• 제목/요약/키워드: 계군분석

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미토콘드리아 유전자 염기서열 분석에 의한 대구 계군 분석 (The Pulation Structure of the Pacific Cod (Gadus macrocephalus Tilesius) Based on Mitochondrial DNA Sequences)

  • 서영일;김주일;오택윤;이선길;박종화;김희용;조은섭
    • 생명과학회지
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    • 제20권3호
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    • pp.336-344
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    • 2010
  • 본 연구는 2008년에서 2009년 동안 속초, 월성, 거제도, 여수, 거문도, 서남해역에서 채집된 대구어미를 대상으로 유전적 집단구조를 조사했다. 시험에 사용된 28 마리 중에서 8 종류의 haplotype이 발견되었다. 상호 유전자 비교시 0.2-2.2% 범위에서 유전자 변이율을 볼 수 있었다. Gal haplotype은 월성, 거제도, 여수, 거문도, 서남해역에서 모두 발견된 haplotype으로 우리나라 대구의 가장 대표적인 haplotype인 것으로 추측된다. 그러나 Ga2, Ga3, Ga6, Ga7 haplotype은 속초에서만 나타났다. 또한 유전자 상호관계 분석에서도 속초에서 나타난 haplotype은 독립적인 개체군을 형성하고 있으면 다른 haplotype과의 유연 성립율은 50% 이하로 나타났다. 속초를 제외한 나머지 지역의 지역적 유전거리는 -0.0123 에서 -0.0423 이면 유전적 이동률은 거의 무한대로 보여 동일한 집단을 형성하고 있는 것으로 보였다. 그러나 속초와는 현저한 유전적 거리를 나타내고 있고, 속초의 유전적 다양성이 가장 낮게 나타나서 속초의 대구 개체군은 소형임과 아울러 다른 지역관의 유전적 이동이 거의 차단된 것으로 보인다. 따라서 우리나라에서 어획되는 대구 계군은 속초를 제외하고 활발한 유전적 이동으로 동일한 유전적 집단을 형성하고 있는 것으로 보인다.

육용계에 있어서 계절 및 성별 산육능력 변화에 관한 연구 1.계절 및 연차가 산육능력에 미치는 영향 (Studies on the Change of Meat Productivies by Season and Sex in Broiler Chickens 1. Effects of season and year on meat productivity)

  • 오기석;정익정;정선부;오세정
    • 한국가금학회지
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    • 제17권1호
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    • pp.17-25
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    • 1990
  • 본 연구는 육용계에 있어서 온도변화에 따르는 계절 및 암수분리사육에 따르는 성별 사육방법이 생존율, 체중, 사료섭취량 및 사료요구율 등에 미치는 효과를 구명하기 위하여 '86 ∼'89연도의 4연간의 육용계 경제능력검정성적을 3계절(봄, 여름, 겨울)과 성별(수탉, 암탉)로 분류하여 계군당 240∼360수씩 12회에 걸쳐 118계군 38,451수를 6, 7주간 조사 기록한 성적으로 분석하였던 바 그 결과를 요약하면 다음과 같다. 1. 연차별 개량정도는 생존율, 체중 및 사료요구율에서는 고도의 유의성 (P<0.01)을 나타내었으나, 사료섭취량에서는 큰 차이가 나타나지 않았다. 2. 계절별 산육능력 처리를 보면 생존율은 차이가 없지만 7주령 체중은 봄 2,320g, 겨울 2,238g 및 여름은 2,130g으로 봄에 가장 무거웠고(P<0.01), 사료섭취량도 여름에는 봄에 비해 0.9%,겨울에 비해 0.6% 적게 섭취하였으나(P<0.01), 사료요구율에서는 큰 차이가 나타나지 않았다.

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닭의 괴사성 장염 및 건강 계군에서 분리한 Clostridium perfringens의 신속동정 및 독소형 분석 (Rapid identification and toxin type analysis of Clostridium perfringens isolated from healthy or diseased stocks with necrotic enteritis in chichen)

