• Genomics & Informatics
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• 제8권3호
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• pp.103-107
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• 2010

The imputation of untyped SNPs enables researchers to validate association findings across SNP arrays and also enables them to test a large number of SNPs to reveal the fine structure of the association peak, facilitating interpretation of the results and the location of causal polymorphisms. In this study, we applied the imputation method to a genomewide association study and recapitulated the previously associated gene loci of blood pressure traits in Korean cohorts. A total of 1,827,004 SNPs were imputed by the IMPUTE program, and we conducted a genomewide association study for systolic and diastolic blood pressure. While no SNPs passed the Bonferroni correction p-value (p=$2.74{\times}10^{-8}$ for 1,827,004 SNPs), 12 novel loci for systolic blood pressure and 16 novel loci for diastolic blood pressure were detected by imputed SNPs, with $10^{-5}$ < p-value < $10^{-4}$. Moreover, 7 regions (ATP2B1, 10p15.1, ARHGEF12, ALX4, LIPC, 7q31.1, and TCF7L2) out of 14 genetic loci that were previously reported revealed that the imputed SNPs had lower p-values than those of genotyped SNPs. Moreover, a nonsynonymous SNP in the CSMD1 gene, one of the 14 genes, was found to be associated with systolic blood pressure (p<0.05). These results suggest that the imputation method can facilitate the discovery of novel SNPs as well as enhance the fine structure of the association peak in the loci.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제24권2호
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• pp.144-151
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• 2014

Increasing the gene copy number has been commonly used to enhance the protein expression level in the yeast Pichia pastoris. However, this method has been shown to be effective up to a certain gene copy number, and a further increase of gene dosage can result in a decrease of expression level. Evidences indicate the gene dosage effect is product-dependent, which needs to be determined when expressing a new protein. Here, we describe a direct detection of the gene dosage effect on protein secretion through expressing the enhanced green fluorescent protein (EGFP) gene under the direction of the ${\alpha}$-factor preprosequence in a panel of yeast clones carrying increasing copies of the EGFP gene (from one to six copies). Directly examined under fluorescence microscopy, we found relatively lower levels of EGFP were secreted into the culture medium at one copy and two copies, substantial improvement of secretion appeared at three copies, plateau happened at four and five copies, and an apparent decrease of secretion happened at six copies. The secretion of EGFP being limiting at four and five copies was due to abundant intracellular accumulation of proteins, observed from the fluorescence image of yeast and confirmed by western blotting, which significantly activated the unfolded protein response indicated by the up-regulation of the BiP (the KAR2 gene product) and the protein disulfide isomerase. This study implies that tagging a reporter like GFP to a specific protein would facilitate a direct and rapid determination of the optimal gene copy number for high-yield expression.

• 한국식품과학회지
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• 제26권3호
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• pp.300-304
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• 1994

고추장의 유통기간 중 품질변화를 예측하기 위하여 숙성 완료된 고추장을 $13^{\circ}C$, $27^{\circ}C$ and $37^{\circ}C$ 에 저장하면서 품질의 변화를 측정하였다. 수분, 조단백질, 캡사이신함량은 저장 중 거의 변화하지 않았으나, 아미노태질소, 표면색도, pH는 감소하는 경향을 나타내었으며 암모니아태질소, 산도는 증가하였다. 이러한 증감현상은 저장온도가 높을수록 더욱 뚜렷하여 저장 온도가 고추장의 품질변화에 밀접한 관련이 있음을 알 수 있었다. 총균수는 저장온도 및 기간의 증가에 따라 큰 변화는 보이지 않았으며, 진균류는 검출되지 않았다. 이화학적 품질 특성과 관능검사와의 상관관계를 구한 결과 아미노태질소의 변화가 가장 높은 상관관계를 보였다. 저장기간에 따른 아미노태 질소값의 변화율은 1차 반응식으로 해석되었음, 반응상수로부터 계산된 $Q_{10}$값은 2.98이었다. 또한, Arrhenius equation을 이용하여 활성화에너지를 구한 결과 15.84 Kcal/mole인 것으로 나타났다.

