• 제목/요약/키워드: ${\alpha}$-amino acids

검색결과 389건 처리시간 0.02초

Role of Val289 Residue in the $\alpha$-Amylase of Bacillus amyloliquefaciens MTCC 610: An Analysis by Site Directed Mutagenesis

  • Priyadharshini, R.;Hemalatha, D.;Gunasekaran, P.
    • Journal of Microbiology and Biotechnology
    • /
    • 제20권3호
    • /
    • pp.563-568
    • /
    • 2010
  • The Val289 residue in the $\alpha$-amylase of Bacillus amyloliquefaciens, which is equivalent to the Ala289 and Val286 residues in the $\alpha$-amylases of B. stearothermophilus and B. licheniformis, respectively, was studied by site-directed mutagenesis. This residue was substituted with 10 different amino acids by random substitution of the Val codon. In these mutant $\alpha$-amylases, Val289 was substituted with Ile, Tyr, Phe, Leu, Gly, Pro, Ser, Arg, Glu, and Asp. Compared with the wild-type $\alpha$-amylase, the mutant $\alpha$-amylase Val289Ile showed 20% more hydrolytic activity, whereas Val289Phe and Val289Leu showed 50% lesser activity. On the other hand, the mutant $\alpha$-amylases Val289Gly, Val289Tyr, Val289Ser, and Val289Pro showed less than 15% activity. The substitution of Val289 with Arg, Asp, or Glu resulted in complete loss of the $\alpha$-amylase activity. Interestingly, the mutant $\alpha$-amylase Val289Tyr had acquired a transglycosylation activity, which resulted in the change of product profile of the reaction, giving a longer oligosaccharide.

호박벌 유래 디펜신 유전자의 분자적 특성분석 및 항균 활성 (Antimicrobial activity and characterization for defensin of synthetic oligopeptides derived from Bombus ignitus)

  • 강희윤;김인우;이준하;권용남;윤은영;윤형주;김성렬;김익수;황재삼
    • 한국잠사곤충학회지
    • /
    • 제50권2호
    • /
    • pp.161-165
    • /
    • 2012
  • 호박벌 유래 디펜신의 전체 아미노산 서열의 구조 분석 후에 항균활성을 갖는 서열을 선발하였고, 전체 및 펩타이드 길이와 구조적 차이에 대한 종합적인 결과로서 기존에 보고되어진 ${\alpha}$-helix 구조의 펩타이드 보다는 ${\beta}$-sheet의 일부 서열과 ${\alpha}$-helix의 서열이 공존할 때 항균 활성이 보다 뛰어남을 확인하였다. 특히 시스테인-아르기닌 (38C-39R)이 포함되어 있는 펩타이드 서열에서 항균력이 우수하였고, 이는 세포벽에 친화력이 있는 염기성 펩타이드의 특성으로 예상하고 있다.

Bacillus pumilus TX703 유래 Xylanase 유전자(xynK)의 Cloning과 염기서열 분석 (Molecular Cloning and Analysis of Nucleotide Sequence of Xylanase Gene (xynk) from Bacillus pumilus TX703)

  • 박영서
    • 생명과학회지
    • /
    • 제12권2호
    • /
    • pp.188-199
    • /
    • 2002
  • Xylanase를 생산하는 내열성 Bacillus pumilus TX703의 chromosomal DNA로부터 xylanase 유전자를 cloning하여 그 염기배열 순서를 결정한 다음 이로부터 유전자 발현에 관련된 구조를 분석하였다. Xylanase 유전자의 cloning을 위해 제한효소 HindIII로 절단한 B. pumilus TX703의 chromosomal DNA와 pUC19을 ligation시켜 E. coli DH5 $\alpha$에 형질전환시킨 후 형질전환체 중에서 xylanase 활성을 나타내는 재조합 plasmid pXES106을 분리하였다. 재조합 plasmid pXES106은 pUC19의 HindIII 부위 내에 2.24 kb의 외래 DNA가 삽입되었고, 이 plasmid DNA를 분리하여 E. coli DH5 $\alpha$에 재형질전환시킨 결과 vector 내에 xylanase 유전자가 cloning되었음을 확인하였다. Cloning된 유전자의 염기배열을 분석한 결과 이 유전자의 총 크기는 2,187 bp였고 이는 409개기 아미노산을 coding 하는 open reading frame 1,227 bp를 포함하고 있었다. 이 염기배열은 ATG개시 codon으로부터 각각 193과 216 base 상류에 TTTAAT의 -10 box와 TCGAAA인 -35 box로 추정되는 염기배열이 존재하였고 -10 box로부터 7 bp하류에 전사개시점인 A가 위치하고 있었다. 또한, 개시 codon으로부터 432 bp 상류에 공통염기배열과 14개의 염기 중 11개의 염기가 일치하는 TGATGGCGTCGGCA의 catabolite responsive element (CRE)가 존재하였다. B. pumilus TX703의 xylanase와 아미노산배열의 유사성이 가장 높은 xylanase는 Hordeum vulgare의 isozyme X-I이었고 본 xylanase는 208번째와 322번째에 glutamic acid 잔기를 가지고 있어 Clostridium thermocellum, Dictyoglomus thermophilum, Thermotoga neapolitana 등에서 밝혀진 바와 같이 glutamic acid 부위가 xylanase의 활성부위라 여겨진다.