  • 김홍집;강문일;정운익
    • 대한수의학회지
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    • 제37권1호
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    • pp.137-146
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    • 1997
  • About Clostridium perfringens causing clinically necrotic enteritis or isolated from the intestinal contens of healthy chicken, We examined the usefulness of a rapid identification method by gas-liquid chromatography as well as the types of toxins. For this study, there were used 169 chickens including 116 broilers, 27 layers and 26 breeders which collected from 9 healty flock and 21 diseased flock showing necrotic enteritis. Among them, Cl perfringens was isolated from 30 chickens(17.8%) including 7 breeders(26.9%), 5 layers(18.5%) and 18 broilers(15.5%). Isolation of Cl perfringens was mainly from ceca (100%) and followed by small intestines(70.0%) and livers(16.7%), respectively. Average concentration of the pathogen in intestinal contents was $10^{3.8}CFU/g$ in cases occuring necrotic enteritis and on the contrary $10^{3.8}CFU/g$ in healthy cases. All isolates tested showed the same characterstics in biochemical tests compared to those in standard strain. Analysis of gas-liquid chromatography to volatile fatty acids produced by Cl perfringens in PYG broth showed the typical peaks of acetic and butyric acids compatible with the standard chromogram and was confirmed as a effective and reliable tool for rapid identification of the bacteria. Toxin types of 30 strains were mostly classified in A type(26 isolates) and the rest in C type(2 isolates) and unidentifed type(2 isolates). All the isolates were highly susceptible to amphicillin, amoxicillin and cephalothin.

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한국 연어의 소상하천간 유전적 유사성과 차이점 및 일본 연어와 유전적 관계 (Genetic Similarity-dissimilarity Among Korea Chum Salmons of Each Stream and Their Relationship with Japan salmons)

  • 김고은;김충곤;이윤호
    • 한국해양학회지:바다
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    • 제12권2호
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    • pp.94-101
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    • 2007
  • 한국 동해안의 가장 대표적인 연어과 어류인 연어(Oncorhynchus keta)의 집단 분석을 위한 연구가 국내에서는 많이 수행되지 않았다. 최근 연어과 어류의 계군을 분석하는데 유전자를 이용하는 방법들이 시도되고 있으며, 단일염기다형성(SNP)을 이용한 집단 구분 방법이 점차 많이 이용되고 있다. 본 연구에서는 한국 연어의 소상하천간 유전적 유사성과 차이점 및 일본 연어와 유전적 관계를 살펴 보기 위하여, 미토콘드리아의 COIII-ND3-ND4L 지역 720 bp 염기 서열을 분석하였다. 한국의 3개 지역(고성 북천, 양양 남대천, 울진 왕피천)에서 채집된 108개체와 일본의 2개 지역(홋카이도의 마시케와 하코다데)에서 채집된 44개체를 분석하여 29개의 haplotype을 확인하였다. 유전적 다양성은 남대천 연어에서 가장 높고 하코다데에서 가장 낮았다. Pairwise $F_{ST}$와 AMOVA를 이용한 집단 분석 결과, 한국 연어는 소상하천간 유전적 차이가 거의 없으며 일본 연어와도 크게 구분되지 않았다($F_{ST}<0.07$). 그러나, haplotype 유사성으로 본 각 개체의 유전적 관계는 한국 연어의 일부(약 25%)가 일본 연어와 구분되는 독특한 유전적 가계(lineage)를 형성하고 있으며, 국내 남대천과 북천 연어에는 왕피천과 구분되는 연어 가계가 존재함을 보여준다.

성장 단계에 따른 한국 재래 오골계 근육의 조직학 및 생리학적 특성 (Histochemical and Physiological Characteristics during Korean Native Ogol Chicken Development)

  • 남윤주;김동욱;최영민;류연철;이상훈;김병철
    • 한국축산식품학회지
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    • 제27권4호
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    • pp.401-408
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    • 2007
  • 본 연구는 한국 재래 오골계의 성장에 따른 조직학적 및 생리학적 특성을 분석하기 위해 수행하였다. 계군들의 체중, 흉근과 가자미근의 무게 측정 및 시료의 채취는 부화 직후 및 3, 5, 15주령에 이루어졌다. 근섬유 특성은 부화 직후에서 15주령까지의 오골계 흉근과 가자미근을 이용하여 분석하였고, DNA, RNA 및 단백질 함량은 왼쪽 흉근에서 측정하였다. 체중의 상대적인 증가율은 부화 직후에서 3주령까지의 기간에 가장 크게 나타났다. 가슴의 무게는 부화 직후에서 3주령까지의 기간에 약 24.46배가 증가했으며, 가슴 중 흉근도 동일한 기간 동안 약 31.14배 증가하였다. 소퇴부 및 가자미근의 무게 역시 부화 직후에서 3주령까지의 시기에 뚜렷한 증가가 나타났다. 모든 근섬유의 단면적은 성장 기간 동안 증가하는데, 15주의 실험 기간 동안 흉근의 근섬유 단면적은 65배 증가($34.06\;{\pm}\;3.08$에서 $2238\;{\pm}\;177\;{\mu}m^2$)하였다. 흉근의 근섬유 단면적은 부화 직후에서 3주령까지의 기간에는 약 18배, 3주령에서 5주령까지의 기간 동안에는 약 1.6배 증가를 보였다. 따라서 흉근의 근섬유 단면적과 무게 역시 3주령 때까지 가장 큰 증가를 보임을 알 수 있다. 핵산 및 단백질의 함량을 분석한 실험에서도 부화 직후에서 3주령 사이에 가장 큰 증가가 나타났는데, 부화부터 3주령까지의 기간 동안 각각 DNA 총량은 13배, RNA 총량은 21배, 단백질 총량은 30배 증가한 것으로 나타났다.