• 정보보호학회논문지
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• 제10권4호
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• pp.81-93
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• 2000

본 논문에서는 RSA 암호 시스템의 핵심 연산인 모듈로 멱승의 처리속도를 향상시키기 위한 방법으로 하이래딕스 (High-Radix) 연산 방식과 CRT(Chinese Remainder Theorem)를 적용한 새로운 하드웨어 구조를 제안한다. 모듈로 멱승의 기본 연산인 모듈로 곱셈은 16진 연산 방법을 사용하여 PE(Processing Element)의 개수를 1/4고 줄임으로써, 기존의 이 진 연산 방식에 비해 클럭 수차 파이프라이닝 플립플롭의 지연시간을 1/4로 줄였다. 복호화시에는 합성수인 계수 N 의 인수, p, q를 알고 있는 점을 이용하여 속도를 향상시키는 일반적인 방법인 CRT 알고리즘을 적용하였다. 즉, s비트 의 키에 대해, s/2비트 모듈로 곱셈기 두 개를 병렬로 동시 수행함으로써 처리 속도를 CRT를 사용하지 않을 때보다 4 배정도 향상시켰다. 암호화의 경우는 두 개의 s/2비트 모듈로 곱셈기를 직렬로 연결하여 s/비트에 대한 연산이 가능하도록 하였으며 공개키는 E는 17비트까지의 지수를 허용하여 빠른 속도를 유지하였다. 모듈로 곱셈은 몽고메리 알고리즘을 변형하여 사용하였으며, 그 내부 계산 구조를 보여주는 데이터 종속 그래프(Dependence Graph)를 수평으로 매핑하여 1차원 선형 어레이 구조로 구성하였다. 그 결과 삼성 0.5um CMOS 스탠다드 셀 라이브러리를 근거로 산출한 때, 1024 비트 RSA 연산에 대해서 160Mhz의 클럭 주파수로 암호화 시에 15Mbps, 복호화 시에 1.22Mbs의 성능을 가질 것으로 예측되며, 이러한 성능은 지금가지 발표된 국내의의 어느 논문보다도 빠른 RSA 처리 시간이다.

• 생명과학회지
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• 제32권10호
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• pp.821-831
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• 2022

본 연구의 목적은 아동의 신체접촉놀이를 중재로 한 선행 연구들을 체계적 문헌고찰 및 메타분석을 통해 그 효과를 분석하고자 함이다. 본 연구는 국내 주요 DB를 이용하여 논문 검색을 하였으며 1,544편 중 선정기준에 적합한 최종 7편의 논문을 체계적 문헌고찰을 하였으며 7편의 논문에서 제시된 20개의 중재를 대상으로 메타분석을 실시하였다. 연구출처는 KERIS, KISS, DBpia, SciencON을 통해서 2022년 8월까지 출판된 연구를 분석하였다. 연구대상이 되는 주요어는 아동, 유아, 신체접촉, 신체접촉놀이, 신체접촉활동, 신체접촉놀이 프로그램 등이다. 분석은 랜덤효과모형을 이용하였으며, 신체접촉 프로그램의 효과크기를 산출하였다. 본 연구에서 신체접촉놀이 프로그램에 대한 효과 크기는 Hedges' g=6.20(95% CI: 3.74-8.66)로 큰 효과크기를 보였으며, 전체 이질성이 I2=95.4% (Q=417.30, p<.001)로 나타나 총 중재횟수와 중재기간을 조절변수로 하여 조절효과를 분석하였다. 분석결과 총 중재횟수에서는 유의한 차이가 있었고 중재기간에서는 유의한 차이가 없었다. 본 연구는 우리나라 아동의 신체접촉놀이 프로그램의 효과에 대한 국내 연구결과들을 체계적으로 분석하고, 그 효과 크기를 객관적으로 제시하여 향후 신체접촉놀이 프로그램을 설계할 때 기초자료를 제공하였다는데 의의가 있다. 연구결과를 바탕으로 신체접촉놀이 프로그램의 효과에 대한 근거자료를 확보하기 위해 추후 연구가 필요하다고 사료된다.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제15권7호
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• pp.957-962
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• 2002