민자주방망이버섯(L. nuda)의 영양성분 분석 (Analysis of Nutritional Components of Lepista nuda)

  • 이양숙;김종봉;신승렬;김남우
    • 한국식품저장유통학회지
    • /
    • 제13권3호
    • /
    • pp.375-381
    • /
    • 2006
  • 민자주방망이버섯의 식품 영양학적 기능적 평가를 위한 기초연구로서 영양 성분의 함량을 조사하였다. 일반성분은 수분 $90.90{\pm}0.09%$, 탄수화물 $4.38{\pm}0.07%$, 조단백질 $3.70{\pm}0.03%$, 조회분 $0.55{\pm}0.04%$ 그리고 조지방이 $0.47{\pm}0.01%$로 분석되었다. 환원당의 함량은 636.17 mg이었고 유리당은 galactose(51.98 mg), trehalose(22.48 mg), maltose(8.48 mg), mannose(7.96 mg), 그리고 arabinose(6.52 mg) 등의 순으로 모두 97.42mg이 함유되어 있었다. 무기질은 K와 Mg가 각각 103.10 mg과 56.01 mg으로 다른 것에 비하여 함유량이 높았다. 민자주방망이버섯의 구성아미노산은 총 310.39 mg이었고, 이 중 필수아미노산이 111.50 mg이었으며, valine(25.40 mg), leucine(22.52 mg), lysine(21.34 mg) 등의 함량이 상대적으로 높았다. 비필수아미노산은 총 198.89 mg이었으며, glutamic acid(60.72 mg), aspartic acid(30.17 mg), alanine(29.72 mg) 등의 함량이 높았다. 유리아미노산은 총 220.86 mg이었으며, 필수아미노산이 36.21 mg으로 isoleucine(21.57 mg), threonine(11.20 mg)의 함량이 높았으며, 비필수아미노산은 184.65 mg으로 glutamic acid(42.78 mg)와 aspartic acid(32.44 mg) 등의 함량이 높았다. 아미노산 유도체의 함량은 총 187.85 mg으로서 hydroxyproline이 121.50 mg으로 가장 높았으며 그 외 citrulline(15.58 mg), ornithine(15.41 mg), $\alpha$-aminoisobutyric acid(11.23 mg) 등의 함량이 높은 것으로 분석되었다.

A New Signal Sequence for Recombinant Protein Secretion in Pichia pastoris

  • Govindappa, Nagaraj;Hanumanthappa, Manjunatha;Venkatarangaiah, Krishna;Periyasamy, Sankar;Sreenivas, Suma;Soni, Rajeev;Sastry, Kedarnath
    • Journal of Microbiology and Biotechnology
    • /
    • 제24권3호
    • /
    • pp.337-345
    • /
    • 2014
  • Pichia pastoris is one of the most widely used expression systems for the secretory expression of recombinant proteins. The secretory expression in P. pastoris usually makes use of the prepro $MAT{\alpha}$ sequence from Saccharomyces cerevisiae, which has a dibasic amino acid cleavage site at the end of the signal sequence. This is efficiently processed by Kex2 protease, resulting in the secretion of high levels of proteins to the medium. However, the proteins that are having the internal accessible dibasic amino acids such as KR and RR in the coding region cannot be expressed using this signal sequence, as the protein will be fragmented. We have identified a new signal sequence of 18 amino acids from a P. pastoris protein that can secrete proteins to the medium efficiently. The PMT1-gene-inactivated P. pastoris strain secretes a ~30 kDa protein into the extracellular medium. We have identified this protein by determining its N-terminal amino acid sequence. The protein secreted has four DDDK concatameric internal repeats. This protein was not secreted in the wild-type P. pastoris under normal culture conditions. We show that the 18-amino-acid signal peptide at the N-terminal of this protein is useful for secretion of heterologous proteins in Pichia.

