지난 96년 PBS제도가 시행되면서, 많은 연구에서 PBS제도의 문제점을 제시해 왔다. 선행 연구에서는 인건비 확보를 위한 과도한 경쟁으로 연구활동의 안정성 저하 및 불안감 조성, 기관 내 외 연구자간의 경쟁구도 심화로 상호협력을 통한 융합연구의 어려움, 관리 운영체계의 제약요인으로 인한 제도 확산은 정부출연연구기관의 성과를 저하시킨다고 지적하였다. 하지만 PBS제도 도입당시의 기대효과였던 기관의 자율성 강화, 연구책임자 책임성 강화, 사업관리의 투명성 강화는 정부출연연구기관의 성과를 높이는 효과를 가져올 수 있다. 따라서 본 연구에서는 PBS제도 도입 후 15년이 경과한 현재 PBS제도가 출연연구기관의 연구과제 수행 성과에 어떠한 영향을 미치는지에 대한 실증분석을 하였다. 기초기술연구회 소속 13개 기관을 대상으로 질적 논문성과를 분석해본 결과, 기관이 수행한 과제의 PBS제도는 논문성과에 영향을 미치지 않는 것으로 나타났다. 하지만 수행 과제의 기술적 특성을 기술분야별, 기술단계별로 나눠보았을 경우, 기술단계별 구분에서 기초기술연구회 소속 정부출연연구기관의 논문성과는 기초기술 단계의 과제를 수행하였을 경우 높은 질적 논문성과를 보여주는 것으로 나타났다.

본 연구에서는 정부의 R&D 투자를 받는 기업들의 특성을 규명하였다. 정부의 투자 행태를 반영하기 위해 순위 프로빗 모형(ordered probit)을 사용하였으며, 기업의 특성과 과제의 특성을 함께 고려함으로써 정부 정책의 실효성과 정합성을 분석하였다. 분석 결과 대기업, 매출액이 큰 기업, R&D집약도가 높은 기업, 벤처기업 등이 정부 R&D 투자를 많이 받는 것으로 나타났다. 기업특성과 과제 특성을 함께 분석한 결과, 중소기업이 신성장동력, 녹색기술 등에 대한 투자를 많이 받은 것으로 나타났다. 기업에 대한 투자가 개발연구 위주로 추진된 것은 합당하나, 대기업 중심, 성장기 기술 중심의 편중 현상은 개선의 여지가 있는 것으로 보인다.

본 연구는 다음과 같은 분석결과를 제시한다. 먼저 우리나라 10개 산업의 기술생태지형을 결정하는 상호관계 K는 9개로 나타났다. 이러한 주성분요인분석결과는 K=N-1의 기술생태지형 구조를 가지고 있음을 보여준다. 둘째, Kauffman NK모형에 따른 우리나라 기술생태지형은 K=N-1인 경우로 다 극점을 존재하는 적응체계로 매우 울퉁불퉁한 기술생태지형을 가지고 있다고 볼 수 있다. 따라서 우리나라의 기술생태계경우에 기술 또는 산업의 수 N이 증가함에 따라서 국소 최적 점의 수는 매우 빠르게 증대할 수 있다. 이러한 매우 많은 국소 최적 점을 가진 기술생태지형에서 기술탐색과정은 전체 최적 기술조합 또는 기술개발에 효율적으로 도달하기 어려우며, 역시 기술생태지형은 매우 복잡한 진화 및 발전체계를 갖고 있음을 의미한다. 본 연구결과의 기술 정책적 시사점은 우리나라 산업간 그리고 기술간에 보다 상호연관성을 높임으로써, 기술생태지형을 완만하고 매끄럽게 조성할 필요성이 제기된다.

한국이 탈추격에 진입하였으며 이에 대응한 새로운 기술혁신전략이 필요하다고 제기되고 있는데, 본 연구에서는 이를 산업연관표에 기반한 산업별 생산방식 변화 등의 분석을 통하여 확인하며, 산업별 인력 구성의 변화를 중심으로 새로운 기술혁신전략을 모색하였다. 인력양성과 활용의 측면을 중심으로 한 학습과정(leaning process)이 R&D 등 혁신노력과 성공적으로 조응될 때 기대한 혁신성과가 실현될 수 있음을, 28산업분류 수준에서 대학 전공의 일에서의 유용성과 R&D투입간 조응성을 통하여 분석하고, 이러한 사항이 국가수준의 혁신정책에 통합되어야 함을 제시하였다.