST 융합 시스템에서 나타나는 macrophage migration inhibitory factor의 tautomerase 활성 저해에 관한 연구)

  • Kim Sang-Soo;Kim Kyung-Hee;Park Hyo-Jin;Hur Eun-hye;Rhim Hyangshuk
    • Journal of Life Science
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    • v.15 no.6 s.73
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    • pp.961-967
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    • 2005
  • Macrophage migration inhibitory fartor (MIF), known as a cytokine, is a multifunctional protein that is ubiquitously expressed in a variety of cells and tissues; however, enzymatic function of MIF still remains elusive in cells. In this study, we assessed details of the tautomerase activity of MIF. We established rapid purification condition for MIF by using pGEX system and compared the L-dopachrome tautomerase activity of GST-MIF, tMIF, and MIF. The results show that GST (glutathione S-transferase)-epitope tag or N-terminal amino acids flanking the essential $P^{2}$ almost completely abrogated L-dopachrome tautomerase activity of MIF. Subsequently, to determine whether the N-terminal tags have effects on oligomerization of MIF, protein cross-linking products were analyzed on $15\%$ SDS-PACE. The result demonstrates that N-terminal tags are dispensable for the formation of MIF's homooligomers. Thus, the results imply that exposure of If containing hydrophobic pocket in the active site is critical for L-dopachrome tautomerase activity of MIF. In addition, our study suggest that the MIF's tautomerase activity might be influenced by interacting with cellular partners.