한국답토양(韓國畓土壤)에서 토양질소(土壤窒素)의 유효화(有効化) 및 산가수분해성유기태질소(酸加水分解性有機態窒素)에 관(關)한 특징(特徵) (Mineralization of soil nitrogen and some characteristics of acid hydrolizable organic nitrogen of Korean paddy soils)

  • 안상배;미츠요시 고노
    • 한국토양비료학회지
    • /
    • 제10권1호
    • /
    • pp.29-37
    • /
    • 1977
  • 한국답토양(韓國畓土壤)의 토양질소유효화(土壤窒素有効化) 과정(過程), 산가수분해성유기태질소(酸加水分解性有機態窒素)의 각분별(各分別) Amino acid 조성등(組成等)을 일본토양(日本土壤)과 비교(比較)하여 약우(若于)의 특징(特徵)을 밝혀냈다. 비교(比較)한 일본(日本)의 토양(土壤)은 한국(韓國)과 위도(緯度)에서 거의 같은 위치(位置)이지만 동기(冬期)의 기상조건(氣象條件)이 다르고 또한 점토광물조성(粘土鑛物組成)에도 차이(差異)가 있는 북륙지역(北陸地域)의 토양(土壤)을 사용(使用)했다. 양국토양(兩國土壤)의 전질소함량(全窒素含量)은 거의 같을 것을 공시(供試)했다. 1) 양국(兩國)의 토양(土壤)은 전질소함량(全窒素含量)이 거의 같은 경우(境遇)에 있어서도 무기화율(無機化率)과 무기화양식(無機化樣式) 상이(相異)하며 한국토양(韓國土壤)은 무기화량(無機化量)이 적지만 배양후기(培養後期)에 생성(生成)되는 $NH_4-N$ 양(量)이 비교적(比較的) 많다. 2) 산가수분해성유기태질소(酸加水分解性有機態窒素)의 분별결과(分別結果) 한국토양(韓國土壤)은 전질소(全窒素)에 대(對)하여 가수분해성질소(加水分解性窒素)의 비율(比率)이 적고 특(特)히 ${\alpha}$-amino-N 및 가수분해성(加水分解性) $NH_4-N$가 적다. 그러나 한국답토양(韓國畓土壤)은 Hexosmine의 함유비율(含有比率)이 많고 10% 이상(以上)에 달(達)하는 치(値)를 보이는 경우(境遇)도 있었다. 또한 incubation에 의(依)한 토양질소무기화량(土壤窒素無機化量)과 유기태질소(有機態窒素)의 각(各) 분별(分別)과의 관계(關係)에서는 가수분해성(加水分解性) $NH_4-N$${\alpha}$-amino-N의 함량간(含量間)에 유의(有意)한 정상관(正相關)이 있었다. 3) 산가수분해성(酸加水分解性) Amino acid 조성(組成)에서는 답토양(畓土壤)과 밭토양(土壤)(부식질화산회(腐植質火山灰))간(間)에 큰차(差)가 있으며 답토양(畓土壤)은 Basic Amino acid 비율(比率)이 많고 Acidic amino acid가 적다. 또한 한국(韓國)의 답토양(畓土壤)은 Alanine의 함유비율(含有比率)이 일본(日本) 토양(土壤) 보다 적었다. 그 밖에 전질소함량(全窒素含量)의 증가(增加)와 더부러 Proline의 함유비율(含有比率)은 증가(增加)하고 Aspartic acid는 감소(減少)하는 경향(傾向)이였다.