In July, three trials were conducted to evaluate the best sponge type and optimum PMSG dose to be administered to sheep under the Jordanian Badia (arid) conditions. In trial 1, three flocks (n=77, n=18 and n=47 for flocks 1, 2 and 3, respectively) were administered with 40 mg fluorogestone acetate (FGA) intravaginal sponges for 12 days before receiving 600 IU of PMSG at the time of sponge removal. In trial 2, 95 ewes were assigned to 4 groups to receive 300 (n=25), 450 (n=27), 600 (n=22) or 750 (n=21) IU of PMSG following a 12 d FGA 40 mg sponge insertion period. In trial 3, 60 ewes were assigned to 3 groups (n=20) to receive either FGA 30 mg, FGA 40 mg or medroxyprogesterone acetate (MAP) 60 mg intravaginal sponges all followed by an administration of 600 IU of PMSG at sponge removal. In all trials, rams were isolated 1 day before sponge insertion and were allowed back with the ewes at sponge removal. Estrual responses and lambing data were collected. The effects of treatment, milking status and face color on estrual responses and lambing data were examined. In trial 1, greater first cycle conception rate (p<0.05), twinning rate (p<0.01) and the number of lambs born/served ewe (p<0.01) were observed in flock 2 compared with flocks 1 and 3. Neither face color nor milking status had any influence on the measured parameters (p>0.05). Despite low lambing rate in trial 2, ewes receiving 600 IU of PMSG had greater (p<0.05) number of lambs born/served ewe compared with ewes receiving 450 IU of PMSG. Regardless of PMSG dose, intervals to detected estrus occurred 10 h earlier (p<0.01) in dry than lactating ewes. Similar to trial 2, lambing rate was depressed in trial 3. The expression of estrus was advanced (p<0.05) in ewes receiving MAP 60 mg sponges compared with those receiving FGA 30 and FGA 40 mg sponges (42$\pm$3.1, 49$\pm$3.1 and 49$\pm$3.1 h post sponge removal in ewes receiving MAP 60 mg, FGA 30 mg and FGA 40 mg sponges, respectively). Other parameters were not influenced (p>0.05) by sponge type, milking status and face color. Data show that a 600 IU dose of PMSG tends to give the best lambing results. In addition, results indicate that the use 60 mg MAP sponges for estrus synchronization may be more appropriate under the Jordanian Badia conditions during late seasonal anestrus.

• Journal of the korean society of oceanography
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• 제32권4호
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• pp.163-170
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• 1997

Some CMP gathers acquired from shallow marine seismic reflection survey in offshore Korea do not show the hyperbolic trend of moveout. It originated from so-called swell effect of source and streamer, which are towed under rough sea surface during the data acquisition. The observed time deviations of NMO-corrected traces can be entirely ascribed to the swell effect. To correct these time deviations, a residual statics is introduced using Genetic Algorithms (GA) into the swell correction. A new class of global optimization methods known as GA has recently been developed in the field of Artificial Intelligence and has a resemblance with the genetic evolution of biological systems. The basic idea in using GA as an optimization method is to represent a population of possible solutions or models in a chromosome-type encoding and manipulate these encoded models through simulated reproduction, crossover and mutation. GA parameters used in this paper are as follows: population size Q=40, probability of multiple-point crossover P$_c$=0.6, linear relationship of mutation probability P$_m$ from 0.002 to 0.004, and gray code representation are adopted. The number of the model participating in tournament selection (nt) is 3, and the number of expected copies desired for the best population member in the scaling of fitness is 1.5. With above parameters, an optimization run was iterated for 101 generations. The combination of above parameters are found to be optimal for the convergence of the algorithm. The resulting reflection events in every NMO-corrected CMP gather show good alignment and enhanced quality stack section.

• 지구물리와물리탐사
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• 제12권4호
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• pp.316-327
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• 2009

1999년 국내 지진관측소 표준안이 제안된 이후로, 주요 지진관측 기관 대부분의 관측소에는 Quanterra 기록계가 설치되어 운영되고 있다. Quanterra 기록계에서는 실시간 이벤트 패킷과 데이터 패킷이 생성, 전송된다. 이벤트 패킷의 특성과 각 성분별 데이터 패킷의 데이터 센터 도착 시간을 분석하였다. 초당 100샘플의 속도 자료 기반 실시간 이벤트 패킷의 신호 대 잡음비와 신호 주기를 이용하여 실제 지진의 P파와 연관이 있는 패킷 선택 기준을 도출하였다. 선택된 이벤트 패킷의 시간 정보를 이용, 진앙을 추정하고 분석하였다. 시험 운영 결과 이벤트 패킷은 데이터 패킷에 비해 평균 3~4초 빨리 도착하며, 그 개수도 데이터 패킷에 비해 0.3%에 불과하다. 전체 이벤트 패킷 중 약 5% 만이 실제 지진의 P파와 연관된 이벤트 패킷으로 선택되었다. 선택된 이벤트 패킷을 이용하여 내륙에서 발생한 규모 2.5 이상의 지진에 대해서는 20초 이내에 10 km 이내의 오차로 진앙을 결정할 수 있었다.