한국 재래계의 HNF4α 유전자 내 SNP와 성장과의 연관성 분석 (Association of SNPs in the HNF4α Gene with Growth Performance of Korean Native Chickens)

  • 양송이;최소영;홍민욱;김훈;곽경록;이효정;정동기;손시환;홍영호;이성진
    • 한국가금학회지
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    • 제45권4호
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    • pp.253-260
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    • 2018
  • $HNF4{\alpha}$ 유전자는 인간의 지질 수송 및 대사에 관여하는 간 전사인자로써, 닭의 지방 축적에 관련된 잠재적 후보유전자로 선정하였다. 선행연구에서 보고된 $HNF4{\alpha}$ 유전자 내 A543G SNP은 외래 육계뿐만 아니라, 외래 육계와 유전적 차이를 가지는 한국 재래계의 생시체중과 생체중에 유의적 연관성을 보인 바 있으나, 해당 SNP의 정확한 위치는 보고된 바 없다. 따라서 본 연구에서는 sequencing을 통하여 A543G SNP의 정확한 위치를 파악하고, A543G SNP의 주변 부위의 한국 재래계의 산육형질에 유의적 연관성이 있는 SNP을 파악하고자 하였다. Genomic DNA는 128수의 한국재래계의 혈액을 이용하여 추출하였으며, PCR 뒤 sequencing에 사용되었다. Sequencing 결과, 증폭범위 내에서 총 14개의 SNP가 탐색되었으며, 이 중 $HNF4{\alpha}$ 유전자의 intron 4 상에서 기존에 보고되지 않은 1개의 새로운 SNP를 발견하였다. 확인된 14개의 SNP 중 rs731246957과 rs736159604가 재래계의 생시체중 및 생체중에 유의적 연관성(P<0.001)을 보였다. rs731246957은 닭의 20번 염색체의 5,566,970번째에 위치하며, 선행논문에서 체중과의 연관성이 보고된 A543G SNP인 것으로 확인되었으며, 기존의 연구결과와 유사한 결과를 얻을 수 있었다. 반면에 선행논문에서 닭의 성장형질과의 연관성이 보고된 적 없는 rs736159604 SNP는 GG 유전자형 그룹이 GA, AA 유전자형 그룹에 비해 꾸준히 높은 체중 관측치를 보였으며, 특히 40주령의 체중은 다른 유전자형 그룹에 비해 약 1.8배 높게 관측되었다. 뿐만 아니라 신규 발견한 SNP의 T allele을 가지는 계군이 G allele을 가지는 계군보다 성장면에서 고능력을 보이는 것을 확인하였다. 따라서 본 연구결과는 한국재래계의 산육형질과 연관된 후보유전자로써 $HNF4{\alpha}$ 유전자의 기초정보를 제공하며, 해당 유전자내 특정 단일염기의 변이가 재래계의 체중 관련 유전자 마커로 유용하게 활용 가능할 것을 시사한다.