  • PDF

한국산 초피와 산초의 화학성분 (Chemical Constituents of Korean Chopi (Zanthoxylum piperitum) and Sancho (Zanthoxylum schinifolium))

  • 고영수;한희자
    • 한국식품과학회지
    • /
    • 제28권1호
    • /
    • pp.19-27
    • /
    • 1996
  • 야생식량 자원으로서 활용의 여지가 많은 초피와 산초의 성분을 분석 비교하였다. 조단백질은 초피 과피 및 종자가 각각 11.51%, 13.65%로 산초 과피 및 종자보다 약간 높았다. 조지방은 산초 종자가 37.78%로 가장 높았다. 중성지질의 경우 산초 종자가 61.2%로 가장 높았으며 산초 과피는 36.1%로 가장 낮았다. 당지질은 산초 과피가 59.8%로 가장 높았고 산초 종자가 24.7%로 가장 낮았다. 인지질은 산초 종자가 14.1%로 특히 높아, 초피 종자(2.8%)의 약 4배였다. TG의 chromatogram은 초피과피의 경우 $C_{42}$, $C_{46}$, $C_{48}$, $C_{50}$, $C_{52}$$C_{54}$ 등 6개의 peak가 나타났으며 $C_{42}$의 함량이 높았고, 산초 과피는 $C_{42}$, $C_{46}$, $C_{48}$, $C_{50}$$C_{56}$의 5개 peak가 나타나 두 시료에 공통적으로 $C_{42}$, $C_{46}$, $C_{50}$, 이 함유되어 있었다. 초피 종자의 경우는 $C_{42}$, $C_{52}$가, 산초 증자는 $C_{42}$, $C_{50}$이 나타나 4개 시료의 공통적인 TG는 $C_{42}$임을 알 수 있었다. 필수지방산의 총량은 산초 과피가 59.4%로 가장 높았으며, 그 중 linolenic acid는 44.5%, linoleic acid는 14.9%였다. 산초과피에서 ${\beta}-sitosterol$만이 동정되었고, 나머지 3개 시료에서는 campesterol, stigmasterol 및 ${\beta}-sitosterol$을 동정하였다. 4개의 시료에 모두 ${\alpha}-tocopherol\;acetate$${\alpha}-tocopherol$이 함유되어 있었는데 ${\alpha}-tocopherol\;acetate$의 함량은 초피 과피와 종자가 산초 과피 및 종자보다 높았으며, 4개 시료 모두에서는 ${\alpha}-tocopherol$보다 높았다. 유리당은 모든 시료에 전혀 함유되어 있지 않았고, 환원당은 초피 종자(4.19%)와 산초 종자(2.89%)가 초피 과피와 산초 과피에 비하여 훨씬 높았다. 사포닌은 4개 시료 모두에 함유되어 있었으며, 초피 과피가 7.20%으로 가장 높았다. 무기질 중에서는 K의 함량이 모든 시료에서 가장 높았다. 초피 과피에 citric acid가 0.078%, ${\alpha}-ketoglutaric\;acid$가 0.696% 함유되어 있었으며, 산초 과피에 ${\alpha}-ketoglutaric\;acid$가 0.475% 함유되어 있었다. 모든 시료에 공통적으로 많이 함유되어 있는 유리 아미노산은 alanine과 glutamic acid였다. 함량이 많은 총 아미노산의 순은 glutamic acid, aspartic acid, arginine, valine, leucine의 순이었으며, 산초 종자의 glutamic acid의 함량이 2.39%로 매우 높았다. 4개의 시료중에 공통적으로 함량이 높은 정유성분은 limonene(30.1-66.8%), ${\beta}-phellandrene$, citronellal, cineol 등의 순이었으며 citronellal의 함량이 산초 종자에서 22.0%로서 나머지 시료보다 월등히 높았으며, isopulegol의 함량은 초피 과피에서 45.2%로서 나머지 시료의 함량보다 현저히 높았으며, linalool함량도 초피 과피에서 9.5%로 훨씬 높았다. 또한 terpinene-4-o1은 초피 과피 및 종자에 전혀 함유되어 있지 않았으나, 산초 과피에서는 1.1%, 산초 종자에서는 0.8%의 함량을 보여 주었다.