Control of Trophoblast Gene Expression and Cell Differentiation

  • Cheon, Jong-Yun
    • 대한생식의학회:학술대회논문집
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    • 2001.03a
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    • pp.195-205
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    • 2001
  • 태반 영양배엽 (trophoblast)은 포유동물의 발생과정 중 가장 먼저 분화되는 세포로서, 자궁환경내에서 배아가 착상, 발생, 및 분화하기 위해서 반드시 필요한 태반을 형성하는 색심적인 세포이다. 영양배엽 세포의 분화과정중의 결함은 배아의 사산이나 임신질환 등의 치명적 결과를 초래한다. 하지만, 영양배엽 세포의 분화를 조절하는 분자생물학적인 메카니즘은 아직 규명되지 않고 있다. 영양배엽 세포의 분화를 조절하는 경로를 규경하기 위한 선결과제는 분화된 영양배엽 세포에서만 발현하는 많은 유전자들이 밝혀져야만 한다. 본 연구팀은 최근에 분화된 영양배엽 세포에서만 발현하는 두 종류의 새로운 유전자들을 찾았다. 한 종류는 homeobox를 보유하고 있는 조절 유전자 Psx이고, 다른 한 종류는 임신호르몬인 태반 프로락틴 라이크 단백질 유전자 PLP-C${\beta}$이다. 본 연구과제의 목표는 이들 유전자의 기능과 조절 메카니즘을 규명함으로써, 영양배엽 세포의 분화를 조절하는 조절경로를 밝히는 것이다. 이를 위하여 다음과 같은 일련의 연구를 수행할 것이다. 1) Psx 유전자가 분화된 영양배엽 세포에서만 발현케 하는 조절 메카니즘을 규명하기 위해 functional assays, in vitro footprinting, gel mobility shift assays, 생쥐형질전화, UV crosslinking, Southwestern blot 등의 방법을 통해 Psx 유전자의 cis-acting 요인과 trans-acting factor를 밝혀 분석한다. 2) 영양배엽 세포의 분화조절 경로를 규명하기 위해 random oligonuclotide library screening, DD-PCR, subtractive screening 등의 방법을 이용하여 Psx 유전자에 의해 조절되는 하부유전자를 밝힌다. 3) Psx 유전자를 knock-out시켜 영양배엽 세포가 발달 및 분화하는데 미치는 역할을 밝힌다. 4) Yeast two-hybrid screening방법을 이용하여 태반 프로락틴 유전자의 수용체를 찾아 이들의 신호전달 기전을 밝힌다. 제1차년 연구결과로서, mouse와 rat으로부터 각각 Psx 유전자의 genomic DNA를 클로닝하여, 유전자 구조를 비교한 결과, mouse Psx (mPsx2)는 4개의 exons으로 이루어져 있는 반면에, rat Psx (Psx3)는 3개의 exons으로 구성되어 있었다. 즉, rPsx3는 mPsx2의 exon1이 없었다. Notrhern blot과 in situ hybridization 분석에 의해 mouse와 rat에서 Psx 유전자가 다르게 발현 조절되는 현상을 밝혔다. 실제로 mPsx2와 rPsx3의 5'-flanking지역을 클로닝하여 염기서열 분석 결과 전혀 homology를 찾을 수 없었다. 또한, 이들 각각 promoter의 activity를 luciferase reporter를 이용하여 조사한 결과 Rcho-1 trophoblast cells에서 각기 다른 activity를 보여 주는 것을 발견하였다. Psx 유전자의 transcription start sites는 Primer extension에 의해 밝혔다. 또한 Psx2 유전자를 knock-out 시키기 위해 targeting vector를 Osdupde1에 제작하였다. 본 과제를 시작할 때 새로운 프로락틴 유전자 하나를 클로닝하여 이 유전자를 PLP-I라고 이름을 붙였다. 이 후 이 유전자 (PLP-I)는 PLP-C${\beta}$라고 이름을 붙이게 되었다. Mouse PLP-C${\beta}$ 유전자의 counterpart를 rat에서 찾아 염기서열을 비교한 결과 mouse와 rat에서 PLP-C${\beta}$유전자의 homology는 약 79% (amino acid level)였다. 본 연구과정을 통해 또 하나의 새로운 PLP-C subfamily member를 mouse로부터 클로닝 하였고, 이 유전자를 PLP-C${\gamma}$라 하였다. PLP-C${\beta}$와 PLP-C${\gamma}$의 발현 유형은 Northern blot과 in 냐셔 hybridization 분석에 의해 태반의 제한된 spongitrophoblast와 trophoblast giant cells에서만 발현하는 것을 밝혔다. 놀랍게도 이들 두 새로운 유전자는 alternative splicing에 의해 두 종류의 isoform이 있음을 밝혔다. PLP family member 유전자로서 splicing에 의한 isoforms을 보여 주는 유전자로는 PLP-C${\beta}$와 PLP-C${\gamma}$가 최초이다. 이들 isoform mRNAs의 발현 유형은 RT-PCR 방법을 이용하여 규명하였다. 또 하나의 새로운 발견은 PLP-C${\beta}$와 PLP-C${\gamma}$가 독특한 유전자 구조를 갖고 있었다. 즉, PLP-C${\beta}$는 exon3의 alternative splicing에 의해 5개 혹은 6개의 exons을 갖는 two isoforms이 생긴다. 반면에 PLP-C${\gamma}$는 exon2가 alternative splcing이 되면서 7개의 exons을 갖거나 6개의 exons을 갖는 isoforms을 만든다. 그리고, PLP-C${\gamma}$의 promoter activity를 trophoblast Rcho-l${\gamma}$ 세포주를 이용하여 PLP-C${\gamma}$ 의 1.5 kb 5'-flanking 지역이 trophoblast-specific promoter activity를 갖고 있음을 밝혔다. PLP-C${\gamma}$ 유전자의 transcription start site는 Primer extension에 의해 밝혔다. 제 1차 년도의 연구결과를 토대로, 2차년에서는 다음단계의 연구를 수행하고자 한다. 즉, 1) mPsx2와 rPsx3의 promoter를 비교분석 함으로서 mouse와 rat에서 Psx 유전자가 다르게 조절되는 메카니즘 규명, 2) Psx와 PLP-C 유전자의 promoter에 있는 cis-acting elements 탐색, 3) Psx2와 Psx3의 단백질을 이용하여 이들이 binding하는 target sequence 규명, 4) 제작한 Psx2 targeting vector를 이용하여 ES cells에서 Psx2 유전자 knock-out, 5) Psx 유전자를 과발현시키는 세포주를 만들고 Psx에 의해 조절되는 유전자 탐색, 6) 새로 밝히 PLP-C members 유전자들의 조절기전을 Rcho-1 세포주를 이용하여 여러 거지 성장인자와 다른 호르몬에 대한 반응을 탐색, 7) Psx와 PLP-C${\gamma}$ 유전자의 chromosomal mapping 등을 밝힐 것이다.

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