Microsatellite marker 분석을 이용한 명태(Theragra chalcogramma) 5 집단의 유전적 다양성 및 유연관계 분석 (Genetic Diversity and Relationship of the Walleye Pollock, Theragra chalcogramma Based on Microsatellite Analysis)

  • 동춘매;강정하;변순규;박기영;박중연;공희정;안철민;김군도;김은미
    • 생명과학회지
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    • 제26권11호
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    • pp.1237-1244
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    • 2016
  • 한류성 어종인 명태는 우리나라 동해를 비롯한 일본, 러시아 북부의 오호츠크해, 베링해, 알래스카 등지에 서식하는 중요한 수산자원으로, 우리나라에서는 그 어획량이 매년 감소하고 있어, 그 자원량의 회복과 보존 및 관리가 필요한 대표적 어종이다. 그러나, 이러한 중요성에도 불구하고 국내에서 명태의 유전학적 집단 분석에 관한 연구는 많이 수행되지 않은 실정이다. 본 연구에서는 우리나라 동해, 러시아, 미국 명태 집단 및 일본 명태 집단과의 유전적 다양성과 유연관계를 분석하여 명태자원의 보존과 관리를 위한 과학적 자료를 제공하기 위해 유전적 다양성 및 계군 분석에 널리 사용되고 있는 microsatellite marker (msDNA) 8개를 사용하여 명태 집단의 유전자형을 분석하였다. 우리나라 동해, 러시아, 미국 및 일본 집단에서 채집된 총 186개체를 분석한 결과, 대립유전자수는 최소 7.13개에서 최대 10.63개로 나타났고, 평균 대립유전자의 수는 9.05개로 나타났다. 기대치와 관찰치 이형 접합율은 각각 0.698과 0.732로 조사되어, 현재 확보된 명태 집단의 유전적 다양성은 비교적 잘 유지되고 있는 것으로 나타났다. 유전학적 유연관계 분석을 위한 유전적 거리, Pairwise FST값, UPGMA와 주성분분석, AMOVA test 분석 결과, 우리나라 동해, 러시아, 미국의 명태 집단 간 유전적 차이는 거의 없었으나 일본 명태 집단과는 낮은 수치이지만 유의한 유전적 차이가 있음을 확인하였다(p<0.05). 본 연구에서 확인된 유전학적 분석을 통한 명태집단의 유전적 특성 및 주변국 집단과의 유연관계 분석결과는 우리나라 동해의 중요한 수산유전자원으로서의 명태에 대한 중요한 과학적인 근거자료가 될 것이며, 앞으로 명태 자원의 보존, 평가 및 이용에 활용 가능한 정보를 제공할 것이다.

육계 농장 깔짚에서의 주요 바이러스 병원체 오염 실태 조사 (Monitoring of Major Viral Pathogen Contamination in New and Reused Broiler Farm Litter)

  • 최강석;전우진;이은경;권준헌;이진화;성환우
    • 한국가금학회지
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    • 제38권3호
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    • pp.181-189
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    • 2011
  • 새 깔짚을 사용하는 16개 농가와 깔짚을 교체하지 않는 15개 농가를 대상으로 2009년 7월부터 11월까지 5개월에 걸쳐 농가당 2회 입식 기준으로 병아리 입식 전과 출하 전 깔짚을 수거하여 주요 바이러스 병원체의 오염 실태를 조사하고, 생산성을 분석하였다. 그 결과, 조사 기간 동안 깔짚을 교체해 주는 농가의 75%(12/16농가)에서, 깔짚을 재사용하는 농가의 73%(11/15)에서 37주의 바이러스가 분리되었다. 바이러스분리 시기별로보면병아리 입식 직전계사에서3주, 육계 출하 직전 계사에서 34주가 분리되었다. 깔짚 형태로 보면 새 깔짚을 사용하는 계사에서 17주, 깔짚을 재사용하는 계사에서 20주가 분리되어 계사 내 바이러스 병원체 오염정도는 깔짚 교체여부와 크게 관련성이 없는 것으로 나타났다. 분리된 바이러스 37주는 병원체별로 보면 IBV 14주, IBDV 2주, FAdV 9주 그리고 CIAV 12주였다. 이 중 IBDV 1주와 CIAV 2주는 입식 직전 계사에서 분리되었다. 본 연구에서 조사한 31개 농장 62개 계군의 생산지수를 조사한 결과, 깔짚 교체 농가와 재활용 농가 간 생산성은 유의성이 있는 차이가 나타나지 않았다.