  • PDF

시판 조미 멍게(Halocynthia roretzi)의 맛, 영양 및 건강기능 특성 (Taste, Nutritional and Functional Characterizations of Commercial Seasoned Sea Squirt Halocynthia roretzi)

  • 허민수;김지혜;김민지;이지선;김기현;김현정;김진수
    • 한국수산과학회지
    • /
    • 제46권1호
    • /
    • pp.18-26
    • /
    • 2013
  • This study examined the taste, nutritional and functional characterizations of commercial seasoned sea squirt Halocynthia roretzi (CSS). Total taste values of CSS ranged from 7.6 to 69.5 and the major free amino acids were glutamic acid and aspartic acid. Total contents of amino acids in CSS ranged from 5.91 to 7.59 g/100 g and the major amino acids were also glutamic acid and aspartic acid. When taking 100 g of CSS, the minerals that could be expected to have functional health effects (minerals whose levels were above 10% of the recommended daily requirements) were P, Mg and Fe. Other minerals were also present in non-negligible quantities. In terms of the functional properties of CSS, ACE inhibitory activity was 21.2-37.1%, antioxidative activity was 55.4-90.4%, xanthine oxidase inhibitory activity was 52.9-76.6% and ${\alpha}$-glucosidase inhibitory activity was 0-32%. Antimicrobial activity against Vibrio parahaemolyticus was not detected, but activity against Staphylococcus aureus, groups such as KB, GG, CY, DN, HC and KH, and against Escherichia coli groups such as SF, WD, KB and GG, was detected.

Molecular Cloning and Expression of Grass Carp MyoD in Yeast Pichia pastoris

  • Wang, Lixin;Bai, Junjie;Luo, Jianren;Chen, Hong;Ye, Xing;Jian, Qing;Lao, Haihua
    • BMB Reports
    • /
    • 제40권1호
    • /
    • pp.22-28
    • /
    • 2007
  • MyoD, expressed in skeletal muscle lineages of vertebrate embryo, is one of muscle-specific basic helix-loop-helix (bHLH) transcription factors, which plays a key role in the determination and differentiation of all skeletal muscle lineages. In this study, a cDNA of grass carp MyoD was cloned and characterized from total RNA of grass carp embryos by RT-PCR. The full-length cDNA of grass carp MyoD is 1597 bp. The cDNA sequence analysis reveals an open reading frame of 825 bp coding for a protein of 275 amino acids, which includes a bHLH domain composed of basic domain (1-84th amino acids) and HLH domain (98-142th amino acids), without signal peptide. Then the MyoD cDNA of grass carp was cloned to yeast expression vector pPICZ$\alpha$A and transformed into P. pastoris GS115 strain, the recombinant MyoD protein with a molecular weight of about 31KD was obtained after inducing for 2d with 0.5% methanol in pH 8.0 BMGY medium, and the maximum yield was about 250 mg/L in shaking-flask fermentation. The results were expected to benefit for further studies on the crystal structure and physiological function of fish MyoD.

In Vitro N-Glycan Mannosyl-Phosphorylation of a Therapeutic Enzyme by Using Recombinant Mnn14 Produced from Pichia pastoris

  • Kang, Ji-Yeon;Choi, Hong-Yeol;Kim, Dong-Il;Kwon, Ohsuk;Oh, Doo-Byoung
    • Journal of Microbiology and Biotechnology
    • /
    • 제31권1호
    • /
    • pp.163-170
    • /
    • 2021
  • Enzyme replacement therapy for lysosomal storage diseases usually requires recombinant enzymes containing mannose-6-phosphate (M6P) glycans for cellular uptake and lysosomal targeting. For the first time, a strategy is established here for the in vitro mannosyl-phosphorylation of high-mannose type N-glycans that utilizes a recombinant Mnn14 protein derived from Saccharomyces cerevisiae. Among a series of N-terminal- or C-terminal-deleted recombinant Mnn14 proteins expressed in Pichia pastoris, rMnn1477-935 with deletion of N-terminal 76 amino acids spanning the transmembrane domain (46 amino acids) and part of the stem region (30 amino acids), showed the highest level of mannosyl-phosphorylation activity. The optimum reaction conditions for rMnn1477-935 were determined through enzyme assays with a high-mannose type N-glycan (Man8GlcNAc2) as a substrate. In addition, rMnn1477-935 was shown to mannosyl-phosphorylate high-mannose type N-glycans (Man7-9GlcNAc2) on recombinant human lysosomal alpha-glucosidase (rhGAA) with remarkably high efficiency. Moreover, the majority of the resulting mannosyl-phosphorylated glycans were bis-form which can be converted to bis-phosphorylated M6P glycans having a superior lysosomal targeting capability. An in vitro N-glycan mannosyl-phosphorylation reaction using rMnn1477-935 will provide a flexible and straightforward method to increase the M6P glycan content for the generation of "Biobetter" therapeutic enzymes.