• 한국산림과학회지
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• 제111권3호
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• pp.357-364
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• 2022

본 연구는 미국의 미시간주 산지로부터 도입한 종자를 이용하여 국내 6개 지역에서의 토양 물리·화학적 성질 및 기상인자에 따른 루브라참나무 초기 생장 특성을 분석하고자 수행되었다. 조사지는 화성, 양평, 평창, 삼척, 충주, 김제이며 2014년에 루브라참나무 묘목(1-0묘)은 3,000본 ha^-1 밀도로 식재되었다. 2021년도에 조사된 6개 지역 8년생 루브라참나무의 평균 수고, 근원경 및 재적생장은 각각 3.52 m, 3.84 cm, 0.0023 m³로 나타났다. 조사된 국내 6개 지역 중에서 경기도 화성시에 식재된 루브라참나무의 생장이 가장 우수하며 강원도 평창군의 생장이 가장 저조하였다. 토양특성 조사에서 조림지 토양 내 모래의 비율은 21.4~64.1%, 미사는 24.9~61.1%, 점토는 9.7~21.2%로 확인되었으며, pH는 전체적으로 4.15~4.80의 범위로 약산성을 나타내었다. 지역별로는 화성이 4.15로 가장 낮았고 삼척 지역이 4.80으로 가장 높았다. 조림지 토양의 물리·화학적 특성 및 기상인자와 생장 특성과의 상관분석을 진행한 결과, 토양인자들 중 pH는 근원경과 부의 상관을 나타냈으며 다른 토양인자들은 생장특성과 유의한 상관관계가 나타나지 않았다. 반면, 일 최고기온과 3~10월의 평균온도 등의 기상인자는 생장특성과 강한 정의 상관을 나타냈으며, 해발고와 지형, 3~10월의 강우 일수는 부의 상관을 보였다. 특히 화성지역은 가장 높은 일 최고온도와 3~10월의 평균온도, 낮은 고도와 산록에 가까운 지형으로 인해 가장 우수한 초기생장을 보이는 것으로 나타났다. 생장이 가장 저조했던 평창의 경우 높은 고도와 낮은 일 최저기온 등으로 인한 겨울철 동해 피해와 야생동물에 의한 수목 피해가 생장에 부정적인 영향을 주었던 것으로 분석되었다. 주성분 분석에서는 제 3 주성분까지 84.7%의 설명력을 나타냈으며, 생장특성인 근원경 및 재적과 생장이 가장 우수했던 화성지역이 강한 상관관계를 보였다. 종합적으로 국내 6개 지역 중에서 화성 지역의 루브라참나무 초기 생장이 가장 우수한 것으로 나타났으며, 조림지 토양의 물리·화학적 특성보다는 온도나 고도와 같은 기상과 관련된 인자가 생장특성과 상관관계가 높다는 것을 확인할 수 있었다. 이 결과는 루브라참나무 국내 조림 적지 판정 및 환경 특성에 따른 초기생장 특성 예측에 필요한 유용한 정보로 이용될 수 있을 것으로 판단된다.

• Interaction and multiscale mechanics
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• 제1권2호
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• pp.211-230
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• 2008

Owing to the growing size of the eigenvalue problem and the growing number of eigenvalues desired, solution methods of iterative nature are becoming more popular than ever, which however suffer from low efficiency and lack of proper convergence criteria. In this paper, three efficient iterative eigenvalue algorithms are considered, i.e., subspace iteration method, iterative Ritz vector method and iterative Lanczos method based on the cell sparse fast solver and loop-unrolling. They are examined under the mode error criterion, i.e., the ratio of the out-of-balance nodal forces and the maximum elastic nodal point forces. Averagely speaking, the iterative Ritz vector method is the most efficient one among the three. Based on the mode error convergence criteria, the eigenvalue solvers are shown to be more stable than those based on eigenvalues only. Compared with ANSYS's subspace iteration and block Lanczos approaches, the subspace iteration presented here appears to be more efficient, while the Lanczos approach has roughly equal efficiency. The methods proposed are robust and efficient. Large size tests show that the improvement in terms of CPU time and storage is tremendous. Also reported is an aggressive shifting technique for the subspace iteration method, based on the mode error convergence criteria. A backward technique is introduced when the shift is not located in the right region. The efficiency of such a technique was demonstrated in the numerical tests.