난용계의 난구함분에 관한 유전력 및 유전상관 (Heritabilities and Genetic Correlations on Egg Compositions in Layers)

  • 상병찬;한성욱;정선부
    • 한국가금학회지
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    • 제16권2호
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    • pp.83-89
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    • 1989
  • 본 연구는 산란계의 개량을 위한 난구성분의 유전역과 유전상관을 추정하고자 1980년 3월 1 일부터 1981년 7월 31일까지 사육 되어온 S.C.W. Leghorn종 351수와 R. I. Red종 326鳶수에서 생산된 계란 6,093개의 난구성분을 조사 분석하여 얻어진 결과를 요약하면 다음과 같다. 1. 평균난백중은 S.C.W. Leghorn종과 R. I. Red종에서 각각 초산시에 28.67, 28.95g, 300일영에 36.28, 36.015, 5일영에 37.15, 36.855이었고, 난황중은 각각 초산시에 9.21, 9.465, 300일영에 15.95, 16.435, 500일영에 17.86, 18.54 g 이었으며, 난각중은 각각 초산시 4.04, 3.66 g, 300일영에 5.39, 5.13g, 500일영에 5.40, 5.28 g이었다. 2. 유전력 추정치에 있어서는 S.C.W. Legrn종 및 R. I. Red종의 난백중은 부분산성분에서 각각 0.637∼0.746, 0.94∼0.563 이었고, 모분산성분에서 각각 0.412∼0.496, 0.477∼0.620으로 대체로 높은 추정치이었으며, 난황중은 부분산성분에서 각각 0.213∼0.530. 0.253∼0.437이었코, 모분산성분에서 각각 0.343∼0.613, 0.389∼0.477로 모분산성분에서 높았으며, 난각중은 부분산성분에서 각각 0.427∼0.602, 0.141 ∼0.281 이었고, 모분산성분에서 각각 0.336∼0.409 및 0.380∼0.552이었다. 3. 난구성분들간의 유전상관은 난백중과 난황중간에는 S.C.W, Leghorn종과 R. I. Red종에서 각각 0.082∼0.399 및 0.142∼0.465로 저도 또는 중도의 상관인 반면에 난백중과 난각중간에는 각각 0.674∼0.952 및 0.216∼0.546으로 높거나 중정도의 정의 상관이었고, 난황중과 난각중간에는 각각 0.273∼0.771 및 0.122∼0.749이었다.각 0.47~0.52, 0.40~0.54로 유전력이 비교적 높은 형질임을 알 수 있다. 그러나 총산란수(TEN)와 총산란중량(TEM)의 유전역은 각각 0.07~0.37, 0.18~0.27로 유전력이 낮은 형질임을 나타내고 있으며 모든 산란형질의 유전력이 모분산성분에 의한 추정치가 부분산성분에 의한 추정치 보다 높게 나타나서 이들 형질의 모체효과를 포함한 비상가적 유전분산의 효과를 시사하고 있다. 3. 퇴교배에 따른 유전력 변화를 부모분산성분에 의하여 살피보면 기초계군(BC0), 퇴교배 1세대(BC1), 퇴교배 2세대(BC2)로 퇴교배가 증가함에 따라 초산일령(SM)은 0.47, 0.42, 0.51 이였으며 총산란수(TEN)에서는 0.28, 0.13, 0.27으로 유전역 변화의 일정한 경향치를 보이지 않았다. 그러나 평균난중(AEW)과 총산란 중량(TEM)에서는 기초계군(BC0), 퇴교배1세대(BC1), 퇴교배2세대(BC2)로 퇴교배가 증가함에 따라 0.59, 0.43, 0.35와 0.28, 0.20, 0.18로 추정되어 뚜렷한 유전력의 감소를 보이고 있다. 이것은 퇴교배가 증가함에 따라 평균난중과 총산란중량에 대한 유전적 변이의 감소에 기인된 것으로 생각된다. 4. 산란형질간의 유전상관을 살펴보면 초산일령(SM)과 총산란수(TEN)간의 유전상관은 -0.55이고 초산일령(SM)과 총산란중량(TEM)간은 -0.42로 부의 상관을 보이고 있다. 그러나 초산일령(SM)과 평균난중(AEW)간은 0.20으로 낮은 정의 상관을 나타내고 있다. 평균난중(AEW)과 총산란수(TEN)간은 -0.29이고 평균난중(AEW)과 총산란중량(TEM)간은 0.31의 낮은 유전상관을 보이고 있다. 한편 총산란중량(TEM)과 총산란수(TEN)간은 0.82의 높은 정의 상관을 나타내므로 이상의 결과에서 총산란중량(TEM)에 관여하는 것은 평균난중(AEW) 보다는 주로 총산란수(TEN)에 기인하는 것 같다. 또한 총산란수( TEN)는 초산일령(

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